Hahmotusta: GITHUB asioita, oivalluksia , valmiita listaluetteloita viruslinjoista 18.1. 2023 ja taapäin ajassa

 Koetan vähän hahmottaa itselleni näitä linjoja ja koodinimiä 18.1.2023:

Uusimmat vasta-avatut GITHUB aiheet tästä linkistä: #issue, (opened 104) (closed 1163).

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues

Aivan tuorein asia 41  minuutteja sitten tällä hetkellä.

Viimeinen INSIGHT-palsta 7.1.2023 : https://github.com/cov-lineages/pango-designation/pulse

4 päivää sitten: Esim: #issue , closed

Uusin BA.5.1*- ryhmän haara: BA.5.1.32

Rekombinantti: XBN

Viimeisin lisäys kasvaneeseen CH-alalinjaan.CH.1.1 .

Uusin lisätty alalinjakoodi DU ja sen edustajalinja DU.1

VIIMEISIMMÄT tag-luettelot: https://github.com/cov-lineages/pango-designation

TAGS

v1.18

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/releases/tag/v1.18

BQ.1.1.1 merkataan CZ-koodilla ja se taas saa usean sisarlinjan, jotka ovat BQ.1.(1) alalinjoja.

Näkyy lisäkoodeja: DL, DM, DN, DQ, DP, DR.

BN.1.2.1 merkataan DS. BQ.1.1.32- linja merkataan DT.

XBM

 

( Omia yhteenvetojani tässä myös: Uusia päälinjoja kuten BA.1,- .2,-.3,.4,.5) ei ehkä enää ilmesty). BA.2* ja BA.5* alalinjajoukkoineen dominoi. Tietyt ala-alalinjat niistä saavat diversiteettiä runsaasti edelleen. Uusia mutaatioita kertyy hyvin paljon kaiken kaikkiaan ihan kuin “random” yli kaikkien haara-alueiden ilman  näennäistä logiikkaa mielestäni, niin että määrittelemättömien , ratkaisemattomien sekvenssien joukkokin kasvaa koko ajan ja kliinistä merkitystä koetetaan kliinisellä puolella WHO:n toivomuksesta hahmottaa. Ajattelin että syy voi  esim.olla UTR-mutaatioissa, mutta eivät ne selitä asiaa. Ehkä virus vain virttyy vanhenee omassa plasmaatisessa olomuodossaan  tai erilaiset , tosiaalta eri paikoissa samanlaiset ulkoiset tekijät tekevät samanlaisen muutoksen. Toistaiseksi vaikuttavat kaikki omikroneilta sanotaan WHO:ssa ja käsittääkseni ja kliinisesti vakavuudeltaan samantapaisiks, mutta  kuolleisuutta esiintyy edelleen. KAikissa  respiratorisissa oinfektíoissa on tosin aina kuolleisuutensa. Tämä vain on myös muuta kudostakin laajasti rusikoiva.  Kiinan asia - jos siellä on erityistä vaarallisuutta, se johtuu osin  myöhemmästä pandemisesta suuraallosta siellä. Tosin siinä piilee vaaransa, koska virus on error prone tyyppinen osaksi, vaikka UTR on hyvin konservatiivinen, ehkä ei varmaan tule sellaista denguen tapaista 4 sairastamista tai 4 eri rokotetta vaativaa tautia, sen sijaan kuten uumoillaan, influenssarokotuksen tapaan jonkin valenssin vuosittainen sesonkikoronarokote vuodestta toiseen. Muutama varianttiryhmä omaa suurta diversiteettiä ja niitä näkyy viimeisissä designaatiolistoissa  selvitetyn  paljon: BQ.1.(1) ja XBB- ryhmää edelleen selvitellään ja havainnoidaan. Toisaalta esim BG ja BF kasvoivat aluksi, mutta alkoivat osoittaa rajoittumista kuten moni muu koodin saanut. Koodin saaminen helpottaa hahmttamista. Moni  haara loppuu siihen, kun ne on hahmotettu tarkasti ja aikansa seurattu.  Rekombinanttien muodostus on siirtynyt alkuvaiheen BA.1/BA.2 rekombinanteista BA.2- alalinjojen tai BA.2/BA.5 linjojen tai alalinjojen  tai rekombinanttien rekombinanteiksi. Jotkut ovat multirekombinantteja, ristitsevät 2 kertaa tai useamman kerran. .Tietokoneelta valmiista luetteloista nuo listat ovat nopeasti selvillä, mutta jos itselleen tekee muistiinpanot ja koettaa saadan loogisen käsityksen haaroittumiskaavasta ja uusista mutaatioista, niin se kyllä on aikaa vievää, toisaalta antaa valaisevan kuvan, jos saa jonkin linjan puun kuvan itselleen).

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/releases/tag/v1.18

V1.17 tag ( edellinen lista)

Uusia sub-alalinjakoodeja: DA, DB, DC, DD, DE, DF, DG, DH, DJ, DK

Rekombinantit: XBF, XBG, XBH, XBJ. XBK, XBL, XBM.

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/releases/tag/v1.17

v.1.16 tag ( edellisen edellinen lista jne)

Marraskuun 2. pv. Linjakoodi BN.

Lisätään koodeja: CH, CJ, CK, CL,CM, CQ, CP, CR, CT, CU, CV (BM.1.1.3), CY. ‘

Varsinkin BE (BA.5.3.1) on alkanut saada lisää alalinjoja kuten BQ ,ja se saa alalinjojen alalinjoja CW (BQ,1,1,14).  Rekombinaatiot määritetty: XBD, XBE.

aineniamh released this 02 Nov 11:17 233 commits to master since this release v1.16

v1.15 tag

Useat linjat haaroittuvat. Tarvitaan useita uusia alakoodeja. Lokakuun 3. luetellaan uudet alalinjat koodeineen BL,BM, BN, BP, BQ, BP, BR, BS, BT, BU, BV, BW, BY, BZ, CA, CB, CC, CD, CE, CF, CG, Uudet rekombinantit: XAS, XAT, XAU, XAV, XAW, XAY, XAZ, XBA, XBB, XBC.

Cornelius Roemer 3.Oct.https://github.com/cov-lineages/pango-designation/releases/tag/v1.15

v.1.14

Tarvitaan jo koodit BH ( linja BA.2.38.3), BJ ( linja BA.2.10.1 ), BK ( BA.5.1.10). Lisää rekombinantteja määritetty:XAQ, XAR . chrisruis released this 19 Aug 16:06 634 commits to master since this release v1.14

v1.13 tag.

BA.5* ja BA.4* saavat alalinjoja lisää, ei niin paljon kuin BA.2*. Rekombinanttilinjoja lisää: XAJ, XAK, XAL, XAM, XAN, XAP. Ei lisämainintoja BA.1 ja BA.3 linjoista. chrisruis released this 01 Aug 10:32 694 commits to master since this release v1.13

v.1.12 tag.

BE ( BA.5.3.1) vaikuttaa tekevän poikkeavan runsaasti alalinjoja

Myös BA.5.2.1 saa koodinsa BF, joka on runsas alahaaralinja.

BA.2* tekee paljon alalinjoja, varsinkin havaittu kroonisesti infektoituneissa paljon uusia mutaatioita. BA.2.75 alkaa erottua joukosta (ja saa useita alalinjakoodeja ajan mittaan)

(kuten myös BA.2.12.1 alalinjakoodi BG).

chrisruis released this 09 Jul 13:39· 787 commits to master since this release v1.12

v1.11 tag

BG ( BA.2.12.1) havaitaan erityisen runsaasti haaroittuneena.

XAH mainitaan päivitettynä.

Chrisruis ,June 22, released this 22 Jun 09:18 · 861 commits to master since this release v1.11

v.1.10 tag

( Tässä jaksossa BA.1* linjat ja BA.2* linjat saavat runsaasti määriteltyjä haaroja Havaitaan BA.4* ja BA.5*. joilla on spikehahmo kuten BA.2:lla. BA.1 spike rakenteen omaavat vähenevät esiintymiseltään. Deltan (AY) runsaitten haarojen nimeäminen jatkuu vielä.

Otetaan käyttöön koodit : BC, BD, BE, BF, BG.

Rekombinantteja nimetään lisää XY, XZ, XAA, XAB, XAC, XAD, XAE, XAF, XAG, XAH.

chrisruis released this 17 Jun 07:13 867 commits to master since this release v1.10

( Näitä listoja on sitten  aiemmiin ihan  alkuluetteloon asti linkissä)