Leta i den här bloggen

torsdag 4 september 2014

EBOV Geenirajat ja niiden vaikutus transkriptioon . Pitkän geenivälin (IR) merkitys replikaatiosyklissä

LÄHDE: 
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25142600

J Virol. 2014 Aug 20. pii: JVI.01863-14. [Epub ahead of print]Analysis of the highly diverse gene borders in Ebola virus reveals a distinct mechanism of transcriptional regulation.

Ebolavirus EBOV kuuluu segmentoitumattomiin negatiivisen rihman omaaviin RNA viruksiin ( Mononegales). Seitsemää EBOV geeniä erottaa toisistaan  varioivat geenirajat, joihin kuuluu 4-5 nukleotidin lyhyitä geenivälialueita (IR) ja yksittäinen pitkä (144 nukleotidin) geenivälialue sekä geenien  toisiaan kattavia kohtia joissa  naapurigeenin lopetus ja aloitussignaalit  jakavat keskenään viisi konservoitua nukleotidia.  Geenien toisiaan kattavuuden ainutlaatuinen rakenne  sekä yksittäisen pitkän  geenivälialueen esiintyminen ovat konservoituja kaikissa filoviruksissa.
Ebola virus (EBOV) belongs to the group of nonsegmented negative sense RNA viruses.
 The seven EBOV genes are separated by variable gene borders, including short (4-5 nucleotides) intergenic regions (IRs), a single long (144 nucleotides) IR and gene overlaps, where the neighboring gene end and start signals share five conserved nucleotides.  The unique structure of the gene overlaps and the presence of a single long IR are conserved among all filoviruses. 
 Tässä työssä tutkijat ovat koettaneet määritellä EBOV geenirajojen vaikutusta viruksen transkription aikana, He osoittavat, että mRNA:n läpi lukevaa synteesiä tapahtuu EBOV-infektoituneissa soluissa geenirajoista välittämättä, mikää viitta siihen, että geenien päällekäisyys ei edistä yksittäisen geenin päätesignaalin tunnistamista.  Kuitenkin  kaksi perälläistä geenin päätesignaalia VP24-geenissä saattaisi tehostaa terminaatiota VP24/L geenirajalla varmistaen tehokkaan L-geeniexpression.
Here, we sought to determine the impact of the EBOV gene borders during viral transcription. We show that readthrough mRNA synthesis occurs in EBOV-infected cells irrespective of the structure of the gene border, indicating that the gene overlaps do not promote recognition of the gene end signal. However, two consecutive gene end signals at the VP24 gene might improve termination at the VP24/L gene border, ensuring efficient L gene expression. 
 Tutkijat osoittavat myös, että pitkä geeniväli ei ole essentielli transkription uudelleen alkamiselle, mutta  säätelee sitä pituudesta riippuvalla ja  sekvenssistä riippumattomalla tavalla. Bikistronisten minigenomien  mutaatioanalyyseillä ja EBOV rekombinanteilla  ei voitu osoittaa olevan  suoraa korrelaatiota  geenivälialueen pituuden ja uudelleen aloitustahdin kesken, mutta niillä osoitettiin , että spesifiset geenivälialuepituudet ( joita ei luonnostaan löydy  floviruksista)  vahvasti estivät geeniexpressiota alavirtaan päin. Vaikka 144nt  pituista geenivälialuetta  lyhennettiin  viideksi nukleotidiksi ( 5 nt) , tämä ei vaikuttanut  paljoakaan EBOV transkriptioon mutta johti kuitenkin merkitsevään vähenemään viruksen kasvussa.
We further demonstrate that the long IR is not essential for, but regulates transcription reinitiation in a length-dependent, but sequence-independent manner. Mutational analysis of bicistronic minigenomes and recombinant EBOVs showed no direct correlation between IR length and reinitiation rates, but demonstrated that specific IR lengths, not found naturally in filoviruses, profoundly inhibit downstream gene expression. Intriguingly, although truncation of the 144 nucleotide long IR to 5 nucleotides did not substantially affect EBOV transcription, it led to a significant reduction of viral growth.

Asian tärkeys.  Linkki: Kuva geenistä ja virionista.

Nykykäsitystä  ebolaviruksen transkription säätelystä rajoittaa tämän hyvin patogeenisen viruksen vaatimat BSL-4 tasoiset tutkimusoloshteetArvellaan kuitenkin, että EBOV  monilta mekanistisilta piirteiltään on samantapainen kuin prototyyppinen negatiivisrihmainen  segmentoitumaton RNA virus. Yksinkertaisen polymeraasin sisäänpääsykohta genomin 3 prim päädyssä määrää, että geenien transkritio kontrolloituu pääasiassa geenijärjestyksestä ja geenirajoilla  toimivista cis-signaaleista .Tässä työssään tutkijat selvittivät rakenteellisesti ainutlaatuisen EBOV geenin rajojen säätelyllisen  osuuden  viruksen transkriptioon. Saatu tieto osoittaa, että EBOV:in transkriptionaalinen säätely on mitä monimutkaisinta ja eroaa prototyypin viruksista.  ja saadut tiedot edistävät  filoviruksen syklin  fundamentaalisimman prosessin ymmärtämistä. Lisäksi  tulokset  EBOV-rekombinanttiviruksilla  viittaavat  uuteen löytöön  pitkän geenivälin (IR)  osuudesta kaikissa filovirusgenomeissa viruksen replikaatiosyklin aikana

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar