Leta i den här bloggen

onsdag 15 december 2021

Sars-2 Cov Nsp2 proteiinilla toistuu ETGE motiivin aminohappoja kautta rakenteen ja sillä on sitä hetkellistä mitokondriaalista suojavaikutukstakin.

 https://swissmodel.expasy.org/repository/uniprot/P0DTD1?id=PRO_0000449620

Arvelen että kautta  nsp2 ja hieman myös nsp1 proteiinirakenteen havaitt avat  ETGE-motiivin  aminohapot  pitävät  interaktiota KELCH-proteiiniin joka sen tunnistaa  kuin omsaa substraattia(NRF perheenjäsentä NRF2).  Siitä voisi  selvitä, miksi  virus osoitaa paradoksaalista suojelevuutta jotakin soluorganellia kohtaan kuten tässä mitokondriaa kohtaan, vaikka se on aivan häikäilemätön  solun tuman DNA:n tuholainen. NRF2:lle  se antaa hetken vapauden  koetaa autaa tilannetta, muta koska DNA  tuhoutuu NRF2 ei  kovin pitkään ehdi  kohottaa antioksidanttistatusta- ehkä vain hetkeksi viruksen replikaation eduksi. Virus tarvitsee vain hetkisen  sellaista suojaa.

 Tämä tarkoittaa sitä, että  ne proteiinit , joita KEAP1 (KLHL19) Kelch domaanin omaava proteiini)  ehkä jokin muukin   sen perheen proteiini kukaties,  menettää otteensa omiin substraateihinsa, joita se on polyubikitinoiden   säädellyt  CUL3 kompleksin kautta, kun   sars-2 virustekijät ottavat KEAP1:stä yliotteen sitoutuen  KEAP1-NRF2 välisestä  sofistisestä interaktiosta . Viruksen  jotkin tai jokin tekijöistä  omaa niitö tarvitavai tunusmerkkejä,  motiivia  ETGE  (DxxTGE tai DEETGE) ja motiivia  DLG , joita KEAP1  tarvitse  sekä  NRF2 molekyylin kiinnipitämis että irrottamissunuksina.

Näiden aminohappojen runsas esiintymä nsp1 ja nsp2 proteiinisekvensseissä viittaisi siihen että kelchdomaaniryhmästä havaitaan niitä niin paljon että virusproteiini voi  häiritä  KEAP1/NRF2 tunnistamista ja  funktiota.

Tätä voi  epäillä eri  nsp tai ORF-proteiineista niiten rakenteesta etsimälläkaikki D-L-G ja E-T-G-E aminohapot. Esim  niitä on   nsp1 ja nsp2 sekvensseissä silmiinpistvän  runsaasti  ja jos  lukee siten  kaikki löytämäsnä perakanaa huomaa jotain  experimentelliä  avaimenetsintää viruksen taholta ja   strategeinen pienikin mutaatio tai insertio voi rikastaa tätä laatua avaimen sopivuutta, tiirikkaa.   Kun summatuloksen katsoo,niin siinäon kuin amplifioitua, sekoitettua  koodia hajoitettuna  sekvenssin mitalle paljonkin . 

Samoja koodiaminohappoja on myös Marburgviruksen tekijässä mVP24, jolla on alue, tällä  vastaavanlaisella aminohappopitoisuudella.  Sitä ei ole Ebolalla siiä tekijässä Moni virus kiinnostuu KEAP1:stä.  samoin ongogeenisistä  molekyyleistä  löytyy  samaa ilmiötä . Esim FAM1291 proteiinissa näyttää olevan   runsas valikoima noita  vaadittuja  aminohappoja.


Inga kommentarer:

Skicka en kommentar