TRIMgeeneistä edelleen

Jotta TRIM-geenit täyttäisivät sen tehtävän mikä niille myös kerrotaan kuuluvan,  retroelementtien kontrolloimisen genomista, niin niitä täytyisi olla joka kromosomissa. Jos niitä ei vielä ole kuvattu joka kromosomista niin jotain on vielä löytämättä.  Löysin kuitenkin sanonnan, että niitä on "
melkein joka kromosomissa".
 http://ghr.nlm.nih.gov/geneFamily/trim
 http://www.genenames.org/genefamily/trim.php
Katsoin tästä luettelosta  eri kromosomien TRIM- geenit . niitä löytyi aika monesta  kromosomeista:
1. kromosomi:  Seuraavat: TRIM 11, TRIM17, TRIM33, TRIM46. TRIM 58, TRIM62 ,TRIM63, TRIM67 .
2. kromosomi TRIM43A, TRIM43B, TRIM43CP pseudogeeni,  TRIM54,   TRIM51JP pseudogeeni. TRIM64 FP pseudogeeni.
3. kromosomi:TRIM42, TRIM59, TRIM71. 
4. kromosomi:  TRIM2, TRIM60, TRIM61, TRIM75, pseudogeeni 14,  TRIM60P14. 
5.kromosomi:TRIM7, TRIM23, TRIM36, TRIM41, TRIM52, TRIM76 (CMYD5)
6. kromosomi:TRIM10, TRIM15, TRIM26, TRIM27, TRIM31, TRIM38, TRIM39,TRIM40. Pseudogeeni 1,TRIM26BP1
7. kromosomi:TRIM4, TRIM24, TRIM50, TRIM56, TRIM73, TRIM74, pseudogeenit 16, 17 ja 18: TRIM60P16, TRIM60P17, TRIM60P18.
8. kromosomi: TRIM35, TRIM55. pseudogeeni 15 TRIM60P15.
9. kromosomi: TRIM14, TRIM32.
10. kromosomi: TRIM8.
11. kromosomi:  TRIM 3, TRIM5 ( TRIM5alfa), TRIM6, TRIM22, TRIM29, TRIM34, TRIM44, TRIM48,TRIM49A, TRIM49B, TRIM49C, TRIM49D,TRIM51, TRIM64A, TRIM64B,TRIM64C, TRIM68, TRIM77P, Pseudogeenejä:  TRIM49D2P, TRIM51BP, TRIM51CP, TRIM51DP, TRIM51EP, TRIM51FP, TRIM51GP, TRIM51HP, TRIM53AP,TRIM53BP, TRIM53CP, TRIM64DP, TRIM64EP, TRIM78P.
12. kromosomi:Onko TRIM-geeniä?
13. kromosomi:TRIM13, pseudogeenit TRIM60P13, TRIM60P19. 
14. kromosmi:  TRIM 9.
15. kromsomi: TRIM19 (PML), TRIM69 (TRIMLESS)
16. kromosomi: TRIM2 0(MEFV), TRM72.
17. kromosomi:  TRIM16, TRIM25, TRIM37, TRIM47, TRIM65.
18. kromosomi: Onko TRIMgeeniä?
19. kromosomi: TRIM28. Tänne sijoittautuu myös Tetherin geeni.
20. kromosomi:Onko TRIMgeeniä?
21. kromosomi:Onko TRIMgeeniä?
22. kromosomi: Onko TRIMgeeniä? Ei, mutta on APOBEC geenirykelmä.
Y-kromosomi: Runsaasti pseudogeenejä  TRIM60PY ( 12 pseudogeeniä )
X-kromosomi: .TRIM1 (MID2), TRIM18 (MID1). 

Lähde: (Suomennan myöhemmin)

Mitä ovat TRIM-geenit? What are the TRIM genes?

•  TRIM perheen  geenit antavat  ohjeita sellaisten proteiinien tekemiseen, jotka osallistuvt  lukuisiin solutoimintoihin.  Suurin osa näistä TRIM- geeneistä omaa merkitystä niille solukoneistoille, jotka siivoavat solusta pois  (esim. proteiinisilppurilla) sellaista proteiiniaineistoa, jota ei tarvita. Vaurioituneet, väärin laskostuneet ja liika proteiinit  saavat  osoitelappunsa, ubikitiinimerkinnän. Ubikitiini toimii signaalina, joka saa nämä proteiinit suuntautumaan  proteosomiin (silppuriin) ja sitten nämä ubikitiinillä merkatut hajoitetaan. Solun normaalikasvussa ja solunjakautumisessa nämä TRIM-proteiinit ovat  olennaisen tärkeitä, samoin apoptoosissa ( programmoidussa, tarkoituksellisessa  solukuolemassa), solun kypsymisessä ja erikoistumisessa (differentoitumisessa) , myös tuumorin syntymisessä (onkogeneesissä)  ja immuunifunktioissa. TRIM-.geenit ovat kautta kehon aktiiveja alkionkehityksen ajoista aikuisuuteen asti.

Genes in the TRIM family provide instructions for making proteins that are involved in a variety of cellular functions. The majority of these genes play a role in the cell machinery that breaks down (degrades) unwanted proteins. Damaged, misfolded, and excess proteins are tagged with molecules called ubiquitin. Ubiquitin serves as a signal to move unwanted proteins into specialized cell structures known as proteasomes, where the ubiquitin-tagged proteins are degraded. The TRIM family's protein-degrading function is important for normal cell growth and division (cell proliferation), self-destruction of cells (apoptosis), cell maturity and specialization (differentiation), formation of tumors (oncogenesis), and immune functions. TRIM gene products are active throughout the body from embryonic development to adulthood.

• TRIM-geenit ovat myös rakenteellisesti toistensa kaltaisia.Kaikki TRIM-geenit  sisältävät  ohjeet sellaisten TRIM- proteiinien tekemiseeen, joissa on kolme  erityistä motiivia. Nämä kolme motiivia ovat "RING finger", B-box ja Coiled Coil -   englantilaisnimiltään. Koska näitä on kolme eri motiivia  , kutsutaan niitä proteiineja nimellä " TRIpartite Motif" sisältävät proteiinit,  TRIM-proteiinit.  Nämä kolme motiivia tekevät yhteistyötä sitoutuessaan  sellaisiin proteiineihin, joita terve solu ei halua  ja merkkaa ne ubitikitiinillä.  SIIS TRIM geeni on tärkeä solun normaaliuden sorvarigeeni.

The TRIM genes are also related through their structure. All TRIM genes provide instructions for making proteins that have three specific regions (motifs) in common. These regions are known as RING finger, B-box, and coiled coil motifs. The presence of these three regions gives the TRIM gene family its name, tripartite motif-containing. The three motifs work together to bind (attach) to unwanted proteins and tag them with ubiquitin.

• Tutkijat ovat antaneet useimmille TRIM-geeneille numeron.( kuten 1: stä miltei  100:aan). Jokin harva niistä on sanut nimen myös sen taudin mukaan, mihin niiden mutaatiolla on havaittu olevan liittymää. Esim mutaatio MEFV- geenissä   aiheuttaa suvussa kulkevaa  Välimeren kuumetta.  TRIM-geenejä  tai pseudogeenejä  löydetään useimmista ihmiskromosomeista.

Most of the TRIM genes are named numerically (such as TRIM10 and TRIM67). A few tripartite motif-containing genes that have known disease-causing mutations are named after the condition they cause (for example, mutations in the MEFV gene cause familial Mediterranean fever). Genes in the TRIM family can be found on most human chromosomes.

Mitkä geenit kuuluvat TRIM- geeniperheeseen?  Which genes are included in the TRIM gene family?

 HGNC eli HUGO Geeninimistö antaa niistä listan.   Genetics Home Reference antaa  TRIM- geenien normaalifunktiot ja terveydellisest merkitykset  muutamille TRIM- perheen jäsenille kuten MEFV, MID1 ja PML:

The HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC) provides a list of genes in the TRIM family.
Genetics Home Reference summarizes the normal function and health implications of these members of the TRIM gene family: MEFV, MID1, and PML.

Springerin  vuoden 2013 kirjassa  kerrotaan tarkemmin  seuraavista TRIM-proteiineista: Ne joista on isompi teksti, ovat alleviivatut.

Mainitaan lyhyesti kromosomista 1p13.1  oleva TRIM33.

TRIM27 on kromosomista  6p22.  

 

 TRIM 24 kromosomista 7 q32- q34.  

 Lyhyt maininta on myös  TRIM 32 proteiinista, joka on  kromosomista 9q33.1 

TRIM5alfa, kromosomista 11p15.5.
 ja sen tapaisesta  TRIM22, myös kromosomissa 11p15 olevasta TRIM-geenirykelmästä. 

TRIM 19 (PML) kromosomista 15q24.1. 

TRIM28 kromosomista 19q13.4.