Spike- peptidin jaksoon merkattuja muutamia XBB.1.5 diversiteetin mutaatioita . Omia vihkomuistiinpanojani.

 Tullut päivitys XBB.1.5 diversiteettiä selvittelevään asiaan:

 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1510 .

Joukkoon on tässä lisätty  uusi kiinalainen näyteklusteri.

 (Asetan  päivityksen linkin   5.3. 2023)  Tämän sivun  allaolevaa teksti ei ole  vielä tarkistettu eikä päivitetty)

 Koetan löytää  domaanijakoa jostain artikkelisita. Tässä löysin yhden  vuodelta 2021: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7829931/ Artikkelissa  verrataan  Sars 1 ja Sars 2 virusten S-proteiineja samalla.

Figure 1

Domain structure of SARS-S and SARS-2-S. (A) Key domains in SARS-S and SARS-2-S. SP, signal peptide; NTD, N-terminal domain; RBD, receptor-binding domain; FP, fusion peptide; IFP, internal fusion peptide; HR, heptad repeats; TM, transmembrane domain; CT, cytoplasmic tail. The top and bottom numbers in each domain pertain to SARS-S and SARS-2-S, respectively. The red arrows indicate cleavage sites, and their numbers pertain to SARS-2-S; (B) Alignment of SP between SARS-S (top) and SARS-2-S (bottom); (C,D) Alignment of two inter-domain segments; (E) HR1 in SARS-S and SARS-2-S, together with the top view of a helix showing hydrophobic positions a and d on the same side; (F) Hydrophobicity plot generated from DAMBE [16].

 

 

Tämän spike- kaavan domaaniotsikkojaolen koettanut saada netistä esiin. Jos  mutaatioita sijoittaa  monomeerisen peptidin janaan, saa käsitystä paremmin    vaihtuneitten aminohappojen vaikutuskohdan sijainnista:  Tämä on tietysti  paljon huolimattomuusvirheitäni sisältävä  merkintä ja korjailen sitä kun löydän lisätietoja: Ryhmitelen  aminohapot  1-100.101-200 jne  viimeisen- 1273.C-terminaalidomaani. Alku on NTD, N-terminaalidomaania.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2020.587269/full#f1

XBB.1.5 diversiteetin asioista

SPIKE NTD  domaanista alkaen: tämä on N-terminaalinen osa     on sitä  spike-piikkien monomeerien kärkiä, jotka tulevat virionista  ainkin kirjan kuvissa  ulos esiin ja muodostavat sitten  knformaatioittensa jälkeen kontaktin ihmissolun ACE-2 reseptoriin RBD- domaanin  välityksellä  ja muiden domaanien avustuksella) 

N-terminaalinen domaani NTD: 

Signaalipeptidi SP on 13 ensimmäistä aminohappoa.

 Spike S1: 14-685

NTD 14-303

(Toinen lähde: S1A domain 1-302)

Sen alueella sijaitsevien aminohappojen  mutaatioita: ( tietystikin   ehkä vain yksi koko allaloevasta joukosta  esiintyy yhdessä variantissa ja ehkä vai yhdessä  näytteessä!!)

V36I,

T51I,

Q52H,

Q52R,

F59L

N61K,

W64R,

I68T,

S71F,

S71P,

T73A,,

G75R

K77N,

R78N,

L84I,

E96G,

K97N,

N99S,

R102I,

K129R

V130I,

D138G,

Y1545K

H146K. Label:  Needs work. Label: XBB.1.5 Issue  #1600. https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1600

(K147I ja T284I kombinaatio saavat linjadesignaation XBB.1.5.2 . Ainakin tämä on 24.2.2023) näkyvissä.

