22.5. 14 tuntia sitten: T.T. jatkaa: The reason i ask, i think its plausible that the NTD mutations in saltated xbbs might enhance gut binding via MGP in addition to ACE2. In which case we may see multiple variant infections in different cell tissue confounding genome sampling. Cross contamination in the same patient.
22.5. 2023 klo 10:37: U:T: kirjoittaa 15 tuntia sitten: Ahh yes i recall it now thank you Ryan. I wonder if an infection of this duration could recombine with further infections, especially from the highly transmissible XBBs in an environment where nobody is taking precautions. Have we run any of these S mutes through Bloom Labs evasion model ?
21.5. 2023 klo 16:53. Nyt näkyy GITHUB-sivulla 2 tuntia siten tullut lisäkommentti. Eräs tutkija on verrannut kaikkia saatuja viittä seklvenssiä toisiinsa ja laskenut niissä näkyvät mutaatiot. ja kommentoi täten: Vertaileva kuvakin liittyy jos katsotte linkkiä asia #2004 GITHUB aktuelleissa asioissa.https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues
SITAATTI: "B.U.: What I think is weird is that the recent sample from 05-08 (1245 in the usher tree above) is more closely related to the sample of 03-13 (972 in the usher tree), while the samples in between are more different. You can see this in the usher placement posted by R. but also when comparing the nucleotide sequences in nextclade. The inbetween samples also have less mutations comparing to 972 (105 muts) and 1245 (104 muts). What could be the explanation for this? Are there multiple "strains" circulating in the same patient? (Edit: oh i missed that ryhisner made this comment about multiple intrahost variants in his response, nevermind)
21.5. 2023 aamuyöstä
There are actually five sequences now in this one, and they are all from
the same chronically infected patient. There seem to be at least two
somewhat different intrahost variants that are alternating in dominance.
Crazy, crazy sequences, but fortunately not transmitting at the moment. ( 7 tuntia sitten)
(Kommentti 3 tuntia sitten:) Many familiar non-spike mutations here. ORF1a:H2659Y is in XBC.1.6.
https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/2004
Unusual BA.1(.1) with 59 (yeah fifty nice) S mutations 2 samples in The Netherlands #2004
Omia vaikutelmiani: Sekvenssin tutkinnassa on havaittu runkona BA.1.(1) konstellaation merkit kautta rakenteen - (ellei nyt vahvaan BA.1 konstellaatioon olisi jotenkin kiertynyt liaanina jotain rekombinaatiotuotetta- ensi näkemältä l vain on kuin mutaatioista paisunut BA.1(1): ORF1a, Orf1b, Spike, #a, E, M ja N kantavat itsessään BA.1.(1) konstellaation merkkejä. Ehkä se on "katkeamiskypsässä vaiheessa kuka ties ??" Lisäksi kaikki ne substituutiot, joita esiintyy 100%:sti pienessä sekvenssilukumäärässä, ovat ennestään omikronin alkumuodoille tyypillisiä. Muita esiintyy 33,3- 66,6 %:lla ja niissä on uudenlaistakin joukossa. tai siis niitä, mitä alkuvaiheen BA.1.1 ei vielä ollut, niin että tunnistaisin niitä näin asian maallikkona , missä vaiheesa niitä on alkanut ilmeentyä.
Mitä tiedemiehet sanovat siitä: Listassa näkyy 53 + yksi vaihtoehtolisä. Lisäksi on insertio: S210 sisältää aminohapot IVREPED, siis siin on se vanha " EPE" ja sen ympärillä lisäksi muuta.
Insertions
Amino acids
• ins_S:210:IVREPED (2 seqs)
Nucleotides
• ins_22206:GCCAGAAGATAATGTTGT (2 seqs)
Substitutions and deletions
Export
Show amino acid and nucleotide mutations separated|Show amino acid and nucleotide mutations together
Filter by proportion
0%20%40%60%80%100%
Show deletions
Sort by position|Sort by proportion|Sort by Jaccard similarity
•E:T9I (100.00%, 0.00)
•N:P13L (100.00%, 0.00)
•N:D22V (66.67%, 0.50)
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar