EBOV Geenirajat ja niiden vaikutus transkriptioon . Pitkän geenivälin (IR) merkitys replikaatiosyklissä

LÄHDE: 
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25142600

J Virol. 2014 Aug 20. pii: JVI.01863-14. [Epub ahead of print]Analysis of the highly diverse gene borders in Ebola virus reveals a distinct mechanism of transcriptional regulation.

Brauburger K¹, Boehmann Y² et al.

Ebolavirus EBOV kuuluu segmentoitumattomiin negatiivisen rihman omaaviin RNA viruksiin ( Mononegales). Seitsemää EBOV geeniä erottaa toisistaan  varioivat geenirajat, joihin kuuluu 4-5 nukleotidin lyhyitä geenivälialueita (IR) ja yksittäinen pitkä (144 nukleotidin) geenivälialue sekä geenien  toisiaan kattavia kohtia joissa  naapurigeenin lopetus ja aloitussignaalit  jakavat keskenään viisi konservoitua nukleotidia.  Geenien toisiaan kattavuuden ainutlaatuinen rakenne  sekä yksittäisen pitkän  geenivälialueen esiintyminen ovat konservoituja kaikissa filoviruksissa.

Ebola virus (EBOV) belongs to the group of nonsegmented negative sense RNA viruses.
 The seven EBOV genes are separated by variable gene borders, including short (4-5 nucleotides) intergenic regions (IRs), a single long (144 nucleotides) IR and gene overlaps, where the neighboring gene end and start signals share five conserved nucleotides.  The unique structure of the gene overlaps and the presence of a single long IR are conserved among all filoviruses. 

 Tässä työssä tutkijat ovat koettaneet määritellä EBOV geenirajojen vaikutusta viruksen transkription aikana, He osoittavat, että mRNA:n läpi lukevaa synteesiä tapahtuu EBOV-infektoituneissa soluissa geenirajoista välittämättä, mikää viitta siihen, että geenien päällekäisyys ei edistä yksittäisen geenin päätesignaalin tunnistamista.  Kuitenkin  kaksi perälläistä geenin päätesignaalia VP24-geenissä saattaisi tehostaa terminaatiota VP24/L geenirajalla varmistaen tehokkaan L-geeniexpression.

Here, we sought to determine the impact of the EBOV gene borders during viral transcription. We show that readthrough mRNA synthesis occurs in EBOV-infected cells irrespective of the structure of the gene border, indicating that the gene overlaps do not promote recognition of the gene end signal. However, two consecutive gene end signals at the VP24 gene might improve termination at the VP24/L gene border, ensuring efficient L gene expression. 

 Tutkijat osoittavat myös, että pitkä geeniväli ei ole essentielli transkription uudelleen alkamiselle, mutta  säätelee sitä pituudesta riippuvalla ja  sekvenssistä riippumattomalla tavalla. Bikistronisten minigenomien  mutaatioanalyyseillä ja EBOV rekombinanteilla  ei voitu osoittaa olevan  suoraa korrelaatiota  geenivälialueen pituuden ja uudelleen aloitustahdin kesken, mutta niillä osoitettiin , että spesifiset geenivälialuepituudet ( joita ei luonnostaan löydy  floviruksista)  vahvasti estivät geeniexpressiota alavirtaan päin. Vaikka 144nt  pituista geenivälialuetta  lyhennettiin  viideksi nukleotidiksi ( 5 nt) , tämä ei vaikuttanut  paljoakaan EBOV transkriptioon mutta johti kuitenkin merkitsevään vähenemään viruksen kasvussa.

We further demonstrate that the long IR is not essential for, but regulates transcription reinitiation in a length-dependent, but sequence-independent manner. Mutational analysis of bicistronic minigenomes and recombinant EBOVs showed no direct correlation between IR length and reinitiation rates, but demonstrated that specific IR lengths, not found naturally in filoviruses, profoundly inhibit downstream gene expression. Intriguingly, although truncation of the 144 nucleotide long IR to 5 nucleotides did not substantially affect EBOV transcription, it led to a significant reduction of viral growth.

Asian tärkeys.  Linkki: Kuva geenistä ja virionista.

