Kolmealayksikköinen virusRNA-polymeraasi. Influenza virus RNA polymerase in focus
November 29, 2009
LÄHDE: Naito T, Kawaguchi A, Nagata K.Uirusu. [Function of influenza virus RNA polymerase on the structural basis] [Article in Japanese]2009 Jun;59(1):1-11.Department of Infection Biology, Graduate School of Comprehensive Human Sciences, University of Tsukuba, 1-1-1 Tennodai, Tsukuba 305-8575, Japan.
(Suomennosta) Kun on tutkittu soluttomissa RNA-synteesijärjestelmissä ja käänteisellä transkriptiotekniikalla influenssaviruksen genomin replikaation ja transkription molekulaarista mekanismia ollaan tutkimassa seikkoja, jotka ovat viruksen elämänsyklin kaikkein välttämättömintä , essentielliä prosessia.
Äskettäin ollaan havaittu sellaistakin, että tämä mekanismi osallistuu myös viruksen isäntä elimistöjen kirjon määräytymiseen.
Kun myös otetaan huomioon, että aiemmin kehitetyille antiviruslääkkeille resistenttien virusten määrä lisääntymistään lisääntyy, on mitä tarpeellisinta perustaa lääkkeitten järkiperäinen seulontastrategia, jossa etsitään myös uusia molekulaarisia kohteita tulevaisuutta varten.
Voisi olla käänteentekevä löytö, jos voidaan määritellä virustekijöitten kolmiulotteiset rakenteet, virusgenomin replikaatioon ja transkriptioon osallistuvien virustekijöitten (PB1, PB2, PA) yksityiskohtaiset funktiot ja suunnitella uusia antiviraalisia metodeja.
Tässä katsauksessaan tiedemiehet tekevät yhteenvedon siitä kertyvästä tiedosta, mitä on olemassa virustekijöiten kolmiulotteisesta rakenteesta ja he pohtivat näihin rakenteisiin perustuvia virusfunktioita. (Kertailen nyt jatkossa näitä eri tekijöitä ja niitten mutaatioita).
måndag 30 november 2009
Mutatoituuko nykyinen pandeminen virus koko ajan?
Kiertävät A H1n1 virukset, Circulating A H1N1 types
Marraskuu 30, 2009,November 30, 2009
LÄHDE: Fereidouni S, Beer M, Vahlenkamp T, Starick E. Differentiation of two distinct clusters mong currently circulating influenza A(H1n1)v viruses, March-September 2009. Euro Surveill. 2009 Nov 19;14(46). pii: 19409. Friedrich-Loeffler-Institut, Greifswald-Insel Riems, Germany.
Saksalaiset ovat tehneet analyysiä pandemisista A H1N1 viruksista maaliskuusta syyskuuhun 2009 kuluneelta ajalta ja siitä jaksosta on havaittu kaksi hyvin lähityyppistä, mutta selvästi kuitenkin toisistaan erottuvaa virusryvästä kiertämässä useimpia influenssan kynsissä olevia maita samaan aikaan.
Luonteenomaisimmat erot sijoittuvat niihin geeneihin, jotka koodaavat viruksen kahta pintaproteiinia (HA, geeni 4 ja NA, geeni 6) hemagglutiniinia ja neuraminidaasia ja neljää viruksen sisäproteiinia: PB2 polymeraasialayksikköä( geeni 1) , nukleoproteiinia NP (geeni 5) , matrixproteiinia M (geeni 7) ja nonstrukturellia NS1 proteiinia ( geeni 8). Fylogeneettista johtopäätöstä osoitettiin a.o. geenien analyysein ja sekvenssiketjukonstruktioin.
VRT. kuvaa:Kertausta influenssaviruksen kahdeksasta geenistä :
http://www.aaas.org/news/releases/2009/images/0522us_swine_flu_chart1.jpg
Geeni 1. Proteiini PB2 ja geeni 3 ja sen koodaama proteiini PA: (alkujaan linnusta sikakantaan siirtynyt influenssavirus ja 1998 viruksen kaltaista) (Kts.” Punainen sika”)
Geeni 2. proteiini PB1 , linnuista alunperin ihmiseen 1968 ja sitten sikakantaan 1998 , tyypiltään. (”Sininen sika”)
Geeni: 4. HA; Geeni 5. NP; Geeni 8. NS
Näitten tie on kulkenut linnuista 1918 kohti sikakantaa ja kyse on klassillisesta sikainfluenssavirustyypistöä (”Keltainen sika”)
Geeni 6. NA; Geeni 7. MA
Näitten tie on kulkenut lintuviruksesta 1979 sikakantaan ja esiintyy euraasialaisessa sikainfluenssaviruksessa. (”Kts. Vihreä sika)
Punaisen , sinisen ja keltaisen sikainfluenssaviruksen kesken on tapahtunut kolminkertainen uudelleenjärjestymä näisllä väriellä merkatuissa geeneissä.
Tästä kuvasta näkee, että A H1N1 designissa on vanhan ihmis-influenssan ominaisuuksia geenissä PB1.
Muissa geeneissä taas ei ole tunnusmerkkejä siitä, että niitä olisi esiintynyt ihmiskunnassa. Joten hyvin painotetusti virus on ihmiskunnassa pandeminen( novel).
http://www.fao.org/AG/AGAInfo/programmes/en/empres/AH1N1/Background.html
Marraskuu 30, 2009,November 30, 2009
LÄHDE: Fereidouni S, Beer M, Vahlenkamp T, Starick E. Differentiation of two distinct clusters mong currently circulating influenza A(H1n1)v viruses, March-September 2009. Euro Surveill. 2009 Nov 19;14(46). pii: 19409. Friedrich-Loeffler-Institut, Greifswald-Insel Riems, Germany.
Saksalaiset ovat tehneet analyysiä pandemisista A H1N1 viruksista maaliskuusta syyskuuhun 2009 kuluneelta ajalta ja siitä jaksosta on havaittu kaksi hyvin lähityyppistä, mutta selvästi kuitenkin toisistaan erottuvaa virusryvästä kiertämässä useimpia influenssan kynsissä olevia maita samaan aikaan.
Luonteenomaisimmat erot sijoittuvat niihin geeneihin, jotka koodaavat viruksen kahta pintaproteiinia (HA, geeni 4 ja NA, geeni 6) hemagglutiniinia ja neuraminidaasia ja neljää viruksen sisäproteiinia: PB2 polymeraasialayksikköä( geeni 1) , nukleoproteiinia NP (geeni 5) , matrixproteiinia M (geeni 7) ja nonstrukturellia NS1 proteiinia ( geeni 8). Fylogeneettista johtopäätöstä osoitettiin a.o. geenien analyysein ja sekvenssiketjukonstruktioin.
VRT. kuvaa:Kertausta influenssaviruksen kahdeksasta geenistä :
http://www.aaas.org/news/releases/2009/images/0522us_swine_flu_chart1.jpg
Geeni 1. Proteiini PB2 ja geeni 3 ja sen koodaama proteiini PA: (alkujaan linnusta sikakantaan siirtynyt influenssavirus ja 1998 viruksen kaltaista) (Kts.” Punainen sika”)
Geeni 2. proteiini PB1 , linnuista alunperin ihmiseen 1968 ja sitten sikakantaan 1998 , tyypiltään. (”Sininen sika”)
Geeni: 4. HA; Geeni 5. NP; Geeni 8. NS
Näitten tie on kulkenut linnuista 1918 kohti sikakantaa ja kyse on klassillisesta sikainfluenssavirustyypistöä (”Keltainen sika”)
Geeni 6. NA; Geeni 7. MA
Näitten tie on kulkenut lintuviruksesta 1979 sikakantaan ja esiintyy euraasialaisessa sikainfluenssaviruksessa. (”Kts. Vihreä sika)
Punaisen , sinisen ja keltaisen sikainfluenssaviruksen kesken on tapahtunut kolminkertainen uudelleenjärjestymä näisllä väriellä merkatuissa geeneissä.
Tästä kuvasta näkee, että A H1N1 designissa on vanhan ihmis-influenssan ominaisuuksia geenissä PB1.
Muissa geeneissä taas ei ole tunnusmerkkejä siitä, että niitä olisi esiintynyt ihmiskunnassa. Joten hyvin painotetusti virus on ihmiskunnassa pandeminen( novel).
http://www.fao.org/AG/AGAInfo/programmes/en/empres/AH1N1/Background.html
torsdag 25 juni 2009
EBV viruksen tuma-antigeenin säätelystä. EBNA1
EBV viruksen tuma-antigeenin säätelystä
LÄHDE: Berggren Malin (2008, väitöskirja). Regulation and expression of Epstein-Barr virus nuclear antigen 1( EBNA1) in transplant patients and cell culture ISBN 978-91-7433-9
EBV virus kuuluu ihmisen DNA gamma-herpesviruksiin, ja se infektoi yli 90 % ihmiskunnasta. Siis käytännöllisesti katsoen melkein jokaisen- ja on haitaton yleensä. Kun infektio kerran on tullut, se pysyy koko iän siinä isännässä. Infektio voi olla oireeton tai mononukleoosi, joka on itsetään rajoittuva lymfoproliferaatio nuorissa ja aikuisissa. Joskus virus voi aktivoitua uudestaan lyyttisesssä syklissä ja silloin erittyy uutta virusta.
Pysyäkseen sovussa isäntäkehossa virus omaa monimutkaisen sofistisen geenisysteemin ja eri latenssitilat. Sille on eduksi yhteiselo. Siksi useimmilla ei ole mitään oiretta EBV.stä. (Jos tulee lyyttinen sykli, siinä isäntäsolu kuolee, kun virus vapautuu).
Pääasiassa virus on oireeton ja pysyttelee latenssissa tilassaan, jolloin vain muutama sen geeneistä on aktiivina.
(LATENSSIT:
Latenssi III : B-blastisolu. Geeniexpressio EBNA 1-6. LMP1, LMP2.
Latenssi II. Itukeskuksen B-solu EBNA 1, LMP1, LMP2.
Latenssi I. Jakautuva B- muistisolu. EBNA 1.
Latenssi O. Jakaantumaton muistisolu B. Ei geeniexpressiota)
Mutta kun on kyse immuunipuolustukseltaan vaikeammassa tilanteessa olevasta henkilöstä kuten elinsiirtopotilaasta, virus voi joskus aktivoitua uudelleen ja se voi aiheuttaa solun proliferoitumisen, jolloin on riskinä, että kehittyy jokin lymfoproliferatiivinen häiriötila henkilölle, joka on saanut siirrännäisen (PTLD, post transplant lymphoproliferative disorder)
Jakautuvissa soluissa on viruksen replikaatiolle ja erittymiselle tärkeää sen tuma-antigeeni EBNA 1. Se on ainoa virusproteiini, jota esiintyy kaikissa jakautuvissa B-soluissa. Sen takia se on avaintekijä viruksen monitoroinnissa ja mahdollisesti viruksen aktivaatiossa ilmenevien varhaismuutosten havaitsemisessa.
Tässä väitöskirjassa tutkija keskittyi selvittämään EBNA1 esiintymän säätelyä elinsiirtopotilailla.
Keskitytään myös havaittuun IRES kohtaan: EBNA1 geenin translatoitumattomassa 5´alueessa on löydetty IRES, internal ribosome entry site
(IRES on cis- tapaisesti toimiva elementti, joka rekrytoi 40S ribosomaalista kompleksia lähelle AUG- translaation alkavaa kodonia ja täten sallii translaation tapahtuvan CAP- kohdasta riippumatta- eikä täten tarvitse mitään perinteisten aloitustekijöitten kompleksia (Esim: monia eukaryootteja aloitustekijöitä. eIF3, eIF4A, eIF4E, eIF4G, poly A sitova proteiiniPABP yhdistämässä 43S kompleksin, jossa on 40S ribosomi ja mRNA:n CAP- päädyn, jolloin mRNA on suotuisasti translatoitavissa)
Tämä EBNA IRES sallii translaation eteenpäin alavirtaan (downstream), vaikka säännönmukainen CAP-kohdasta riippuvainen translaatio ei toimisi. Tutkijat osoittivat, että EBNA IRES pääaktiviteetti sijaitsi EBV- genomin U-eksonissa. Tämä eksoni IRES- funktioineen näytti olevan hyvin tärkeä EBV-virukselle, koska se oli EBNA 3, 4 ja 6 transkripteissä osana (Nämä ovat EBV latenttiproteiinien joukkoon kuuluvia)
Terveessä väestössä ei löydetä EBNA 1 esiintymää perifeerisessä veressä, mutta sensijaan sitä voi löytää immuunipuolustukseltaan heikommissa. Kun verrattiin elinsiirtopotilaita, joilla oli PTLD oireita, oireettomiin, osoittautui, että PTLD-potilailla oli kolminkertaiset määrät EBNA1- esiintymää veressään. Sen takia EBNA1 esiintymä perifeerisessä veressä voi olla riskin arvioimisessa käypä metodi arvioitaessa elinsiirronjälkeistä vaaraa sairastua lymfoproliferatiiviseen tautiin.
Tutkijat huomasivat myös, että EBNA IRES saattoi joskus deletoitua mRNA:n prosessoiduttua vaihtoehtoisella pilkkoutumisella. Elinsiirtopotilailla esiintyy sekä säännöllisesti että vaihtoehtoisella tavalla pilkkoutunutta EBNA 1 mRNA:ta. Tämä löytö osoittaa epäsuorasti uutta tapaa EBV:n translaation säätymiseen IRES elementin deleetiossa.
LED ja EBV; HUVS ja EBV?
