Myös Deltalinjojen luettelossa tapahtuu lisäjärjestäytymisiä ja myös rekombinanteista joudutaan etsimään deltakomponentteja. Kaikki sars-2 variantit ovat järjestetty myös kläsiteelyn ja Pangoluetteloon siirtämisen jälkeen myös juoksevalla numeroinnilla ryhmä toisensa jälkeen ja onhan siinä luetteloa, mutta juokseva luettelo pitää kohesiivista punaista lankaa, organisatorista asemaa yllä, vaikka jälkeenpäin jouduttaisiin siirtelemään variantteja tarkempien tutkimusten annettua uusia paralleelisti niin hyvin, että niistä pysyy kyllä kärryillä, jos on niistä kiinnostunut, ja osallistuminen tiedemiesten pohdintojen kulkuun antaa insiktiä vähän siihen, mistä on kyse näissä alalinjon tarpeellisuudessa ja moninaisuudessa. Tietysti linja toisensa jälkeen vähenemisen ( tai äkkilisääntymisen aika ja tapa se suurin erilaisuus, jonka saa esiin vain tekemällä varianttitarjonnan luokittelun avulla mahdollisimman monipuoliseksi pikkutarkat varianttierot esittäen hakulaitteille tietokonekäsittelyyn.
BA.2 linja on saanut muutaman alalinjan lisää PANGO-luetteloon.
Niitä löytyy BA.2. 41 linjaan asti. (#542).
BA.1 ja BA.1.1. linjat saavat tarkennuksia.
BA.3. ei ole versonut BA.3.1:n jälkeen lisää
BA.4 ei omaa vielä alalinja.
BA.5 omaa jo yhden alalinjanBA.5.1 .
Katselin BA.2 alalinjojen erittelyä suuresta alkuryhmästä vähitellen uusiksi määritellyiksi alaryhmikseen. Koetan tähän asettaa ne, joita on viimeisten havaintojeni mukaan tullut PANGO-listassa esiin:
BA.2.35 Portugalin linja oli valmiina ja nyt tarkentuneena; käsittelyasia Github #534. ( Siihen kuuluu nyt 31 sekvenssiä määritelmään ja sitten 50 päivitykseen). Tämän näkee jo Pango-luettelossa netissä.
(Asiankäsittelyotsikko ja siteetti Portugalista tuleesta aloitteesta)
- Sitaatti aloitteesta: " In Portugal, we have been monitoring a cluster of BA.2 sequences with the additional mutation Spike:L452R. The mutation "markers" of this cluster are S:L452R (nt: T22917G) and N:L221F (nt: G28936T) (see image). The first case was detected on 01 March 2022. Since then, this sub-lineage has been consecutively detected in our weekly nationwide random surveys, including cases in four regions (North, Center, Lisbon region and Alentejo) (total Worth designating, it's well clustered, shows growth, has interesting Spike mutation, international spread.'
Kestustelusta seuraa tämän uuden linjan BA.2.35 lisäys:
- Thanks for submitting. We've added lineage BA.2.35 with 32 newly designated sequences, and 4 updated designations. Defining mutation(s) T22917G (S:L542R) and G28936T (N:L221F).
BA.2. 36 on uusi lisätty linja, Github -asiankäsitterykoodi on aluksi #565. Tässä linjassa esiintyy spikemutaatio I68T. Katsotaan mitä keskustelu tästä mainitsee. Lopputulos on että merkataan tämä uusi linja lisätyksi PANGO-lutetteloon definitioineen.
- " Follow up from #524 . I want to propose here a sublineage of BA.2 carrying S:I68T and Orf8:A65V. As shown in a comment in issue 524 recently S:I68T.. . and orf8:A65V ... appeared indepently and separately in several BA.2 sublineages . One of them carries both these two emerging mutations and it is circulating in Germany Belgium Denmark Israel and have been sequenced in USA and UK too.
- Interestingly 83% of this sublineage is missassigned to BA.2.9 while lacking or3a:H78Y defining BA.2.9 mutation.
- (Cornelius) These S:68T are tricky, they appear in so many places. So all individual lineages are still quite small despite S:69T being in 6% of Belgian sequences! (FedeGueli vastaa Cornelikselle: ) Yes @corneliusroemer and the same happens for orf8:65V : many lineages but all of them small but the Papua new Guinea one recently designated. (Cornelius vastaa)'
- I'd say we should designate this without the ORF8:65V mutation. It's probably not relevant here.S:68T appeared on the European BA.2 + 22792T branch with no other private mutation present at the time of mutation.That's now grown to 7% in Belgium - so quite possible this mutation arose in Belgium and has spread slowly from there. In total 1400 sequences by now.
- InfrPopGen
pushed a commit
to InfrPopGen/pango-designation
that referenced
this issue
16 days ago
Added new lineage BA.2.36 from cov-lineages#565 with 976 new sequencdesignations, and 109 updated designations.
BA.2. 37 on uusi lisätty linja, asiasta keskusteltu Github linkissä #572.
" Potential sub-lineage of BA.2 with ORF1ab:R1421K mutation #572 Out of approximately 66,204 BA.2.12 seen globally 4208 have the ORF1ab:R1421K mutation and they cluster together under this mutation node."
Sitaatti tiedemieskirjeenvaihdosta ilman hyperlinkkejä): Keskustelun löytää hakemalla Covlineage BA.2.28 ja siitä asianumeron #541,jolloin tulee Github linkin puolelle (taustakeskusteluihin ja variantin tutkimustuloksiin) valmiiden PANGO-linkin linjojen puolelta.- Thanks,... " From the UShER tree, it looks like those aren't really BA.2.12 -- they are adjacent to BA.2.12, in the BA.2 + C25416T branch . (BA.2.12 is BA.2 + C25416T + C23673T/S:S704L; it seems that pangoLEARN has been calling BA.2.12 for C25416T with or without C23673T/S:S704L.) So I believe this would be a sublineage of BA.2 (BA.2 + C25416T + G4527A/ORF1ab:R1421K)".
- "Good catch ,... it appeared first in India at the time of the first proposal of Omicron
lineage! Since then it accumulated quite a lot of diversity and managed
to spread in multiple countries especially in UK,
notwithstanding its slight growth disadvantage vs BA.2 baseline in UK . i think it is worth designating this sublineage also to clarify and describe better part of the C25416T branch not belonging to BA.2.12."- - " Thanks for submitting. We've added lineage BA.2.37 with 2835 newly designated sequences, and 1126 updated designations from BA.2 (and 10 from BA.2.12). Defining mutation(s) G4527A (ORF1ab:R1421K)."
BA.2.38 on uusi lisätty linja, asiasta Github #541. Määritelmän sai tehtyä 106 uudesta sekvenssimääritelmästä ja päivityksessä lisättiin vielä 40 kpl. BA.2 ryhmästä.
- SITAATTI Slcn: "Eating my words from two weeks ago right now. We just got a big batch of uploads from Delhi and Uttar Pradesh. Looking at April sequences only, 30/113 from Delhi and 58/141 from Uttar Pradesh (including one where 417T mutated further to the very rare 417A, previously unseen in Omicron) belong to this lineage. There are only 4 from Delhi and none from Uttar Pradesh in March, so it looks like this lineage is at least partly responsible for the resurgence in cases. Pretty strong case for designation.´- There is also a scattering of S:L452M in the Delhi/UP sequences, belonging to a couple of independent lineages, but probably not worth designating at the moment".
chrisruis added a commit that referenced this issue 11 days ago
Added new lineage BA.2.38 from #541 with 106 new sequence designationBA.2.39 on uusi 9 päivää sitten lisätty alalinja, ( asiasta #575). Määritelmä tehtiin 403 uudesta sekvenssistä ja päivityksessä lisättiin 34 kpl siirtämällä tähän uuteen ryhmään BA.2-ryhmästä. Tämä linja ei ole vielä merkattu PANGOlistan päähän näkyviin. ( Siis löytyy Githubin asioistten puolelta :"Latest"). Tässä BA.2 variantissa esiintyy harvinainen S-piikkimutaatio S: L858I . Se on kyllä aiemmin nähty AY.4 alalinjassa ja AZ.5 linjassa Tanskassa. ORF1b saa jopa kolme aminohappomutaatiota: Muutamissa alalinjoissa on lisäksi kaksi hiljaista mutaatiota. On havaittu, että tätä linjaa voidaan virheellisesti luokitella seuraaviin joukkoihin: BA.2.3, BA.2.5 tai BA.2.10. Hiljaiset mutaatiot antavat sille jotain kasvuetua.
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar