Spike- peptidin jaksoon merkattuja muutamia XBB.1.5 diversiteetin mutaatioita . Omia vihkomuistiinpanojani.

 Tullut päivitys XBB.1.5 diversiteettiä selvittelevään asiaan:

 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1510 .

Joukkoon on tässä lisätty  uusi kiinalainen näyteklusteri.

 (Asetan  päivityksen linkin   5.3. 2023)  Tämän sivun  allaolevaa teksti ei ole  vielä tarkistettu eikä päivitetty)

 Koetan löytää  domaanijakoa jostain artikkelisita. Tässä löysin yhden  vuodelta 2021: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7829931/ Artikkelissa  verrataan  Sars 1 ja Sars 2 virusten S-proteiineja samalla.

Figure 1

Domain structure of SARS-S and SARS-2-S. (A) Key domains in SARS-S and SARS-2-S. SP, signal peptide; NTD, N-terminal domain; RBD, receptor-binding domain; FP, fusion peptide; IFP, internal fusion peptide; HR, heptad repeats; TM, transmembrane domain; CT, cytoplasmic tail. The top and bottom numbers in each domain pertain to SARS-S and SARS-2-S, respectively. The red arrows indicate cleavage sites, and their numbers pertain to SARS-2-S; (B) Alignment of SP between SARS-S (top) and SARS-2-S (bottom); (C,D) Alignment of two inter-domain segments; (E) HR1 in SARS-S and SARS-2-S, together with the top view of a helix showing hydrophobic positions a and d on the same side; (F) Hydrophobicity plot generated from DAMBE [16].

 

 

Tämän spike- kaavan domaaniotsikkojaolen koettanut saada netistä esiin. Jos  mutaatioita sijoittaa  monomeerisen peptidin janaan, saa käsitystä paremmin    vaihtuneitten aminohappojen vaikutuskohdan sijainnista:  Tämä on tietysti  paljon huolimattomuusvirheitäni sisältävä  merkintä ja korjailen sitä kun löydän lisätietoja: Ryhmitelen  aminohapot  1-100.101-200 jne  viimeisen- 1273.C-terminaalidomaani. Alku on NTD, N-terminaalidomaania.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2020.587269/full#f1

XBB.1.5 diversiteetin asioista

SPIKE NTD  domaanista alkaen: tämä on N-terminaalinen osa     on sitä  spike-piikkien monomeerien kärkiä, jotka tulevat virionista  ainkin kirjan kuvissa  ulos esiin ja muodostavat sitten  knformaatioittensa jälkeen kontaktin ihmissolun ACE-2 reseptoriin RBD- domaanin  välityksellä  ja muiden domaanien avustuksella) 

N-terminaalinen domaani NTD: 

Signaalipeptidi SP on 13 ensimmäistä aminohappoa.

 Spike S1: 14-685

NTD 14-303

(Toinen lähde: S1A domain 1-302)

Sen alueella sijaitsevien aminohappojen  mutaatioita: ( tietystikin   ehkä vain yksi koko allaloevasta joukosta  esiintyy yhdessä variantissa ja ehkä vai yhdessä  näytteessä!!)

V36I,

T51I,

Q52H,

Q52R,

F59L

N61K,

W64R,

I68T,

S71F,

S71P,

T73A,,

G75R

K77N,

R78N,

L84I,

E96G,

K97N,

N99S,

R102I,

K129R

V130I,

D138G,

Y1545K

H146K. Label:  Needs work. Label: XBB.1.5 Issue  #1600. https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1600

(K147I ja T284I kombinaatio saavat linjadesignaation XBB.1.5.2 . Ainakin tämä on 24.2.2023) näkyvissä.

N149Y,

W152R,

M153T,

E154D,

V159I

A163V,

F168V,

P174R,

K182E/N/R,

G184S,

R190S/T,

D198G,

Y200C,

T208A,

R214L,

D215G,

S221L,

A222T/S/V ; A222T kombinoituna N282K kanssa samassa variantissa ,

V227L

I233V,

T236S,

A237K,

T240I,

L242F,

A243S ja A263P kombinoituna samassa variantissa;

H245Y ( Huom myös BQ.1 , nopea laji, on tehnyt tämän substitution);

P251S,

S254F,

S255P,

W258S,

T259I,

A263P,

A264V,

V267L,

G268S,

R273M,

N283S,

N268K ja A222/  kombinaatio,

(T284I & K147I linja saanut designaation XBB.1.5.2).

A288T/S

V289L,

T299I .

S1 A-S1 B Linkkeri-alue 303-332

T307I,

V308,

T323I, ( Linja saanut designaation XBB.1.5.12) ,

E324K,

P330.

Reseptoria sitova domeeni 319-541 tämän artikkelin mukaan.

(Toinen lähde  laskee linkkerialueet

B Domain , RBD, receptor binding domain 333-527.

P337S,

G339R,

E340Q,

R346 I,

Y351H,

A352I/S.

N354K,

K356T/E/N,

R357I,

N360S,

V367I,

A372V,

G381,

T385I,

Y396H.

R403K,

V407E,

R408G,

I410V,

(I410V & P521S linja issue 24.2. 2023 käsiteltävänä )

A411T/S,

A411S, (Designaatio saatu: XBB.1.5.3)

R408G,

K417S , (Linja XBB.1.5.13 on saanut koodin “EK” ja alalinjan EK.1, jossa on K417S: Siis XBB.1.5.13.1).

I418V

D420N

D427Y

D428G,

T430I,

V433I,

K444 T/N/R,

V445S

G446I/N,

N450D,

Y451H,

L452M,

L452R ja K444T kombinaatio;

L455F,

F456L XBB.1.5.10.

KL462E,

P463S,

T470N,

E471Q,

I472V,

A475V,

G476S,

S477K,

T478I/R,

P479H/L,

N481S

N481S ja G482 deletio kombinoituna;

G482S,

V483F/I,

G485S,

Q493L,

S494P,

P499S,

T500A,

V503F,

S514F,

L518V,

H519L,

P521T,

A522P,

T523A,

B domaanin ja S1 C domaanin linkkeri 528-533:

K529R,

N532Y.

C  domeeni 534-589:

N536S,

N540K/Y,

G545S,

T547I,

E554N/Q,

(XBB.1.14 on omaa E554Q)

R567I,

T573 I (Linja tunnus XBB.1.5.1).

D574Y,

E583D.

C- S1 D linkkeri 590-593:

S591T

S1 D domeeni 594-674:

S596F

N606K,

E619K,

P621H/S ,

V622A,

P631S,

Y636F,

S640F,

R646L/H

A647V,

N658Y/S,

Y660F,

E661D,

I666V,

I670V.

Furiinilla pilkkoutuvat kohdat 1 ja 2 

Kohta 1:  R685/ 686 väliin tulee pilkkoutuma    S1/S2

Kohta 2   T696/M697  väliin tulee  pilkkoutuma

Q675H, (Tämä on tunnus linjalle, joka saanut designaation XBB.1.5.14.1 = EL.1)

T676I,

Q677H,

T678P,

N679R,

P681R.

A684P,

A688V

S689T,

S691P.

A694V,

T696I

A701S

N703S

T768N

I770V

?787K

T791I,

D808N,

P812 S/S/R.

3. pilkkoutumiskohta

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7829931/bin/viruses-13-00109-g002.jpg

Kolmas pilkkoutumiskohta 815/816   ei pilkkoudu furiinientsyymillä, vaan TMPRSS2:lla tai sitten  tapahtuu pilkkoutuminen endosomi-katepsiinitiessä,  Tässä Fuusipeptidi (FP)  irtoaa  S2 osasta , jolloin jäljelle jäänyt S2 -osa merkataan S2`(prim) ja se sisältää  HR-helixrakennejaksoja  ja  C-terminaalissa olevat Transmembraanisen osan ja   viruksen sisäisen spike- päädyn. 

Koska Spike 2 sisältää vielä FP:n, se tarvitse tämän kolmannen pilkkoutumisen Kun se on pilkkoutunut  irti,  niin Spike 2` jaksoa on  loput  816-1273  aminohappoa CTD -eli C--terminaaliin asti! Tämä on myös hyvin integroitunutta  osaa, jossa on  omat domeeninsa erotettavissa.

D843N,

A845S ,

A852S.

(A852V on saanut designaation XBB.1.10, tammik. 29. 2023. Sivuasia)

T858I ,

T859N/I ,

D867G,

T883I, (XBB.1.5.4 on saanut designaation 9.2. 2023, 80 sekvenssiä);

T883I ja D1168A kombinaatio

Jostain artikkelista sain nitä HR aluemerkintöjä, muta niitä ei tässä otsikon linkissä ollut, joten koetan löytää josttain tarkennusta niille enkä vielä vaihda nitä vanhojaa löytöjä pois. Niiden pitäisi olla sars-2 viruksen rakenteesta.

Eräänlainen  rakenteellinen toistoalue. HR1 alue, Heptad repeat I HR1 region 912-983:

S929I,

G932C,

D936H,

T841S,

V952I. ( XBB.1.5.6, designaatio saatu 9.2. 2023. 60 sekvensaiä).

N978S,

T961M,

Keskus helix, Central helix 984-1034

(Beta Hair Pin 1035-1068:

K1045R,

H1058Y,

V1068I),

A1078S/T,

G1099D,

H1101Y,

T1117R,

D11118Y,

Toista HR-aluetta, Heptad repeat 1134-1213:

P1143L

D1146Y,

P1162Q,

D1168H,

K1185I (XBB.1.5.5, designatio on tehty, 80 sekvenssiä 9.2. 2023.

D1199N/H/E

Virionin kalvorakenteen läpäisevä jakso,  TM -alue, transmembraanialue 1213-1237

G1219V,

I1221V

1238-1273 intravirionjakso , Virionin sisällä oleva jakso.

V1264L

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/compare/v1.18.1...master

Muistiin 24.2. 2023 

Listassa onmainittu vain niitä aminohappokohtia, joista on 1 tai useampi  löytö mutaatiosta XBB.1.5* diversitgeetissä.   Viimeiseistä on vain 1 löytö ja ensimmäisitä on  jopa jokunen sata löytöä. Jos sattuu  ilmestymään  designaatioita joihinkin kohtiin, niin koetan  asettaa niitä listään ensin omaan vihkooni ja siten tähän  listaan ja samalla keotan tarkentaa spike-proteiinin domaanimerkinnät. Näitä löytyy eri artikkeleista eri ajoilta. 

 

Näistä on mutaatioista GITHUB linkissä tarkka tieto ja varsinkin päivitystieto. 

Lisään linkin Spike rakenteesta  rokotekehittelyä silmällä pitäen.  S2 domaanit  ovat tarkistamattomia tässä vielä 3.3. 2023 enkä ole vielä löytänyt muistiinpanosta lähdeartikkelin linkkiäkän.  Tässä uudessa , alussa olevassa on selitetty, miten HR1 ja HR2 ovat muodostuneet ja minkälaiset kolme  aluetta on transmembraanisessa peptidiosassa havaittu.   toisaalta-  Wuhan referenssin  alueet, joita on määritelty eivät sinänsä ole  aivan niitä, joita kaikenlaiset alallinjat ja rekombinantit käytännössä omaavat kun niillä on sitä leikkaa- liimaa  -tekniikalta vaikuttavaa  deleetio- ja insertiostrategiaa  aa. substituutioitten ja nuc mutaatioitten lisäksi. Ihme minusta on, että  designaatioita  kuitenkin saadaan tehtyä. 