Tutkijat havaitsivat että eräällä keuhkosiirron saaneella potilaalla ei ollut mitään merkkiä PTLD:stä vaikka oli pinttyneesti EBNA1 perifeerisessä veressä. Tällä henkilöllä on HUVS oireyhtymä: Se on harvinainen autoimmuuninen tauti, hypokomplementtinen urtikariatyyppinen vaskuliittioireyhtymä. Tämä HUVS on läheisesti liittynyt LED tautiin, jota on jo aiemmin oletettu liittyväksi EBV-virukseen autoimmuunisten ristiinreagoivien EBNA1 vasta-aineitten takia. Tässä yksittäisessä tapauksessa tutkittiin mahdollisuuksia samantapaiseen assosiatioon HUVS ja EBV viruksen kesken ja tutkijat havaitsivatkin kohonneita vasta-aineita EBNA1 epitoopeille. potilaan seerumissa verrattaessa muihin samanlaisen elinsiirron saaneisiin ja terveisiin verenluovuttajiin. Tämä on ensimmäinen tutkimus EBV- esiintymästä HUVS- taudin yhteydessä ja sen takia lisätutkimukset ovat tarpeen, jotta EBV:n osuus tätä taudissa tulee vahvistetuksi.
Tutkijat katsoivat, mikä on EBNA IRES aktiivisuus lyyttisen induktion aikana. Kaksi reportterivektoria hahmoteltiin- toinen EBNA IRES:llä ja toinen ilman sitä- ja transfektoitiin EBV positiivisiin B-solulinjoihin. jotka olivat kolmessa eri tyypin latenssissa.( Kts. latenssit: )
Transfektoiduissa soluissa indusoitiin lyyttinen vaihe ja EBNA IRES vaikutuksia reportterigeenin ilmenemään tutkittiin proteiini ja RNA- tasoissa.
Tulokset osoittivat että EBNA IRES sisältävissä transfektoiduissa soluissa ilmeni proteiinia 2-3 kertaiset määrät verrattuna soluihin, joissa transfektio suoritettiin ilman EBNA IRES. Nämä tiedot viittaavat siihen, että lyyttisen EBV infektion aikana EBNA IRES omaa aktiivista potentiaalia.
EBV lyyttistä sykliä on vähemmän tutkittu aiemmin, sillä latentit geenit ovat prominentimmat EBV-infektioon liittyvissä maligneissa taudeissa. Mutta kuitenkin on tutkimuksia, jotka ovat osoittaneet lyyttisen EBV-replikaation reaktivaation edeltävän nasofaryngeaalista karsinoomaa, Burkittin lymfoomaa ja Hodginin tautia.
Koska EBV on onkogeeninen ja pystyy välttämään immuunipuolustusta, se on tällä alalla aina mielenkiintoinen virus, jota on tutkittu jo 60 luvulta alkaen.
www.sciencedaily.com
Lähde kertoi 2006-04-04 08:21
EBV tutkimuksista, että viruksen latenttivaihe tarvitsee vain 10 geeniä, kun taas kaikkia muita tarvitaan tuottamaan uutta virusta ja infektoimaan uusia isäntäsoluja soluja. Tämä funktio joka suorittaa vaihteen on ZEEBRA funktio nimeltään ja silloin solu voi tuottaa tuhansia kopioita viruksesta.
Muistiin EBV:stä 08-05-12 03:30 L Bright
LÄHDE: Berggren Malin (2008, väitöskirja). Regulation and expression of Epstein-Barr virus nuclear antigen 1( EBNA1) in transplant patients and cell culture ISBN 978-91-7433-9
EBV virus kuuluu ihmisen DNA gamma-herpesviruksiin, ja se infektoi yli 90 % ihmiskunnasta. Siis käytännöllisesti katsoen melkein jokaisen- ja on haitaton yleensä. Kun infektio kerran on tullut, se pysyy koko iän siinä isännässä. Infektio voi olla oireeton tai mononukleoosi, joka on itsetään rajoittuva lymfoproliferaatio nuorissa ja aikuisissa. Joskus virus voi aktivoitua uudestaan lyyttisesssä syklissä ja silloin erittyy uutta virusta.
Pysyäkseen sovussa isäntäkehossa virus omaa monimutkaisen sofistisen geenisysteemin ja eri latenssitilat. Sille on eduksi yhteiselo. Siksi useimmilla ei ole mitään oiretta EBV.stä. (Jos tulee lyyttinen sykli, siinä isäntäsolu kuolee, kun virus vapautuu).
Pääasiassa virus on oireeton ja pysyttelee latenssissa tilassaan, jolloin vain muutama sen geeneistä on aktiivina.
(LATENSSIT:
Latenssi III : B-blastisolu. Geeniexpressio EBNA 1-6. LMP1, LMP2.
Latenssi II. Itukeskuksen B-solu EBNA 1, LMP1, LMP2.
Latenssi I. Jakautuva B- muistisolu. EBNA 1.
Latenssi O. Jakaantumaton muistisolu B. Ei geeniexpressiota)
Mutta kun on kyse immuunipuolustukseltaan vaikeammassa tilanteessa olevasta henkilöstä kuten elinsiirtopotilaasta, virus voi joskus aktivoitua uudelleen ja se voi aiheuttaa solun proliferoitumisen, jolloin on riskinä, että kehittyy jokin lymfoproliferatiivinen häiriötila henkilölle, joka on saanut siirrännäisen (PTLD, post transplant lymphoproliferative disorder)
Jakautuvissa soluissa on viruksen replikaatiolle ja erittymiselle tärkeää sen tuma-antigeeni EBNA 1. Se on ainoa virusproteiini, jota esiintyy kaikissa jakautuvissa B-soluissa. Sen takia se on avaintekijä viruksen monitoroinnissa ja mahdollisesti viruksen aktivaatiossa ilmenevien varhaismuutosten havaitsemisessa.
Tässä väitöskirjassa tutkija keskittyi selvittämään EBNA1 esiintymän säätelyä elinsiirtopotilailla.
Keskitytään myös havaittuun IRES kohtaan: EBNA1 geenin translatoitumattomassa 5´alueessa on löydetty IRES, internal ribosome entry site
(IRES on cis- tapaisesti toimiva elementti, joka rekrytoi 40S ribosomaalista kompleksia lähelle AUG- translaation alkavaa kodonia ja täten sallii translaation tapahtuvan CAP- kohdasta riippumatta- eikä täten tarvitse mitään perinteisten aloitustekijöitten kompleksia (Esim: monia eukaryootteja aloitustekijöitä. eIF3, eIF4A, eIF4E, eIF4G, poly A sitova proteiiniPABP yhdistämässä 43S kompleksin, jossa on 40S ribosomi ja mRNA:n CAP- päädyn, jolloin mRNA on suotuisasti translatoitavissa)
Tämä EBNA IRES sallii translaation eteenpäin alavirtaan (downstream), vaikka säännönmukainen CAP-kohdasta riippuvainen translaatio ei toimisi. Tutkijat osoittivat, että EBNA IRES pääaktiviteetti sijaitsi EBV- genomin U-eksonissa. Tämä eksoni IRES- funktioineen näytti olevan hyvin tärkeä EBV-virukselle, koska se oli EBNA 3, 4 ja 6 transkripteissä osana (Nämä ovat EBV latenttiproteiinien joukkoon kuuluvia)
Terveessä väestössä ei löydetä EBNA 1 esiintymää perifeerisessä veressä, mutta sensijaan sitä voi löytää immuunipuolustukseltaan heikommissa. Kun verrattiin elinsiirtopotilaita, joilla oli PTLD oireita, oireettomiin, osoittautui, että PTLD-potilailla oli kolminkertaiset määrät EBNA1- esiintymää veressään. Sen takia EBNA1 esiintymä perifeerisessä veressä voi olla riskin arvioimisessa käypä metodi arvioitaessa elinsiirronjälkeistä vaaraa sairastua lymfoproliferatiiviseen tautiin.
Tutkijat huomasivat myös, että EBNA IRES saattoi joskus deletoitua mRNA:n prosessoiduttua vaihtoehtoisella pilkkoutumisella. Elinsiirtopotilailla esiintyy sekä säännöllisesti että vaihtoehtoisella tavalla pilkkoutunutta EBNA 1 mRNA:ta. Tämä löytö osoittaa epäsuorasti uutta tapaa EBV:n translaation säätymiseen IRES elementin deleetiossa.
LED ja EBV; HUVS ja EBV?
Tutkijat havaitsivat että eräällä keuhkosiirron saaneella potilaalla ei ollut mitään merkkiä PTLD:stä vaikka oli pinttyneesti EBNA1 perifeerisessä veressä. Tällä henkilöllä on HUVS oireyhtymä: Se on harvinainen autoimmuuninen tauti, hypokomplementtinen urtikariatyyppinen vaskuliittioireyhtymä. Tämä HUVS on läheisesti liittynyt LED tautiin, jota on jo aiemmin oletettu liittyväksi EBV-virukseen autoimmuunisten ristiinreagoivien EBNA1 vasta-aineitten takia. Tässä yksittäisessä tapauksessa tutkittiin mahdollisuuksia samantapaiseen assosiatioon HUVS ja EBV viruksen kesken ja tutkijat havaitsivatkin kohonneita vasta-aineita EBNA1 epitoopeille. potilaan seerumissa verrattaessa muihin samanlaisen elinsiirron saaneisiin ja terveisiin verenluovuttajiin. Tämä on ensimmäinen tutkimus EBV- esiintymästä HUVS- taudin yhteydessä ja sen takia lisätutkimukset ovat tarpeen, jotta EBV:n osuus tätä taudissa tulee vahvistetuksi.
Tutkijat katsoivat, mikä on EBNA IRES aktiivisuus lyyttisen induktion aikana. Kaksi reportterivektoria hahmoteltiin- toinen EBNA IRES:llä ja toinen ilman sitä- ja transfektoitiin EBV positiivisiin B-solulinjoihin. jotka olivat kolmessa eri tyypin latenssissa.( Kts. latenssit: )
Transfektoiduissa soluissa indusoitiin lyyttinen vaihe ja EBNA IRES vaikutuksia reportterigeenin ilmenemään tutkittiin proteiini ja RNA- tasoissa.
Tulokset osoittivat että EBNA IRES sisältävissä transfektoiduissa soluissa ilmeni proteiinia 2-3 kertaiset määrät verrattuna soluihin, joissa transfektio suoritettiin ilman EBNA IRES. Nämä tiedot viittaavat siihen, että lyyttisen EBV infektion aikana EBNA IRES omaa aktiivista potentiaalia.
EBV lyyttistä sykliä on vähemmän tutkittu aiemmin, sillä latentit geenit ovat prominentimmat EBV-infektioon liittyvissä maligneissa taudeissa. Mutta kuitenkin on tutkimuksia, jotka ovat osoittaneet lyyttisen EBV-replikaation reaktivaation edeltävän nasofaryngeaalista karsinoomaa, Burkittin lymfoomaa ja Hodginin tautia.
Koska EBV on onkogeeninen ja pystyy välttämään immuunipuolustusta, se on tällä alalla aina mielenkiintoinen virus, jota on tutkittu jo 60 luvulta alkaen.
www.sciencedaily.com
Lähde kertoi 2006-04-04 08:21
EBV tutkimuksista, että viruksen latenttivaihe tarvitsee vain 10 geeniä, kun taas kaikkia muita tarvitaan tuottamaan uutta virusta ja infektoimaan uusia isäntäsoluja soluja. Tämä funktio joka suorittaa vaihteen on ZEEBRA funktio nimeltään ja silloin solu voi tuottaa tuhansia kopioita viruksesta.
Muistiin EBV:stä 08-05-12 03:30 L Bright
EBV- latenssit ( C Borenström , Theses)
Otan taas muistiinpanoista esiin EBV-viruksen, koska se voi aktivoitua influensaviruksesta, mahdollisesti nimittäin.
EBV viruksesta ( Herpesvirus 4)
LÄHDE. Boreström Cecilia. Regulation of Epstein-Barr virus C promoter by the OriP-EBNA1 complex.
ISBN 978-91-628-7557-2
Asian avainsanoja ovat: Epstein-Barr virus, EBV
EBNA1 (EBV nuclear antigens) Viruksen transkriptiotekijä
NF-Y, Nuclear transcription factor Y
Sp1, Specificity protein 1
Oct-2 ( ihmisen transcriptiotekijä, octamer binding sites)
Geenit jotka kontrolloivat immunoglobuliinien geenien uudelleen järjestäytymistä kautta laajan igh locuksen ja ovat tärkeitä n-lymfosyyttien kehityksen säätelylle.
OCT1 ja 2 transkriptiotekijät ovat tässä tärkeitä eri vaiheissa. ( Asiaa tutkii Stephanie Pritchard-Peter Brodeur 2008)
www.tufts.edu/sackler/mstp/research%20project...
Bright= B-Cell regulator of IgH transcriptionfactor
E2F1 transcriptional regulation
Cp, eräs EBV viruksen vaihteista C promoter.
EBV omaa kyvyn käyttää kolmea eri vaihdetta kolmeen eri latenssiin I, II, III.
http://www.brown.edu/Courses/Bio_160/Projects2000/Herpes/EBV/EBVLC.jpg
Kun EBV ei ole latenteissa vaiheissan, se on lyyttisessä vaiheessa.
Sen kolme promoottoria ovat Qp, Cp ja Wp.
http://www.nature.com/nm/journal/v8/n10/images/nm1002-1086-F1.gif
Ensimmäinen promoottori Qp on käytössä terveillä EBV-viruksen kantajilla, kun virus on kaikkein parhaiten restriktiossaan latenssissaan lepäävissä B-muistisoluissa.
Cp ja Wp promoottorien käyttöä havaitaan, kun alkaa jatkuva proliferaatio (immortalisaatio) ja lymboblastoidien muodostus.
Wp promoottorin käyttö aiheuttaa yhdeksän latentin geenin transkription alkamisen. Nämä ovat EBNA 1-6, joita tuottuu suoraan Wp vaikutuksesta ja EDNA 2, jonka vaikutuksesta alkaa tuottua LMP1, LMP2A ja LMP2B.
oriPI-EDNA1 kompleksi vaikuttaa Wp-Cp vaihteen.
TAUSTAA EBV-viruksesta
EBV virus on yksinomaan ihmisvirus ja se on lymfotrooppinen herpesviruksiin kuuluva ja on infektoinut suurimman osan ihmiskuntaa 90 prosenttisesti kautta maailman.
Primäärinen infektio tapahtuu tavallisesti varhaisina elinvuosina eikä johda mihinkään tunnistettavaan tautiin.
Mutta EBV on myös infektoivan mononukleoosin aiheuttava agenssi.
http://www.terveyskirjasto.fi/terveyskirjasto/tk.koti?p_artikkeli=pot00107
EBV-virukseen liittyy myös pahanlaatuisuuksia
kuten Burkittin lymfooma (BL) http://en.wikipedia.org/wiki/Burkitt%27s_lymphom
Hodgkinin tauti (HD),
http://www.solunetti.fi/se/patologia/hodgkinin_tauti_1/
nenänielun syöpä (nsofaryngeaalinen karsinoma NPC)
ja immunoblastinen lymfoma immuniteetiltään heikentyneissä yksilöissä.
Mutta useimmissa immuniteetiltaan terveissä henkilöissä virus pysyttelee koko elämän latentisti infektoituneissa lepäävissä B-imusoluissa, jotka ovat muistisoluja, aiheuttamatta mitään oireita.
Koeputkessa EBV-pystyy muuttamaan lepääviä B-soluja aktiiveiksi lymfoblasteiksi. Tällaiset aina jakaantuvat solut ilmentävät virusantigeenikirjoa (EBNA-6 ja LMP-1, Latent Membrane proteins ), josta kaikki ovat suoraan osallistumassa immortalisaatioprosessiin. Aivan heti infektion jälkeen Wp ilmentää ( latentteja geenejä) EBNA-2 ja EBNA-5 . Vaihde Cp promoottorille tapahtuu 36 tunnin päästä. Transkriptio tästä ylävirtaan sijaitsevasta C promoottorikohdasta käsin johtaa kaikkien polycistronisesta yksiköstä peräisin olevien EBNA-muotojen transkriptioon siten pilkkoutuen, että geeniluennasta koodautuu erilaisia EBNA proteiineja. EBNA-1 muodostaa multippeleja homodimeerejä, jotka sitoutuvat replikaation latenttisuuden (piilevyyden) alkuperäkohtaan (oriPI), mikä toimii EBNA-1:stä riippuvana C-promoottorikohdan kiihdyttäjänä. Ei ole täysin ymmärretty aiemmin tämän interaktion molekyylitason mekanismia tässä oriPI –EBNA-1 kompleksin ja C-promoottorin välillä.
EBNA-1 ei osoita mitään ilmiselviä entsymaattisia aktiivisuuksia ja arvellaan, että se täyttää tehtävänsä välittämällä interaktioita joillekin spesifisille solussa oleville isäntäproteiineille, joista vain harvoja on luonnehdittu.
Käsillä olevan vaitöskirjan tarkoituksena on ollut identifioida ja luonnehtia tämän makromolekulaarisen kompleksin interaktiopartnereita. Transkriptiotekijän NF-Y ja Sp1 interaktiot ( vuorovaikutukset) C-promoottorin proksimaaliseen alueeseen oli jo aiemmin määritelty tässä laboratoriossa.
(I) Työn ensimmäisessä osassa tutkittiin näitä interaktioita edelleen käyttäen tilapäisiä transfektioita ja varmistettiin, että NF-Y ja Sp1 proteiinit stimuloivat yhdessä C-promoottoria (Cp). Varmistettiin myös, että oriPI-EBNA1 kompleksin aiheuttamassa Cp transaktivaatiossa täytyy välttämättä myös ilmetä samanaikaisesti nämä molemmat proteiinit.NF-Y ja Sp1
(II) Edelleen käytettäessä lymfoblastoidista solulinjaa ( EREB2-5), jossa EBNA-2 funktio on estrogeenisäätöinen, voitiin osoittaa EBNA-2-inaktivaation johtavan NF-Y esiintymään vähenemiseen ja C promoottorin vaimennussäätöön.
Lisäksi kun tiedetään, että lepäävissä soluissa NF-Y ei esiinny ja ottaen huomioon että se vaaditaan kuitenkin C-promoottorin aktivaatioon, tutkijat olivat sitä mieltä, että sen postinfektionelli lisääntymään säätyminen voi osaltaan vaikuttaa Wp- Cp vaihteen primäärissä EBV infektiossa. OriPI sisältää 20 toistodomeenia, jotka sitovat EBNA-1:tä.
Functional Interaction of Nuclear Factor Y and Sp1 is Required for Activation of the Epstein-Barr virus C promoter. Boreström, C., Zetterberg, H., Liff, K., and Rymo, L. Journal of Virology (2003) 77(2): p. 821-9
(II) Työn toisessa osassa tutkijat käyttivät sarjoja oriPI deleetioita ( oriPI-CpCAT reportteriplasmideissa) ja tilapäisiä transfektioita. Sitten he määrittivät EBNA-1 sitovien toistokohtien sen lukumäärän, mikä tarvitaan, jotta Cp välitteinen transaktivaatio olisi tehokas. He pystyivät osoittamaan, että välttämätöntä on 8 tai useamman toistokohdan olemassaolo tälle vaikutukselle. mikä korostaa transaktivaatioprosessin kompleksisuutta
Multiple EBNA1-binding sites within oriPI are required for EBNA1- dependent transactivation of the Epstein-Barr virus C promoter. Zetterberg, H., Boreström, C., Nilsson, T., and Rymo, L. International Journal of Oncology (2004) 25 (3): p 693-6
(III) ja (IV) Näissä työosuuksissa oli tarkoituksena identifioida uusia vaikuttavia partnereita oriPI ja 170 Cp alueissa. Voitiin identifioida kolme uutta proteiini-interaktiota oriPI ja C promoottorin kesken. Nämä kolme proteiinia (Bright (B-cell regulator of Ig H, transkriptiofactor), E2F1 ja Oct-2) näyttivät sitovan molempia sekvenssejä koeputkessa ja in vivo ja tästä aukeni mahdollisuus yhteyden välitykseen oriPI:n ja C promoottorin kesken.
Näiden kolmen proteiinin sitoutumiskohdat kartoitettiin C promoottorissa erääseen lyhyeeseen segmenttiin hyvin lähelle toisiaan. Tämän alueen oli jo aiemmin osoitettu olevan essentielli sekä oriPI:stä riippuville että siitä riippumattomille transkriptionaalisille aktiivisuuksille, mikä viittaa siihen, että interaktio on tärkeä C promoottorin aktiivisuudelle.
Hetkellisin transfektioin osoitettiin , että exogeeninen Oct-2 ja Bright ilmentymä sääti ylös oriPI riippuvaisen C promoottorin aktivaation, kun EBNA-1 ei ollut läsnä.
Lopuksi osoitettiin että endogeeninen Bright ilmenemä korreloi latenssiasteen III malliin, mutta ei latenssiasteitten I ja II ilmentymismalleihin EBV positiivisssa solulinjoissa. Tämä viittaisi edelleen siihen, että Bright ilmenemä ( B-solujen säätelemä IgH transkriptio) olisi tärkeä tekijä C promoottorin transkriptioaktiivisuudessa kehossa.
Functional Interaction of Oct transcription factors with the Family of Repeats in Epstein-Barr virus oriP. Almqvist, J., Zou, J., Linderson, Y., Boreström, C., Altiok, E., Zetterberg, H., Rymo, L., Pettersson, S., and Ernberg, I. Journal of General Virology (2005) 86(5): p. 1261-7
Bright, E2F1 and Oct-2 bind the Epstein-Barr virus C promoter and the oriPI, linking the promoter to the enhancer Boreström, C., Rüetschi, U., and Rymo, L. In manuscript (2008)
Kuvia viruksesta:
www.abc.net.au/.../news/img/health/ebv020306.jpg
www-ermm.cbcu.cam.ac.uk/06010568h.htm
EBV viruksesta ( Herpesvirus 4)
LÄHDE. Boreström Cecilia. Regulation of Epstein-Barr virus C promoter by the OriP-EBNA1 complex.
ISBN 978-91-628-7557-2
Asian avainsanoja ovat: Epstein-Barr virus, EBV
EBNA1 (EBV nuclear antigens) Viruksen transkriptiotekijä
NF-Y, Nuclear transcription factor Y
Sp1, Specificity protein 1
Oct-2 ( ihmisen transcriptiotekijä, octamer binding sites)
Geenit jotka kontrolloivat immunoglobuliinien geenien uudelleen järjestäytymistä kautta laajan igh locuksen ja ovat tärkeitä n-lymfosyyttien kehityksen säätelylle.
OCT1 ja 2 transkriptiotekijät ovat tässä tärkeitä eri vaiheissa. ( Asiaa tutkii Stephanie Pritchard-Peter Brodeur 2008)
www.tufts.edu/sackler/mstp/research%20project...
Bright= B-Cell regulator of IgH transcriptionfactor
E2F1 transcriptional regulation
Cp, eräs EBV viruksen vaihteista C promoter.
EBV omaa kyvyn käyttää kolmea eri vaihdetta kolmeen eri latenssiin I, II, III.
http://www.brown.edu/Courses/Bio_160/Projects2000/Herpes/EBV/EBVLC.jpg
Kun EBV ei ole latenteissa vaiheissan, se on lyyttisessä vaiheessa.
Sen kolme promoottoria ovat Qp, Cp ja Wp.
http://www.nature.com/nm/journal/v8/n10/images/nm1002-1086-F1.gif
Ensimmäinen promoottori Qp on käytössä terveillä EBV-viruksen kantajilla, kun virus on kaikkein parhaiten restriktiossaan latenssissaan lepäävissä B-muistisoluissa.
Cp ja Wp promoottorien käyttöä havaitaan, kun alkaa jatkuva proliferaatio (immortalisaatio) ja lymboblastoidien muodostus.
Wp promoottorin käyttö aiheuttaa yhdeksän latentin geenin transkription alkamisen. Nämä ovat EBNA 1-6, joita tuottuu suoraan Wp vaikutuksesta ja EDNA 2, jonka vaikutuksesta alkaa tuottua LMP1, LMP2A ja LMP2B.
oriPI-EDNA1 kompleksi vaikuttaa Wp-Cp vaihteen.
TAUSTAA EBV-viruksesta
EBV virus on yksinomaan ihmisvirus ja se on lymfotrooppinen herpesviruksiin kuuluva ja on infektoinut suurimman osan ihmiskuntaa 90 prosenttisesti kautta maailman.
Primäärinen infektio tapahtuu tavallisesti varhaisina elinvuosina eikä johda mihinkään tunnistettavaan tautiin.
Mutta EBV on myös infektoivan mononukleoosin aiheuttava agenssi.
http://www.terveyskirjasto.fi/terveyskirjasto/tk.koti?p_artikkeli=pot00107
EBV-virukseen liittyy myös pahanlaatuisuuksia
kuten Burkittin lymfooma (BL) http://en.wikipedia.org/wiki/Burkitt%27s_lymphom
Hodgkinin tauti (HD),
http://www.solunetti.fi/se/patologia/hodgkinin_tauti_1/
nenänielun syöpä (nsofaryngeaalinen karsinoma NPC)
ja immunoblastinen lymfoma immuniteetiltään heikentyneissä yksilöissä.
Mutta useimmissa immuniteetiltaan terveissä henkilöissä virus pysyttelee koko elämän latentisti infektoituneissa lepäävissä B-imusoluissa, jotka ovat muistisoluja, aiheuttamatta mitään oireita.
Koeputkessa EBV-pystyy muuttamaan lepääviä B-soluja aktiiveiksi lymfoblasteiksi. Tällaiset aina jakaantuvat solut ilmentävät virusantigeenikirjoa (EBNA-6 ja LMP-1, Latent Membrane proteins ), josta kaikki ovat suoraan osallistumassa immortalisaatioprosessiin. Aivan heti infektion jälkeen Wp ilmentää ( latentteja geenejä) EBNA-2 ja EBNA-5 . Vaihde Cp promoottorille tapahtuu 36 tunnin päästä. Transkriptio tästä ylävirtaan sijaitsevasta C promoottorikohdasta käsin johtaa kaikkien polycistronisesta yksiköstä peräisin olevien EBNA-muotojen transkriptioon siten pilkkoutuen, että geeniluennasta koodautuu erilaisia EBNA proteiineja. EBNA-1 muodostaa multippeleja homodimeerejä, jotka sitoutuvat replikaation latenttisuuden (piilevyyden) alkuperäkohtaan (oriPI), mikä toimii EBNA-1:stä riippuvana C-promoottorikohdan kiihdyttäjänä. Ei ole täysin ymmärretty aiemmin tämän interaktion molekyylitason mekanismia tässä oriPI –EBNA-1 kompleksin ja C-promoottorin välillä.
EBNA-1 ei osoita mitään ilmiselviä entsymaattisia aktiivisuuksia ja arvellaan, että se täyttää tehtävänsä välittämällä interaktioita joillekin spesifisille solussa oleville isäntäproteiineille, joista vain harvoja on luonnehdittu.
Käsillä olevan vaitöskirjan tarkoituksena on ollut identifioida ja luonnehtia tämän makromolekulaarisen kompleksin interaktiopartnereita. Transkriptiotekijän NF-Y ja Sp1 interaktiot ( vuorovaikutukset) C-promoottorin proksimaaliseen alueeseen oli jo aiemmin määritelty tässä laboratoriossa.
(I) Työn ensimmäisessä osassa tutkittiin näitä interaktioita edelleen käyttäen tilapäisiä transfektioita ja varmistettiin, että NF-Y ja Sp1 proteiinit stimuloivat yhdessä C-promoottoria (Cp). Varmistettiin myös, että oriPI-EBNA1 kompleksin aiheuttamassa Cp transaktivaatiossa täytyy välttämättä myös ilmetä samanaikaisesti nämä molemmat proteiinit.NF-Y ja Sp1
(II) Edelleen käytettäessä lymfoblastoidista solulinjaa ( EREB2-5), jossa EBNA-2 funktio on estrogeenisäätöinen, voitiin osoittaa EBNA-2-inaktivaation johtavan NF-Y esiintymään vähenemiseen ja C promoottorin vaimennussäätöön.
Lisäksi kun tiedetään, että lepäävissä soluissa NF-Y ei esiinny ja ottaen huomioon että se vaaditaan kuitenkin C-promoottorin aktivaatioon, tutkijat olivat sitä mieltä, että sen postinfektionelli lisääntymään säätyminen voi osaltaan vaikuttaa Wp- Cp vaihteen primäärissä EBV infektiossa. OriPI sisältää 20 toistodomeenia, jotka sitovat EBNA-1:tä.
Functional Interaction of Nuclear Factor Y and Sp1 is Required for Activation of the Epstein-Barr virus C promoter. Boreström, C., Zetterberg, H., Liff, K., and Rymo, L. Journal of Virology (2003) 77(2): p. 821-9
(II) Työn toisessa osassa tutkijat käyttivät sarjoja oriPI deleetioita ( oriPI-CpCAT reportteriplasmideissa) ja tilapäisiä transfektioita. Sitten he määrittivät EBNA-1 sitovien toistokohtien sen lukumäärän, mikä tarvitaan, jotta Cp välitteinen transaktivaatio olisi tehokas. He pystyivät osoittamaan, että välttämätöntä on 8 tai useamman toistokohdan olemassaolo tälle vaikutukselle. mikä korostaa transaktivaatioprosessin kompleksisuutta
Multiple EBNA1-binding sites within oriPI are required for EBNA1- dependent transactivation of the Epstein-Barr virus C promoter. Zetterberg, H., Boreström, C., Nilsson, T., and Rymo, L. International Journal of Oncology (2004) 25 (3): p 693-6
(III) ja (IV) Näissä työosuuksissa oli tarkoituksena identifioida uusia vaikuttavia partnereita oriPI ja 170 Cp alueissa. Voitiin identifioida kolme uutta proteiini-interaktiota oriPI ja C promoottorin kesken. Nämä kolme proteiinia (Bright (B-cell regulator of Ig H, transkriptiofactor), E2F1 ja Oct-2) näyttivät sitovan molempia sekvenssejä koeputkessa ja in vivo ja tästä aukeni mahdollisuus yhteyden välitykseen oriPI:n ja C promoottorin kesken.
Näiden kolmen proteiinin sitoutumiskohdat kartoitettiin C promoottorissa erääseen lyhyeeseen segmenttiin hyvin lähelle toisiaan. Tämän alueen oli jo aiemmin osoitettu olevan essentielli sekä oriPI:stä riippuville että siitä riippumattomille transkriptionaalisille aktiivisuuksille, mikä viittaa siihen, että interaktio on tärkeä C promoottorin aktiivisuudelle.
Hetkellisin transfektioin osoitettiin , että exogeeninen Oct-2 ja Bright ilmentymä sääti ylös oriPI riippuvaisen C promoottorin aktivaation, kun EBNA-1 ei ollut läsnä.
Lopuksi osoitettiin että endogeeninen Bright ilmenemä korreloi latenssiasteen III malliin, mutta ei latenssiasteitten I ja II ilmentymismalleihin EBV positiivisssa solulinjoissa. Tämä viittaisi edelleen siihen, että Bright ilmenemä ( B-solujen säätelemä IgH transkriptio) olisi tärkeä tekijä C promoottorin transkriptioaktiivisuudessa kehossa.
Functional Interaction of Oct transcription factors with the Family of Repeats in Epstein-Barr virus oriP. Almqvist, J., Zou, J., Linderson, Y., Boreström, C., Altiok, E., Zetterberg, H., Rymo, L., Pettersson, S., and Ernberg, I. Journal of General Virology (2005) 86(5): p. 1261-7
Bright, E2F1 and Oct-2 bind the Epstein-Barr virus C promoter and the oriPI, linking the promoter to the enhancer Boreström, C., Rüetschi, U., and Rymo, L. In manuscript (2008)
Kuvia viruksesta:
www.abc.net.au/.../news/img/health/ebv020306.jpg
www-ermm.cbcu.cam.ac.uk/06010568h.htm
onsdag 17 juni 2009
Pandeminen A/H1N1 , lääkkeet ja rokotekehittely
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/1-swedish-medical-journal-about-pandemic-flu/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/2-swedish-medical-journal-about-pandemic-flu-and-vaccin/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/3-swedish-medical-journal-about-pandemic-vaccin/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/17/5-swedish-medical-journal-about-antivirasl-in-pandemic-ah1n1/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/17/6swedish-medical-journal-about-resistance-against-antivirals/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/2-swedish-medical-journal-about-pandemic-flu-and-vaccin/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/16/3-swedish-medical-journal-about-pandemic-vaccin/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/17/5-swedish-medical-journal-about-antivirasl-in-pandemic-ah1n1/
http://leabright.wordpress.com/2009/06/17/6swedish-medical-journal-about-resistance-against-antivirals/
söndag 14 juni 2009
Influenssaviruksen glykosylaatioista (HA)
Influenssavirus glykosyloi omat pintaproteiininsa ihmisen glykosylaaseilla solun sisällä ollen.
(Influenssaviruksen geenit PB2/ PB1/ PA/ HA/ NP/ NA/ M/ NS)
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1161681
Pohdittaa tuo virusten proteiinien tapa hankkia glykosylaationsa. Olisi luultavaa että seriinin (S) mutaatio asparagiiniksi (N) tekisi viruksen glykosylaatiomahdollisuuksista ehkä pahemman laatuisia ja samalla glykosylaatiotyyppi olennaisesti muuttuu.Se vaikuttaa invasiivisuuteen ja virulenssiin, aivan kuten onkologian alalla. Mitähän ihmisentsyymiä influenssavirus käyttää proteiiniensa glykosyloimiseen?
