Github luettelo tilanteesta

  https://github.com/cov-lineages/pango-designation/milestone/276

 

Uusin tieto tullut 3 tuntia sitten Githubissa esiin  linjasta BA.2.12: 

BA.2.12 sublineages which may have independently acquired S:L452Q circulating in Canada #596

Open

FG  opened this issue 3 hours ago · 0 comments

 FG commented 3 hours ago

As highlighted by S_N  in #499 there are sublineages of BA.2.12 with S:L452Q, circulating mainly in Canada, which seem to be rooted differently from the main Ba.2.12.1 designated from #499 that is characterized by T15009C and C21721T Here the proposal (Asking  AH, CR, CR)is if they arent just tree building issues, but i dont think so) First sublineage of BA.2.12, that subsequently acquired S:L452Q, is BA.2.12 + C27654T + C16726T (Orf1b:1087Y) 424sequences (347 from Canada , 70 from Usa) Covspectrum (Oma kommentti: Orf1a aminohapot S,T,S,G,L,T,L,T,P on korvattu aminohapoilla R,I,L,S,F,I,F,H.   Deletoitu  eräät peräkkäiset aminohapot  SGF, mikä on tavallista.  Orf1b  osoittaa substituutiorimpsua P,H,R,I,T on korvattu  aminohapoilla L,Y,C,V,I.    Spike on lähinnä BA.2 tyyppiä. Siinä on lisänä S704L.  tTavallinen  deltatunnus L452R on tässä muotoa L452Q ( eikä siis R).    Orf3, E proteiini, M proteiini ja Orf6 on sellaisia kuin aiemmin BA.2 linjoissa  Samoin Orf 9b. ( Orf8 ei tässä lompositiossa  omaa muutoksia).     Tässä  on  myös Orf7b mutaatio,  deleetio DFY ja substituutio V.   N-proteiinissa  muuttuu tavalliseen tapaan aminohappoa  P,(IRS),R,G,S aminohappoihin  L,(deletio IRS), K, R, R. Second sublineage of BA.2.12 , that subsequently acquired S:L452Q, is Ba.2.12 + A6107G(orf1a:1948E) 305 Seqs (154 from Canada 138 from USA) Covspectrum Spike rakenne on samanlinen kuin  edellisella  BA.2.12 alalinjalla.  Orf1a alkaa pitkällä nukleotidideleetiolla 1-20.  ja tässä ovat M1-ja sen jälkeen E-, S-, L-, V-, P-, G-, F- N-, E-, K-, T-, H-, V-, Q-, L-, S-, -L,P- ja viimeisenä V20-.    Orf1a: Mutaatioaminohapoista tulee lista: R,I,S,E,F,I,F,I,H . Havaitaan että verrtaessa ensimmäiseen alalinjarakenteeseen on tullut mutaatio K1948E ja edeltä on  pois ensimmäisen alalinjan  mutaatio   S944L. Muuten vaikuttaa orf1a pitävätn samoja mutaatioita ja deleetioita. Orf1b ei omaa  Ensimmäisen variantin tyyppimutaatiota , joten se korvaa  aminohapot P,R,I,T muotoon L,C,V,I vastaavasti.  En havaitse mutaatiota Orf7b kohdassa tassa alalinjassa. Muuten  Orf3a, Eproteiini, M-proteiini, Orf6, Orf9b ja N-proteiini vaikutavat omavan samat mutaatiot kuin ensimmäinenkin  alalinjavariantti.     Voi olla  muutoksia joita en nin ensiseulonnassa havaitse. Asetan kuitenkin muistiin blogiin.  Vappuna 2022.  Syy miksi näitä katson ihan Vappuna oli se että Australiassa ollaan huolestuneita  BA.2.12.1 alalinjan muunnoksesta joka on osoitautunut kliinisesti  vaikeaksi ja siellä on kuolleisuutta, joka ei vielä hellitä. Olin lukemass  Wycliffin kirjeitta tälle päivälle, ja siinä on aina mukana myös PUG-asioita. PUG asia yhdistettiin Austliassa liikkuviin kantoihin, joita halutaan selvittää.  PUG  .2.3.3 on myös tiedemiehillänolut keskustelua, ja he kirjoittat viime viikolla, että jonkinlainen linja pitäisi saada märättyä, että tuoPUG-alueella  ja samoin Australiassa  (raivoava) siis esiintyv  BA.2 alalinja  saadaan hahmotettua.  Euroopassa esiintyy sitä  varianttia ja tätä  mistä otsikko kertoo USA:ssa ja canadassa, ja sitä on nyt  analysoitavana. Ehkä näistä  alkaa selvitä Australian BA.2.12.1 varianttien uusien muotojen vaarallisuus ja siellä puolella maapalloa  hallitsevat  Covid-19 muodot.  PUG:in  linjanimitys  BA.2.3.3 kaiketi peruutettiin,. koska se lie  Clade- alalinjaa.  Siellä voi olla tietysti muitakin BA.2.  alalinjoja kyseessä.