Leta i den här bloggen

lördag 30 november 2013

Uusi aggressiivinen HIV- 1 kanta havaittu 2011

J Infect Dis. 2013 Aug 30. [Epub ahead of print]  Faster Progression to AIDS and AIDS-Related Death Among Seroincident Individuals Infected With Recombinant HIV-1 A3/CRF02_AG Compared With Sub-subtype A3.

Source

Department of Experimental Medical Science Lund.

Abstract

Background. Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) is divided into subtypes and circulating recombinant forms (CRFs) but the impact of subtype/CRF on disease progression is not fully understood.Methods. We determined the HIV-1 subtype/CRF of 152 seroincident individuals from Guinea-Bissau, based on the C2-V3 region of env. Disease progression was measured as time from estimated seroconversion to AIDS and AIDS-related death. Hazard ratios (HRs) were calculated using a Cox proportional hazard model, adjusting for gender and age at seroconversion.Results. The major subtypes/CRFs identified were CRF02_AG (53%), A3 (29%), and A3/02 (a recombinant of A3 and CRF02_AG) (13%). Infection with A3/02 was associated with a close to 3-fold increased risk of AIDS and AIDS-related death compared to A3 (HR = 2.6 [P = 0.011] and 2.9 [P = 0.032], respectively). The estimated time from seroconversion to AIDS and AIDS-related death was 5.0 and 8.0 years for A3/02, 6.2 and 9.0 years for CRF02_AG, and 7.2 and 11.3 years for A3.Conclusion. Our results show that there are differences in disease progression between HIV-1 A-like subtypes/CRFs. Individuals infected with A3/02 have among the fastest progression rates to AIDS reported to date. Determining the HIV-1 subtype of infected individuals could be important in the management of HIV-1 infections.

KEYWORDS:

CRF, HIV-1, West Africa, disease progression, subtype

onsdag 27 november 2013

Mitä SAMHD1 tarkoittaa?

Lyhennys tulee sanasta  sterile alpha motif and histidine-aspartatic domain protein 1.  Se on 626 aminohappoa sisältävä proteiini, joka paikallistuu tumaan ja sillä on ainutlaatuinen SAM- motiivinsa ja histidiini (H) -aspartaatti (D)-domaaninsa jotka sijaitsevat peräkkäin.  Proteiinin  ovat kuvanneet Aravind ja Koonin vuonna 1998, lisätietoja  Qiaolta ja Bowielta  vuodelta 2005.
HD domaani on  kuten tyypilliset fosfohydrolaasit. HD- käyttää substraatinaan nukleotidejä.
SAM- domaanilla on  runseasti proteiini-interaktioita sekä proteiini-tuma-interaktioita ja  prosessseissa välitysvaikutuksia.

SAMHD1  pystyy ´pilkkomaan d-nukleotidejä desoxynukleosideiksi ja (tri)fosfaateiksi.

Kun on tutkittu primääristä aminohappojärjestystä niin SAMHD1:ssa  on havaittu  11-14 asemassa KRPR, mikä on  "klassinen monopartiitti consensus tumaan lokalisoiva signaali". mikä on todettu  viime vuonna. (Hofmann et al.)

Mikä siten SAMHD1:n tärkein  funktio onkin niin HIV-1 virus ei omaa  spesifistä keinoja (tätä tekijää vastaan. kuva selittää miten paha asia on jos tulee  molempaa virusta.
http://www.retrovirology.com/content/figures/1742-4690-9-88-1.jpg

http://www.retrovirology.com/content/figures/1742-4690-9-88-1.jpg

 Sensijaan HIV-2 viruksella on tekijä vpx, joka vaikuttaa   tähän  entsyymiin.
 Vpx  menee sen kanssa interaktioon ja esiintyy tumassa.  ja aloittaa sellaisen prosessin mistä seuraa SAMHD1 proteiinin vähentymä ja siirtymä  sytoplasmaan ja siellä olevaan proteiinisilppuriin..
Kokeellisesti on osoitettu RNAinterferenssillä että kun  on  hiljenneytty SAMHD1, niin vaikutus on se että HIV-1 pääsee infektoimaan makrofageja ja dendriittisoluja  aivan Vpx tekijästä riippumattakin. 

Muille restriktiotekijöille on tyypillistä, että kun ne ovat saaneet aikaan antivirusvastetta ja interferonieritystä, interferonit ovat tyyppiä I.
Mutta  vain SAMHD1 defektissä  tapahtuu että  tyypin I interferonieritys kohoaa.  Tällainen tauti on  olemassa  Aicardi-Goutieren oireyhtymä.  Siitä  SAMHD1 oli tunnistettu jo aikaisemmin, ennenkuin tiedettiin että se on myös lentiviruksissa  restriktiotekijä.
SAMHD1 on luonnollisen immuniteetin negatiivinen säätelijä  ( negative regulator  of the innante immunity)

SAMHD1 toimii restriktiotekijänä ja rajoittaa viruksen replikoitumista  myeloisissa soluissa .
Se on restriktiotekijänä   sellaisissa soluissa, joissa ei tapahdu solusykliä ja  lepotilassa olevissa  CD4+ T-soluissa

HIV-2 infektion aiheuttama tauti  on hitaampikulkuista kuin HIV-1 infektion aiheuttamassa taudissa Viruskuorma on vähempää.   T solujen CD+  molekyylit katoavat hitaampaa . Kliinisten oireitten kehittyminen on hitaampaa.


Uusi restriktiotekijä SAMHD1

Spirngerkirjasarjan  katsauksessa (20139  solunsisäiestä immuniteetista on  neljännessä luvussa melkoisen uudesta restriktiotekijäsä asiaa. Artikkeli on  tri mark Sharkeyn kirjoittama. Miamin yliopistosta.
 http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-37765-5_4
 Molekyyli , siis tämä entsyymiä on tunnettu ensisijaisesti defektinsä  aiheuttamasta  tautitilasta Aigardi-Goutieresn syndroma  (AGS5). Lisäksi näyttää oelvan uuttakin kliinistä tietoa tämän geenin merkityksestä kuten  aivoverisuonitautia, mihin liittyy varhainen halvaus.  Retrovirusten kannalta   sen  osoittaminen restriktiotekijäksi on  ollut monimutkaisempaa kuin kolmen ensimmäisen  kirjassa mainitun restriktiotekijän proteiinien osoitaminen. 
Geeni sijtaitsee kromosomissa 20q11.3.  Minun karttani mukaan tässä kromosomissa 20 ei ole APOBEC3-geenejä, Ei Trim-geenejä eikä  Tetheriinigeeniä.

 Tässä  allaolevassa lähteessä on tiivistetty  SAMHD1-geenifunktio näin:

Kyse on isäntäsolun  restriktiivisestä nukleaasista, joka blokeeraa varhaisvaiheessa viruksen replikaation dendriittisoluissa (DC)  ja muissa myeloisissa soluissa.
  Se saattaa toimia vähentämällä solun DNA:n replikaation tarvitsemia    nukleosiditrifosfaatteja (dNTP, eli dGTP, dCTP, dATP, dTTP) )  hydrolysoimalla niitä nukleosideiksi (G,C,A,T)  ja inorgaanisiksi fosfaateiksi (Pi)  niin matalaan pitoisuuteen, että  retroviruksen käänteiskopioitsija-entsyymi ei saa kokoon niitä tarpeeksi  virusperäisen sDNA.n transkriboimiseksi.
SAMHD1 saattaa myös  omata  osaa TNFalfasignaloinnin  proinflammatoristen vasteiden välittäjänä. .


 http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SAMHD1

Entrez Gene summary for SAMHD1 Gene:


This gene may play a role in regulation of the innate immune response. The encoded protein is upregulated in response
to viral infection and may be involved in mediation of tumor necrosis factor-alpha proinflammatory responses.
Mutations in this gene have been associated with Aicardi-Goutieres syndrome. (provided by RefSeq, Mar 2010)

GeneCards Summary for SAMHD1 Gene: 


SAMHD1 (SAM domain and HD domain 1) is a protein-coding gene. Diseases associated with SAMHD1 include aicardi-goutieres syndrome type 5, and cerebral vasculopathy with early-onset stroke. GO annotations related to this gene include RNA binding and phosphoric diester hydrolase activity.

UniProtKB/Swiss-Prot: SAMH1_HUMAN, Q9Y3Z3

Function: Host restriction nuclease that blocks early-stage virus replication in dendritic and other myeloid cells. May
function by reducing the cellular dNTP levels to levels too low for retroviral reverse transcription to occur. May
play a role in mediating proinflammatory responses to TNF-alpha signaling

Gene Wiki entry for SAMHD1 Gene

Retrovirusrokotteen ominaisuuksista

http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0060500

Retrovirusrokotteessa tulisi ottaa huomioon solunsisäisen immuniteetin tekijät ja niitten  tulisi saada jokin suoja  "alta", jotta antivirusstatuksen  kehittäminen tulisi mahdollisesksi kehossa. 
Nehän  kuten Vpu vie "alta " esim Tetheriinin niin että  sitä ei voi pinnalta mitnekään havaita. muuten kuin että virionit  päsevät vilkkasti erilleen   eteenpäin.

 Jonkin tekijän rokotteessa tulisi suojata  solutekijöitä ja avustaa herättämään antivirusstatus.
On ilmeistä että provirusta voi olla joka kromosomissa missä näitä  solunimmuniteetin tekijöitä koodautuu, joiten kanssa  HIV virus tekijät koko ajan taistelevat- ja ehkä joiden viitteestä ne suuntautuvat tiettyihin kromosomeihin  laajana spektrinä kuten solutekijätkin, joku niistä ainakin.
Viruksen proviruksen  asettamisen valintakohta kromosomistossa  kartoitettuna voisi valaista tästä  asiaa. Tietysti esim  TRIM, APOBEC ja Tetheriini  mm aktivoituvat kromosomistossa koska niitä tarvitaan ja niiden locukset ovat  tietysti   aktivoituneena , miä valmistaa proviruksille paikkoja  genomiin. Vastakkainen terapia olisi  sulkea solunsisäisen immuniteetin  funktiot joksikin aikaa jolloin genomissa  ne vastaavat  geenit hiljenisivät. (Mutta  järejstelmällä on muitakin tehtäviä koko kehon terveyden kannalta)  Sytosolinen  Proteiinislppuri on siis kokonaan HIV- käytössä  tässä infektio-replikaatio vaiheessa.  Todellinen   challenge  aivolle tuo HIV. Koko maailman  tiedemiesverkko  koettaa ratkoa sen  ongelmaa.

Introduction

The innate arm of the immune system could critically shape the adaptive immune response against pathogens. Major efforts to understand these innate immune mechanisms against HIV-1 resulted in the identification of restriction factors such as TRIM5α [1] and APOBEC3G [2], but how these factors shape adaptive immune responses against HIV-1 is difficult to study in humans in vivo.

 In contrast, the interplay between innate and adaptive immunity has been studied extensively in the Friend retrovirus (FV) infection model [3][5]. FV is a complex of a replication-competent Friend Murine Leukemia Virus (F-MuLV) and a replication-defective Spleen Focus Forming Virus (SFFV), that cause severe splenomegaly and erythroleukemia in mice [3][5].

 Different inbred mouse strains exhibited distinct resistance and susceptibility to FV infection and disease that mapped to a handful of genes that include Fv1, Fv2, and Rfv3 [3][5] (Table 1). Interestingly, Fv1 and Rfv3 are the functional counterparts of human TRIM5α and APOBEC3G, respectively [6][8].

 Thus, understanding the impact of Fv1 and mouse Apobec3 (or mA3) on FV adaptive immunity may provide insights for basic HIV vaccine discovery.

....