GLYKOFOORUMIN uutisia pitää katsoa jos tekee muistiinpanot HA ja NA virusproteiineista, jotka tarvitsevat glykosylaatiota.
http://www.glycoforum.gr.jp/science/glycomicrobiology/GM04/GM04E.html
(Influenssaviruksen geenit PB2/ PB1/ PA/ HA/ NP/ NA/ M/ NS)
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1161681
Pohdittaa tuo virusten proteiinien tapa hankkia glykosylaationsa. Olisi luultavaa että seriinin (S) mutaatio asparagiiniksi (N) tekisi viruksen glykosylaatiomahdollisuuksista ehkä pahemman laatuisia ja samalla glykosylaatiotyyppi olennaisesti muuttuu.Se vaikuttaa invasiivisuuteen ja virulenssiin, aivan kuten onkologian alalla. Mitähän ihmisentsyymiä influenssavirus käyttää proteiiniensa glykosyloimiseen?
GLYKOFOORUMIN uutisia pitää katsoa jos tekee muistiinpanot HA ja NA virusproteiineista, jotka tarvitsevat glykosylaatiota.
http://www.glycoforum.gr.jp/science/glycomicrobiology/GM04/GM04E.html
Influenssavirus: N40, PB1, PB1-F2
Aiemmin on arveltu, että kahdeksan influensaviruksen genomisegmenttiä tuottaa yksitoista proteiinituotetta, mutta nyt siihen on lisätty kahdestoista joukkoon N40 nimeltään. Mistä se muodostuu?
Tämä onkin monimutkainen seikka, sillä segmentti 2 voi tuottaa joko PB1 proteiinin tai toisella luennalla PB1-F2 proteiinin ja tähän on nyt lisätty kolmas tuote N40 seuraavasti.
LÄHDE: Wise HM, Foeglein A et al. A complicated message: identification of a novel PB1-related protein translated from influenza A segment 2 mRNA. J Virol. 2009 Jun 3. Division of Virology, Department of Pathology, University of Cambridge, UK.
Suomennosta:
Influenssa A viruksen segmentin( geenin) 2 tiedetään koodaavan kahta polypeptidiä joilla on toisiaan kattava ORF (Open Reading Frames).
PB1 on polymeraasi nimeltään.
PB1-F2 on proapotoottinen virulenssitekijä.
Nyt tutkijat osoittivat kolmannen polypeptidin syntetisoituvatn PB1-mRNA:sta eri AUG starttikodonia käyttämällä. PB1 kodoni 40 johtaa translaatiota, josta tuottuu N-terminaalisesti lyhentynyt versio polypeptidiä ja sitä sanotaan N40:ksi. Siltä puuttuu trankrisptaasifunktio, mutta siitä huolimatta se käy interaktioon PB2-proteiinin ja polymeraasikompleksin kanssa solumiljöössä.
On tärkeä huomata että N40, PB1-F2 ja PB1 polypeptidien expressio on keskinäisesti toisistaan riippuvia. Tietyt mutaatiot, joita on käytetty poistamaan PB1-F2 tuotanto , vaikuttavat N40 peptidin kertymisiin.
Jos PB1-F2:n AUG (starttikohta) poistetaan, säätyy N40 peptidin synteesi ylös.
Jos taas PB1-F2 lyhennetään kodonin 8 jälkeen ( sitä seuraavalla M401 muutoksella PB1 rakenteeseen) , pyyhkiytyy N40 expressio pois.
Sellainen virus jolta puuttuu polypeptidit N40 ja PB1-F2, replikoituu normaalisti.
Kuitenkin ne virukset, jotka eivät ilmennä N40 polypeptidiä, mutta säilyttävät intaktin PB1-F2 geeninsä, ilmentävät ylimäärin PB1 proteiinia infektion varhaisvaiheessa ja replikoituvat hitaasti kudoksessa.
Täten influenssa A viruksen proteomissa on kahdestoistakin translaatiotuote, joka (samoin kuin PB1-F2) ei ole välttämätön viruksen elinkyvylle, mutta jonka menettäminen varsinkin sen geenitaustassa, on haitallinen viruksen replikaatiolle
Tämä onkin monimutkainen seikka, sillä segmentti 2 voi tuottaa joko PB1 proteiinin tai toisella luennalla PB1-F2 proteiinin ja tähän on nyt lisätty kolmas tuote N40 seuraavasti.
LÄHDE: Wise HM, Foeglein A et al. A complicated message: identification of a novel PB1-related protein translated from influenza A segment 2 mRNA. J Virol. 2009 Jun 3. Division of Virology, Department of Pathology, University of Cambridge, UK.
Suomennosta:
Influenssa A viruksen segmentin( geenin) 2 tiedetään koodaavan kahta polypeptidiä joilla on toisiaan kattava ORF (Open Reading Frames).
PB1 on polymeraasi nimeltään.
PB1-F2 on proapotoottinen virulenssitekijä.
Nyt tutkijat osoittivat kolmannen polypeptidin syntetisoituvatn PB1-mRNA:sta eri AUG starttikodonia käyttämällä. PB1 kodoni 40 johtaa translaatiota, josta tuottuu N-terminaalisesti lyhentynyt versio polypeptidiä ja sitä sanotaan N40:ksi. Siltä puuttuu trankrisptaasifunktio, mutta siitä huolimatta se käy interaktioon PB2-proteiinin ja polymeraasikompleksin kanssa solumiljöössä.
On tärkeä huomata että N40, PB1-F2 ja PB1 polypeptidien expressio on keskinäisesti toisistaan riippuvia. Tietyt mutaatiot, joita on käytetty poistamaan PB1-F2 tuotanto , vaikuttavat N40 peptidin kertymisiin.
Jos PB1-F2:n AUG (starttikohta) poistetaan, säätyy N40 peptidin synteesi ylös.
Jos taas PB1-F2 lyhennetään kodonin 8 jälkeen ( sitä seuraavalla M401 muutoksella PB1 rakenteeseen) , pyyhkiytyy N40 expressio pois.
Sellainen virus jolta puuttuu polypeptidit N40 ja PB1-F2, replikoituu normaalisti.
Kuitenkin ne virukset, jotka eivät ilmennä N40 polypeptidiä, mutta säilyttävät intaktin PB1-F2 geeninsä, ilmentävät ylimäärin PB1 proteiinia infektion varhaisvaiheessa ja replikoituvat hitaasti kudoksessa.
Täten influenssa A viruksen proteomissa on kahdestoistakin translaatiotuote, joka (samoin kuin PB1-F2) ei ole välttämätön viruksen elinkyvylle, mutta jonka menettäminen varsinkin sen geenitaustassa, on haitallinen viruksen replikaatiolle
Prenumerera på:
Inlägg (Atom)