N149Y,

W152R,

M153T,

E154D,

V159I

A163V,

F168V,

P174R,

K182E/N/R,

G184S,

R190S/T,

D198G,

Y200C,

T208A,

R214L,

D215G,

S221L,

A222T/S/V ; A222T kombinoituna N282K kanssa samassa variantissa ,

V227L

I233V,

T236S,

A237K,

T240I,

L242F,

A243S ja A263P kombinoituna samassa variantissa;

H245Y ( Huom myös BQ.1 , nopea laji, on tehnyt tämän substitution);

P251S,

S254F,

S255P,

W258S,

T259I,

A263P,

A264V,

V267L,

G268S,

R273M,

N283S,

N268K ja A222/  kombinaatio,

(T284I & K147I linja saanut designaation XBB.1.5.2).

A288T/S

V289L,

T299I .

S1 A-S1 B Linkkeri-alue 303-332

T307I,

V308,

T323I, ( Linja saanut designaation XBB.1.5.12) ,

E324K,

P330.

Reseptoria sitova domeeni 319-541 tämän artikkelin mukaan.

(Toinen lähde  laskee linkkerialueet

B Domain , RBD, receptor binding domain 333-527.

P337S,

G339R,

E340Q,

R346 I,

Y351H,

A352I/S.

N354K,

K356T/E/N,

R357I,

N360S,

V367I,

A372V,

G381,

T385I,

Y396H.

R403K,

V407E,

R408G,

I410V,

(I410V & P521S linja issue 24.2. 2023 käsiteltävänä )

A411T/S,

A411S, (Designaatio saatu: XBB.1.5.3)

R408G,

K417S , (Linja XBB.1.5.13 on saanut koodin “EK” ja alalinjan EK.1, jossa on K417S: Siis XBB.1.5.13.1).

I418V

D420N

D427Y

D428G,

T430I,

V433I,

K444 T/N/R,

V445S

G446I/N,

N450D,

Y451H,

L452M,

L452R ja K444T kombinaatio;

L455F,

F456L XBB.1.5.10.

KL462E,

P463S,

T470N,

E471Q,

I472V,

A475V,

G476S,

S477K,

T478I/R,

P479H/L,

N481S

N481S ja G482 deletio kombinoituna;

G482S,

V483F/I,

G485S,

Q493L,

S494P,

P499S,

T500A,

V503F,

S514F,

L518V,

H519L,

P521T,

A522P,

T523A,

B domaanin ja S1 C domaanin linkkeri 528-533:

K529R,

N532Y.

C  domeeni 534-589:

N536S,

N540K/Y,

G545S,

T547I,

E554N/Q,

(XBB.1.14 on omaa E554Q)

R567I,

T573 I (Linja tunnus XBB.1.5.1).

D574Y,

E583D.

C- S1 D linkkeri 590-593:

S591T

S1 D domeeni 594-674:

S596F

N606K,

E619K,

P621H/S ,

V622A,

P631S,

Y636F,

S640F,

R646L/H

A647V,

N658Y/S,

Y660F,

E661D,

I666V,

I670V.

Furiinilla pilkkoutuvat kohdat 1 ja 2 

Kohta 1:  R685/ 686 väliin tulee pilkkoutuma    S1/S2

Kohta 2   T696/M697  väliin tulee  pilkkoutuma

Q675H, (Tämä on tunnus linjalle, joka saanut designaation XBB.1.5.14.1 = EL.1)

T676I,

Q677H,

T678P,

N679R,

P681R.

A684P,

A688V

S689T,

S691P.

A694V,

T696I

A701S

N703S

T768N

I770V

?787K

T791I,

D808N,

P812 S/S/R.

3. pilkkoutumiskohta

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7829931/bin/viruses-13-00109-g002.jpg

Kolmas pilkkoutumiskohta 815/816   ei pilkkoudu furiinientsyymillä, vaan TMPRSS2:lla tai sitten  tapahtuu pilkkoutuminen endosomi-katepsiinitiessä,  Tässä Fuusipeptidi (FP)  irtoaa  S2 osasta , jolloin jäljelle jäänyt S2 -osa merkataan S2`(prim) ja se sisältää  HR-helixrakennejaksoja  ja  C-terminaalissa olevat Transmembraanisen osan ja   viruksen sisäisen spike- päädyn. 

Koska Spike 2 sisältää vielä FP:n, se tarvitse tämän kolmannen pilkkoutumisen Kun se on pilkkoutunut  irti,  niin Spike 2` jaksoa on  loput  816-1273  aminohappoa CTD -eli C--terminaaliin asti! Tämä on myös hyvin integroitunutta  osaa, jossa on  omat domeeninsa erotettavissa.

D843N,

A845S ,

A852S.

(A852V on saanut designaation XBB.1.10, tammik. 29. 2023. Sivuasia)

T858I ,

T859N/I ,

D867G,

T883I, (XBB.1.5.4 on saanut designaation 9.2. 2023, 80 sekvenssiä);

T883I ja D1168A kombinaatio

Jostain artikkelista sain nitä HR aluemerkintöjä, muta niitä ei tässä otsikon linkissä ollut, joten koetan löytää josttain tarkennusta niille enkä vielä vaihda nitä vanhojaa löytöjä pois. Niiden pitäisi olla sars-2 viruksen rakenteesta.

Eräänlainen  rakenteellinen toistoalue. HR1 alue, Heptad repeat I HR1 region 912-983:

S929I,

G932C,

D936H,

T841S,

V952I. ( XBB.1.5.6, designaatio saatu 9.2. 2023. 60 sekvensaiä).

N978S,

T961M,

Keskus helix, Central helix 984-1034

(Beta Hair Pin 1035-1068:

K1045R,

H1058Y,

V1068I),

A1078S/T,

G1099D,

H1101Y,

T1117R,

D11118Y,

Toista HR-aluetta, Heptad repeat 1134-1213:

P1143L

D1146Y,

P1162Q,

D1168H,

K1185I (XBB.1.5.5, designatio on tehty, 80 sekvenssiä 9.2. 2023.

D1199N/H/E

Virionin kalvorakenteen läpäisevä jakso,  TM -alue, transmembraanialue 1213-1237

G1219V,

I1221V

1238-1273 intravirionjakso , Virionin sisällä oleva jakso.

V1264L

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/compare/v1.18.1...master

Muistiin 24.2. 2023 

Listassa onmainittu vain niitä aminohappokohtia, joista on 1 tai useampi  löytö mutaatiosta XBB.1.5* diversitgeetissä.   Viimeiseistä on vain 1 löytö ja ensimmäisitä on  jopa jokunen sata löytöä. Jos sattuu  ilmestymään  designaatioita joihinkin kohtiin, niin koetan  asettaa niitä listään ensin omaan vihkooni ja siten tähän  listaan ja samalla keotan tarkentaa spike-proteiinin domaanimerkinnät. Näitä löytyy eri artikkeleista eri ajoilta. 

 

Näistä on mutaatioista GITHUB linkissä tarkka tieto ja varsinkin päivitystieto. 

Lisään linkin Spike rakenteesta  rokotekehittelyä silmällä pitäen.  S2 domaanit  ovat tarkistamattomia tässä vielä 3.3. 2023 enkä ole vielä löytänyt muistiinpanosta lähdeartikkelin linkkiäkän.  Tässä uudessa , alussa olevassa on selitetty, miten HR1 ja HR2 ovat muodostuneet ja minkälaiset kolme  aluetta on transmembraanisessa peptidiosassa havaittu.   toisaalta-  Wuhan referenssin  alueet, joita on määritelty eivät sinänsä ole  aivan niitä, joita kaikenlaiset alallinjat ja rekombinantit käytännössä omaavat kun niillä on sitä leikkaa- liimaa  -tekniikalta vaikuttavaa  deleetio- ja insertiostrategiaa  aa. substituutioitten ja nuc mutaatioitten lisäksi. Ihme minusta on, että  designaatioita  kuitenkin saadaan tehtyä.