BA.5.2 alalinjoihin on tarvittu seuraavia kirjainkoodeja avuksi BF, BZ, CP, CY, BU, CR, BV, CN, CK (ja sen alalinja DG), DB, CE, CF, CD, CE,CT, DA, DQ, DY, DZ.

BA.5.2.1 alias “BF”.

BA.5.2.3 alias “BZ”.

BA.5.2.6 alias “CP”.

BA.5.2.7 alias “CY”.

BA.5.2.16 alias “BU”.

BA.5.2.18 alias “CR”.

BA.5.2.20 alias “BV”;

BV.1 alias of B.1.1.529.5.2.20.1 .

BA.5.2.21 alias “CN”.

BA.5.2.24 alias “CK”;

CK.2.1.1 alias “DG”.

BA.5.2.25 alias “DB”.

BA.5.2.26 alias “CG”.

BA.5.2.27 alias “CF”.

CF.1 alias of B.1.1.529.5.2.27.1.

BA.5.2.31 alias “CD”.

BA.5.2.33 alias “CE”.

BA.5.2.36 alias “CT”.

BA.5.2.38 alias “DA”.

BA.5.2.47 alias “DQ”.

BA.5.2.48 alias “DY”.

BA.5.2.49 alias “DZ”.

Lisään sitten,  kun löydän näitä .   Muistiin 23.2. 2023

PANGO linjat BA.5.2 ovat lisääntyneet. PANGO-luetteloissa näkyy seuraavat BA.5.2. 49 asti. GITHUB ja tags listoissa on BA.5.2.64 asti.

 https://cov-lineages.org/lineage_list.htm  BA.5.2.49 on viimeinen. Muta GItHUB on  työstänyt jo uudsia designaatioita siten, että  tänään on viimeisin BA.5.2.64 , joten nämä joita ei ole vielä ladattu PANGO-puoelle näkyviin on saatavissa  tgag listoista, joita silloin tällöin päivitetään. Uusimmat  listat ovat   v1.18 ja v1.18.1  Lisäksi GITHUB  open- ja closed- asioista löytyy tietoa.

Lineage	Most common countries	Earliest date	# designated	# assigned	Description	WHO Name
BA.5.2	United States of America 18.0%, Japan 17.0%, Germany 7.0%, United Kingdom 6.0%, Russia 5.0%	2020-07-01	10695	288165	Alias of B.1.1.529.5.2, mainly found in South Africa, England and USA, from pango-designation issue #551
BA.5.2.1	United States of America 38.0%, Japan 11.0%, Germany 6.0%, Canada 5.0%, United Kingdom 5.0%	2020-07-06	14791	281239	Alias of B.1.1.529.5.2.1, mainly found in South Africa, England and USA, from pango-designation issue #657
BA.5.2.2	France 35.0%, United States of America 11.0%, Germany 7.0%, French_Guiana 6.0%, Canada 6.0%	2022-05-02	391	4077	Alias of B.1.1.529.5.2.2, France and Martinique lineage
BA.5.2.3	United Kingdom 26.0%, United States of America 17.0%, Denmark 9.0%, Germany 8.0%, France 6.0%	2022-02-27	594	8282	Alias of B.1.1.529.5.2.3, UK lineage
BA.5.2.4	Australia 54.0%, United States of America 11.0%, New_Zealand 6.0%, United Kingdom 6.0%, Denmark 4.0%	2022-05-15	120	732	Alias of B.1.1.529.5.2.4, Australia lineage
BA.5.2.5	Indonesia 79.0%, Australia 8.0%, France 2.0%, Germany 2.0%, Malaysia 2.0%	2022-06-07	51	164	Alias of B.1.1.529.5.2.5, Indonesia lineage
BA.5.2.6	United States of America 26.0%, Japan 19.0%, Germany 8.0%, United Kingdom 6.0%, Indonesia 5.0%	2022-01-02	65	13393	Alias of B.1.1.529.5.2.6, global lineage, S:R346T, from pango-designation issue #870
BA.5.2.7	United Kingdom 19.0%, Germany 15.0%, Russia 13.0%, United States of America 10.0%, Japan 10.0%	2022-01-26	62	2371	Alias of B.1.1.529.5.2.7, global lineage, from pango-designation issue #924
BA.5.2.8	Israel 25.0%, United States of America 25.0%, Canada 20.0%, Germany 7.0%, United Kingdom 4.0%	2022-04-08	455	1475	Alias of B.1.1.529.5.2.8, Israel lineage
BA.5.2.9	United States of America 67.0%, Mexico 7.0%, Canada 6.0%, United Kingdom 5.0%, Germany 2.0%	2022-02-26	3582	15676	Alias of B.1.1.529.5.2.9, USA lineage
BA.5.2.10	Brazil 77.0%, Croatia 4.0%, United States of America 3.0%, Germany 3.0%, France 2.0%	2022-05-09	201	395	Alias of B.1.1.529.5.2.10, Brazil lineage
BA.5.2.11	Philippines 88.0%, New_Zealand 6.0%, Denmark 3.0%, United States of America 1.0%, Australia 1.0%	2022-06-20	136	174	Alias of B.1.1.529.5.2.11, Philippines lineage
BA.5.2.12	Japan 95.0%, United States of America 1.0%, Germany 1.0%, Russia 1.0%, Spain 0.0%	2022-05-31	700	5500	Alias of B.1.1.529.5.2.12, Japan lineage
BA.5.2.13	United Kingdom 38.0%, United States of America 15.0%, Canada 14.0%, Germany 10.0%, Denmark 7.0%	2022-06-23	69	3202	Alias of B.1.1.529.5.2.13, mainly found in England, from pango-designation issue #959
BA.5.2.14	United States of America 39.0%, Canada 20.0%, Sweden 10.0%, Germany 8.0%, United Kingdom 5.0%	2022-01-09	9	549	Alias of B.1.1.529.5.2.14, mainly found in Denmark, Canada and Pakistan, from pango-designation issue #1002
BA.5.2.16	United States of America 24.0%, Indonesia 16.0%, United Kingdom 6.0%, Russia 5.0%, Australia 5.0%	2022-01-09	681	1937	Alias of B.1.1.529.5.2.16, Indonesia lineage, defined by ORF1a:A3697V, indirectly from pango-designation issue #1065
BA.5.2.18	United States of America 17.0%, Germany 14.0%, Russia 11.0%, United Kingdom 8.0%, Sweden 7.0%	2021-11-01	163	2543	Alias of B.1.1.529.5.2.18, mainly Scandinavia, defined by S:K444R on ORF1b:1050N branch, from pango-designation issue #1025
BA.5.2.19	South_Korea 41.0%, United States of America 26.0%, Japan 9.0%, Indonesia 4.0%, United Kingdom 3.0%	2022-06-14	788	2203	Alias of B.1.1.529.5.2.19, mainly Scandinavia, defined by ORF3a:T14I on ORF1b:1050N branch, from issue #916
BA.5.2.20	United States of America 22.0%, Germany 10.0%, France 8.0%, Japan 7.0%, United Kingdom 7.0%	2020-07-20	1127	19498	Alias of B.1.1.529.5.2.20, mainly Indonesia, defined by C23707T on ORF1b:1050N branch to reduce unspecified BA.5.2
BV.1	United States of America 16.0%, Denmark 16.0%, Germany 14.0%, Slovenia 13.0%, France 8.0%	2022-07-01	33	244	Alias of B.1.1.529.5.2.20.1, mainly found in Denmark, from pango-designation issue #1019, formerly BA.5.2.17
BA.5.2.21	United States of America 52.0%, Japan 7.0%, Canada 7.0%, Germany 6.0%, United Kingdom 5.0%	2022-02-09	816	9525	Alias of B.1.1.529.5.2.21, mainly Indonesia, defined by C5284T on ORF1b:1050N branch to reduce unspecified BA.5.2
BA.5.2.22	United States of America 26.0%, Canada 16.0%, Germany 8.0%, Japan 8.0%, South_Korea 4.0%	2022-04-10	1308	4729	Alias of B.1.1.529.5.2.22, mainly found in USA, Canada and Germany, from pango-designation issue #945
BA.5.2.23	United States of America 55.0%, Costa_Rica 27.0%, Canada 4.0%, United Kingdom 2.0%, Sweden 2.0%	2022-07-04	25	2016	Alias of B.1.1.529.5.2.23, mainly found in USA, from pango-designation issue #1090
BA.5.2.24	United States of America 12.0%, Australia 11.0%, Russia 11.0%, Germany 8.0%, Canada 7.0%	2022-05-28	88	1391	Alias of B.1.1.529.5.2.24, defined by S:K444N on ORF1b:1050N branch
BA.5.2.25	United States of America 21.0%, France 21.0%, Canada 15.0%, Germany 6.0%, Luxembourg 5.0%	2022-07-25	25	1141	Alias of B.1.1.529.5.2.25, mainly found in France, USA and Canada, from pango-designation issue #1111
