Tuorein koodiavain Sars-2 virusten Pango-linjanimiin on tullut nettiin (Github)kaksi päivää sitten.

 

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/blob/master/pango_designation/alias_key.json#L131

164 lines (164 sloc) 4.67 KB

{

"A": "",

"B": "",

"C": "B.1.1.1",

"D": "B.1.1.25",

"G": "B.1.258.2",

"K": "B.1.1.277",

"L": "B.1.1.10",

"M": "B.1.1.294",

"N": "B.1.1.33",

"P": "B.1.1.28",

"Q": "B.1.1.7",

"R": "B.1.1.316",

"S": "B.1.1.217",

"U": "B.1.177.60",

"V": "B.1.177.54",

"W": "B.1.177.53",

"Y": "B.1.177.52",

"Z": "B.1.177.50",

"AA": "B.1.177.15",

"AB": "B.1.160.16",

"AC": "B.1.1.405",

"AD": "B.1.1.315",

"AE": "B.1.1.306",

"AF": "B.1.1.305",

"AG": "B.1.1.297",

"AH": "B.1.1.241",

"AJ": "B.1.1.240",

"AK": "B.1.1.232",

"AL": "B.1.1.231",

"AM": "B.1.1.216",

"AN": "B.1.1.200",

"AP": "B.1.1.70",

"AQ": "B.1.1.39",

"AS": "B.1.1.317",

"AT": "B.1.1.370",

"AU": "B.1.466.2",

"AV": "B.1.1.482",

"AW": "B.1.1.464",

"AY": "B.1.617.2",

"AZ": "B.1.1.318",

"BA": "B.1.1.529",

"BB": "B.1.621.1",

"BC": "B.1.1.529.1.1.1",

"BD": "B.1.1.529.1.17.2",

"BE": "B.1.1.529.5.3.1",

"BF": "B.1.1.529.5.2.1",

"BG": "B.1.1.529.2.12.1",

"BH": "B.1.1.529.2.38.3",

"BJ": "B.1.1.529.2.10.1",

"BK": "B.1.1.529.5.1.10",

"BL": "B.1.1.529.2.75.1",

"BM": "B.1.1.529.2.75.3",

"BN": "B.1.1.529.2.75.5",

"BP": "B.1.1.529.2.3.16",

"BQ": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1",

"BR": "B.1.1.529.2.75.4",

"BS": "B.1.1.529.2.3.2",

"BT": "B.1.1.529.5.1.21",

"BU": "B.1.1.529.5.2.16",

"BV": "B.1.1.529.5.2.20",

"BW": "B.1.1.529.5.6.2",

"BY": "B.1.1.529.2.75.6",

"BZ": "B.1.1.529.5.2.3",

"CA": "B.1.1.529.2.75.2",

"CB": "B.1.1.529.2.75.9",

"CC": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.2",

"CD": "B.1.1.529.5.2.31",

"CE": "B.1.1.529.5.2.33",

"CF": "B.1.1.529.5.2.27",

"CG": "B.1.1.529.5.2.26",

"CH": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1",

"CJ": "B.1.1.529.2.75.3.1.1.1",

"CK": "B.1.1.529.5.2.24",

"CL": "B.1.1.529.5.1.29",

"CM": "B.1.1.529.2.3.20",

"CN": "B.1.1.529.5.2.21",

"CP": "B.1.1.529.5.2.6",

"CQ": "B.1.1.529.5.3.1.4.1.1",

"CR": "B.1.1.529.5.2.18",

"CS": "B.1.1.529.4.1.10",

"CT": "B.1.1.529.5.2.36",

"CU": "B.1.1.529.5.1.26",

"CV": "B.1.1.529.2.75.3.1.1.3",

"CW": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.14",

"CY": "B.1.1.529.5.2.7",

"CZ": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.1",

"DA": "B.1.1.529.5.2.38",

"DB": "B.1.1.529.5.2.25",

"DC": "B.1.1.529.4.6.5",

"DD": "B.1.1.529.2.3.21",

"DE": "B.1.1.529.5.1.23",

"DF": "B.1.1.529.5.10.1",

"DG": "B.1.1.529.5.2.24.2.1.1",

"DH": "B.1.1.529.5.1.22",

"DJ": "B.1.1.529.5.1.25",

"DK": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.7",

"DL": "B.1.1.529.5.1.15",

"DM": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.15",

"DN": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.5",

"DP": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.8",

"DQ": "B.1.1.529.5.2.47",

"DR": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.3",

"DS": "B.1.1.529.2.75.5.1.3.1",

"DT": "B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1.32",

"XA": ["B.1.1.7","B.1.177"],

"XB": ["B.1.634","B.1.631"],

"XC": ["AY.29","B.1.1.7"],

"XD": ["B.1.617.2*","BA.1*"],

"XE": ["BA.1*","BA.2*"],

"XF": ["B.1.617.2*","BA.1*"],

"XG": ["BA.1*","BA.2*"],

"XH": ["BA.1*","BA.2*"],

"XJ": ["BA.1*","BA.2*"],

"XK": ["BA.1*","BA.2*"],

"XL": ["BA.1*","BA.2*"],

"XM": ["BA.1.1*","BA.2*"],

"XN": ["BA.1*","BA.2*"],

"XP": ["BA.1.1*","BA.2*"],

"XQ": ["BA.1.1*","BA.2*"],

"XR": ["BA.1.1*","BA.2*"],

"XS": ["B.1.617.2*","BA.1.1*"],

"XT": ["BA.2*","BA.1*"],

"XU": ["BA.1*","BA.2*"],

"XV": ["BA.1*","BA.2*"],

"XW": ["BA.1*","BA.2*"],

"XY": ["BA.1*","BA.2*"],

"XZ": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAA": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAB": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAC": ["BA.2*","BA.1*","BA.2*"],

"XAD": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAE": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAF": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAG": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAH": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAJ": ["BA.2.12.1*","BA.4*"],

"XAK": ["BA.2*","BA.1*","BA.2*"],

"XAL": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAM": ["BA.1.1","BA.2.9"],

"XAN": ["BA.2*","BA.5.1"],

"XAP": ["BA.2*","BA.1*"],

"XAQ": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAR": ["BA.1*","BA.2*"],

"XAS": ["BA.5*","BA.2*"],

"XAT": ["BA.2.3.13","BA.1*"],

"XAU": ["BA.1.1*","BA.2.9*"],

"XAV": ["BA.2*","BA.5*"],

"XAW": ["BA.2*","AY.122"],

"XAY": ["AY.45","BA.4/5*"],

"XAZ": ["BA.2.5","BA.5","BA.2.5"],

"XBA": ["AY.45","BA.4/5"],

"XBB": ["BJ.1","BM.1.1.1"],

"XBC": ["BA.2*","B.1.617.2*","BA.2*","B.1.617.2*"],

"XBD": ["BA.2.75.2","BF.5"],

"XBE": ["BA.5.2","BE.4.1"],

"XBF": ["BA.5.2.3","CJ.1"],

"XBG": ["BA.2.76","BA.5.2"],

"XBH": ["BA.2.3.17","BA.2.75.2"],

"XBJ": ["BA.2.3.20","BA.5.2"],

"XBK": ["BA.5.2","CJ.1"],

"XBL": ["XBB.1","BA.2.75","XBB.1"],

"XBM": ["BA.2.76","BF.3"]

}

Tämä koodilista on tuorein ja tullut netille 2 päivää sitten Github-asioihin. Sitaatti on otettu 12.1.2023  nyt  00:34 keskiyöllä. Kirjoitin vihkooni myös  muistiin tämän koodiluettelon. Muutamilla VOC ym tärkeillä  pandemisilla  varianteilla ei tarvittu alaryhmäkoodille lisänimeä, esim Beta ja Eta, eivät näy täten tässä listassa , mutta Deltat ovat AY ja Omikronit ovat BA-koodisia . Omikron vaikuttaa saavan tavattomasti alalinjojen alalinjoja. Deltoille ei tällaista suurta koodiavainta tarvittu. AY taisi riittää niille numeroitten kera.

Wuhanin Alkuvirus on se A.

X tarkoittaa rekombinantteja. Rekombinaatiotten kuvaamisessa ja ilmoittamisessa voidaan niiden tavallaan designaatioprosessikronologiaan perustuvan X- nimen lisäksi käyttää näitä yllä olevia linjalyhennyksiä sulkeissa, mikä helpottaa suuresti " rekombinanttipullan"  palmikoitumista ja sitten katekilun jälkeen pätkien liittymistä toimivaksi  uudeksi  virusvarianttilinjakis. Tietty tai ehkä  suurin osa  viruksen " rekobinaatioleivonnasta"  ei tuota yhtään mitään. Mutta  tuhansia  jonkin verran elinkykyisiä sekvenssejä näyttää suoltuvan ja  edelleen suoltuu  uutisten mukaan. Jos vain laboratoriot jaksavat olla kiinnosuneita  parista kappaleesta tai  joistain  pienistä  klusterimääristä niin se on taas eri asia.  Prioritoimista täytyy sitäkin olla. Muitakin viruksia on  taakoittamassa laboratorioitten  kapaisteettia. Eikä voi sanoa  influenssankaan olevan " vain  aivan tavanomaista".