Retrovirusten sukutaulu  on Wikipediassa.

 http://en.wikipedia.org/wiki/Retrovirus

Rokote HIV- virusta vastaan (1)

Keski -Texasista tulee tällaista tietoa:
 http://austin.ynn.com/content/news/296233/central-texas-researchers-working-hard-for-hiv-vaccine
"Tohtori Harriet Robinson on  työskennellyt 15 vuotta  löytääkseen tehoasetta HIV-tä  ja AIDS:ia vastaan. "Arvelen, että olemme paljon lähempänä päämäärää kuin viisi vuotta siten. Tällä kentällä on edistytty tavattomasti .  Rokote on oleva avainasemassa oleva ase.  Vaikka tutkijat ovatkin vielä kehittelyvaiheessa  tämän tappavan taudin rokotteen luomisessa , niin tulokset ovat lupaavia. Meidän rokotteemme käsittää  infektoimattomia   viruspartikkeleita, joita on myös  hepatiitti B-virusrokotteessa, papilloomavirusrokotteessa, jotka ovat menestyksekkäitä rokotteita, kertoi tohtori Robinson.  Hänen puheensa päätyttyä kuulujakunnalla oli   opitimistisemmat  tunnelmat kuin ennen. Tri John  Midturi muiden muassa   sanoi että  nämä uutiset tutkijatasossa   olevista rokotteista ja niiden tehosta olivat mielenkiintoisia. Tiedämme  tällaisen merkitsevän   olennaista tulevaisessa HIV - huollossa, mutta  sitä ei ole saatavilla  vielä tänään.

Vaikka  tämän hetken rokote puuttuukiin ihmiset eivät ole  täysin  avuttomia.
Felix Almodovar  ( ---)   kouluttaa Bellin alueen  väestöä  HIV preventiosta ja suojauksesta.  Vaikka Texasissa opetetaan  useimmin  pidättymistä  Almodovar  uskoo väestön tarvitsevan enemmänkin  informaatiota sillä periaateella,  että " HIV infektiota ei voi parantaa mutta se on 100%:sti estettävissä".

Nykyisellään  Texasin  valtion alueella   kyseinen alue  Bellin  maakunta on HIV- infektoituneelta  väestöpitoisuudeltaan 13.  sijalla. Kyse on lähinnä nuoresta väestöstä  ja Almodovar korostaa miten tärkeää on käydä testissä.  Hän mainitsee että onglema ei ole vain kliinikkojen vaan tiedemiehetkin tekevät laaja- alaista  intensiivistä työtä koettaessaan  löytää parantavaa keinoa HIV- infektioon.

Tohtori HarrietRobinson toivoi puheessaan, että kerran olisi saatavilla ROKOTE, jonka voisi esittää väestölle.
Lääketeiteellisten viranomaisten mukaan HIV-AIDS on viidenneksi suurin kuolemansyy maailman väestössä"

Kommentti:
Tämä tauti jota "ei ollut" 30 vuotta sitten ,
on nyt  maailmankansoissa viidenneksi pahin kuolemansyy
Tällä hetkellä HIV välittyy  verestä,  eri elinnesteistä, äidinmaidosta,   välineistä, joissa noita eritteitä tai verta joutuu  terveen kehoon. Suorin inokulaatio on  kehojen  erilaiset  lähi kontaktit joissa eritteet  tai veri siirtyy  toisen kehoon 
tai  suora  inokulaatio verenkiertoon, esim verensiirron kautta , kontaminoitujen ruiskujen kautta kuten narkomaaneilla.

Millä tavalla HIV ei toistaiseksi välity:

Aerosoleista,  yskänpisaroista,  hengitykseetä,  vaatteista, ehjästä ihosta,  ym
tiloista ,  joissa virus on joutunut  pois  elinnesteen ympäröimästä tilasta liian pitkäksi ajaksi ja kuollut. Virus on parasiitti, joka  obligatorisesti vaatii  siirtovaiheessa  elossapitävää  elinnestettä ja  replikointivaiheessa elävän solun koneistoa.  Latenssin vaiheen se tekee  elävän solun kromosomistoon.

Pitäisi huomioida onko HIV evoloitunut/evoloitumassa  tässä siirtymiskyvyssään.
Pandemia tulisi silloin saamaan toisen  kartan.
Tulee myöskin odottaa tietoja, jos jossain kehittyy sitä vastaan immunologista vastustuskykyä, ja millä mekanismilla  sitä kehittyy. 

Joulukuun 1. päivä on kansainvälinen päivä AIDS pandemiasta

Jos tekee yhteenvetoa  epidemiologisita taulukoista, maailmankartasta,  käytöksellisten tekijöitten ja uskonnon vaikutuksesta  tähän pandemiaan, voisi päätellä että  evolutionaalisen vuoden kuluttua maapallo on islamilaisten hallussa, apinat ovat kadonneet ja muita kalvaa jokin  nopea dementia, joka lyhentää eliniän.

http://www.who.int/vaccine_research/diseases/hiv/en/
Tällä hetkellä infektoiutmisvauhti on 14 000 tapausta päivässä.
 Parantavaa lääkettä ei ole tähän mosaiikasti   evasoituvaan  virukseen, joka tuhoaa mm heti aluksi   solunsisäisen immuunijärjestelmän, jonka tehtävänä on siivota kaikki  retroelementti,  joka haittaa genomin stabiilisuutta. Siis  kaikki runsaat  retroelementit jäävät ikäänkuin  olemaan ja edistävät  dementiaa ja kehon luhistumista, kyse ei ole vain tästä yhdestä retroelementistä hiv.  Se vaikuttaa  monien, ehkä kaikkien solunsisäisten  antiretroviraalisten  järjestelmien  luhistumista.  Onko löydetty mitään antriretroviraalista järjestelmää, mitä se ei evasoi?

Siis koskaan Hiv virusta ei voiteta millään pelkällä  pillerillä tai piikillä, ellei   infektoitumista estävä käytös ojennu  niihin Nooan jälkeisiin Raamatun ohjeisiin, jotka ovat  ammoisista ajoista Hiv viruksen kaltaista  infektiota estävät. HIV on evoloitunut zoonoosien kautta   miljoonaa  vuosia ja vasta nyt päässyt siirtymään  ihmisestä toiseen tarttuvaksi  viime vuosisadalla.  Jopa silloin kun valmistuin läkäriksi 1972,  ei tuollaisesta  ihmisen  autoimmuunisesta retroviruksesta  osattu mitään mainita . Virus sai olla  hämärässä kytemässä ties kuinka monet vuodet lääkärien tietämättä.

Islamilaiset  mahdollisesti noudattavat niitä  Nooan  ja Mooseksen ohjeita käytännössä enemmän kuin juutalaiset tai kristikunta, sillä juutalaisille tuli myöhemmin  myös pyrkimystä monogamiaan, mikä kristikunnassa on jopa  lakina, ja samalla  syynä  vapaitten suhteitten  rönsyilyyn ja hiv viruksen leviämiseen. Nooan  esimerkin mukaan kyllä jokaisella miehellä oli oma vaimonsa, yksi.  Monogamiaa koetettiin siinä arkissa soveltaa jokaisen eläinlajiinkin. Arkki oli monogamian yritys.

Myöhään  opiksi kiteytynyt islam   sallii  ikivanhaan tapaan  joitain seikkoja kuten  jakobiaanisen  neljän vaimon ´hankkimisen miehille, jolloin  ilmeisesti  taipumus  hiv- virusta levittäviin tapoihin vähenee.  Tämä saattaa selvittää miksi kartalla ainakin islam- alueilla on vähemmän hiviä ja aidsia. Mutta saattaa olla että  kyseessä on puuttuva informointi. 

Raamatussa  kielletään kaikki sellainen, mikä aiheuttaisi  veren kautta tapahtuvaa kontaminoitumista -. Uudessa Liitossa lisäksi lopetettiin kaikki veriuhrit, joten  niidenkin mahdollinen kontaminaatiolähde väheni.   lihan teurastus  ei myöskään konsentroitu yhten paikkaan, mikä konsentroi myös verivirukset yhteen paikkaan.   Mutta ravinnoksi  teurastaessa piti  eläimen veri  antaa valua pois ja peitettiin maahan. Eikä itsestään kuollutta saanut kristittykään  syödä, kuten ei juutalainenkaan.  Kasvisruoan käyttökin sallittiin normaaliutena.  Uuden Liiton perusohje on Välttäkää verta  kuten  myös  avioliiton ulkopuolisia suhteita

Niin korkeaa moraalia, mitä Jeesus opetti maailmalle, ei tosin voi implementoida vasten ihmisen omaa tahtoa, koska se on tahtoelämälle kohdistettua sanomaa.

Jotkut ymmärtämättömät- tietämättä että juutalaisuus oli surmannut kaikkii homoseksualistiset ja avionrikkojat  kivittämällä siihen mennessä kun Jeesus alkoi puhua mielenmuutoksen tärkeydestä- muokkaavat itselleen sellaista Jeesuskuvaa ,  joka on  tämän ajan  korruptiivisen yhteiskunnan  materiaalista  parsittu jokaisen  mieliksi kokoon.

 Kristikunnan kauhuksi islamilaiset edelleen - ( 2000 vuotta jeesuksen opetuksesta  on kulunut)-  noudattavat sitä kivittämisperiaatetta joissain maissa, minne ei ole  tullut Uuden Testamentin oppi, jossa ihminen tahtoo noudattaa Jumalan lakia ja myös avioliiton monogamista korkeatasoista moraalia  mielellään ja  tottelee niitä  edellyttäviä  sääntöä, mitkä suojaavat ihmiskunnan älyllistä kehittymistä ja eliniän pituuskin siinä  runsaantuu.  Lähimmäisen rakkaus ja  keskinäinen kunnioitus ja muut hyveet eivät kärsi noitten peruslakien noudatuksesta.

Pakanakansoille (roomalaisille, kreikkalaisille) , joilla ei ollut niitä   homoseksualistien  poisjuurtamislakeja itsellään , annettiin ensimmäisenä ohje  tahdonalaisesti välttää  sellaisia tapoja, joista  Vanha Testamenti kivitti .
Roomalaiskirje on tästä esimerkki.  Rooman valtakunta oli luhistumassa korruptioonsa niinä aikoina, mutta ehti  aggressioissaan surmata  moraalisaarnaa ylläpitävää kristillistä seurakuntaa  erinäiset  määrät- mitä raaimmin.

Kristikunnan säännöissä on avioliitosta muutamia mainintjoa:
Mies tietäköön hankkia itselleen vaimon.  
Seurakunnan johtajan tulee olla yhden vaimon mies.  
 
 Tässä muuten  ei sanota miten seurakunnan  hierarkian  alemmassa portaassa olevien perheitten kanssa oli. Moni  ilmeiseeti  saattoi olla  tullut  uskoon perhekuntineen  ja liittyä seurakuntaan kun jo oli useita vaimoja ja monesta useita lapsia..  Ei heitä karkoitettu seurakunnasta, mutta  tällaiset sultaanit ja klaanijohtajat eivät  saaneet seurakunnan johtajan virkaa.

 Tietysti Pyhä Henki  ja Jumala itse  on oikeutettu  tekemään valintoja. Hän valitsi Paavalin, Hän valitsi Daavidin jne. jostain muusta syystä kuin  henkilön    sosiaalisten suhteitten kuvankauneuden  perusteella.  Sellaisia valintoja voi tapahtua edelleen.

 Ihmettelen että  esim influenssapandemiasta on niin kova kohu ja sen profylaktiasta, mutta HIV pandemiasta ei edes mainita että  kristillisen moraalin palauttaminen yhteiskuntaan  olisi sen paras ennalta estäjä ja sellaista moraalia tulisi opetaa kautta maailman- aivan Jumalan Pojan käskystä.

Islam  tulee tässä vetämään sen pitemmän kortensa.  Kristikunnan Jeesuskuvan mutiloinnin takia islamilaiset  eivät näe Häntä Jumalan Sanana, joka tuli lihaksi. Eikä Jumalan Poikana.

Näen HIV- infektiopandemiaan suurimpana syynä kristinuskon antaman tiedon valon puuttumisen, kristinuskon sanoman muuntamisen,  vuosituhanten välimpitämättömyyden  evankelimun levittämisestä tasapuolisesti kaikille kansoille. Nyt se kostautuu. Onneksi on alkanut  endogeeninen kristinuskon  herätys Afrikassa.  Siinä  otetaan Uusi Testamentti suoraan vastaan ilman kristikunnan lankeamisen aiheuttamia  sanoman muuntelemisia. Sieltä voi tulla  maita joissa  HIV loppuu meutenkin kuin sharian kautta.  Ikävä  vain että islamilaiset - vaikka heille on tärkeää  tietty moraali,  näkevät kristityt lähinnä  elinkelvottomina  ja maapallolta poistettavana  materiaalina.  mikä taas heijastaa, että ei siinäkään ismissä ihan ole kaikki jenkoillaan, vaikka HIV- vähenisikin.

