SARS-CoV lisäproteiineista artikkeleita edelleen 9b syntyy alternatiivilla lukuraamilla orf9a

Similar articles
Select item 254100512.
Acquisition of new protein domains by coronaviruses: analysis of overlapping genes coding for proteins N and 9b in SARS coronavirus.
Shukla A, Hilgenfeld R.
Virus Genes. 2015 Feb;50(1):29-38. doi: 10.1007/s11262-014-1139-8. Epub 2014 Nov 20.

Acquisition of new protein domains by coronaviruses: analysis of overlapping genes coding for proteins N and 9b in SARS coronavirus. Shukla A¹, Hilgenfeld R.   Abstract

•  Tavallisesti- kun virukset hankkivat  uusia kykyjä genomipotentiaaliinsa, ne tekevät  horisontaalisia  geenin siirtoja tai  kaksikertaistavat geeniä. Mutta eräs  epätavallisempi keino on käyttää täysin  tai osittain toisiansa kattavia avoimia lukukehyksiä  (ORF,open reading frames). 

• SARS.koronavirus on  tälla keinolla  sellaisen  kokonaan uuden proteinituotteen hankinnan,  että se on saanut uuden nimenkin  9b ja  siinä  SARS CoV on  johtanut  aloituskodonin vaihtoehtoisen lukukehyksen  alueelle.  Tämä geeni kattaa täydellisesti nukleokapsidiproteiinin (N) geenin avoimen lukukehyksen (orf9a ).
• Tutkijoiden löytö viittaa siiheen, että   orf9b antaa  "sellaiset soinnut,  jotkä  eivät  ole saman säveltä  muun  SARS- CoV:n sinfoniassa", vaan siinä on jotakin  aivan erilaista tässä viruksen  työtiimissä. He analysoivat orf9b:n evoluutiota yhdessä orf9a kanssa   käyttämällä sekvenssitietueita  betakoronaviruslinjasta b ja havaitsivat, että orf9b, joka koodaa   päältäkirjoittuvaa proteiinia, kehittyi suurelta osin  orf9a kohdan päältä kirjoitetusta proteiinista itsenäisesti    Sitten tutkijat  selvittivät edelleen  näiden genomisekvenssien proteiinituotteet niiden rakenteellisen joustavuuden kannalta ja havaitsivat, että  tämän äskettäin hankitun  geenialueen kattavan proteiinituotteen  ei tarvitse välttämättä olla  edes sisäisesti järjestäytyneenä, vaikka aiemmin on niin ajateltu. Nämä löydöt  osaltaan auttavat  luonnehtimaan   äskettäin hankittujen geenien sekvenssiominaisuuksia käyttäällä hyödyksi päällekkäisiä  avoimia lukukehyksiä.

Acquisition of new proteins by viruses usually occurs through horizontal gene transfer or through gene duplication, but another, less common mechanism is the usage of completely or partially overlapping reading frames (orf).
 A case of acquisition of a completely new protein through introduction of a start codon in an alternative reading frame is the protein encoded by open reading frame (orf) 9b of SARS coronavirus.  This gene completely overlaps with the nucleocapsid (N) gene (orf9a).
 Our findings indicate that the orf9b gene features a discordant codon-usage pattern. We analyzed the evolution of orf9b in concert with orf9a using sequence data of betacoronavirus-lineage b and found that orf9b, which encodes the overprinting protein, evolved largely independent of the overprinted orf9a. We also examined the protein products of these genomic sequences for their structural flexibility and found that it is not necessary for a newly acquired, overlapping protein product to be intrinsically disordered, in contrast to earlier suggestions. Our findings contribute to characterizing sequence properties of newly acquired genes making use of overlapping reading frames.

PMID:

25410051

DOI:

10.1007/s11262-014-1139-8

[Indexed for MEDLINE]