ARF-proteiiniperhe HIV-infektion yhteydessä.

Ensin on katsottava mikä tuo normaalien soluproteiinien joukko ARF oikein on.
http://www.nature.com/nrm/journal/v12/n6/fig_tab/nrm3117_F2.html
Tässä lähteessä on hyvä kuva ARF-proteiinien toimintakentästä. Kuvassa näkyy tiet tumasta aivan solupintaan asti.

• ARF on ADP-ribosylaatio faktori ja se toimii endoplasmisessa verkostossa ja Golgin laitteessa. ARF1 ja ARF4 sijaitsevat varhaisessa Golgissa c-s osassa ja ARF3 sijaitsee trans- Golgin verkostossa TGN.

ADP-ribosylation factor (ARF) proteins have distinct localizations and functions in the endoplasmic reticulum (ER)–Golgi system. ARF1 and ARF4 localize to the early cis-Golgi and ARF3 specifically localizes to the trans-Golgi network (TGN).

• ARF1 sitoutuu keramidin siirtäjään (CERT) ja FAPP2:een välittääkseen keramidien ja glykosyylikeramidilipidien kuljetusta cis-Golgista trans-Golgiin. Lisäksi se rekrytoi COPII, GGA ja AP1 Golgin laitteesen.

In addition to the recruitment of coat proteins (coatomer complex I (COPI), GGA (Golgi-localized, γ-ear-containing, Arf- or ADP-ribosylation factor-binding protein) and adaptor protein 1 (AP1)) to the Golgi, ARF1 binds to ceramide transfer (CERT) and FAPP2 to mediate the transport of ceramide and glucosylceramide lipids from the cis-Golgi to the trans-Golgi.

• ER-Golgi välitilassa (ERGIC) ARF1 ja sen guaniininukleotidia vaihtava faktori (GEF), CBF1 vaikuttavat COPII kanssa yhdessä säädellen lipidipisaroitten muodostumista ja työskentelevät useitten virusten replikaation hyväksi.
• http://www.scripps.edu/news/scientificreports/sr2008/cb08balch.html
  

At the ER–Golgi intermediate compartment (ERGIC), ARF1 and its guanine nucleotide exchange factor (GEF) GBF1 act with COPII to regulate the formation of lipid droplets and for the replication of several viruses.

• Kalsiumista riippuva säädellyn sekretion aktivaattoriproteiini (CAPS) rekrytoituu transGolgiin(TGN) ARF4:n ja ARF5:n toimesta.

CAPS (Calcium-dependent activator protein for secretion), which is involved in regulated secretion, is recruited to the TGN by ARF4 and ARF5.

...
Tästä taas palaan Paul Spearmanin kirjaan ja kappaleeseen GGAs, Arf proteins and Assmebly (Suomennosta sivulta 78)

GGA proteiinit ovat clathriiniin liittyneitten tekijöitten perhe, mikä osallistuu proteiinien lajitteluun. GGA proteiinit rekrytoidaan kalvoon suoralla GTP-ARF interaktiolla. Eräässä tutkimuksessa GGA2 ja GGA3 puuttuminen odottamatta lisäsi viruksen vapautumista, viitaten negatiiviseen modulatoriseen osuuteen viruspartikkeleitten tuotossa (2008) Jos GGA oli yliexspressoituna, estyi retrovirusten vapautuminen myöhäisesta domaanista riippumattomalla tavalla.
Partikkeleitten tuotannon estyminen vaatii intaktin Arfia sitovan domaanin, mikä viittaa Arf- proteiineilla olevan osuutta virioitten materiaalin kokoontumisessa. Arf-proteiinien puuttumisesta seuraa huonontunut kalvoon sitoutuminen ja virionien tuotannon puutteita. Arf-proteiineilla saattaa sen takia olla tärkeä osa Gag polyproteiinin liikennoinnissä ja interaktioissa plasmakalvoissa.

• STRATEGIAN ETSINNÄSSÄ MAINITAAN MYÖS TÄMÄ:
• http://www.drexelmed.edu/Home/AboutOurFaculty/SimonCocklin.aspx

Current Major Projects

Cellular biology and host cell protein interactions of the HIV-1 MA protein: The Gag polyprotein is a structural protein that plays a central role in the late stages of viral replication. The Gag polyprotein consists of several domains, three of which are functionally conserved among retroviruses: the nucleocapsid (NC) domain; the capsid (CA) domain; and the myristoylated matrix (MA) domain. The HIV-1 MA protein, encoded as the N-terminal portion of Gag, is a small, multifunctional protein responsible for regulating various stages of the viral replication cycle.

....Several studies have either directly or indirectly demonstrated the interaction of MA with a number of cellular factors.

These include

the minor phospholipid, phosphatidylinositol (4,5)-bisphosphate [PI(4,5)P2],

AP-2, and AP-3 clathrin adaptor complexes; AP= adaptor protein)

HO3, a histidyl-tRNA synthetase,

the translation elongation factor 1-α;

the polycomb group protein embryonic ectoderm development (EED);

the suppressor of cytokine signaling 1 (SOCS1) protein;

calmodulin (CaM);

and the adenosine diphosphate ribosylation factor (Arf) proteins.