Nykykäsitystä  ebolaviruksen transkription säätelystä rajoittaa tämän hyvin patogeenisen viruksen vaatimat BSL-4 tasoiset tutkimusoloshteet.  Arvellaan kuitenkin, että EBOV  monilta mekanistisilta piirteiltään on samantapainen kuin prototyyppinen negatiivisrihmainen  segmentoitumaton RNA virus. Yksinkertaisen polymeraasin sisäänpääsykohta genomin 3 prim päädyssä määrää, että geenien transkritio kontrolloituu pääasiassa geenijärjestyksestä ja geenirajoilla  toimivista cis-signaaleista .Tässä työssään tutkijat selvittivät rakenteellisesti ainutlaatuisen EBOV geenin rajojen säätelyllisen  osuuden  viruksen transkriptioon. Saatu tieto osoittaa, että EBOV:in transkriptionaalinen säätely on mitä monimutkaisinta ja eroaa prototyypin viruksista.  ja saadut tiedot edistävät  filoviruksen syklin  fundamentaalisimman prosessin ymmärtämistä. Lisäksi  tulokset  EBOV-rekombinanttiviruksilla  viittaavat  uuteen löytöön  pitkän geenivälin (IR)  osuudesta kaikissa filovirusgenomeissa viruksen replikaatiosyklin aikana

 http://www.mdpi.com/viruses/viruses-04-01878/article_deploy/html/images/viruses-04-01878-g005-1024.png

 
Päivitys 15.11. 2014 

Ebola entry. TIM- välittteinen. (PtdSer)-mediated virus entry-enhancing receptors (PVEERs).

 (PVEER) :  http://jvi.asm.org/content/87/15/8327/F8.large.jpg

LÄHDE:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24696470
Tämä artikkeli kertoo  lisää  ebolaviruksen käyttämistä   viruksen sisäänpääsyä edistävistä fosfatidyyliseriiniväliteisistä  reseptoreista (PVEER )
PVEER = Phosphatidylserine-mediated Virus Entry- Enhancing Receptor
EBOV =  Ebola Virus
TIM-1  = T- Cell Immunoglobulin and Mucin Domain -1
PtdSer, PS = Phosphatidylserine, fosfatidyyliseriini  ( anioninen fosfolipidi)
NPC1,  GP1-NPC1 complex 

LÄHDE:

J Virol. 2014 Jun 15;88(12):6702-13. doi: 10.1128/JVI.00300-14. Epub 2014 Apr 2. Characterizing Functional Domains for TIM-Mediated Enveloped Virus Entry. Moller-Tank S¹, Albritton LM², Rennert PD³, Maury W⁴.

Abstract (Tiivistelmä)

 T- solussa esiintyvä immunoglobuliini ja musiinidomaani 1 (TIM-1) sekä muita TIM- perheen jäseniä on  aivan viime aikoina  alettu tunnistaa fosfatidyyliseriinivälitteisiä  virussisäänpääsyjä lisäävinä reseptoreina (PVEER)  Nämä proteiinit kiihdyttävät niin ebolaviruksen kuin toistenkin virusten  sisäänpääsyä isäntäsoluihin , koska ne sitoutuvat virusvaipalla esiintyvään  fosfolipidilajiin  ( PtdSer , fosfatidyyliseriini) ja sen seurauksena   ne edistävät  viruksen internalisaatiota, menemistä solun sisään.
 TIM-1 välitteiselle viruksen sitoutumiselle ja internalisaatiolle on välttämätöntä myös IgV domaani ( immunoglobuliinin kaltainen variabeli domaani)
 Kuitenkaan TIM-3, jonka IgV domaani pystyy kyllä  sitomaan fosfatidyyliseriiniä, ei kuitenkaan tehokkaasti lisää viruksen pääsyä  soluun ja täten voidaan päätellä, että TIM- proteiineissä on muitkin  domaaneja, jotka ovat funktionaalisesti tärkeitä. vielä jotain, mikä olisi toiminnallisesti tärkeää.
 Tässä otsikon tutkimuksessa tiedemiehet selvittävät  ne domaanit, jotka  toimivat  vaipallisen viruksen sisäänpääsyn lisäämisen tehostajana  ja  määrittelevät  funktionaaliselle PVEE- reseptorille välttämättömiä piirteitä.
 Tutkijat käyttävät lukuisia chimeerisiä ja deleetiomutantteja ja havaitsevat, että funktionaalisen fosfatidyyliseriiniä sitovan domaanin lisäksi nämä PVEE- reseptorit vaativat eräänlaisen riittävän pitkän tukivarsidomaanin, jossa on sekvenssejä edistämässä struktuurin laajenemista. 

Using a variety of chimeras and deletion mutants, we found that in addition to a functional PtdSer-binding domain PVEERs require a stalk domain of sufficient length, containing sequences that promote an extended structure. 

 Ei TIM- 1 proteiinin sytoplasminen eikä transmembraaninenkaan domaani ole välttämätön viruksen sisäänmenon  tehostamisessa  edellyttäen että virus on vielä plasmamebraaniin kiinnittyneenä.

 Pohjautuen  näihin  määritettyihin  piirteisiin tutkijat kehittelivät  sellaisen mallin, mistä puuttui TIM- sekvenssit ja kokosivat siihen  seuraavia osia:  anneksiiniV, alfa -dystroglykaanin  musiinin kaltainen domaani ja GPI-ankkuri, jotka toimivat kuten PVEE reseptori lisäten sellaisten virionien kulkeutumista soluun jotka kantoivat     Ebola, Chikungunya, Ross River tai Sindbis virusten glykoproteiineja (GP).  Näitten pääpiirteitten identifioiminen  viruksen fosfatidyyliseriinivälitteisen sisäänpääsyn tehostamisessa   tarjoaa perustaa tuntemattomien PVEE reseptoreitten  tehokkaaseen  tunnistamiseen. .

Based on these defined characteristics, we generated a mimic lacking TIM sequences and composed of annexin V, the mucin-like domain of α-dystroglycan, and a glycophosphatidylinositol anchor that functioned as a PVEER to enhance transduction of virions displaying Ebola, Chikungunya, Ross River, or Sindbis virus glycoproteins.

 This identification of the key features necessary for PtdSer-mediated enhancement of virus entry provides a basis for more effective recognition of unknown PVEERs.

Päivitys 15.11. 2014

Ebolaviruksen sisäänpääsyvaihe ( entry) ja fosfatidylseriinin merkitys, Gas6/Ax1 signaalitie.. (PtdSer)-mediated virus entry-enhancing receptors (PVEERs).

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24478428
(Tiedämme seuraavia asioita: solujen vanhuuden merkki on flip- flop- scramblase systeemissä  solun ulkopintaan sisäpinnan läheltä kohoava fosfatidylseriini (PtdSer, PS).
 Tämän tunnistaa mm Gas6  (Growth Arrest Specific geneproduct 6) ja  vaikuttaa kehon tavallisen  solun joutumista vaakaan punnittavaksi mahdollisen apoptoosin valiutumiseksi. Kyse on preapoptoottisesta muutoksesta, solun vanhenemisesta., mutta  kumma kyllä  muutama virus käyttää fosfatidylseriiniänsä   keinona  saada sillanpääasema   isäntäkehoon  mm.  sen apoptoosijärjestelmän soluihin. Virus houkuttelee itsensä  kohdesoluun kuin susi lampaan vaateissa. Fosfatidyyliseriini on fysiologisen apoptoosin signaali. . 

LÄHDE:

J Virol. 2014 Apr;88(8):4275-90. doi: 10.1128/JVI.03287-13. Epub 2014 Jan 29.Role of phosphatidylserine receptors in enveloped virus infection. Morizono K¹, Chen IS.

Abstract (Tiivistelmä)

 Isäntäkehosta  mm.  plasman  liukoinen  peptidi Gas6  havaitsee viruksen fosfatidylseriinin (PS)  ja tässä on jo yksi silta isäntäkehoon ( Ax1 tekijään) ( Gas6/Ax1 signaalitie) , mikä tekee mahdolliseksi viruksen suunnistuksen isäntäkehon fagosyyttisoluihin.  Fagosyytti  tulkitsee saaneensa kontaktin "kuolleeseen soluun, joka pitäisi poistaa kehosta".  Tämä valhesignaali viruksen taholta  edistää  dengue,. West Nile ja Ebola viruksen soluun pääsyä. Moniin virusperheisiin on yleistynyt tämä molekulaarinen  sisäänpääsymekanismi, .missä virus tarjoaa fosfatidylseriiniään  reseptoriin..

 Ei vain Ax1/Gas6  toimi fosfatidylseriinin reseptorina,  vaan niitä on muitakin sen tunnistajia. -  mutta laajemmin  ei ole vielä arvioitu, miiten suuri  merkitys viruksen sitoutumiselle ja sisäänpääsylle  näillä  olisi. Tämän artikkelin tutkimuksessa tiedemiesryhmä  selvittää useimmat fosfatidylseriinin (PtdSer, PS)  tunnistavat molekyylit kuten

 MFG-E8, TIM-1, -3, ja -4, CD300a, BAI1 sekä  stabiliini-1 ja -2 kuvaten  niiden kykyä  kiihdyttää viruksen kiinnittymistä ja infektoimista.

Pseudotyypattuja  lentivirusfaktoreita käyttämällä  havaittiin että  liukoinen fosfatidyyliseriiniä sitova proteiini  MFG-E8 kiihdyttää transduktiota.   Solupintareseptorit TIM-1 ja -4 myös lisäävät viruksen sitoutumista ja transduktiota. Näitten  molekyylien  tehostusaste vaihtelee riippuen  pseudotyypatun  virusvaippaproteiinin tyypistä

 Mutatoitunut MFG-E8, joka sitoutuu viruksen vaipan  fosfatidylseriiniin  muodostamatta siltaa soluihin, (yllättävää kyllä ei sitoudu kuitenkaan    anneksiini V molekyyleihin, jota käytetään blokeeraamaan kuolleitten solujen  fagosytoosia   fosfatidyyliseriineitä kätkemällä),  tehokkaasti blokeeraa  näitä fosfatidyyliseriinista riippuvia viruksen sisäänpääsymekanismeja. 

 Tuloksista saa oivallusta viruksen  kalvon fosfatidylseriinin  roolista virusinfektiossa.

Mutated MFG-E8, which binds viral envelope phosphatidylserine without bridging virus to cells, but, surprisingly, not annexin V, which has been used to block phagocytosis of dead cells by concealing phosphatidylserine, efficiently blocks these phosphatidylserine-dependent viral entry mechanisms. These results provide insight into understanding the role of viral envelope phosphatidylserine in viral infection.

Asian merkitys

Virusvaipan fosfatidylseriinin (PS)  on aiemmin osoitettu olevan tärkeä  useiden vaipallisten virusten replikaatiossa, mutta tämän mekanismin yksityiskohdat eivät ole  olleet selvillä.   Otsikon työryhmä ensimmäisenä raportoi  kaksifunktioisen seerumiproteiinin Gas6 muodostavan siltaa virusvaipan fosfatidyyliseriinin ja solupintareseptorin Ax1 kesken.
Äskettäiset tutkimukset ovat osoittaneet, että monet vaipalliset virukset ( kuten vaccinia, dengue, West Nile ja Ebola) hyödyntävät Ax1/Gas6  signaalitietä  kiihdyttääkseen sisäänpääsyään, mikä  viittaisi siihen, että fosfatidyyliseriinivälitteinen viruksen sisäänpääsymekanismi on monellakin vaipallisella viruksella käytössä

 Ax1/Gas6 molekyylitien lisäksi on monta tunnettua fosfatidyyliseriinin  molekulaarista tunnistajaa olemassa , vaikka näiden  moleyylien vaikutuksia viruksen sitoutumiseen ja sisäänpääsyyn ei ole laajemmin arvioitu  eikä vertailtu.  Tässä tutkimuksessa on käsitelty useimmat ihmisen  molekyylit, jotka pystyvät tunnistamaan fosfatidyyliseriinin (PS) ja katsottiin niiden kyvyt kiihdyttää virusinfektiota.  Saadut oivallukset  vaipan fosfatidyyliseriinin roolista (rooleista)  virusinfektiossa voivat olla sovellutettavissa uusien antivirus reagenssien kehittelyyn, jossa  periaatteena on viruksen  fosfatidyyliseriinivälitteisen sisäänpääsyn blokeeraaminen.

(Oma kommentti Gas6 tekijästä 4.9. 2014.: Minulla ei ole tietoa missä vaiheessa Gas6 sai gammakarboksyloidun Gla-ryhmänsä  kaikkien  VKDP peptidien joukossa ja  minkä asteisesti se normaalisti on gammakarboksyloituneena ja miten sen käy esim Marevan hoidon aikana kun  muut VKDP:t jäävät PIVKA peptideiksi). Eräs tieto on että plasmassa sitä on 20 kertaa enemmän kiertämässä kuin mitä trombosyytteihin on sitä  varastoituneena.  Tämä myös viittaa siiheen että Gas6 peptidin suhteen myös trombosyytti tarvitsee  epäsuorasti jossain määrin K-vitamiinia normaaliuteensa ja kykyynsä makroaggrekaattien  luomiseen. Siis Ebola ikään kuin sieppaa Gas6 signaalitien ja  suuntaa itsensä sen antaman sillan  avulla  fagosyyteihin ja soluihin jotka toimivat  PS-tunnistajana ja kuolleitten solujen poistajana

Lisätietoa näistä reseptoreista : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24696470
 T-cell immunoglobulin and mucin domain 1 (TIM-1) and other TIM family members are recently identified phosphatidylserine (PtdSer)-mediated virus entry-enhancing receptors (PVEERs).

Päivitys 15.11.2014

Viruksen vaipan fosfatidylseriini (PS) fosfolipidi strategisena kohteena lääkekehittelyssä

http://www.nature.com/nm/journal/v14/n12/abs/nm.1885.html

Viruksen normaalisti intrasellulaarinen anioninen fosfolipidi  triggeröityy ilmenemään virusvaipan ulkopinnalla viruksen replikoituessa (esim. soluaktivaatiossa tai preapoptoottisissa muutoksissa).
Chimeeristä  vasta-ainetta BAVITUXIMAB käyttäen  tunnistettiin  anioninen fosfolipidi ja  sen ilmentyessä ulkopintaan siihen  kohdennettiin. Lassakuumeviruksen  ( joka on mahdollinen bioterroriagenssi) mallivirus on Pichinde virus. Jos tällä Pichindeviruksella infektoidaan soluja  seuraa  anionisten fosfolipidien ilmenemä solupintaan. Sitten annettu BAVITUXIMAB käsittely paransi  letaalisti Pichinde-viruksella infektoidun  marsun taudin. Pääasialliset antivirusmekanismit olivat infektioivan viruksen puhdistus verestä ja viruksella infektoituneitten solujen  vasta-aineista riippuva solusytotoksisuus.
Kombinaationa annettu käsittely BAVITUXIMAB + RIBAVIRIN  oli tehokkaampi kuin kumpikaan lääke yksinään. BAVITUXIMAB  sitoutui myös  sellaisiin soluihin, joita oli infektoitunut monista muista viruksista  ja paransi hiiriä sytomegalovirusinfektiosta.  Ulkopinnalle ilmentyneitten anionisten fosfolipidien kohdennus BAVITUXIMAB- käsitelyllä vaikuttaa olevan turvallista ja tehokasta.
Tämä  tutkimustulos  osoittaa, että infektoituneitten isäntäsolujen ja virionien  ilmentämien anionisten fosfolipidien  kohdennus  saattaa olla uusi kohde  antiviruslääkkeiden kehittelyssä.

Letter abstract (sitaatti)

Nature Medicine 14, 1357 - 1362 (2008)
Published online: 23 November 2008 | doi:10.1038/nm.1885

Targeting inside-out phosphatidylserine as a therapeutic strategy for viral diseases

M Melina Soares¹, Steven W King² & Philip E Thorpe¹

There is a pressing need for antiviral agents that are effective against multiple classes of viruses. Broad specificity might be achieved by targeting phospholipids that are widely expressed on infected host cells or viral envelopes. We reasoned that events occurring during virus replication (for example, cell activation or preapoptotic changes) would trigger the exposure of normally intracellular anionic phospholipids on the outer surface of virus-infected cells.

 A chimeric antibody, bavituximab, was used to identify and target the exposed anionic phospholipids. Infection of cells with Pichinde virus (a model for Lassa fever virus, a potential bioterrorism agent) led to the exposure of anionic phospholipids. Bavituximab treatment cured overt disease in guinea pigs lethally infected with Pichinde virus. Direct clearance of infectious virus from the blood and antibody-dependent cellular cytotoxicity of virus-infected cells seemed to be the major antiviral mechanisms. 

Combination therapy with bavituximab and ribavirin was more effective than either drug alone. Bavituximab also bound to cells infected with multiple other viruses and rescued mice with lethal mouse cytomegalovirus infections. Targeting exposed anionic phospholipids with bavituximab seems to be safe and effective. Our study demonstrates that anionic phospholipids on infected host cells and virions may provide a new target for the generation of antiviral agents.

Top of page

1. Department of Pharmacology, 6001 Forest Park Road, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, Texas 75390-9041, USA.
2. Peregrine Pharmaceuticals Inc., 14272 Franklin Avenue, Tustin, California 92780, USA.

Paha EBOLA virus tullut pahemmaksi (1.8.2014)

Ebolassa on käsittääkseni monosyyttien aktivoima  kudoksen proteolyyttisen kaskadin  progredioituva aktivoituminen, mutta siihen ei ole  vastaavaa progredioivaa lääkitystä olemassa.  monosyyttien hiljentäjää,  TIMP - kaltaista MMP( et al)  proteolyyttisen kaskadin  jarruttajaa ja ECM stabiloijaa.   Ehkä suuri määrä kortisonia auttaa stabiloimaan kalvoja, sellainen septisen shokin annos. Lisäksi kehon jäähdytys  voi auttaa  hidastamaan proteolyysiä.  Hibernaatiossa ( histamiinin vapautumisen estoa) aivorasvojen puolella  on neurolepteistä apua.
 Mutta mikä hibernoi aorttaa??  Proteolyysi  sulattaa  suuria valtimoita ja aorttaa.
Pitää löytää se keholämpötila mikä voi hidasta ebolan aiheuttamaa kudossulaa.  Pitää merkata  ylös ne ilmasto -olosuhteet, jossa ebola optimaalisimmin  tuhoaa ihmiskehoa, jotta niitä tiloja voi välttää.
ei ole  aikoja löytää rokotetta  lähitulevaisuuteen, mutta on  mahdollisuuksia löytää lisää symptomaattisia hoitotapoja ja ottaa selville mitkä kaikki kaskadit aktivoivat sulattamaan kehon.
On mahdollisuuksia rokotekehittelyyn kertoo seuraava tieto. 
 http://www.nature.com/nature/journal/v408/n6812/full/408605a0.html

Hepatiittiviruksen HBc nukleokapsidiproteiini ja varhainen e antigeeni, HBeAg

Hepatitis B Core and e Proteins
The core ORF encodes two sequence related yet functionally distinct proteins: the hepatitis B core protein and the hepatitis B e protein. 

The hepatitis B core protein (HBc) is the major component of the nucleocapsid shell packaging the HBV genome. This 185 amino acid protein is expressed in the cytoplasm of infected cells. Sequence analysis indicates that HBc is predominantly composed of hydrophilic and charged amino acids. This protein remains non-glycosylated and is not modified through the addition of lipids.
The region of HBc associated with nucleocapsid assembly lies within the first 149 amino acids. ⁽¹⁾ More recently, the crystal structure of the nucleocapsid has been resolved, giving more insight into the structure of the HBc protein. ⁽²⁾ HBc is largely a helical protein with five alpha-helices. This is unusual in that most nucleocapsid proteins which form icosahedral shells typically fold into barrel structures such as those seen in the HIV-1 capsid. ^{(3), (4)} A long alpha-helical hairpin dominates the folding pattern of HBc, consisting of helices 2 and 3. A hydrophobic core makes up the base of the protein.
HBc dimers, required for the formation of the nucleocapsid, associate via their alpha-helical hairpins which form a four-helix bundle. ⁽⁵⁾ A disulfide bridge on the dimer interface between the Cys-61 residues forms to stabilize the association. ^{(6), (7)} However, this residue is not critical as its deletion does not impair dimer formation. ^{(8), (9), (10)} Dimer associations to produce the nucleocapsid shell appear to involve residues Tyr-132, Arg-127, Pro-129 and Ile-139. ⁽¹¹⁾
The C-terminal end of the protein contains four arginine clusters which appear to be involved in nucleotide packaging. ^{(12), (13)} HBc can also be phosphorylated ^{(14), (15)} on serine residues at positions 157, 164 and 172. Phosphorylation at series 164 and 172 impairs pgRNA packaging. ^{(16), (17)}
HBc is able to form particles with outward pointing spikes even if a foreign peptide sequence is spliced into the HBc coding region. 
As such, HBc can be used for displaying foreign protein domains on the surface of HBV nucleocapsids. ⁽¹⁸⁾

Unlike the core protein, the hepatitis B e antigen has a different fate. The e antigen is so named due to its "early" appearance during an acute HBV infection. HBe is expressed by the translation of sequences upstream of the HBc ORF known as the pre-C sequence. The pre-C sequence encodes a hydrophobic transmembrane domain, resulting in the translation/translocation of HBe into the lumen of the ER. ⁽¹⁹⁾ This fundamental change in the location of protein expression alters the antigenicity of HBe such that it does not share antigenic homology with HBc, despite having nearly identical amino acid sequences.
In the ER, 19 of the 29 residues of the pre-C region are removed by a signal peptidase.
 The remaining pre-C residues prevent HBe from forming into core particles. ⁽²⁰⁾ Another region in the arginine rich domain is cleaved from HBe in the Golgi complex. ⁽²¹⁾
The purpose of producing this secretory form of HBc is not well understood.

 One theory is that high levels of HBe may somehow suppress the immune system from eliminating HBV-producing cells. High levels of HBe are often found in the serum of highly viraemic HBV carriers. It has also been found that woodchucks do not undergo persistent WHV infection if a HBe-minus variant is used for infection. ⁽²²⁾l Host. J. Virol.; 66: 5682-5684.
Päivitys 21.4. 2014 

HBV, uusi väitöskirja

Maailmassa potee 240  miljoonaa henkilöä HBV infektiota, joten se on merkittävä tauti.
Simon Larson on tehnyt väitöskirjansa aiheesta Hepatiitti B viruksen replikaatio ja integraatio. Väitöstilaisuus on ensi kuun alussa. 
Väitöskirjaa voi edeltä  tutkia osoitteesta ISBN 978-91-628-8986-9

Hepatitis B virus replication and integration 
  http://hdl.handle.net/2077/34851
Suomennosta abstraktista:
Avainsanat  ja tiivistelmä:

• Krooninen Bhepatiittivirus  infektoi 240 miljoonaa henkilöä maailmassa ja voi aiheuttaa maksasairautta, myös maksasolusyöpää( hepatosellulaarista karsinoomaa (HCC). Alkuvaiheessa potilailla on  korkeat pitoisuudet hepatiitti B-viruksen DNA:ta veressään ja he ilmentävät  e antigeenia. (HBeAg).

Chronic infection with hepatitis B virus (HBV) affects 240 million people worldwide and may cause liver disease including hepatocellular carcinoma (HCC). Initially patients have high levels of HBV DNA in their blood, no liver disease and express the e antigen (HBeAg).

•  Jossain vaiheessa muodostuu potilailla  immuunivaste ja virustaakka vähenee usella logaritmisella  määrällä viruskopioita millilitrassa  ja   HbeAg pitoisuutensa katoaa ja seuraa vakava maksavaurio, jos antigeeni ei puhdistu kehosta kunnolla. 

At some point an immune response is mounted and the viral load decreases with several log10 copies/ml, they lose HBeAg and severe liver damage may follow if the virus is not cleared efficiently

• Samaan aikaan HBsAg-pitoisuudet, kiertävän pinta-antigeenin pitoisuudet, pysyvät korkeana. Tämä pinta-antigeeni ei ole kiinnittyneenä viruksiin.  Maksassa saattaa viruksen DNA integroitua maksan hepatosyyttisolujen genomiin. Sitä arvellaankin mekanismiksi, mikä mahdollisesti edistää syövän kehittymistä.  

Meanwhile, the circulating levels of the surface antigen (HBsAg), not bound to viral particles, remain high. In the liver, the viral DNA might integrate in the genome of hepatocytes. This has been proposed as a mechanism potentially promoting cancer development

• Tämän väitöskirjan tarkoituksena oli  tutkia sitä mekanismia, mistä johtuu  HBeAg:n kadotessa tapahtuva  suuri vähenemä HBV DNA määrässä,  kun  HbsAg-pitoisuudet pysyvät kuitenkin suhteellisen stabiileina , ja arvioida  seerumin  HBsAg pitoisuuden   määrittämisen käyttökelpoisuus maksavaurion merkitsijänä  sekä määrittää maksabiopsioista käsin  integroituneen HBV DNA:n  määrä.

The aims of this thesis were to investigate the mechanisms behind the great decline in HBV DNA at loss of HBeAg while the HBsAg levels remain relatively stable, to evaluate the utility of quantification of HBsAg in serum as a marker for liver damage, and to assess the extent of integrated HBV DNA in liver biopsies.

•   Metodit:  Päämetodina  erilaiset PCR . Materiaalina oli verinäytteet ja maksabiopsiat  B-hepatiitti viruksen kroonisilta kantajilta. Määritettiin  maksan virustaakka, sekä DNA että RNA real time PCR menetelmällä  ja integroituneet  HBV DNA- sekvenssit tunnistettiin käyttämällä Alu-PCR menetelmää

The main methods used in this thesis are various types of polymerase chain reaction (PCR). The material was blood samples and liver biopsies from chronic carriers of HBV. Viral load in the liver, both DNA and RNA, was quantified by real-time PCR and integrated HBV DNA sequences were identified using Alu-PCR.

•  Tuloksista. Seerumin HBV DNA-pitoisuudet ja HBsAg -pitoisuudet korreloivat intrahepaattisten  (maksansisäisten) kovalentisti sulkeutuneitten DNA -rinkuloitten (ccc-DNA) määrään, jotka voivat toimia   templaattina uusille viruspartikkeleille ja antigeenille.

 Serum levels of HBV DNA and HBsAg correlated with intrahepatic levels of covalently closed circular DNA (cccDNA), the template for new viral particles and antigens.

• Vertaamalla HBeAg-negatiivisia ja positiivisia potilaita havaittiin 3-5 kertainen  logaritminen vähentymä  HBV DNA:ssa   silloin kun  serokonversio hepatiittiviruksen e-antigeenissa (HBeAg)  tapahtui ja se selitetään pääasiassa siten , että  cccDNA  väheni silloin ja  pregenomisen RNA:n (pgRNA, virusDNA:n templaatin)   transkriptionaalinen tehokkuuskin väheni. 

   By comparing viral load between patients positive or negative for HBeAg it was found that the 3-5 log10 decline of HBV DNA at HBeAg seroconversion mainly is explained by decrease in cccDNA and reduced transcriptional efficiency of pregenomic RNA (pgRNA), the template for virus DNA.

• Kuitenkin  viruspartikkeleiden retentoitumisella ja niiden alentuneella puoliintumisajalla näyttää olevan oma  vaikutuksensa.  

However, retention of viral particles and decreased half-life of virions seem to have an additional impact. 

• Kun vertailtiin tuloksia seerumin  HBsAg -pitoisuuksista ja  maksabiopsiatutkimuksista  , tehtiin johtopäätös, että  raja-arvona alle 3 logaritmista  IU/ml yksikköä  HBsAg ja  alle 4 logaritmista  yksikköä viruskopioita /ml  voitaisiin tunnistaa 96%:n  spesifisyydellä   ne potilaat, joilla on  matala-asteinen maksavaurio

 By comparing results of serum levels of HBsAg and histological examination of liver biopsies it was concluded that a cut-off of <3 .0="" 96="" a="" and="" copies="" could="" damage="" hbsag="" identify="" iu="" liver="" log10="" low="" ml="" of="" patients="" span="" specificity="" with="">

•   Integroituneita HBV DNA sekvenssejä voitiin tunnistaa  36 maksabiopsianäytteessä 48:sta näytteestä . Kaikenkaikkiaan analysoitiin 45 integroitunutta sekvenssiä 32 eri potilaalta.  HBV DNA-integroituminen maksasolugenomiin oli hyvin tavallinen tapahtuma B-hepatiittiviruksen  kroonisilla kantajilla 

With Alu-PCR integrated sequences were detected in 36 of 48 liver biopsies examined. In total 45 integrated sequences were analysed from 32 different patients. Integration of HBV DNA was thus a very common event in the chronic HBV carriers.

• Yhteenveto:  Tämä tutkimus  loi lisävaloa B-hepatiittiviruksen replikaation ja integraation käsittämiseen.

In summary, this study contributes to the understanding of the replication and integration of the hepatitis B virus

Avainsanoja

	hepatitis B virus, (B-hepatiittivirus, Hepatiitti on maksatulehdus) replication, replikaatio integration, integraatio  HBV DNA, HBsAg
Suomennosta 21.4. 2014		.	.