Katsoin monen päivän jälkeen jälleen PANGO-tietoja ja huomaan että Omikronille on merkattu varianttilinjoja esiin BA nimisenä, mikä onkin looginen nimi, koska siinä on perustana paljon A-hahmoa, ennen kuin se alk01 asettaa myöhemmin Sars-2:n keksimiä ja ihka uusia mutaatioita esiin.
BA.1 linjassa on 27 S-mutaatota ja 3 deleetiota. Orf1a omaa kuusi mutaatiota ja kolme deleeiota. Orf B omaa kaksi mutaatiota. Yksi muaatio E proteiinissa. ja Orf8. M-proteiiisa on kolme mutaatiota ja N-proteiinissa kolme sekä yksi deleetio. Pieniä erovuuksia on sekä Orf1, Orf2, Orf6, M, E ja N proteiineissakin eikä vain S-proteiineissa varianttien kesken.
BA2 variantista puuttuu ainakin 11 sellaista mutaatiota, jotka BA1:ssä on ja toisaalta ei ole deleetiotkaan samat. BA2 omaa jonkin uuden deleetiomallin del 25/27.
ja BA.2:ssa on kai 5 sellaista mutaatiota mitä BA.1:ssä en huomaa L24S, D405, joka on myös BA.3:ssa., V213G, T376A, sitten sellainen mikä on deltavarianteisakin T19I.
Samoin BA.3 variantissa puuttuu niitä mutaatioita mitä BA.1:ssa on , ehkä viisi , mutta samat deleetiot on. Sitten sillä on omia tyypillisiä lisämutaatioita, joukossa K417N, N440K, G446S. Sekä BA.2 ja BA.3 on mutatoinut BA.1:n muaation S371L kohdalle S371F.
Tässä minun taulukossani voi olla lasskuvirheitä, kun en niin nopeasti tuosta suuresta määrästä erota poikkeavia. Täytyy monta kertaa plärätä luetteloa läpi.
Nyt raportoidussa taulukossa on tiedot , jotka perustuvat BA.1 sekvensseihin, joita on 5423 kpl,
BA.2: selvensseihin 9 kpl
ja BA.3 sekvensseihin: 6 kpl. Jälkimmäisten kumulatiivinen prevalenssi on tasoa 0% ja ensimmäisen 26%. analysoiduista Omikroneista.
| B.1.1.529 | Botswana 26.0%, South_Africa 17.0%, United States of America 13.0%, Switzerland 13.0%, India 9.0% | 2021-11-15 | 0 | 23 | South Africa and Botswana lineage, from pango-designation issue #343 | Omicron |
| BA.1 | United Kingdom 56.0%, South_Africa 15.0%, United States of America 5.0%, Denmark 4.0%, Belgium 2.0% | 2021-10-17 | 155 | 5040 | Alias of B.1.1.529.1, from pango-designation issue #361 | Omicron |
| BA.2 | Canada 56.0%, South_Africa 11.0%, United Kingdom 11.0%, Australia 11.0%, Denmark 11.0% | 2021-11-17 | 6 | 9 | Alias of B.1.1.529.2, from pango-designation issue #361 | Omicron |
| BA.3 | South_Africa 80.0%, United Kingdom 20.0% | 2021-11-25 | 5 | 5 | Alias of B.1.1.529.3, from pango-designation issue #367 | O |
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar