Yleiskäyrissä globaalisti vaikuttaa olevan syksyistä loivan kuperaa covid-positiivista käyrää- Mutta Japanin käyrä on tältä syksyltä jyrkemmin nouseva ja nousutaso on korkeampi kuin aiemmissa Japanin aalloissa. Muilla syysaalto on suhteellisen mitätöntä tai loivaa verrattuna omikronin esiinponkaisuun deltan jälkeen.
Toisaalta GITHUB esittää yhä enemmän alalinjoja ja rekombinaatioita, jotka alkavat osoittautua todellakin endeemisiksi enemmän kuin pandemisiksi. Tosin joku tutkijoista näkee tietynlaista muutamien BA.2* varianttien dominanssin alkua syksyksi, mutta sen näkee sitten myöhemmin käyrän hahmosta ja siitä, miten dominanssi maapallolla asettuu. Tässä asiassa on jonkinlainen "luova tauko" nyt. Täytyy koettaa löytää, missä se uuden kyteminen nyt on menossa.
Katson mitä laatua siellä Japanissa on vallalla. Varianteissa, jotka rehottavat, on tyypillistä sellainenkin, että niissä on tapahtunut muuntumisia kroonisesti sairaissa pitkhkön ajan kuluessa henkilön immuunivasteen ollessa kykenemätön puhdistamaan kehossa olevaa virusjäännöstä ja uuden viruksen jo tultua - eikä vasta-aineita vanhaakaan kohtaan ole kehittynyt. Yleisen vastustuskyvyn kohottaminen olisi tärkeää ja perusrokotuksien jatkaminen myös , koska ne ovat olleet edelleen hyödyksi mortaliteettia vastaan ja pitkittynyttä morbiditeettiakin vastaan. Vasta kauan pandemian jälkeen näkee selkeämmin tulokset siitä, mikä on rokotusten vastustajien ja rokoamattomien kohtalo verrattuna rokotettuun väestöön. Rokotuksen koostumuksesta johtuen ( se kohdistuu lähinnä piikkiproteiiniantigeeniin) uudelleensairastumiset eri kladeilla ovat tavallisia. Uudistetussa rokotteessa tulee olla varmaan muitakin valittuja olennaisia antigeenejä huomioituna eikä vain S-antigeeni. Virus näyttää kovin pyrkivän standardisoimaan piikkiproteiinia S ja vaihtelee runsaammin taas muita- joita ei ole sisällytetty rokoteantigeeniin. Rokotteen koostamisessa varmaan tulisi ottaa huomioon enemmän virustekijöitä. Mutta koska piikkiproteiini on aika samanlaisena pysynyt , rokotteet auttavat vielä ainakin osaksi. Piikkiproteiinistandardi, jonka virukset ovat valinneet "parhaimmaksi" on lähinnä BA.2 spike-tyyppiä. BA.5 ja BA.4 klusterilla on myös tuo BA.2 piikin perustainen rakenne aika selvänä osana. Ja sen piikkirakenteinen on tämän syksyn dominoiva virusjoukkokin - minimaalisin modifioinnein. Tosin paikoitellen löytyy monimutaatiovariantteja myös joistain seuduista ja niitä monitoroidaan.
GITHUB asialuettelo on valaiseva näiden ilmenevien sars-2 varianttien alaryhmien linjantunnistusvaiheesta. Otaen huomioon että pitkä sars-2 virusgenomi ei ole mikään kuparilanka, vaan koostunut minimaalisen kokoisista nukleotideistä ketjuksi, joita pitää yhdessä prteiinirakenteiden tyypilliset biologiset voimat, on paljon tekijöitä, jotka lisäävät viruksen deversiteettiä, muuntuvuutta, varianttimäärää ja muunosten elinkelpoisuusilmiöitä. Varmaan lukematon joukko sen genomipirstaleitakin on ollut olemassa ja hävinyt niistä kenenkään tietämättä, mutta se mitä niistä pysyy omissa virushengissään ja mitä voidaan laboratiivisesti testata ja analysoida on sekin aika iso joukko geneettistä materiaalia. Ihmisen järjelle on tyypillsitä hahmottaa tuollaisia sekasotkutilanteita , "mess", kuten virologi sitä kutsuu. PANGO-luettelo on tästä analyysistä extrahoitu selvin käsitettävä tieto tavalliselle yleisölle. Pelkkiä piikkiproteiinikoin on koostunut jo 1273:sta aminohaposta, jokaista vastaa RNA-koodissa 3 nukleotidia siis 3x1273 nukelotidia peräkkäin. Amiohappoketjujen liitoksessa on peptidisidos välissä. Nuklotidit (nt) ovat liittyneet taas tumahapoille tyypillisin sidoksin puriini ja pyrimidiiniproteiineista ( A, C, G ja T tavataan energiapaketeissa ATP, CTP, GTP,TTP) ja sokeriaineenvaihdunnan molekyyleistä koostun erikoirakenteen mukaisesti. Sokerifosfaattien ketju muodostuu pyrofosfaatin (Ppi) erkanemisen jälkeen irreversibelisti ketjuksi ja sokerirenkaan C-molekyyliin ja pyrimidiinin tai puriinin N -molekyylin keksen muodostuu hyvä sidos -(C-N-) Sen sijaan nuo proteiinimolekylit eivät ole liittyneet keskenään toisiinsa millään tavallisilla peptidisidoksilla, joten ne eivät keskenään tee ketjua aminohappojen tapaan. Ne ovat itsenäisempiä kuin aminohapot sikäli. mutta genomiselle rakenteelle tyypilliseen tapaan ne ovat kuin leegoja ja voivat pariutua eri ketjuista keskenään muilla voimilla kuin peptidisidoksilla. A-T ja G-C väleissä vaikuttaa nukleotidien välillä vetysidokset.
Koodin perustana on aina kolme vierekkäistä nukleotidia ja kolmea vastaa jokin aminohappo. Joillain aminohapoilla on useakin koodi, josta voi koodautau esiin samaa aminohappoa, varsinkin jos se on sellainen aminohappo, jota tarvitaan paljon kehossa. Joksu ei siis yhden nukleotidin muuttuminen vaikuta aminohapon muuttumista ja muutos on "silent mutation".
Koska genominen aines tarvitsee rakentuakseen hyvin energista alkuainetta, ATP, GTP, CTP ja TTP, (UTP RNA:ssa) , ulkoiset olosuhteet voivat pakottaa rakennetta mutatoitumaan. Viruksen olosuhteet ovat lähinnä parasiitin olosuhteita ihmiskehossa ja se on hyvin riippuvainen siitä miljööstä, mihin se pääsee. Sars-2 viruksen genomin pituus altistaa sen erityisesti kompromittoimaan replikoitumistaan ja se on luonnostaan altis paljolle mutatoitumiselle., mikä ehkä on sen ainoa tarkoitus evoloitua ja toivoa että " pojasta polvi paranee" ja vielä voi syntyä pahempi jälkikasvu. Mutta samalla ihmiskunnassa vastustuskyvyn voimat alkavat myös vaikutttaaja miltei aina kaikki pandemiat aikanaan vaimenevat.
Nyt ollaan sars-2 viruksen siinä vaiheessa, että se ilmeisesti tilanteen pakosta esittää yhä uusia mutaatioita, joilla ei ehkä ole sen kummempaa tarkoitusta kuin vain harsia kokoon jäljellä olevaa virusrakennetta ja esiintyä. Aminohappoketju sinänsä omaa jo jotain elämänvoimaa ja energiatilaa..
Kerään pienen listan niistä varianteista, joita on paikallisesti esiintynyt viime aikoina Japanissa. Siellä kuitenkin on melkoinen covid-19 vielä menossa.
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar