Sars-2 viruksen PBM, PDZ domeeniin sitoutuva C-terminaalinen motiivi tunnistaa E proteiinin ja ORF3 proteiinin Sars viruksissa ja MERS viruksen proteiinin

 Tarkistan Sars-2 viruksen  ORF3a proteiinin peptidiketjun 275 aminohappoa. Siinä on C-terminaalissa aminohapot S-V-P-L. Tästä jaksosta löytyy PBM motiivi, x-#-x-#, jossa  # tarkoittaa hydrofobista aminohappoa kuten leusiini, valini tai isoleuiini V;I tai L. x tarkoittaa mitä tahansa aminohappoa jatässä näyttää olevan seriini ja proliini, S ja P. 

Tämä on sekä  Sars-1 että Sars-2 viruksissa. Mutta MERS viruksessa ei ole   ORF3 kahtena , a ja b muotona ja sen ORF3 ei sisällä tätä motiivia.  Tämän motiivin vaikutus kohdistuu tight junction tasoon  ja on kuten E- proteiinn viroporiini ja turvottaa kliinisenä oireena keuhkoja. 

PDZ- domaaniproteiineista  on erikseen artikkeli. Myös A- influensa ja  muutkin  turvottavat virukset  hyökäävät näihin  PDZ- domeeneihin omine ominaisine  proteiinivalintoineen, profiileineen.  ( esim virukset WNV, HPV, Dengue) . 

Ihmisen sarsien  E-proteiinien  C-terminaalinen  PDZ-domaani on tyypin II  muotoa D-L-L-V, eli

 x-#-x-#, jossa  toinen  x on sattuu olemaan  leusiini. 

 MERS omaa  E-proteiinissaan  C-terminaalisen motiivin joka on Tyypin III PDZ-domaaniin sitoutuva: X-D/E-X-#:  Motiivi  Mers E-proteiinissa on D-E-W-V.

 Nämä 4 viimeistä aminohappoa ovat Sars-virusten  ORF3a proteiinissa  (272-275)- kohdassa C-terminaalissa, joka jo  wt muodossaan on  virukselle  edullinen.  Kuva  motiiveista on linkistä DOI: 10.1111/febs.15881 

Tällaisen vaikutuksen vastustamisessa on rokotus parasta strategiaa. 

 

ORF3a protein [Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2]

NCBI Reference Sequence: YP_009724391.1

Identical Proteins FASTA Graphics

Go to:

LOCUS       YP_009724391             275 aa            linear   VRL 18-JUL-2020
DEFINITION  ORF3a protein [Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2].
ACCESSION   YP_009724391
VERSION     YP_009724391.1
DBLINK      BioProject: PRJNA485481
DBSOURCE    REFSEQ: accession NC_045512.2
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
  ORGANISM  Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
            Viruses; Riboviria; Orthornavirae; Pisuviricota; Pisoniviricetes;
            Nidovirales; Cornidovirineae; Coronaviridae; Orthocoronavirinae;
            Betacoronavirus; Sarbecovirus.
REFERENCE   1  (residues 1 to 275)
  AUTHORS   Wu,F., Zhao,S., Yu,B., Chen,Y.M., Wang,W., Song,Z.G., Hu,Y.,
            Tao,Z.W., Tian,J.H., Pei,Y.Y., Yuan,M.L., Zhang,Y.L., Dai,F.H.,
            Liu,Y., Wang,Q.M., Zheng,J.J., Xu,L., Holmes,E.C. and Zhang,Y.Z.
  TITLE     A new coronavirus associated with human respiratory disease in
            China
  JOURNAL   Nature 579 (7798), 265-269 (2020)
   PUBMED   32015508
  REMARK    Erratum:[Nature. 2020 Apr;580(7803):E7. PMID: 32296181]
REFERENCE   2  (residues 1 to 275)
  CONSRTM   NCBI Genome Project
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (17-JAN-2020) National Center for Biotechnology
            Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
REFERENCE   3  (residues 1 to 275)
  AUTHORS   Wu,F., Zhao,S., Yu,B., Chen,Y.-M., Wang,W., Hu,Y., Song,Z.-G.,
            Tao,Z.-W., Tian,J.-H., Pei,Y.-Y., Yuan,M.L., Zhang,Y.-L.,
            Dai,F.-H., Liu,Y., Wang,Q.-M., Zheng,J.-J., Xu,L., Holmes,E.C. and
            Zhang,Y.-Z.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (05-JAN-2020) Shanghai Public Health Clinical Center &
            School of Public Health, Fudan University, Shanghai, China
COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
            NCBI review. The reference sequence is identical to QHD43417.
            Annotation was added using homology to SARSr-CoV NC_004718.3. ###
            Formerly called 'Wuhan seafood market pneumonia virus.' If you have
            questions or suggestions, please email us at info@ncbi.nlm.nih.gov
            and include the accession number NC_045512.### Protein structures
            can be found at
            https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/?term=sars-cov-2.### Find
            all other Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
            (SARS-CoV-2) sequences at
            https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/
            
            ##Assembly-Data-START##
            Assembly Method       :: Megahit v. V1.1.3
            Sequencing Technology :: Illumina
            ##Assembly-Data-END##
            COMPLETENESS: full length.
            Method: conceptual translation.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..275
                     /organism="Severe acute respiratory syndrome coronavirus
                     2"
                     /isolate="Wuhan-Hu-1"
                     /host="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:2697049"
                     /country="China"
                     /collection_date="Dec-2019"
     Protein         1..275
                     /product="ORF3a protein"
                     /calculated_mol_wt=30992
     Region          5..274
                     /region_name="SARS-CoV-like_ORF3a"
                     /note="accessory protein ORF3a of severe acute respiratory
                     syndrome-associated coronavirus and similar proteins from
                     related betacoronavirus; cd21648"
                     /db_xref="CDD:394922"
     Region          39..59
                     /region_name="putative TM segment"
                     /note="putative TM segment [structural motif]"
                     /db_xref="CDD:394922"
     Region          79..99
                     /region_name="putative TM segment"
                     /note="putative TM segment [structural motif]"
                     /db_xref="CDD:394922"
     Region          105..125
                     /region_name="putative TM segment"
                     /note="putative TM segment [structural motif]"
                     /db_xref="CDD:394922"
     CDS             1..275
                     /gene="ORF3a"
                     /locus_tag="GU280_gp03"
                     /coded_by="NC_045512.2:25393..26220"
                     /db_xref="GeneID:43740569"
ORIGIN      
        1 mdlfmrifti gtvtlkqgei kdatpsdfvr atatipiqas lpfgwlivgv allavfqsas
       61 kiitlkkrwq lalskgvhfv cnllllfvtv yshlllvaag leapflylya lvyflqsinf
      121 vriimrlwlc wkcrsknpll ydanyflcwh tncydycipy nsvtssivit sgdgttspis
      181 ehdyqiggyt ekwesgvkdc vvlhsyftsd yyqlystqls tdtgvehvtf fiynkivdep
      241 eehvqihtid gssgvvnpvm epiydepttt tsvpl