BA.5.2.26	Japan 21.0%, Germany 17.0%, Thailand 8.0%, United States of America 6.0%, Poland 5.0%	2022-02-20	2011	4655	Alias of B.1.1.529.5.2.26, most common in Thailand, defined by ORF3a:L108V, from pango-designation issue #1133
BA.5.2.27	United States of America 27.0%, Japan 15.0%, Vietnam 6.0%, Russia 6.0%, South_Korea 5.0%	2022-02-09	1377	3599	Alias of B.1.1.529.5.2.27, most common in Vietnam, defined by ORF1a:I2332V, from pango-designation issue #1133
CF.1	United States of America 97.0%, Norway 2.0%, Mexico 2.0%	2022-07-13	6	64	Alias of B.1.1.529.5.2.27.1, US and Mexico lineage, defined by S:K97T, originally designated as BA.5.2.15 from issue #1054
BA.5.2.28	Japan 26.0%, United States of America 24.0%, Malaysia 9.0%, United Kingdom 6.0%, Germany 4.0%	2022-03-22	1957	4342	Alias of B.1.1.529.5.2.28, most common in Malaysia, defined by ORF1a:T1437I, from pango-designation issue #1133
BA.5.2.29	Denmark 69.0%, Sweden 20.0%, Australia 3.0%, United States of America 2.0%, Iran 1.0%	2022-07-21	88	334	Alias of B.1.1.529.5.2.29, mainly found in Denmark, from pango-designation issue #1050
BA.5.2.30	Denmark 30.0%, Germany 22.0%, United States of America 10.0%, Belgium 8.0%, Japan 7.0%	2021-10-24	92	305	Alias of B.1.1.529.5.2.30, Europe lineage, defined by S:G446D
BA.5.2.31	United States of America 85.0%, Canada 3.0%, Japan 2.0%, Israel 1.0%, United Kingdom 1.0%	2022-06-06	599	1543	Alias of B.1.1.529.5.2.31, US lineage, defined by S:L84I
BA.5.2.32	Russia 56.0%, United States of America 13.0%, Canada 11.0%, Germany 6.0%, South_Korea 2.0%	2022-07-26	21	378	Alias of B.1.1.529.5.2.32, Russia lineage, defined by S:N450D
BA.5.2.33	United States of America 21.0%, Australia 13.0%, United Kingdom 10.0%, Japan 9.0%, Russia 8.0%	2020-07-22	599	1626	Alias of B.1.1.529.5.2.33, UK lineage, defined by ORF8:P93S
BA.5.2.34	United States of America 45.0%, Israel 10.0%, Germany 9.0%, Canada 6.0%, United Kingdom 4.0%	2022-01-02	76	4147	Alias of B.1.1.529.5.2.34, mainly found in Israel and USA, from pango-designation issue #992
BA.5.2.35	United Kingdom 40.0%, United States of America 23.0%, Germany 6.0%, Netherlands 4.0%, Canada 3.0%	2022-06-18	252	3190	Alias of B.1.1.529.5.2.35, Pakistan lineage, defined by S:R346T after G28423C and C7006T
BA.5.2.36	United States of America 13.0%, Denmark 11.0%, United Kingdom 10.0%, Indonesia 10.0%, Sweden 8.0%	2022-07-03	38	604	Alias of B.1.1.529.5.2.36, India/Pakistan lineage, defined by S:K444T
BA.5.2.37	United States of America 38.0%, India 10.0%, Canada 10.0%, Germany 10.0%, United Kingdom 10.0%	2022-06-30	49	336	Alias of B.1.1.529.5.2.37, found mainly in USA and India, from pango-designation issue #1117
BA.5.2.38	United States of America 39.0%, Japan 8.0%, Malaysia 7.0%, Russia 7.0%, Australia 7.0%	2022-06-18	41	114	Alias of B.1.1.529.5.2.38, S:T430I
BA.5.2.39	United States of America 82.0%, United Kingdom 8.0%, Germany 4.0%, Switzerland 3.0%, Canada 1.0%	2022-08-18	42	134	Alias of B.1.1.529.5.2.39, USA, S:R346T
BA.5.2.40	Sweden 75.0%, United Kingdom 15.0%, France 5.0%, Luxembourg 5.0%	2022-09-02	15	20	Alias of B.1.1.529.5.2.40, Sweden, S:N450D
BA.5.2.41	Sweden 63.0%, United States of America 17.0%, Denmark 12.0%, Pakistan 4.0%, Russia 2.0%	2022-07-20	41	84	Alias of B.1.1.529.5.2.41, found mainly in Sweden, from pango-designation issue #1328
BA.5.2.42	Australia 84.0%, New_Zealand 14.0%, Indonesia 1.0%, United Kingdom 1.0%	2022-09-12	50	112	Alias of B.1.1.529.5.2.42, found mainly in Australia, from pango-designation issue #1266
BA.5.2.43	South_Korea 51.0%, Japan 44.0%, Mongolia 3.0%, United States of America 1.0%, Singapore 1.0%	2022-09-15	31	670	Alias of B.1.1.529.5.2.43, found mainly in SouthKorea, from pango-designation issue #1312
BA.5.2.44	South_Korea 25.0%, United States of America 12.0%, Russia 10.0%, Indonesia 10.0%, Japan 9.0%	2022-06-04	886	1223	Alias of B.1.1.529.5.2.44, Indonesia/Malaysia/SouthKorea/global, ORF1a:L2564F
BA.5.2.45	New_Zealand 75.0%, Australia 19.0%, United States of America 2.0%, Thailand 2.0%, Germany 1.0%	2022-09-17	19	124	Alias of B.1.1.529.5.2.45, found mainly in Australia, from pango-designation issue #1383
BA.5.2.46	Japan 90.0%, United States of America 3.0%, Greece 3.0%, Germany 1.0%, United Kingdom 1.0%	2022-10-02	21	116	Alias of B.1.1.529.5.2.46 found mainly in Japan, from pango-designation issue #1446
BA.5.2.47	Indonesia 36.0%, United States of America 14.0%, Australia 12.0%, Japan 7.0%, Germany 5.0%	2022-03-10	817	1304	Alias of B.1.1.529.5.2.47 found mainly in Indonesia, Australia, and USA, from pango-designation issue #1496
BA.5.2.48	China 82.0%, Japan 5.0%, South_Korea 4.0%, Singapore 3.0%, United States of America 2.0%	2022-01-10	193	4049	Alias of B.1.1.529.5.2.48, China, C2710T, C8626T, T17208C, from pango-designation issue #1471
BA.5.2.49	China 88.0%, South_Korea 4.0%, Singapore 3.0%, Japan 3.0%, United States of America 1.0%	2022-09-28	66	494	Alias of B.1.1.529.5.2.49, China, S:T883I, A14673G, T16456C, from #1480

AAMULEHDEN raportti Suomen pandemiavirusvarianttitilanteesta 23.2.2023

 

Koronavirus

Influenssaa on Pirkanmaalla epidemiaksi asti – uudesta koronan alavariantista ei vielä merkkejä

Krakeniksi nimetyn uuden variantin levinneisyydestä saadaan tietoa, kunhan hitaan sekvensoinnin tulokset valmistuvat.

Infektioyksikön ylilääkäri Jaana Syrjänen Tampereen yliopistollisen sairaalasta kertoo, että kolmasosa kahden infektio-osasto potilaista on koronan vuoksi hoidossa. ”Tilanne on marraskuuhun verrattuna nyt parempi”, hän sanoo. Kuva: Petri Huhtinen / Aamulehden arkisto

Jaana Leena Kerola

10.1. 5:30

Aamulehti

Maailmalla leviävän uuden koronaviruksen alavariantin osuus sairastumisissa lisääntyy tästä eteenpäin myös meillä.

”Sekvensointi kestää aina 2–3 viikkoa ja pikkuhiljaa tieto karttuu uudesta alavariantista”, sanoo infektioyksikön ylilääkäri Jaana Syrjänen Tampereen yliopistollisesta sairaalasta.

Terveyden ja hyvinvoinnin laitos THL sekvensoi viikoittain noin 350–400 koronapositiivista näytettä eri sairaanhoitopiireistä, ja näin voidaan tunnistaa täällä kiertävät virusmuunnokset.

”Valtaosa on edelleen BA.5-varianttia. XBB-alalinjan varhaisia muotoja on jo viime vuoden lopulla todettu, mutta ne eivät ole tätä uutta XBB.1.5-alavarianttia”, Syrjänen kertoo.

Uusi alavariantti yleistyi THL:n mukaan viime kuussa nopeasti Yhdysvalloissa, jossa sen myös uskotaan syntyneen. Mediatietojen mukaan alalajia on löydetty myös Britanniasta ja Intiasta sekä kansainvälisen koronavirussekvenssitietokannan mukaan myös Israelista ja Trinidad-Tobagosta.

”Se kiertää aiempaakin herkemmin rokotteiden tuomaa suojaa tartunnalta, ja samoin sairastetut taudit suojaavat siltä entistä huonommin”, Syrjänen sanoo. ”Lohdullinen tieto on, että tämä ei ole sen vaikeampaa tautia aiheuttava kuin muutkaan omikron-variantit.”

Niin sanottujen riskiryhmien on edelleen otettava huomioon kaikki tarttuvat virustaudit. ”Vaikeasti immuunipuutteisille, kuten elinsiirtopotilaille ja meneillään olevissa syöpähoidoissa oleville koronarokote tuo vaikeaa tautia vastaan valitettavasti huonompaa suojaa kuin terveille ihmisille tai heille, joilla puolustuskyky on suhteellisen hyvä.”

Lue lisää: Sairauspoissaoloja on nyt ennätyspaljon – infektio jyllää, mutta taustalla on myös muita syitä

Tilanne marraskuuta parempi

Pirkanmaata on riivannut viime viikkoina niin sanottu kolmoisepidemia, influenssa-, korona- ja rs-virukset.

Syrjänen kertoo, että lisäosaston perustamiseen ei ole ollut kuitenkaan syytä. ”Tilanne on marraskuuhun verrattuna nyt parempi. Vielä silloin infektio-osaston potilaista noin 80 prosenttia oli enemmän tai vähemmän koronan vuoksi hoidossa. Nyt suurin piirtein kolmasosa.”

Suurinta osaa sairastuvista ei testata. Vain influenssan ja koronan riskiryhmille tarjotaan Syrjäsen mukaan lääke, jos tauti vie päivystykseen, jossa nimenomaan riskiryhmäperusteisesti tehdään virusdiagnostiikkaa.

Mitä voi tehdä ihmisten valtavalle innostukselle saada tietää, mikä taudin aiheuttaa?

”Kannattaa miettiä, mihin kannattaa käyttää terveydenhuollon rajallisia resursseja ja rahaa. Mitä tarvetta perusterveen on saada tietää, mikä se minun tautini aiheuttaja oli 200:sta eri hengitystieviruksesta, jos kunto säilyy hyvänä? Vaikean taudin riskiryhmään kuuluvien tilanne on toinen.”

Työikäisille tehtyjen koronatestien määrä on pudonnut Syrjäsen mukaan neljännekseen sen jälkeen, kun tartuntatautipäivärahan maksaminen työnantajille lopetettiin.

”Tartuttavuus alkaa kaikissa virusinfektioissa todennäköisesti päivää ennen oireitten alkua, ja on kovinta muutamina ensipäivinä oireiden alettua”, Syrjänen kertoo. ”Töihin voi palata, kun alkaa tuntea itsensä työkuntoiseksi.”

Oksentamista, ripulia, vatsakipuja ja usein kuumettakin aiheuttavasta noro-virusepidemiasta ei ole Syrjäsen mukaan Pirkanmaalla vielä merkkejä.

”Tarttuvista taudeista influenssaa on nyt Pirkanmaalla epidemiaksi asti”, Syrjänen sanoo.

”Riskiryhmien kannattaa edelleen hakea koronatehosterokote, eikä influenssarokotteenkaan hakeminen ole myöhäistä.”

Lue lisää kirjoittajalta

Jaana Leena Kerola

Jälleen tullut käyttöön lisää koodinimiä ( EM, EN, EP, EQ, ER) edellisten ( EA, EB, EC, ED, EE, EF, EG, EH, EJ, EK, EL) Käytettyjen koodien luettelo GITHUB lähteestä lisätekstiä

 17.3. 2023  nyt on jo ET.1 saanut  designaation,  se on BQ.1.1.35. Tästä on sitaatti  17.3. 2023 tässä blogissa.

"ET" alias BQ.1.1.35.

10.3. 2023 huomaan"ES" koodin tuleen käyttöön: Klo 19:30 Ruotsin aikaa lisään tämän Githubtiedon:

“ER”, alias BQ.1.1.65.   GITHUB tieto: Sitaatti.  https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1722#issuecomment-1461815258

InfrPopGen commented Mar 9, 2023

Thanks for submitting. We've added lineage ES.1 with 62 newly designated sequences, and 44 updated. Defining mutation A21717G (S:Q52R) (following A22002T (S:K147I)).

(Aiempia: )

 (Näkyy lisää koodinimiä , viimeisin ER näissä E-alkuisissa

"EG" alias  "XNN.1.9.2".  EG.1  , XBB.1.9.2 alalinja , jolla on S:Q613H mutaatio.  ( Sitä on 100 designaatiota ja lisäksi  on päivityksiä 32).

"EH"  talias  BA.5.3.1.1.1.1.1.1.28" . “EH”, Alias “BQ.1.1.28” . (BQ.1.1.28 (S:P251L, ORF1b:P976S) Sublineage with S:S247N, S:Y248S (91 seq, Feb 18) #1648  https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1648. EH.1 (S:S247N, S:Y248S) from #1648

"EJ" talias   "BA.2.75.5.1.3.8" . .

"EK" alias "XBB.1.5.13" .   EK.1 alias  XBB.1.5.13.1  Github Issue  #1638. EK.1 (XBB.1.5.13.1 with S: K417S). '

  EK.2   Added EK.2 (XBB.1.5.13 with S:T259I) with 80 designations. 

"EL" talias  "XBB.1.5.14"  alalinjaa.   EL.1  alias XBB.1.5.14.1, Spike: Q675H.. GITHUB asia #1631.    https://github.com/cov-lineages/pango-designation/commit/aca49a0bc239d20676f7de786ba8353e65fd0cc0

“EM” Alias XBB.1.5.7”Added lineage EM.1 (XBB.1.5.7.1, S:R214L) with 200 designations .

“EN” tarkoittaa “BQ.1.1.46” https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1696 BQ.1.1.46 sublineage with S:V1264L (>200 seq, mainly in France) #1696. EN.1; Alias BQ.1.1.46.1

“EP” tarkoittaa BM.1.1.4, joka on BA.2.75.3 linjan , alias “BM”, alalinja #1676 and EP.2 (S:S1147L, N:G212S).

  “EQ”, alias “BA.5.1.33".  https://github.com/cov-lineages/pango-designation/commit/9530ac7e23ce77c4bd1ffc90ea7a1c6e21d10b54 Added new lineage EQ.1 from #1522 with 8 new sequence designations, and 213 updated from BA.5.1.33

“ER”, alias BQ.1.1.22.  Added new lineage ER.1 from #1429 with 225 new sequence designations, and 10 updated from BQ.1.1.22

 

 

 

19.2. 2023

Tämän listan lisäksi on juuri tullut myös  "XBQ" rekombinantille määrittely. Se on  BA.5.2 ja CJ.1 linjojen keskeinen  rekombinaatio.  Kaikki ne ovat omikron linjoja, joiden aliasnimi  alkaa  kodilla "B.1.1.529" . Tuo on saanut merkinnän "BA". Rekombinaatioissa on  X kirjain. Jos siinä on  rekombinaatio johonkin omikronilinjaan, näkyy merkintä "BA" tai   sitren muu omikroninalalinjamerkintä kirjainyhtymänä, esim "CJ" tai  "BE". Lyhin mahdollinen  ilmaisutapa on käytössä. WHO:n  lehdistökonferenssissa sanottiin, että  pandemiseen koronaan  menehtyy vielä viikottain n 10 000 ihmistä ja jokainen  omikronlinja voi olla tappavaa laatua.

 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/releases/tag/v1.18

177 lines (177 sloc) 5.14 KB

{

"A": "",

"B": "",

"C": "B.1.1.1",

"D": "B.1.1.25",

"G": "B.1.258.2",

"K": "B.1.1.277",

"L": "B.1.1.10",

"M": "B.1.1.294",

"N": "B.1.1.33",

"P": "B.1.1.28",

"Q": "B.1.1.7",

"R": "B.1.1.316",

"S": "B.1.1.217",

"U": "B.1.177.60",

"V": "B.1.177.54",

"W": "B.1.177.53",

"Y": "B.1.177.52",

"Z": "B.1.177.50",

"AA": "B.1.177.15",

"AB": "B.1.160.16",

"AC": "B.1.1.405",

"AD": "B.1.1.315",

"AE": "B.1.1.306",

"AF": "B.1.1.305",

"AG": "B.1.1.297",

"AH": "B.1.1.241",

"AJ": "B.1.1.240",

"AK": "B.1.1.232",

"AL": "B.1.1.231",

"AM": "B.1.1.216",

"AN": "B.1.1.200",

"AP": "B.1.1.70",

"AQ": "B.1.1.39",

"AS": "B.1.1.317",

"AT": "B.1.1.370",

"AU": "B.1.466.2",

"AV": "B.1.1.482",

"AW": "B.1.1.464",

"AY": "B.1.617.2",

"AZ": "B.1.1.318",

"BA": "B.1.1.529",  Tämä on omicron!

"BB": "B.1.621.1",

"BC": "B.1.1.529.1.1.1",

"BD": "B.1.1.529.1.17.2",

"BE": "B.1.1.529.5.3.1",

"BF": "B.1.1.529.5.2.1",

"BG": "B.1.1.529.2.12.1",

"BH": "B.1.1.529.2.38.3",

"BJ": "B.1.1.529.2.10.1",

"BK": "B.1.1.529.5.1.10",

"BL": "B.1.1.529.2.75.1",

"BM": "B.1.1.529.2.75.3",

"BN": "B.1.1.529.2.75.5",

"BP": "B.1.1.529.2.3.16",

"BQ": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1",

"BR": "B.1.1.529.2.75.4",

"BS": "B.1.1.529.2.3.2",

"BT": "B.1.1.529.5.1.21",

"BU": "B.1.1.529.5.2.16",

"BV": "B.1.1.529.5.2.20",

"BW": "B.1.1.529.5.6.2",

"BY": "B.1.1.529.2.75.6",

"BZ": "B.1.1.529.5.2.3",

"CA": "B.1.1.529.2.75.2",

"CB": "B.1.1.529.2.75.9",

"CC": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.2",

"CD": "B.1.1.529.5.2.31",

"CE": "B.1.1.529.5.2.33",

"CF": "B.1.1.529.5.2.27",

"CG": "B.1.1.529.5.2.26",

"CH": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1",

"CJ": "B.1.1.529.2.75.3.1.1.1",

"CK": "B.1.1.529.5.2.24",

"CL": "B.1.1.529.5.1.29",

"CM": "B.1.1.529.2.3.20",

"CN": "B.1.1.529.5.2.21",

"CP": "B.1.1.529.5.2.6",

"CQ": "B.1.1.529.5.3.1.4.1.1",

"CR": "B.1.1.529.5.2.18",

"CS": "B.1.1.529.4.1.10",

"CT": "B.1.1.529.5.2.36",

"CU": "B.1.1.529.5.1.26",

"CV": "B.1.1.529.2.75.3.1.1.3",

"CW": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.14",

"CY": "B.1.1.529.5.2.7",

"CZ": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.1",

"DA": "B.1.1.529.5.2.38",

"DB": "B.1.1.529.5.2.25",

"DC": "B.1.1.529.4.6.5",

"DD": "B.1.1.529.2.3.21",

"DE": "B.1.1.529.5.1.23",

"DF": "B.1.1.529.5.10.1",

"DG": "B.1.1.529.5.2.24.2.1.1",

"DH": "B.1.1.529.5.1.22",

"DJ": "B.1.1.529.5.1.25",

"DK": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.7",

"DL": "B.1.1.529.5.1.15",

"DM": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.15",

"DN": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.5",

"DP": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.8",

"DQ": "B.1.1.529.5.2.47",

"DR": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.3",

"DS": "B.1.1.529.2.75.5.1.3.1",

"DT": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.32",

"DU": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.2",

"DV": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.1",

"DW": "B.1.1.529.5.3.1.1.2.1",

"DY": "B.1.1.529.5.2.48",

"DZ": "B.1.1.529.5.2.49",

"EA": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.52",

"EB": "B.1.1.529.5.1.55",

"EC": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.10.1",

"ED": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.18",

"EE": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.4",

"EF": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.13",

"XA": ["B.1.1.7","B.1.177"],

"XB": ["B.1.634","B.1.631"],

"XC": ["AY.29","B.1.1.7"],

"XD": ["B.1.617.2*","BA.1*"],

"XE": ["BA.1*","BA.2*"],

"XF": ["B.1.617.2*","BA.1*"],

"XG": ["BA.1*","BA.2*"],

"XH": ["BA.1*","BA.2*"],

"XJ": ["BA.1*","BA.2*"],

"XK": ["BA.1*","BA.2*"],

"XL": ["BA.1*","BA.2*"],

"XM": ["BA.1.1*","BA.2*"],

"XN": ["BA.1*","BA.2*"],

"XP": ["BA.1.1*","BA.2*"],

"XQ": ["BA.1.1*","BA.2*"],

"XR": ["BA.1.1*","BA.2*"],

"XS": ["B.1.617.2*","BA.1.1*"],

"XT": ["BA.2*","BA.1*"],

"XU": ["BA.1*","BA.2*"],

"XV": ["BA.1*","BA.2*"],

"XW": ["BA.1*","BA.2*"],

"XY": ["BA.1*","BA.2*"],

"XZ": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAA": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAB": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAC": ["BA.2*","BA.1*","BA.2*"],

"XAD": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAE": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAF": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAG": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAH": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAJ": ["BA.2.12.1*","BA.4*"],

"XAK": ["BA.2*","BA.1*","BA.2*"],

"XAL": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAM": ["BA.1.1","BA.2.9"],

"XAN": ["BA.2*","BA.5.1"],

"XAP": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAQ": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAR": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAS": ["BA.5*","BA.2*"],

"XAT": ["BA.2.3.13","BA.1*"],

"XAU": ["BA.1.1*","BA.2.9*"],

"XAV": ["BA.2*","BA.5*"],

"XAW": ["BA.2*","AY.122"],

"XAY": ["AY.45","BA.4/5*"],

"XAZ": ["BA.2.5","BA.5","BA.2.5"],

"XBA": ["AY.45","BA.4/5"],

"XBB": ["BJ.1","BM.1.1.1"],

"XBC": ["BA.2*","B.1.617.2*","BA.2*","B.1.617.2*"],

"XBD": ["BA.2.75.2","BF.5"],

"XBE": ["BA.5.2","BE.4.1"],

"XBF": ["BA.5.2.3","CJ.1"],

"XBG": ["BA.2.76","BA.5.2"],

"XBH": ["BA.2.3.17","BA.2.75.2"],

"XBJ": ["BA.2.3.20","BA.5.2"],

"XBK": ["BA.5.2","CJ.1"],

"XBL": ["XBB.1","BA.2.75","XBB.1"],

"XBM": ["BA.2.76","BF.3"],

"XBN": ["BA.2.75","XBB.3"],

"XBP": ["BA.2.75*","BQ.1*"]

}