Siis- rokotteen keksimisyrityksilläkin on  vankka sijansa tässäkin asiassa. Vaikka tosiaiseksi on vaikea kuvitella mistä ainesosista se tulisi koostaa.





tisdag 26 november 2013

Proteiinisilppuri ja ubikitinaatio

Tästä on olemassa animaatioita netissä.
http://www.youtube.com/watch?v=jo8gx61BR-Y
Terve keho hävittää väärät, liiat ja vialliset proteiinit tällä järjstelmällä ja hyödyntää proteiinien alkuaineet, aminohapot ym  jälleenrakennustyöhön.
Tämän leimaus-, hajoitus-  ja hyödynnysjärjestelmänkin  HIV-1 virus on kaapannut ja koettaa työntää silppuriin solun puolustustekijöitä omilla  aseillansa  välttyäkseen itse  tuholta. 

HIV-1 virus ottaa vakvasti huomioon solunsisäisen immuniteetin. Vpu ja Vif.

HIV- 1 virus on kehittänyt evoluutiossa   aivan spesifiset aseet  ihmiskehon  solunsisäisiä  puolustavia tekijöitä vastaan 
kuten  Vif, joka  johtaa APOBEC3 molekyylit proteiinisilppuriin ettei niitä tulisi mukaan uusiin virioneihin,
 sekä Vpu- proteiinin, ettei Tetheriini estäisi  uusien virionien vapautumista. 

Methods Mol Biol. 2014;1087:135-58. doi: 10.1007/978-1-62703-670-2_12. HIV-1 Accessory Proteins: Vpu and Vif.

Source

Laboratory of Molecular Microbiology, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA.

Abstract

HIV-1 Vif and Vpu are accessory factors involved in late stages of viral replication. Vif regulates viral infectivity by preventing virion incorporation of APOBEC3G and other members of the family of cytidine deaminases, while Vpu causes degradation of CD4 and promotes virus release by functionally inactivating the host factor BST-2 (Tetherin) . This chapter described techniques used for the characterization of Vif and Vpu and their functional interaction with host factors. Many of the techniques are, however, applicable to the functional analysis of other viral proteins.
PMID:
24158820
[PubMed - in process]

Tetheriini (liekaan laittava molekyyli)

LÄHDE:   Stuart J.D. Neil. The Antiviral Activities of Tetherin. In: bryan R. Cullen(2013). Intrinsic Immunity. ISBN978-3-642-37764-8
http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-37765-5_3#page-1
Tähän artikkeliin liittyy monta  selkeää kuvaa, joista  kuva 4. selvittää miten  Tetheriinin on joissain olosuhteissa mahdollista herättää täysi antiviraali status. Huomaa  Springerin kuvista miten samantapainen on Vpu molekyyli.
Tri S Neil on erityissti tutkinut Vpu virusproteiinia
.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=Neil%20SJ[Author]&cauthor=true&cauthor_uid=23686232


KUVIA ihmisen Tetheriinistä löytyy myös tästä lähteestä:
 Tether on englantilainen verbi ja se on  liekaan laittamista (tethering) .
Tetheriini on sen pienen proteiinin nimi,  joka  laittaa liekaan solua  ja virioneja keskenään. http://www.pnas.org/content/107/43/18428.figures-only
Löytyy kuvia joissa  HIV-1 Vpu ja Tetheriiniini- interaktio myös näkyy ( Kuva A)
 http://c431376.r76.cf2.rackcdn.com/19217/fmicb-02-00250-HTML/image_m/fmicb-02-00250-g002.jpg



Ainoat tunnetut ihmisessä vaikuttavat  antagonistit  tetheriinille ovat  virusperäiset tekijät  Vpu ja K5.
HIV-1 virus on katsonut tarpeelliseksi evoluutiossa kehittää tetheriinille  vastavaikuttajan ja se on HIV-1 virusproteiini Vpu, joka ulkonäöltöön jä kokoluokaltaan on  samantapainen.
Molemmilla on transmembraaninen ( plasmakalvon läpimenevä)  osa, jolla  voi asettua vuorovaikutukseen ja sillä  fysikaallisella  asettumalla ja vuorovaikutuksella  Tetheriini koettaa kiinnittää HIV-.1- virionit  toisiinsa ja solukalvoon ja toisaalta Vpu koettaa solun sisätilassa jo takertua siihen, vähentää sen pääsyä pintaan virionien kimppuun  ja viedä sen sensijaan  silppuroitumaan.

Tetheriini nimittäin haittaa  HIV-viruksen  uusien viruspartikkeleitten vapaata uloslähtöä infektoituneesta solusta. Se hankaloittaa  olennaisesti viruksen lisääntymisprojektia  aiheuttamalla uusien virionien sakkautumisen, kiinnijäämisen   solupintaan. josta ne voivat opsonisoitua , tulla komplementin puhdistamiksi tai ne voivat  herättää jopa  Interferonijärjestelmän ja herättää vähitellen  kehon  koko antivirusgeenistön ja puhdistaa kehon tästäkin viruksesta kuten muistakin retroelementeistä.
 On arveltu sitäkin, että  jopa ainoastaan   HIV-I: n kehittämän Vpu- tekijän  ainutlaatuisen kyvyn takia HIV on ihmiskunnassa pandeminen virus. TETHERIINI  on asia,  jota sietää pohtia. Otan tässä sitaatin sen geenistä ja siihen kuuluvista asioista:

Jos Vpu- tekijä ei tekisi TETHERIINIÄ  tehottomaksi ( johtamalla sitä  proteiinisilppuriin, se pystyisi kehittämään vähitellen  laajan antiviraalisen  tilan solussa ja kehossa ja saisi viruksesta voiton kehon omin  immunologisin keinoin.
  Ennen kuin tetheriini alettiin tuntea tarkemmin, tiedettiin että  se on olemassa, koska Vpu kohdistaa vastavoimansa  tarkasti  johonkin  erityiseen   tekijään,  joka sitten osoittautui olevan juuri tämä tetheriini.
 TETHERIINI itse asiassa tunnettiin ensin muunlaisista ominaisuuksistaan, josta sen ensimmäinen nimikin on  peräisin (BST2). Nyt näyttää olevan vielä uutisissa  jotain sen uusistakin  funktioista, eikä vain  HIV-1 virusta koskevista asioista.

Kromosomin ja geenin  nimen ja njumeron löydän tästä:  BST2/CD317. Kromosomi 19. p13.1.  

 http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=BST2

Entrez Gene summary for BST2 Gene:









Bone marrow stromal cells are involved in the growth and development of B-cells. The specific function of the protein encoded by the bone marrow stromal cell antigen 2 is undetermined; however, this protein may play a role in pre-B-cell growth and in rheumatoid arthritis. (provided by RefSeq, Jul 2008)
GeneCards Summary for BST2 Gene: 









BST2 (bone marrow stromal cell antigen 2) is a protein-coding gene. Diseases associated with BST2 include west nile encephalitis, and megakaryocytic leukemia. GO annotations related to this gene include metalloendopeptidase inhibitor activity and protein homodimerization activity.
UniProtKB/Swiss-Prot: BST2_HUMAN, Q10589









Function: IFN-induced antiviral host restriction factor which efficiently blocks the release of diverse mammalian enveloped viruses by directly tethering nascent virions to the membranes of infected cells. Acts as a direct physical tether, holding virions to the cell membrane and linking virions to each other. The tethered virions can be internalized by endocytosis and subsequently degraded or they can remain on the cell surface. In either case, their spread as cell-free virions is restricted. Its target viruses belong to diverse families, including retroviridae: human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1), human immunodeficiency virus type 2 (HIV-2), simian immunodeficiency viruses (SIVs), equine infectious anemia virus (EIAV), feline immunodeficiency virus (FIV), prototype foamy virus (PFV), Mason-Pfizer monkey virus (MPMV), human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1), Rous sarcoma virus (RSV) and
murine leukemia virus (MLV), flavivirideae: hepatitis C virus (HCV), filoviridae: ebola virus (EBOV) and marburg virus (MARV), arenaviridae: lassa virus (LASV) and machupo virus (MACV), herpesviridae: kaposis sarcoma-associated herpesvirus (KSHV), rhabdoviridae: vesicular stomatitis virus (VSV), orthomyxoviridae: influenza A virus, and
paramyxoviridae: nipah virus.
 Can inhibit cell surface proteolytic activity of MMP14 causing decreased activation of MMP15 which results in inhibition of cell growth and migration. Can stimulate signaling by LILRA4/ILT7 and consequently provide negative feedback to the production of IFN by plasmacytoid dendritic cells in response to viral infection. Plays a role in the organization of the subapical actin cytoskeleton in polarized epithelial cells

Gene Wiki entry for BST2 (Tetherin) Gene



APOBEC3 geenirykelmä sijoittuu kromosomiin 22.

Tästä geenirykelmästä on myös uutinen APOBEC3A geenitiedon kohdalla. Otan siteerauksen geenipankista. On varmistettu yhteydet tämän geenin ja sairauksine  välillä: hepatiitti Bvirusinfektio ja psoriasis.
Tuossa kun selasin  vaatimatonta kromosomivihkoni  karttaa, huomasin että kromosomissa 22 ei olltu TRIM-geenejä, muta sensijaan siinä on koko APOBEC-rykelmä, kaikki ne  7 päägeeniä ja lisäksi siinä on pseudogeenejä. Ne sijoittuvat alueelle Kr. 22 q13.1-q13.2 
 http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=APOBEC3A

Entrez Gene summary for APOBEC3A Gene:

This gene is a member of the cytidine deaminase gene family. It is one of seven related genes or pseudogenes found in a
cluster, thought to result from gene duplication, on chromosome 22. Members of the cluster encode proteins that are
structurally and functionally related to the C to U RNA-editing cytidine deaminase APOBEC1. The protein encoded by
this gene lacks the zinc binding activity of other family members. The protein plays a role in immunity, by
restricting transmission of foreign DNA such as viruses. One mechanism of foreign DNA restriction is deamination of
foreign double-stranded DNA cytidines to uridines, which leads to DNA degradation. However, other mechanisms are also
thought to be involved, as anti-viral effect is not dependent on deaminase activity. Two transcript variants encoding
different isoforms have been found for this gene. (provided by RefSeq, Jul 2012)

GeneCards Summary for APOBEC3A Gene: 

APOBEC3A (apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3A) is a protein-coding gene. Diseases associated with APOBEC3A include hepatitis b virus infection, and psoriasis. GO annotations related to this gene include cytidine deaminase activity and deoxycytidine deaminase activity. An important paralog of this gene is APOBEC3G.

UniProtKB/Swiss-Prot: ABC3A_HUMAN, P31941
Function: DNA deaminase (cytidine deaminase) with restriction activity against viruses, foreign DNA and mobility of
retrotransposons. Exhibits antiviral activity against adeno-associated virus (AAV) and human T-cell leukemia virus
type 1 (HTLV-1) and may inhibit the mobility of LTR and non-LTR retrotransposons. Selectively targets single-stranded
DNA and can deaminate both methylcytosine and cytosine in foreign DNA. Can induce somatic hypermutation in the nuclear
and mitochondrial DNA. May also play a role in the epigenetic regulation of gene expression through the process of
active DNA demethylation

Gene Wiki entry for APOBEC3A Gene

fredag 22 november 2013

Mihin ihmiskromosomiin HIV-1 valitsee asettaa provirusta?

http://genome.cshlp.org/content/17/8/1186/F1.expansion.html
Kun tässä katsoo tutkijoitten aikaansaamaa karttaa kromosomeista , huomaa jotakin , mikä viittaa samanlaiseen kertymään kuin  myös antivirusapparaatin geenit. Tämä olisikin  luonnollsita, sillä järjestelmällä on  sekä sytopalsmienn että nukleaarinen sijainti ja jos nyt  virus haluaa kaapata tämän järejstelmän,  niin se tosiaan voi äyttää sitä hyödyksi  myös  latenssiksiasettumiseensa   tiettyihin kromosomeihin, josta se on saanut "tiedon " näitten  kaapattujen proteiinien kauta:
Kromosomeissa

Karyoferiini

http://www.retrovirology.com/content/10/1/20

HIV tekee evasion tunnistusvaiheessa estäen Interferonien (IFN) signalointikaskadin kehittymästä

Tuossa TRIM-proteiineja lukiessa huomaa, että HIV- viruksen täytyy heti alkuunsa koettaa tehdä evaasio  TRIM-järjestelmälle,  koska TRIM  alkaisi tunnistaa heti viruksen sisäänmenovaiheesta alkaen  tungettelijavirusta. Tästä evaasiosta löytyy tuoretta tekstiä ihan marraskuulta 2013 PubMed hakulaiteella. Suomenna tässä välissä.
LÄHDE:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24196705
SITAATTI 
Nature. 2013 Nov 21;503(7476):402-405. doi: 10.1038/nature12769. Epub 2013 Nov 6. 
HIV-1 evades innate immune recognition through specific cofactor recruitment.
University College London, Medical Research Council Centre for Medical Molecular Virology, Division of Infection and Immunity, University College London, 90 Gower Street, London WC1E 6BT, UK.

TIIVISTELMÄ  (Suomennosta) Abstract

  • Ihmisen immuunivajevirus (HIV)-1 kykenee replikoimaan ( tuottamaan kopioita omasta genomistaan)  ihmisen makrofageissa stimuloimatta esiin luonnollista immuunivastetta huolimatta virusgenomin RNA:n  käänteiskopioimisesta  kaksisäikeiseksi DNA:ksi   minkä odottaisi jo  laukauisevan  valmiuteen   luonnollisen puolustuksen ne reseptorit,  jotka tunnistavat patogeenin mallin.

Human immunodeficiency virus (HIV)-1 is able to replicate in primary human macrophages without stimulating innate immunity despite reverse transcription of genomic RNA into double-stranded DNA, an activity that might be expected to trigger innate pattern recognition receptors.

  •  Tästä tutkijat  päättelivät, että mikäli tuo HIV-1 viruksen kapselin purkaminen   sekä tumaan sisäänmeno ovat virukselle tärkeät   suojata luonnollisiota   sensoreilta evaasiolla , silloin  HIV-1 kapsidin(CA) ja niitä prosesseja mahdollisesti säätelevien  isäntäsolutekijöitten spesifisen  interaktion manipulaatiolla  voitaisiin triggeröidä esiin  tunnistusreseptorit ja täten stimuloida esiin tyypin 1 interneronin (IFN) eritys

We reasoned that if correctly orchestrated HIV-1 uncoating and nuclear entry is important for evasion of innate sensors then manipulation of specific interactions between HIV-1 capsid and host factors that putatively regulate these processes should trigger pattern recognition receptors and stimulate type 1 interferon (IFN) secretion.

  •  Tässä tutkijat osoittavat, että HIV-1, joka on  kapsidinsa suhteen mutatoitunut  eikä  kykene interaktioon kofaktoreiden CPSF6 ja CypA  kanssa , eivät voi replikoitua ihmisen monosyyttilinjasta johtuneissa makrofageissa, koska ne triggeröivät esiin luonnolliset sensorit ja johtavat  NFkappaB ja IRF3 tekijäin tumaan translokoitumiseen ja täten liukoisen 1-tyypin interferonin (IFN) tuotantoon sekä antivirustilan induktioon. 

Here we show that HIV-1 capsid mutants N74D and P90A, which are
 impaired for interaction with cofactors 
 cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 (CPSF6)
and cyclophilins (http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Genes_on_chromosome_7)
 (Nup358 and CypA), respectively,
cannot replicate in primary human monocyte-derived macrophages because they trigger innate sensors leading to nuclear translocation of NF-κB and IRF3, the production of soluble type 1 IFN and induction of an antiviral state.
  • Jos puuttuisi  tätä kromosomin 12 koodaamaa  tekijää CPSF6  ( jota  3´ RNA pilkkoutuma ja polyadenylaatioprosessi vaativat), voisi wt virus triggeröidä luonnolliset  tunnistusmolekyylit havaitsemaan ja IFN tuotannon  alkuun. kummassakin tapauksessa  replikaation  vaimentuma poistuu IFNresptoriblokadilla., ja tämä osoitta Interferonin osuuden restriktiossa.

 Depletion of CPSF6 with short hairpin RNA expression allows wild-type virus to trigger innate sensors and IFN production. In each case, suppressed replication is rescued by IFN-receptor blockade, demonstrating a role for IFN in restriction.

  •  Interferonituotanto riippuu viruksen käänteiskopioinnista mutta ei viruksen integroitumisesta tumaan, ja tämä viittaa siihen, että viruksen käänteiskopiointituote sisältyy HIV-1patogeenin  molekulaariseen mallia.
IFN production is dependent on viral reverse transcription but not integration, indicating that a viral reverse transcription product comprises the HIV-1 pathogen-associated molecular pattern.
  • Päätteeksi tutkijat osoittivat, että voidaan indusoida   wtHIV- 1 lääkkeellisesti  stimuloimaan interferonin (IFN) eritystä ja täten antivirus- tilan kehittymistä käyttämällä non- immunosupressiivista  syklosporiinianalogia
Finally, we show that we can pharmacologically induce wild-type HIV-1 infection to stimulate IFN secretion and an antiviral state using a non-immunosuppressive cyclosporine analogue.
  • Heidän johtopäätöksenään on, että HIV-1 virus on evoloitunut käyttämään hyödyksi tätä ihmisen kromosomisn 12 tuottamaa  tekijää   CPSF6  ja syklofiliiniä (Kromosomi 7p13 -tuote)  verhotakseen  replikaatiotaan ja siitä salliutuu luonnollisen immuniteetin sensoreitten välttö (evaasio)  ja solun autonomisen luonnollisen immuniteetin vasteen indusoitumisen välttö ihmisen makrofageissa.

 We conclude that HIV-1 has evolved to use CPSF6 and cyclophilins to cloak its replication, allowing evasion of innate immune sensors and induction of a cell-autonomous innate immune response in primary human macrophages.
PMID:
24196705
[PubMed - as supplied by publisher]

Aivan uuta on tullut myös tästä: HIV "välttää tutkan"
"HIV -1 slipping the radar" käyttämällä kapsidipintaansa  suojaverhona  alkuvaiheessa..
http://www.nature.com/nature/journal/v503/n7476/full/nature12707.html

Kommentti: 
CyclophilinA, peptidopropylisomeraasi, joka toimii solun sytosolissa.
Syklosporiini- syklofiliini A- kompleksi estää Calsium/ kalmoduliinista riippuvan fosfataasin , kalsineuriinin. Tätä käytetään suppressoimaan elinsiirrännäisenhyljintää, koska  siinä  jarruttuu TNFalfan ja interleukiini 2:n, näiden proinflammatoristen sytokiinien tuotanto.
Mitokondriassa on Cyclophilin D, joka  tekee aukkoja mitokondrian  kalvoon sallien  sisäänvirtauksia. 

torsdag 21 november 2013

HYPOTEESI: On olemassa geneettinen tekijä joka pystyy tunnistamaan genomissa olevan proviruksen.

http://www.nature.com/nature/journal/v458/n7242/abs/nature07844.html

LÄHDE: Nature 458, 1201-1204 (30 April 2009) | doi:10.1038/nature07844; Received 17 November 2008; Accepted 29 January 2009; Published online 8 March 2009

Embryonaaliset kantasolut käyttävät  ZFP809 proteiinia vaimentamaan retroviraalin DNA:n. 

Embryonic stem cells use ZFP809 to silence retroviral DNAs

Daniel Wolf1 & Stephen P. Goff1

  •  Hiiren embryonaaliset kantasolut ja muut alkeissolut on jo 30 vuoden ajan todettu sellaisiksi, että ne voivat voimakkaasti blokeerata retroviruksen replikoitumisen. 
Embryonic stem cells (ESCs) and other primitive stem cells of mice have been known for more than 30 years to potently block retrovirus replication1.
  •  Jos koehiiri  infektoidaan eräällä  retroviruksella MLV , niin  normaaliin tapaan  integroituu  genomiin DNA- provirusta, mutta sitten tämä DNA trsnskriptionaalsesti  vaimenee,  hiljentyy  ja viruksen jatkoleviäminen. estyy. 
 Infection of ESCs by the murine leukaemia viruses (MLVs) results in the normal establishment of integrated proviral DNA, but this DNA is then transcriptionally silenced, preventing further viral spread
  • Tätä repressiota  välittää suurimmalta osaltaan tekijät, jotka tunnistavat  primeriä  sitovan kohdan   konservoidun sekvenssin,  18 emäsparia, jotka ovat komplementaariset solun t-RNA:n  3´päädylle.   Spesifinen tRNA  menee viruksen genomisen RNA:n  primeria sitovaan kohtaan  ja sitä käytetään  DNA-synteesin alkamiseen.  Tähän  samaan sekvenssiin kohdistuu  sitten  integroituneen  provirus-DNA:n  yhteydessä  embryonaalisissa kantasoluissa  hiljennys.  
  • On äskettäin ( 2009) osoitettu, että siihen laajaan proteiinikompleksiin, mikä asettuu embryonaalisessa solussa  primer- sitoutumiskohtaan , kuuluu myös TRIM28, joka on hyvin luonnehdittu transkriptionaalinen  co-repressori.http://www.genenames.org/data/hgnc_data.php?hgnc_id=16384
  • Jäljelle jää vain kiinnostava kysymys siitä, mikä tekijä tunnistaa  suoraan tuollaisia integroituneita   retrovirusperäisiä  DNA:- materiaaleja  ja rekrytoi  TRIM28 välittämään  niitten spesifistä hiljentämistä.

 The repression is largely mediated by trans-acting factors that recognize a conserved sequence element termed the primer binding site, an 18-base pair sequence complementary to the 3′ end of a cellular transfer RNA  A specific tRNA is annealed to the primer binding site sequence of the viral genomic RNA, and is used to prime DNA synthesis7 
. This same sequence in the context of the integrated proviral DNA is targeted for silencing in ESCs. We have recently shown that a large protein complex binding to the primer binding site in ESCs contains TRIM28 (refs 8, 9), a well-characterized transcriptional co-repressor. 
 An important question remains as to the identity of the factor that directly recognizes integrated retroviral DNAs and recruits TRIM28 to mediate their specific silencing. 
  •  Tutkijat identifioivat sinkkiproteiinin (zinc finger protein)  ZFP809   tunnistavana molekyylinä, joka tekee siltaa integroituneen proviruksen ja TRIM28 restriktiotekijän kesken. Tutkijat osoittivat, että ZFP ilmenemä oli riittävä samaan aikaan jopa differentioituneissa  soluissa  vastustuskykyisyyden  MLV- infektiota vastaan. 
Here we identify the zinc finger protein ZFP809 as the recognition molecule that bridges the integrated proviral DNA and TRIM28. We show that expression of ZFP809 is sufficient to render even differentiated cells highly resistant to MLV infection. 
  •  Lisäksi he demonstroivat,etä ZFP pystyi  voimakkaasti blokeeraamaan  ihmisen T-solun lymfotrooppisen viruksen HTLV-1  DNA- transkription;  tämä virus käytti myös tRNA- primeria.
 Furthermore, we demonstrate that ZFP809 is able to potently block transcription from DNA constructs of human T-cell lymphotropic virus-1 (HTLV-1), which use the same primer tRNA. 
  •  Nämä tulokset  identifioivat  ZFP-proteiinin   DNA.ta sitovana faktorina , mikä tunnistaa spesifisesti laajan kirjon imettäväisten retroviruksia ja retroelementtejä, kohdistaen ne  transkriptionaaliseen  hiljennykseen.
These results identify ZFP809 as a DNA-binding factor that specifically recognizes a large subset of mammalian retroviruses and retroelements, targeting them for transcriptional silencing.
  • Tutkijat pitävät  ZFP809 tekijää kantasoluspesifisenä retroviruksen restriktiotekijänä  ja täten  lisäävät uuden osatekijän  kantasolujärjestelmän solunsisäisen immuniteettiin.
 We propose that ZFP809 evolved as a stem-cell-specific retroviral restriction factor, and therefore constitutes a new component of the intrinsic immune system of stem cells.

TRIMgeeneistä edelleen

Jotta TRIM-geenit täyttäisivät sen tehtävän mikä niille myös kerrotaan kuuluvan,  retroelementtien kontrolloimisen genomista, niin niitä täytyisi olla joka kromosomissa. Jos niitä ei vielä ole kuvattu joka kromosomista niin jotain on vielä löytämättä.  Löysin kuitenkin sanonnan, että niitä on "
melkein joka kromosomissa".
 http://ghr.nlm.nih.gov/geneFamily/trim
 http://www.genenames.org/genefamily/trim.php
Katsoin tästä luettelosta  eri kromosomien TRIM- geenit . niitä löytyi aika monesta  kromosomeista:
1. kromosomi:  Seuraavat: TRIM 11, TRIM17, TRIM33, TRIM46. TRIM 58, TRIM62 ,TRIM63, TRIM67 .
2. kromosomi TRIM43A, TRIM43B, TRIM43CP pseudogeeni,  TRIM54,   TRIM51JP pseudogeeni. TRIM64 FP pseudogeeni.
3. kromosomi:TRIM42, TRIM59, TRIM71. 
4. kromosomi:  TRIM2, TRIM60, TRIM61, TRIM75, pseudogeeni 14,  TRIM60P14. 
5.kromosomi:TRIM7, TRIM23, TRIM36, TRIM41, TRIM52, TRIM76 (CMYD5)
6. kromosomi:TRIM10, TRIM15, TRIM26, TRIM27, TRIM31, TRIM38, TRIM39,TRIM40. Pseudogeeni 1,TRIM26BP1
7. kromosomi:TRIM4, TRIM24, TRIM50, TRIM56, TRIM73, TRIM74, pseudogeenit 16, 17 ja 18: TRIM60P16, TRIM60P17, TRIM60P18.
8. kromosomi: TRIM35, TRIM55. pseudogeeni 15 TRIM60P15.
9. kromosomi: TRIM14, TRIM32.
10. kromosomi: TRIM8.
11. kromosomi:  TRIM 3, TRIM5 ( TRIM5alfa), TRIM6, TRIM22, TRIM29, TRIM34, TRIM44, TRIM48,TRIM49A, TRIM49B, TRIM49C, TRIM49D,TRIM51, TRIM64A, TRIM64B,TRIM64C, TRIM68, TRIM77P, Pseudogeenejä:  TRIM49D2P, TRIM51BP, TRIM51CP, TRIM51DP, TRIM51EP, TRIM51FP, TRIM51GP, TRIM51HP, TRIM53AP,TRIM53BP, TRIM53CP, TRIM64DP, TRIM64EP, TRIM78P.
12. kromosomi:Onko TRIM-geeniä?
13. kromosomi:TRIM13, pseudogeenit TRIM60P13, TRIM60P19. 
14. kromosmi:  TRIM 9.
15. kromsomi: TRIM19 (PML), TRIM69 (TRIMLESS)
16. kromosomi: TRIM2 0(MEFV), TRM72.
17. kromosomi:  TRIM16, TRIM25, TRIM37, TRIM47, TRIM65.
18. kromosomi: Onko TRIMgeeniä?
19. kromosomi: TRIM28. Tänne sijoittautuu myös Tetherin geeni.
20. kromosomi:Onko TRIMgeeniä?
21. kromosomi:Onko TRIMgeeniä?
22. kromosomi: Onko TRIMgeeniä? Ei, mutta on APOBEC geenirykelmä.
Y-kromosomi: Runsaasti pseudogeenejä  TRIM60PY ( 12 pseudogeeniä )
X-kromosomi: .TRIM1 (MID2), TRIM18 (MID1). 

Lähde: (Suomennan myöhemmin)

Mitä ovat TRIM-geenit? What are the TRIM genes?

  •  TRIM perheen  geenit antavat  ohjeita sellaisten proteiinien tekemiseen, jotka osallistuvt  lukuisiin solutoimintoihin.  Suurin osa näistä TRIM- geeneistä omaa merkitystä niille solukoneistoille, jotka siivoavat solusta pois  (esim. proteiinisilppurilla) sellaista proteiiniaineistoa, jota ei tarvita. Vaurioituneet, väärin laskostuneet ja liika proteiinit  saavat  osoitelappunsa, ubikitiinimerkinnän. Ubikitiini toimii signaalina, joka saa nämä proteiinit suuntautumaan  proteosomiin (silppuriin) ja sitten nämä ubikitiinillä merkatut hajoitetaan. Solun normaalikasvussa ja solunjakautumisessa nämä TRIM-proteiinit ovat  olennaisen tärkeitä, samoin apoptoosissa ( programmoidussa, tarkoituksellisessa  solukuolemassa), solun kypsymisessä ja erikoistumisessa (differentoitumisessa) , myös tuumorin syntymisessä (onkogeneesissä)  ja immuunifunktioissa. TRIM-.geenit ovat kautta kehon aktiiveja alkionkehityksen ajoista aikuisuuteen asti.
Genes in the TRIM family provide instructions for making proteins that are involved in a variety of cellular functions. The majority of these genes play a role in the cell machinery that breaks down (degrades) unwanted proteins. Damaged, misfolded, and excess proteins are tagged with molecules called ubiquitin. Ubiquitin serves as a signal to move unwanted proteins into specialized cell structures known as proteasomes, where the ubiquitin-tagged proteins are degraded. The TRIM family's protein-degrading function is important for normal cell growth and division (cell proliferation), self-destruction of cells (apoptosis), cell maturity and specialization (differentiation), formation of tumors (oncogenesis), and immune functions. TRIM gene products are active throughout the body from embryonic development to adulthood.
  • TRIM-geenit ovat myös rakenteellisesti toistensa kaltaisia.Kaikki TRIM-geenit  sisältävät  ohjeet sellaisten TRIM- proteiinien tekemiseeen, joissa on kolme  erityistä motiivia. Nämä kolme motiivia ovat "RING finger", B-box ja Coiled Coil -   englantilaisnimiltään. Koska näitä on kolme eri motiivia  , kutsutaan niitä proteiineja nimellä " TRIpartite Motif" sisältävät proteiinit,  TRIM-proteiinit.  Nämä kolme motiivia tekevät yhteistyötä sitoutuessaan  sellaisiin proteiineihin, joita terve solu ei halua  ja merkkaa ne ubitikitiinillä.  SIIS TRIM geeni on tärkeä solun normaaliuden sorvarigeeni.
The TRIM genes are also related through their structure. All TRIM genes provide instructions for making proteins that have three specific regions (motifs) in common. These regions are known as RING finger, B-box, and coiled coil motifs. The presence of these three regions gives the TRIM gene family its name, tripartite motif-containing. The three motifs work together to bind (attach) to unwanted proteins and tag them with ubiquitin.
  • Tutkijat ovat antaneet useimmille TRIM-geeneille numeron.( kuten 1: stä miltei  100:aan). Jokin harva niistä on sanut nimen myös sen taudin mukaan, mihin niiden mutaatiolla on havaittu olevan liittymää. Esim mutaatio MEFV- geenissä   aiheuttaa suvussa kulkevaa  Välimeren kuumetta.  TRIM-geenejä  tai pseudogeenejä  löydetään useimmista ihmiskromosomeista.
Most of the TRIM genes are named numerically (such as TRIM10 and TRIM67). A few tripartite motif-containing genes that have known disease-causing mutations are named after the condition they cause (for example, mutations in the MEFV gene cause familial Mediterranean fever). Genes in the TRIM family can be found on most human chromosomes.

Mitkä geenit kuuluvat TRIM- geeniperheeseen?  Which genes are included in the TRIM gene family?

 HGNC eli HUGO Geeninimistö antaa niistä listan.   Genetics Home Reference antaa  TRIM- geenien normaalifunktiot ja terveydellisest merkitykset  muutamille TRIM- perheen jäsenille kuten MEFV, MID1 ja PML:

The HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC) provides a list of genes in the TRIM familyThis link leads to a site outside Genetics Home Reference..
Genetics Home Reference summarizes the normal function and health implications of these members of the TRIM gene family: MEFV, MID1, and PML.

Springerin  vuoden 2013 kirjassa  kerrotaan tarkemmin  seuraavista TRIM-proteiineista: Ne joista on isompi teksti, ovat alleviivatut.

Mainitaan lyhyesti kromosomista 1p13.1  oleva TRIM33.

TRIM27 on kromosomista  6p22.  
 
 TRIM 24 kromosomista 7 q32- q34.  

 Lyhyt maininta on myös  TRIM 32 proteiinista, joka on  kromosomista 9q33.1 

TRIM5alfa, kromosomista 11p15.5.
 ja sen tapaisesta  TRIM22, myös kromosomissa 11p15 olevasta TRIM-geenirykelmästä. 

TRIM 19 (PML) kromosomista 15q24.1. 

TRIM28 kromosomista 19q13.4.











TRIMproteiineista

Tämän vuoden  Springerin kirjassa on uusinta tietoa TRIMproteiineista.

(II) Adam  J Fletcher et Greg J Towers. Inhibition of retroviral replication by members of the TRIM protein family. 

  In: Intrinsic immunity 
Toimittaja  on Bryan R. Culten ( 2013).
Current  Topics in Microbiology and Immunology.
 ISBN 978- 3- 642- 37764-8.

SEARCH:
www.springer.com/.../9783642377648-c2.pdf?...

TRIM proteiineja koskeva aineisto on  jaettu seuraavasti
TIIVISTELMÄ Abstract
1.Johdanto
2. TRIM5alfa and  TRIMCyp bind retroviral capsids to accelerate their degeneration and stimulate innate signaling
2.1. Combinig two activities
2.2. The C-terminal PRYSPRY has surface variable loops that determine restriction specifity
2.3. TRIM5alfa recognizes multiple capsid epitopes to maintain broad specifity
2.4.  TRIMCyp is also a versatila capsid recognition domain
2.5. TRIM5alfa causes structural damage to capsid
2.6. TRIM5alfa ubiquitination
2.7. TRIM5alfa cytoplasmic bodies as components of restriction
3. TRIM28 is transcriptional corepressor of endogenous and exogenous retroviruses
3.1. TRIM28 is a molecular scaffold for heterochromatin-inducing enzymes
3.2. TRIM28 mediates repression of endogenous retroviruses in embryonic stem  (ES) cells
3.3. TRIM28 is responsible for the stem cell-specific restriction of murine leukemia viruses (MLV)
3.4. TRIM28-mediated restriction of complex retroviruses
3.5. TRIM28 restricts HIV-1 integration by facilitating integrase deacetylation
3.6. TRIM28-related protein TRIM24 represses ERV transcription in hepatocytes
4. TRIM22 represses HIV-1 LTR transcription and is a correlate of viral control in HIV-1 infection.
5. Do other TRIM family protein inhibit retroviral replcation?

Otan tästä  runsaasta materiaalista muutamia  asiaa valaisevia kohtia esiin.  Tieteelliseti on seuratta TRIMgeenin kehitystä luomakunnassa ja on tultu erinäisiin johtopäätöksiin.  TRIM-proteiiniperhe on keskeinen komponentti imettäväisten antiviraalissa luonnollisessa immuniteetissa. On  iso joukko virusperheitä joihin TRIM  kohdentaa vaikutustaan suoraan tai epäsuoraan. adenoviruksia, hepadnaviruksia, picornaviruksia, flaviviruksia, orthomyxoviruksia, paramyxoviruksia, herpesviruksia, rhabdoviruksia ja arenaviruksia.  Evoluution aikana kuitenkin viruksetkin ovat kehittäneet menetelmiä, miten ne voisivat välttää TRIM- restriktion.  Kädellisten  miljoonien vuosien evoluution aikana ovat  kummatkin, sekä virukset että TRIM-proteiinit evoloituneet toistensa suhteen. Tästä evoluutiosta on  TRIM-proteiinienkin puolella  nykyisin noin 100 ihmisen TRIM geeniä  genomissa merkkinä.
TRIM rykelmä  nykyihmisen  kromosomissa 11p15 käsittää  TRIM5, TRIM6, TRIM22, TRIM34, TRIM21. Niitä  ilmeni  180 miljoonaa vuotta sitten istukallisilla ja pussieläimillä evaluution alkupuolella.
 On edelleen  epäselvää,  kuinka monta  ihmisen TRIM-geeneistä on antivirusgeenejä,  vaikka  monen  ilmeneminen  säätyy nousuun  interferonilla  ja virusinfektion aikana.   Niiden antivirusmekanismit ovat keskenään erilaisia heijastaen niiden  patogeenien erilaisuutta joita ne joutuvat kohtaamaan solunpuolustusfunktiossaan. Osa niistä  on sytoplasmisia , osa nukleaarisia. Lisäksi on arvoituksellista  myös,  miten paljon  restriktio-kofaktoreitakin näillä TRIM-proteiineilla on.  Osa ihmiskunnan TRIM-geeneistä on niin nuorta evolutionaalisesti , että niitä ei esiinny apinalajeilla. Mitä korkeammalla evoluutiossa  jokin laji on, sitä enemmän niillä tarvitsee olla  TRIM-geenejä genomisten  retroelementtien kontrolloimiseksi.   Varsinkin TRIM5alfa ja TRIMCyp geenit osallistuvat  geneettisiin konflikteihin retrovirusten kanssa.
TRIM5alfa tunnistaa retroviruskapsidiproteiinin CA ja kiihdyttää sen hajottamista ja aktivoi proteosomia ja ubikinaatiota.  Sitä on neiten tutkittu näistä TRIM proteiineista.   Eläimillä  TRIM5alfa  tekee restriktion moneen retrovirukseen. Ihmisen  TRIM5alfa asettaa restriktion  hevosen lentivirukselle ja hiiren gammaretrovirukselle,

( Itseasissa  nykyinen pandeminen HIV-1 on alunperin kädellisiltä apinoilta liikkeelle lähtenyt zoonoosi, joka sitten siirryttyään ihmiskuntaan, kohtasikin  ihmiskunnan TRIM proteiini kilvessä jonkin  aukon, josta se saattoi aiheuttaa pandemian., mikä nyt vallitsee.  Tämä luonnollsesti- aiheuttaa TRIM-proteiineille uuden evoluutiopaineen - mutta  se ei tuota mitään erityistä pienessä ajassa).
  TRIMCyp on esimerkki lentivirusten historian  aiheuttamasta selektiopaineesta, jolloin macaqueapinoille erilaistui TRIMCyp domaani.  Fossiileista päätellen Aasian apinat migroituivat Eurooppaan  5.5 miljoonaa vuotta sitten ja tiedetään lentiviruksia kierrelleen Euroopan alueen nisäkkäissä ainakin 12 miljoonaa vuotta sitten, minkä näkee endogenisoituneista proviruksista kaniineilla ja jäniksillä.  Äskettäin on  saatu selville vanhan maailman apinoilla  TRIMCyp fuusio, TRIMCypA3, vaikka geeni on  kadonnut.  Ikivanhan TRIMCyp- geenin  rekonstruktio viittaa siihen, että sillä oli laaja antivirusaktiivisuus ja se pystyi asettamaan restriktion HIV-1 ja HIV-2 linjan viruksille, mutta sitten proteiini  kehittyi jatkossa  vastaamaan sen ajan muihin  kiertäviin viruksiin ja  nykyajan tunteman viruksen vastainen  restriktiokyky  katosi. ---

Kirjassa  käsitellään yksityiskohtaisesti edellä sisällössä mainittuja TRIM-proteiineja .  Niitä voidaan tulevaisudessakin seuloa  laajalti kun punnitaan mahdolisia teraputtisia strategioita jotka perustuvat  TRIM-strageian   sofistiseen hyödyntämiseen. Vielä tästä ei jää  montakaan  terapeuttisen mahdollisuuden hippua esitettäväksi.  Summa summarum:  Yleistilan hoito,  myös riittävä rasva-aineiden tasapaino ja rasvojen   normaali fysiologia  kehossa   tukenee TRIM- proteiinien antivirusfunktiota. Mukava että myös WIKIPEDIA on ottanut tänä vuonna TRIM-proteiininin  esiin  nyplättäessä kokoon ihmisn retroviraalista  solunsisäistä immuniteettkilpeä  joka on  pettänyt  HIV-1 viruksen  tultua  kovin  pahasti.
http://en.wikipedia.org/wiki/TRIM5alpha

http://openi.nlm.nih.gov/imgs/512/212/2533329/2533329_1471-2148-8-225-2.png

onsdag 20 november 2013

ZHENG et al. Intrasellulaarinen immuniteetti (2005)

INTRASELLULAARINEN IMMUNITEETTI HIV-1 VIRUSTA KOHTAAN (2005)
LÄHDE : Zheng Y-H, Peterlin BM. Intracellular immunity to HIV-1: newly defined retroviral battles inside infected cells Yong-Hui Zheng and B Matija Peterlin Retrovirology 2005, 2:25 doi:10.1186/1742-4690-2-25 Departments of Medicine, Microbiology and Immunology, Rosalind Russell Arthritis Research Center, University of California, San Francisco, San Francisco, CA, 94143-0703, US

Sisältö
1. ABSTRAKTI
2. TAUSTA
3. INTERFERENSSI ja RESTRIKTIO
4. CYTIDIINIDEAMINAASIT
5. APOBEC-PROTEIINIT ja VIRUKSEN REPLIKAATIO
6. Vif JA APOBEC- PROTEIINIT
7. Vif-puutteiset VIRUKSET ja LIIKKUVAT GENEETTISET ELEMENTIT ( RETROTRANSPOSONIT)
8. MUUT ANTIVIRAALIT GEENIT INTRASELLULAARISESSA IMMUNITEETISSA
9. SOLUNSISÄINEN IMMUNITEETTI
10 JOHTOPÄÄTÖS. YHTEENVETO

Abstrakti _ Abstract

  • Eukaryoottinen biologia ja immunologia on jatkuvasti rikastunut niistä tutkimuksista, joita HIV-1 viruksen suhteen suoritetaan (Human Immunodeficiency Virus - I). Nykytutkimuksissa on määritelty sellaisia tekijöitä, jotka alkavat toimia, kun virus on mennyt sisälle soluun (viral entry, decouting) ja ne estävät proviruksen replikaatiota infektoituneessa solussa. Eräät näistä järjestelmistä hyökkäävät suoraa viruksen rakenteitten kimppuun, kun taas toiset editoivat (manipuloivat) viruksen geneettistä materiaalia käänteisen kopioinnin aikana. Yhdessä ne muodostavat vahvan ja heti ehtivän intrasellulaarisen immuniteetin sisääntunkeutuvia patogeeneja kohtaan. Nämä prosessit tarjoavat myös kiinnostusta herättävän näkökulman fundamentaalisiin solumekanismeihin, jotka saattanevat asettaa rajoituksia ( restriktiota) liikkuvalle geneettiselle materiaalille, retrotransposoneille, ja täten suojata genomia.
SITAATTI. Studies of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) continue to enrich eukaryotic biology and immunology. Recent advances have defined factors that function after viral entry and prevent the replication of proviruses in the infected cell. Some of these attack directly viral structures whereas others edit viral genetic material during reverse transcription. Together, they provide strong and immediate intracellular immunity against incoming pathogens. These processes also offer a tantalizing glimpse at basic cellular mechanisms that might restrict the movement of mobile genetic elements and protect the genome.

1. TAUSTA_Background

1.1.Soluun perustuva yhteensopimattomus

  • Vaikkakin HIV-1 on mitä patogeenisin ihmiskunnassa, se ei kuitenkaan pysty replikoitumaan useimmissa muissa lajeissa. Tämä ihmishakuiuus, ihmis-trooppisuus, määräytyy pääasiallisesti siitä, omaako isäntäsolu tarvittavat kofaktorit (cofactors). Esim HIIRELTÄ puuttuu funktionaalinen reseptori ja soveltuva käänteiskopiointilaitteisto, joten hiiren soluissa ei toimi HIV-1 virusinfektio. Täten hiiren organismi pystyy vastustamaan patogeenia solun ja kudoksen yhteensopimattomuuden takia (incompatibility).
1.1. SITAATTI. Cell-based incompatibility Although it is highly pathogenic in humans, HIV-1 cannot replicate in most other species. This tropism is determined primarily by whether host cells express the required cofactors. For example, by lacking a functional receptor and appropriate transcriptional machinery, mouse cells do not support infection by HIV-1. Thus, the organism resists the pathogen via a cell-based incompatibility.

1.2. Nopea intrasellulaarinen immuniteetti

  • Mutta patogeenia voi rajoittaa myös joidenkin hallitsevien inhibitoristen tekijöitten läsnäolo. Ne hyökkäävät soluun tunkeutuvan viruksen kimppuun heti ja blokeeraavat sen integroitumisen isäntägenomiin. Tämä pätee myös HIV-1 virukseen HIIREN soluissa ja edustaa todellista ”intrasellulaarista immuniteettia”. Mikä erittäin tärkeää, tällainen isäntäsoluvaste on paljon nopeampi kuin mikään traditionaalinen luonnollisen ( innate) tai adaptiivisen (adaptive) immuniteetin ( immunity) vaste ja se pystyy estämään solun infektoitumista.
1.2.SITAATTI. Rapid immediate intracellular immunity However, a pathogen can also be restricted by the presence of dominant inhibitory factors. They attack the incoming virus directly and block its integration into the host genome. This situation also pertains to HIV-1 in mouse cells and represents true "intracellular immunity." Importantly, this host response is more rapid than either traditional innate or adaptive immunity and can prevent the establishment of the infection.

1.3. TRIM5alfa perhe ja APOBEC-perhe ym

  • Intrasellulaarisesta immuniteetista hankittuun uuteen ymmärtämykseen kuuluu myös tieto kahdesta proteiinistaperheestä TRIM5alfa-perhe ja APOBEC-perhe. TRIM5alfa tarkoittaa ”the tripartite motif protein 5 alfa” ja APOBEC tarkoittaa ” the apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic-polypeptides 3B, 3C and 3G. (APOBEC3B, APOBEC3F and APOBEC3G or A3B, A3F and A3G). Kollektiivisesti nämä pystyvät inaktivoimaan useita retroviruksia, joihin kuuluu myös HIV-1, SIV ( simian immunodeficiency virus), hepatitis B virus HBV ja eräitä hiiren mobiileja geneettisiä elementtejä. Tässä artikkelissa katsahdetaan näihin viimeaikaisiin (2005) tietoihin ja mainitaan lyhyesti joitain muitakin seikkoja, mitkä ovat retroviraalista replikaatiota blokeeraavia.
2.3. SITAATTI. TRIM5alfa, ABOPEC families etc. Recent advances in our understanding of intracellular immunity have identified two different proteins, the tripartite motif protein 5α (TRIM5α) and the apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic-polypeptides 3B, 3F and 3G (APOBEC3B, APOBEC3F and APOBEC3G or A3B, A3F and A3G), which collectively inactivate several retroviruses including HIV-1, simian immunodeficiency virus (SIV), hepatitis B virus and some mouse mobile genetic elements .This review highlights these recent developments and mentions briefly additional potential blocks to retroviral replication.

2. Interferenssi ja restriktio_ Interference and Restriction

2.1. Luonnollinen interferenssi. Fv (Friend virus susceptibility factor)

2.1 Puuttuva reseptori.

  • Ensin määrittelyä ja taustaa. Viruksen ”interferenssillä” tarkoitetaan tilannetta, missä yhdellä viruksella kroonisesti infektoituneet solut tai endogeenistä retrovirusta sisältävät solut pystyvät vastustamaan (resist) superinfektiota, joita muut sellaiset virukset aiheuttavat, jolla on ulkovaipassaan (envelope) samanlaisia kohdespesifisyyksiä (target specificity). Tämän laadun estettä (block) aiheuttaa tavallisesti sopivan reseptorin puute solun pinnasta.
Hyvä esimerkki tästä on Fv4, Friend virus susceptibility factor 4 (tai Akvr-1), mikä kontrolloi HIIREN alttiutta ekotrooppiselle MLV-virukselle ( murine leucemia virus). Tämä geeni sijaitsee HIIREN kromosomissa 12 endogeenin, defektin proviruksen sisällä ja koodaa täydellistä kalvoa (envelope), jossa on hyvin suuri sekvenssien samankaltaisuus verrattuna Cas-Br-E virukseen ja Moloney MLV-virukseen. Tämä pintakalvo sitten blokeeraa kationi-aminohappokuljettajan ilmentymän, mikä taas toimii reseptorina MLV-viruksille solun pinnalla. MLV taas voi käyttää vain hiiren reseptorimuotoa, mutta ei ihmisen reseptorimuotoa.
2.1. SITAATTI. Loss of receptor. Let us begin with some definitions and historical perspectives. Viral "interference" refers to the situation when cells, which are chronically infected with one virus or contain endogenous retroviruses, resist superinfection by other viruses bearing envelopes with a similar target specificity. This block usually results from the loss of the appropriate receptor on the cell surface.A good example of this interference is the Friend virus susceptibility factor 4 (Fv4), also known as Akvr-1, which controls the susceptibility of mice to infection by ecotropic but not other murine leukemia viruses (MLVs). This gene is located on mouse chromosome 12 within an endogenous defective provirus and encodes a complete envelope that shares very high sequence similarity with those from ecotropic Cas-Br-E virus and Moloney MLV. This envelope then blocks the expression of the cationic amino acid transporter, which is the receptor for these MLVs, on the cell surface. Of interest, MLV can only use the murine but not the human form of this receptor for entry.

2.2. Restriktio. Fv1 järjestelmä

2.2. Fv

  • Restriktiolla” taas viitataan virusreplikaation intrasellulaariseen estymiseen. Tästä on näihin asti ollut parhampana esimerkkinä Fv1. Kuten Fv4 ja vähemmän karakterisoidut Fv3 ja Fv2, niin myös Fv1 aiheuttavat HIIRELLÄ resistenssiä MLV-infektiota vastaan.
  • Fv1 geeni sijaitsee HIIRELLÄ kromosomissa 4 ja koodaa proteiinia, joka muistuttaa muita endogeenejä, retroviraaleille struktuuriryhmille spesifisiä antigeenejä. Tässä huomautetaan, että virionien morfogeneesissä ja vapautumisessa retroviraali Gag -polyproteiini prosessoituu virusproteaasilla eri alayksikköihinsä kuten matriksi MA ja kapsidi CA sekä nukleokapsidi NC. Kun MA ja CA muodostavat matriksikuoren ja kotelon ytimen kypsiä viraalisia partikkeleita, niin NC pakkaa viruksen genomista RNA:ta ydinkotelon sisään. Kun virus taas menee uuteen soluun infektoimaan ja on sen sisällä ( ENTRY) ja alkaa vapautua ulkovaipastaan ( ENVELOPE, UNCOUTING), moni rakenneproteiini jää liittyneeksi viruksen entsyymeihin (kuten RT , reverse transcriptase ja IN, integrase) ja RNA:han laajassa preintegraatiokompleksissa PIC (koko 2 mDa)
2.2. SITAATTI. The term "restriction" refers to intracellular blocks to viral replication. Until now, the best example has been Fv1. Like Fv4 and the less well-characterized Fv3 and Fv2, Fv1 also confers resistance of mice to the infection by MLV. The Fv1 gene is located on mouse chromosome and encodes a protein that resembles other endogenous retroviral structural group specific antigens (Gag). Of note, during the morphogenesis and release of progeny virions, retroviral Gag polyproteins are processed by the viral protease into distinct subunits, namely matrix (MA), capsid (CA) and nucleocapsid (NC). Whereas MA and CA form the outer shell and inner core of mature viral particles, NC packages viral genomic RNA into the core. After entry and uncoating in newly infected cells, many structural proteins remain associated with viral enzymes (reverse transcriptase, RT and integrase, IN) and RNA in a large (2 mDa) preintegration complex (PIC).

2.3 Blokeeraus, Fv1 ja kapsidi CA, PIC

  • Fv1 alleellit Balb/c ja NIH/Swiss HIIRISSÄ johtavat resistenssiin MLV viruksen N- ja B-trooppisia kantoja kohtaan (vastaavasti), mitkä kartoittuvat kapsidirakenteen CA asemaan 110. Viimeiset rakenneanalyysit ovat paljastaneet että tämä aminohappotähde sijaitsee kotelorakenteen ulkopinalla CA-molekyylissä, mikä on helposti soluproteiinien tavoitettavissa. Fv1:ssä avainaminohappo tälle restriktiolle kartoittui asemaan 358, vaikka ei ole demonstroitu sitoutumista Fv1 ja CA kesken, ne voivat jollain tavalla olla interaktiossa, erityisesti kun CA ja Gag muodostavat oligomeerejä, CA:n tapauksessa viruskotelon hexagonaalisia ristikoita. Koska heterozygoottinen Fv1n/b blokeeraa infektion molemmista viruksista käsin, resistenssi on dominanttia. Toisaalta N/B- trooppinen MLV virus voi infektoida kaikkia näitä hiiriä. Tämä restriktio on saturoituvaa molemmista viruksista peräisin olevilla kapsidien CA suurilla pitoisuuksilla, mikä merkitsee että Fv1 määrät tai sen kofaktoreitten määrät ovat rajoittavia. Kuten alla kerrotaan, yksi näistä cofaktoreista voi olla TRIM5alfa. Näitten interaktioitten tuloksena oletetaan, että Fv1 blokeraa CA (ydinkapsidin) hajaantumisen ja PIC-kompleksin normaalin liikkumisen tumaan.
2.3.. SITAATTI. Alleles of Fv1 in Balb/c (Fv1b/b) and NIH/Swiss (Fv1n/n) mice result in resistance to N- and B-tropic strains of MLV, respectively, which maps to position 110 in CA. A recent structural analysis revealed that this residue is located at the outer face of the core structure of CA with easy access to cellular proteins. On Fv1, the key residue for this restriction was mapped to position 358. Although binding between CA and Fv1 has not been demonstrated, they could interact as higher order structures, especially since CA and Gag form oligomers, in the case of CA, hexagonal lattices of the viral core. As heterozygous Fv1n/b mice block infection by both viruses, resistance is dominant.Conversely, NB-tropic MLV can infect all these mice. Of interest, this restriction is saturable with high levels of CA from either virus, implying that amounts of Fv1 or its cofactor/s are limiting. As described below, one of these cofactors could be TRIM5α. As a result of these interactions, Fv1 is thought to block the disassembly of CA and the normal movement of the PIC into the nucleus.

3. Retroviraalinen TRIM5α järjestelmä

3.1. Intrasellulaarista immuniteettia on muutakin kuin Fv1

  • Fv1 ei ole ainoa geneettinen järjestelmä, mikä suo intrasellulaarista immuniteettia retroviraalista infektiota kohtaan. Esimerkiksi N-trooppisen MLV-viruksen replikaatio ja EIAV -lentiviruksen (hevosen infektiöösin anemian viruksen) replikaatio on inhiboitunut ihmissoluissa. Samoin nisäkkään lentiviruksista HIV-1:n ja rhesusapinan SIVmac-viruksen replikaatiot ovat estyneet eri apinalajien soluissa. ESIM. HIV-1 ei pysty kasvamaan vanhan maailman apinain soluissa ja näihin kuuluvat African green monkeys (agm)ja Rhesus macaques-apinalajit (mac). SIVmac ei taas pysty infektoimaan uuden maailman apinoita, joihin kuuluu squirrel monkey, orava-apinat ja common marmoset, kynsiapinat.
3.1. SITAATTI Fv1 is not the only genetic system conferring intracellular immunity against a retroviral infection. For example, the replication of N-tropic MLV and the equine infectious anemia virus (EIAV, a lentivirus) is also inhibited in human cells, as is that of the primate lentiviruses HIV-1 and SIV from rhesus macaques (SIVmac) in cells from different monkeys. For example, HIV-1 does not grow in old world monkeys, which include African green monkeys and rhesus macaques, and SIVmac does not infect new world monkeys, which include squirrel monkeys and common marmosets.

3.2. Miten Lv1 ja Ref 1 blokeeraukset muistuttavat Fv1-restriktiota?

  • Ensinnäkin: Viruksen replikaatio epäonnistuu käänteiskopiointikohdilta.Toiseksi, CA kapsidiproteiini on myös kohteena (target). Kapsidiproteinin CA aseman 110 aminohappo myös määrää N-trooppisen MLV:n restriktion ihmissolussa. HIV-1 viruksen restriktio rhesus macaque -apinan solussa kumoutuu, jos sen CA ( kapsidiproteiini) korvataan SIVmac CA-proteiinilla.
    Kolmanneksi: Koska inhibitiota non-restriktiivisen ja restriktiivisen solun välillä ylläpitää heterokaryon, tämä restriktio on dominantti.
    Lopuksi: Nämä blokit ovat saturoitavissa.
Kuitenkin koska mitään Fv1-geeniin verrattavaa geeniä ei löydy nisäkässoluista, ihmissoluissa tapahtuva blokeerautumisen N-trooppiselle MLVvirukselle ja EIAV lentivirukselle on oletettu johtuvan restriktiofaktorista 1 (Ref 1) ja apinansoluissa esiintyvä blokeerautuminen HIV-1 ja SIV-1 viruksille katsotaan johtuvan lentivirukselle alttiusfaktorista Lv1 ( lentivirus susceptibility factor 1) 
 
3.2. SITAATTI. Interestingly, these blocks resemble Fv1 restriction in several ways. First, viral replication is impaired at the step of reverse transcription . Second, CA is also targeted. The residue at position 110 in CA also determines the restriction of N-tropic MLV in human cells and that of HIV-1 in rhesus macaque cells is abrogated when its CA is replaced by that from SIVmac.
Third, because heterokaryons between non-restrictive and restrictive cells maintain the inhibition, this restriction is dominant. Finally, these blocks are saturable. However, since no Fv1-related gene could be found in primate cells, blocks to N-tropic MLV and EIAV in human cells were thought to be due to the restriction factor 1 (Ref1), and those to HIV-1 and SIV in monkey cells to the lentivirus susceptibility factor 1 (Lv1).

3.3. TRIM5alfa geeni. Mitokondriaalinen integriteetti tärkeä.

  • Todellakin Ref1 ja Lv1 näyttivät omaavan toisiaan lisääviä samankaltaisuuksia blokeeratessaan retroviraalisia replikaatioita. Esimerkiksi molemmat restriktiot poistuvat, jos mitokondriaalisten kalvojen integriteetti särkyi kemiallisesti. Nämä ovat myös saturoitavissa samoilla virusten kaltaisilla partikkeleilla. Kun käytettiin funktionaalista komplementtimenetelmää, Lv1 identifioitiin ensiksi rhesus macaque -apinan TRIM5alfa geeninä (macTRIM5alfa). Myöhemmin kun eliminoitiin TRIM5alfa transkripteja vanhan maailman apina-ja ihmissoluista siRNA interferenssillä, katosi samalla Lv1 ja Ref1 blokeeraukset. Tutkimukset osoittivat, että hTRIM5 alfa, macTRIM5alfa ja agmTRIM5alfa ( African green monkey) pystyvät tekemään sellaisen restriktion eri viruksille, mitä aiemmin oli katsottu Lv1 ja Ref1 funktioiksi. Niinpä Lv1 ja Ref 1 on katsottava lajispesifisiksi TRIM5alfa varianteiksi.
3.3. SITAATTI. Indeed, Ref1 and Lv1 share additional similarities in blocking retroviral replication. For examples, both restrictions can be attenuated by chemicals that disrupt the integrity of mitochondrial membranes, and they can be saturated by the same virus like particles (VLPs). Using a functional complementation assay, Lv1 was first identified as the rhesus macaque TRIM5α (macTRIM5α) gene. Later, by eliminating TRIM5α transcripts from old world monkey and human cells with small interfering RNA (siRNA), the Lv1 and Ref1 blocks were also abrogated. Further studies revealed that hTRIM5α (from humans), macTRIM5α and agmTRIM5α (from African green monkeys) restrict the replication of different viruses, which were assigned previously to Lv1 and Ref1 .Thus, Ref1 and Lv1 are species-specific variants of TRIM5α.

3.4. Ihmisen hTRIM5alfa proteiini, TRIM5 geenit. RBCC rakenne

  • Ihmisen TRIM5alfa proteiinissa on 493 aminohappotähdettä ja se kuuluu suureen tripartiittimotiiviperheeseen, jossa on 37 geeniä. Niihin luetaan PML tai TRIM19 geeni(promyelosyyttileukemiaproteiini). Kun ne käyttävät vaihtoehtoista RNA-pilkkoutmista ne voivat tuottaa 71 eri transkriptia. Esimerkiksi ihmisen TRIM5 geeniä hTRIM5α, β, γ, σ, ε, ja ζ.. Vaikka niitten funktiosta on vain vähän tietoa, tiedetään että niillä on rakenteessaan kolme selvää motiivia: RING Zn++finger, yksi tai kaksi kappaletta B-box Zn++fingeyksi alfa-helix-hair pin (CC, coiled coil) alue. Tämän takia niitä kutsutaan myös nimellä: RING finger: B box: Coiled Coil (RBCC) family proteins. Tämä RINGfingermotiivi sisältää cysteiiniä runsaasti ja siihen kuuluu kaksi toisiaan vastaan välilehtimäisesti sijaitsevaa sinkkiä sitovaa kohtaa. Monet RING-finger proteiineista toimivat kuten E3 ubikitiiniligaasi ja niillä on avainosuutta proteiinien hajoittamisessa (silppuroimisessa). ESIM: Ring-box-1 (Rbx1) on essentielli komponentti sellaisessa kompleksissa, jonka nimi on SCF ( Skp1: cullin-1: F-box). Lisäksi TRIM5σ osoittaa E3 ligaasin aktiivisuutta koeputkessa.
3.4. SITAATTI. The hTRIM5α protein contains 493 residues and belongs to the large tripartite motif (TRIM) family that consists of 37 genes, which include the promyelocytic leukemia (PML or TRIM19) protein. By alternative RNA splicing, they produce 71 different transcripts. For example, the human TRIM5 gene is expressed as hTRIM5α, β, γ, σ, ε, and ζ. Although little is known of their function, they contain three distinctive structural motifs, a RING Zn++ finger, one or two B-box Zn++ finger, and an α-helical coiled-coil (CC) region. For this reason, they are also called the RING finger:B box:Coiled-coil (RBCC) family proteins. The RING finger motif features a cysteine-rich consensus, which contains two interleaved Zn++-binding sites. Many RING finger proteins act as E3 ubiquitin ligases and play key roles in protein degradation. For example, Ring-box-1 (Rbx1) is an essential component of the Skp1:cullin-1:F-box (SCF) complex. Additionally, TRIM5σ displays E3 ligase activity in vitro [38].

3.5. TRIM-proteiinien sijainti solussa. B-Boxit. TRIM 19 (PML). SPRY.

  • B-boxit, joissa on yksi Zn++ sitova kohta ja B1 ja B2 motiivit, orientoivat hair pin (CC) motiivia, joka välittää proteiini-proteiini-interaktioita. Itseasiassa TRIM proteiinit muodostavat oligomeereja. Lisäksi TRIM 5alfa sisältää SPRY domaanin C-terminaalissaan. Tämä domaani identifioitiin ensiksi sp1A- kinaasina Dictyosteliumista ja kaniinin ryanodiinireseptorista ja se kuuluu B30.2 alaluokkaan tai RFP-kaltaiseen domaaniin. Butyrofiliinissa B30:2 domaani, jossa on 170 tähdettä, osallistuu ligandin sitomiseen. TRIM-proteiinit lokalisoituvat erityisiin soluaitioihin, joissa ne muodostavat erillisiä rakenteita. Kun TRIM19 kertyy erillisiin PML-onkogeenisiin domaaneihin (PODs) tumassa, niin TRIM5alfa voi muodostaa sytoplasmisia rakenteita ( cytoplasmic bodies).
3.5. SITAATTI. B-boxes, which consist of one Zn++-binding site and a B1 or B2 motif, orient the CC motif that mediates protein-protein interactions. Indeed, TRIM proteins form oligomers.In addition, TRIM5α contains a SPRY domain at its C-terminus. The SPRY domain was originally identified in the splA kinase of Dictyostelium and the rabbit ryanodine receptor, and belongs to the subclass of the B30.2 or RFP-like domains. In butyrophilin, the B30.2 domain, which contains 170 residues, is involved in ligand binding. Of interest, TRIM proteins localize to particular cellular compartments where they form discrete structures. Whereas TRIM19 assembles discrete PML oncogenic domains (PODs) in the nucleus, TRIM5α can form cytoplasmic bodies.

3.6. Ihmisille vaikea mutaatio tapahtunut V1/SPRY R332P

  • Vaikka TRIM proteiineilla on 87 % sekvenssisamankaltaisuus, niin vain macTRIM5alfa ja hTRIM5alfa voivat blokeerata HIV-1 replikaatiota. Tämä lajispesifinen restriktio kartoitettiin SPRY-domaaniin. Geneettisesti analysoiden saatiin ilmi, että SPRY-domaani on dramaattisesti mutatoitunut nisäkkäitten evoluution aikana ja sisältää neljä variabeli aluetta V1, V2, V3 ja V4. Yhden yksittäisen aminohapon muutos (R332P) variabelissa V1 kumoaa HIV-1 viruksen replikaatiota estävän vaikutuksen, mikä hTRIM5alfalla voisi olla. Tästä voidaan päätellä, että SPRY-domaani on vastuullinen kapsidiproteiiniin CA-kohdistumiseen. Vaikka ei ole demonstroitu sitoutumista rhTRIM5alfa SPRY-domanin ja HIV-1 CA kapsidiproteiinin välillä, kuitenkin pöllöapinalta (owl monkey) tehdyt löydöt omTRIM5alfan suhteen viittaisivat sellaiseen suoraan interaktioon.
Nyt seuraa aika monimutkainen kertomus selitykseksi.
3.6. SITAATTI Although they share 87 % sequence similarity, only macTRIM5α but not hTRIM5α blocks HIV-1 replication. This species-specific restriction was mapped to the SPRY domain. Through genetic analysis, it was revealed that this SPRY domain has experienced dramatic mutations during primate evolution and contains four variable regions V1, V2, V3, and V4. The change of a single residue (R332P) in V1 abolished the inhibition of HIV-1 replication by hTRIM5α , which suggests that the SPRY domain is responsible for its targeting of CA. Although no binding between the SPRY of rhTRIM5α and HIV-1 CA has been demonstrated, the findings with TRIM5α from owl monkeys (omTRIM5α) support such direct interactions.A rather complicated story follows.

3.7. Kertomus Cyclophilinin osuudesta ja johtopäätöksistä

  • Cyclofiliini A (CypA) on eukaryoottinen peptidyyliprolyyli cis-trans-isomeraasi. Se sitoutuu proliinirikkaaseen ulokelenkkiin HIV-1 kapsidiproteiinissa CA ja se on kriittinen viruksen replikaatiolle ihmisen soluissa. Mutta pöllöapinan soluissa asia on päinvastoin: kyky sitoutua CypA-molekyliin on restriktio HIV-1 viruksen replikaatiolle.Pöllöapinat ovat atyyppisiä uuden maailman apinoita, koska niitten Lv1 estää HIV-1, mutta ei SIVmac virusta. Vaikkakin tämä blokki HIV-1 replikaatiolle kumoutuu, kun interaktio CA-kapsidiproteiinin ja CypA kesken estetään CA-mutaatiolla tai syklosporiini A-käsittelyllä pöllöapinassa, sama manipulaatio lisää Ref1 efektiä HIV-1 virukseen ihmissoluissa. Selitykset näihin eroihin saatiin, kun kloonattiin omTRIM5alfa geeniä.SPRY domaanin sijasta se sisältää täydellisen CypA geenin. Täten pöllöapinan solut ilmentävät fuusioproteiinia omTRIM5alfan ja CypA:n kesken ( omTRIM5alfaCypA), mikä todennäköisimmin saa alkunsa CypA geenin retrotranspositiosta omTRIM5alfa lokukseen pitkällä sekaan sirottautuneella tumaelementti-1:llä ( LINE-1 tai LI). Johtopäätöksenä on, että CA ja omTRIM5alfa ovat keskinäisessä vuorovaikutuksessa tämän CypA domaanin välityksellä ja aiheuttavat restriktiota HIV-1 replikaatiolle pöllöapinoissa.
SITAATTI 3.7. Cyclophilin A (CypA) is an eukaryotic peptidyl-prolyl cis-trans-isomerase. It binds an exposed proline-rich loop in CA of HIV-1 and is critical for its replication in human cells. In contrast, the ability to bind CypA restricts HIV-1 replication in owl monkey cells. Owl monkeys are atypical new world monkeys because their Lv1 inhibits HIV-1 but not SIVmac. Although this block to HIV-1 replication is abrogated when the interaction between CA and CypA is prevented by mutations in CA or by cyclosporin A treatment in owl monkey cells, the same manipulations increase effects of Ref1 on HIV-1 in human cells. The explanation for these differences came with the cloning of the omTRIM5α gene. Instead of the SPRY domain, it contains the complete CypA gene. Thus, owl monkey cells express a fusion protein between omTRIM5α and CypA (omTRIM5α.Cyp), which most likely arose from a retrotransposition of the CypA gene into the omTRIM5α locus by the long interspersed nuclear elements-1 (LINE-1 or L1). In conclusion, CA and omTRIM5α interact via this CypA domain and restrict HIV-1 replication in owl monkeys.

3.8. Antiviraalit vaikutukset kohdistuvat viruksen ydinkoteloon (CA) tai tumaan kuljetukseen ( Nuclear entry)

  • Näistä tutkimuksista voisi olettaa, että Fv1 ja TRIM5alfa voisivat suoraan olla interaktiossa ydinkapsidiproteiiniin CA ja täten blokeerata soluun sisääntulevia viruksia. Kuitenkin, päinvastoin kuin Fv1, joka blokeeraa tumaan menoa ja proviruksen integraatiota, TRIM5alfa estää viruksen replikaatiota vaiheessa, joka on juuri ennen käänteiskopioimista. On hämmästyttävää, miksi tällaisia eroja esiintyy. Vastauksen ehkä havaitsee siitä, että MLV pidättää CA proteiinia liittyneenä käänteiskopiokompleksiinsa, mutta sitä ei tee HIV-1. Joten HIV-1:n vaipankuoriutuminen ( uncouting) saattaisi tapahtua nopeammin kuin MLV-viruksella. Heti, kun ydinkotelon (core) rakenne on tuhoutunut, voisi käänteiskopiokompleksi (RTC) tulla alttiimmaksi TRIM5alfa vaikutukselle. TRIM5alfa voisi silloin triggeröidä esiin PIC-kompleksin menon proteiinisilppuriin.
  • Tämä malli myös tarjoaa selitystä siihen, miksi viruksen replikaatio lisääntyy, kun kohdesoluja käsitellään proteosomaalisilla inhibiittoreilla. Edelleen tarvittaisiin lisätutkimuksia muista proteiineista, jotka ovat interaktiossa Fv1:n ja TRIM5alfan kanssa, niitten entsymaattisista ominaisuuksista ja niitten kulkeutumisista soluissa.
SITAATTI 3.8. These studies suggest that Fv1 and TRIM5α might interact directly with CA to block incoming viruses. However, in contrast to Fv1, which blocks nuclear entry and integration of the provirus, TRIM5α inhibits viral replication at a step before reverse transcription. It is puzzling why such differences exist. An answer might lie in the observation that MLV, but not HIV-1, retains its CA in the reverse transcription complex. Thus, the uncoating of HIV-1 could proceed much faster than that of MLV. Once the core structure is destroyed, the reverse transcription complex could become more susceptible to TRIM5α. TRIM5α could then trigger the proteasomal degradation of PIC. This model also offers an explanation of the enhancement of viral replication when target cells are treated with proteasomal inhibitors. Further details await studies of other proteins that interact with Fv1 and TRIM5α, their enzymatic properties and trafficking in cells.

Läpikäyty uudestaan 20.11.2013