VOI-variantin XBB.1.5* alalinjoista GITHUB-uutinen 2 päivää sitten

Tekstissä mainitaan VOI-variantti  rekombinanttilinja XBB.1.5 josta  ilmenee jälleen yksi alalinja. Siin kirjoittautuu  ORF9b esiin . Se lukeutuu  nukleokapsiidin geenialueesta  ORF9  vaihtoehtoisluennalla, mitä on esiibtynyt  34 eri puussa. Tämä uusi alalinja Etelä-Afrikassa ei vaikuta nopeasti kasvavalta, mutta siin esiintyy jatkoevoluutiota  omikronille tai  XBB rekombinantille tyypillisissä  mutaatioissa. Spike T478T  on  reversioitumista. ( CM.10 ilmentää myös T reversion).  368 on muuttunut jatkoevoluutiossa isoleusiinista I valiiniin V.   (Ref. viruksessa on leusiini  L368).

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/2003 

Suggestion to get designated a XBB.1.5 Branch with Orf9b:P51L(C28435T) circulating in South Africa 31 seqs #2003

nimim.  F.G toiselle tiedemiehelle:  

"C.R.,  i suggest to designate this branch of XBB.1.5 with a mutation in Orf9b (P51L) that has seeded in South Africa,
It doesn´t seem especially fast but it is showing further evolution in key Omicron or XBB mutation as S:T478T rev see here ) or 368 (I>V) 

 

 (Fylogeniapuun karttoja)

Defining mutations: XBB.1.5>> ORF9b:P51L(C28435T)

Gisaid query : C28435T, T17124C,T10204C, G25354A to find the South African branch (31 sequences)

Consider that Orf9b:P51L is highly homoplasic in XBB.1.5 i count 34 different trees carrying this mutation."

 PIKKUASIOITTEN LUETTELOSSA, joka on vastikään perustettu erottamaan  minimaaliset löydöt isommista löytöklustereista.  Priotioitaessa:

asiassa  #75 mainitaan kolmesta (3) sekvenssista  etelä-Afrikasta:

SITAATTI:

"Little recent XBB.1.5+ ORF9b:P51L cluster in South Africa with S:T478T (reversion) and S:N856S (3 seqs) "

 nimim. F.B selvittää pikkuista alalinjaa:

" Just to monitor this one. We saw reversion of 478 to T already in CM.10 , that is still circulating in Indonesia (around 1% of samples collected after 1st of April)"

 

 ("CM  tarkoittaa BA.2.3.20 linjaa jota sanottiin " Basiliskoksi"  kansankielellä).. 

"Here we concern it in South Africa that could make a lot of sense since the multiple T478K waves experimented there".

 

(Linkkiin oheistetussa fylogeneettisessä kartassa näkyy  edellä mainittu ylempi ja runsaampi linja jossa on se I368V- muutos.  

 

Alemmassa pikkuhaarassa näkyy  kolme sekvenssiä, joisa on  K478T reversiomuutos tapahtunut ja samassa   kolmen näytteen haarassa on spike mutaatio N856S.  Se on kai jokin  jatkoevoluutiota. Löydän vihkostani merkinnän, että BA.1 linjassa tapahtui N856K. BA.5  VOC-variantin alalinjassa CK.1 oli muutos N856S ja "CK" on linja BA.5.2.24*).