Science- lehden artikkeli ebolaviruksesta (5) Hautajaiset tartunnanlähtenä. Virustutkijoita menehtynyt

Tutkijaryhmän hankkiman tiedon mukaan Sierra Leonen purkaus on  kahden geneettisesti toisistaan eroavan guinealaisen viruksen alullepanema suunnilleen samoihin aikoihin. Sierra Leonen kahdentoista ensimmäisen EVD potilaan uskotaan olleen läsnä EVD- tapauspotilaan hautajaisissa Guineassa ja heistä otetut näytteet  osoittautuvat olevan kahta erillistä ryvästä  ( cluster 1 ja cluster 2) (Kuva 4A ja kuva S8). Molekyläärinen ajoittaminen sijoittaa näiden ryväslinjojen toisistaan erkanevuuden huhtikuun loppupuolelle ( Kuva 3B), mikä  ennakoi  niiden samanaikaisen esiintymisen Sierra Leonessa myöhään toukokuussa ( Kuva 4B). Se taas viittaisi hautajaisvieraitten mahdollisesti  juuri hautajaisissa  infektoituneen kaikkein todennäköisemmin kahdella viruslinjalla, jotka silloin kiertelivät Guineassa (Kuva S9). Kaikki sitä seuraava diversiteetti, mitä Sierra Leonesta on tavattu on kumuloitunut näiden kahden viruslinjan  antamissa  puitteissa (Kuva 4A) ja tämä on yhtäpitävää  kaikkien niiden epidemiologisten tietojen kanssa, mitä kontaktien jäljittämisestä on saatu

Our data suggest the Sierra Leone outbreak stemmed from the introduction of two genetically distinct viruses from Guinea around the same time. Samples from 12 of the first EVD patients in Sierra Leone, all believed to have attended the funeral of an EVD case from Guinea, fall into two distinct clusters (clusters 1 and 2) (Fig. 4A and fig. S8). Molecular dating places the divergence of these two lineages in late April (Fig. 3B), predating their co-appearance in Sierra Leone in late May (Fig. 4B), suggesting the funeral attendees were most likely infected by two lineages then circulating in Guinea, possibly at the funeral (fig. S9). All subsequent diversity in Sierra Leone accumulated on the background of those two lineages (Fig. 4A), consistent with epidemiological information from tracing contacts.

• In this page
• In a new window

• Download PowerPoint Slide for Teaching

Fig. 4 Viral dynamics during the 2014 outbreak.
 Kuva selvittää viruksen tämän vuoden purkauksen dynamiikkaa 

 Havaitut  niin isäntäkehossa (i)  ja isäntien välillä eiintyvät variaatiomallit antavat tärkeää oivallusta tartunnasta ja epidemiologiasta. Potilasryhmät, joissa on identtiset virukset tai joilla on samnlaisia isäntäkehon sisäisiä variaatioita osoittavat   sellaisia aikamalleja, mitkä viittaavat tartuntayhteyksiin (kuva S10).Yksi iSNV asemassa 10 218 on kaikissa 12 potilaassa ja sittemmin sitä on havaittu fixoituneena  38 potilaassa ja siitä on tullut pääalleeli väestöön (kuva 4C) ja Sierra Leonen kolmannen virusryväksen  tuntomerkki (Kuva 4, A ja D sekä kuva S8).keskimääräisellä tahdilla tapahtuva  toistuva propagoituminen viittaa siiheen, että  monenlaisten virushaplotyyppien tarttuminen  saattaa olla tavallista. Maantieteelliset, ajalliset ja epidemiologiset meta-tietueet  tukevat käsitystä ryväsmäisestä taudinsiirtymisestä   geneettisten tietojen mukaisesti ( Kuva 4, D ja E sekä kuva S11).

Patterns in observed intrahost and interhost variation provide important insights about transmission and epidemiology. Groups of patients with identical viruses or with shared intrahost variation show temporal patterns suggesting transmission links (fig. S10). One iSNV (position 10,218) shared by twelve patients is later observed as fixed within 38 patients, becoming the majority allele in the population (Fig. 4C) and defining a third Sierra Leone cluster (Fig. 4, A and D, and fig. S8). Repeated propagation at intermediate frequency suggests that transmission of multiple viral haplotypes may be common. Geographic, temporal, and epidemiological metadata supports the transmission clustering inferred from genetic data (Fig. 4, D and E, and fig. S11) (6). 

 Havainnoitu substituutiotahti on noin kaksikertainen  tämän vuoden purkauksessa kuin purkausvälien  aikana (Kuva 4F) . Mutaatiot ovat  useimmin myös nonsynonyymisiä purkauksen aikana (Kuva FG) . Samantapaisia löytöjä on nähty aiemminkin ja ne pitävät yhtä niiden odotusten kanssa, mitä  epätäydellisesti  puhdistetuista  selektioista on. Tarvittaisiin funktionaalista analyysiä, jota voitaisiin määritellä, onko yksittäiset mutaatiot deletoivia  jopa adaptoivia; kuitenkin se  vauhti millä tapahtuu nonsynonyymisiä mutaatioita viittaa siihen, että  tämän epidemian  jatkuva progredioituminen saattaisi  suoda  virukselle mahdollisuuden adaptoitua (Kuva 4H)- ja tämä taas  suurella syyllä alleviivaa tarvetta nopeaan epidemian hillitsemiseen.

The observed substitution rate is roughly twice as high within the 2014 outbreak as between outbreaks (Fig. 4F). Mutations are also more frequently nonsynonymous during the outbreak (Fig. 4G). Similar findings have been seen previously (15) and are consistent with expectations from incomplete purifying selection (16–18). Determining whether individual mutations are deleterious, or even adaptive, would require functional analysis; however, the rate of nonsynonymous mutations suggests that continued progression of this epidemic could afford an opportunity for viral adaptation (Fig. 4H), underscoring the need for rapid containment. 

 Kuten on jokaisen ebolavirustaudin (EVD)  purkauksen aikana niin myös tämän  vuoden 2014 ebolaviruvariantti (EBOV)  omaa koko joukon geneettisiä muutoksia, jotka poikkeavat viruslinjastaan, mutta  tutkijoitten hankkima tieto ei varsinaisesti osoita sitä, korreloiko nämä erot purkauksen vakavuuteen. Mutta sellaisiin tutkimuksiin saa kyllä alkukohdan  tutkijoitten laatimasta luettelosta, missä on 395 mutaatiota, joihin kuuluu 50  fiksoitunutta nonsynonyymistä muutosta, joista kahdeksan on tapahtunut kautta ebolavirusten esiintyvissä   hyvin vahvasti   konservoituneissa kohdissa (taulukko S4).

As in every EVD outbreak, the 2014 EBOV variant carries a number of genetic changes distinct to this lineage; our data do not address whether these differences are related to the severity of the outbreak. However, the catalog of 395 mutations, including 50 fixed nonsynonymous changes with 8 at positions with high levels of conservation across ebolaviruses, provide a starting point for such studies (table S4). 

Auttaakseen   saamaan aikaan  avustusponnistelut ja  nopean globaalin tieteellisen tutkimuksen tutkijaryhmä  on julkaissut  kaikkien generoitujen sekvenssien  tiedot. On aivan välttämätöntä  pitää yllä epidemiologista ja genomista  seurantaa, jotta voidaan tunnistaa  tartuntadynamiikan virusdeterminantit, monitoroida  viruksen muutoksia ja sopeutumista ( ihmiskuntaan ), taata  täsmällinen diagnoosi,   antaa ohjelinjoja  tieteelliselle tutkimukselle, jossa koetetaan löytää terapeuttisia kohteita ja   saattaa  kansanterveydelliset strategiat  erittäin  yksityiskohtaisiksi ja asianmukaisiksi. Tutkijaryhmän toivomuksena on, että heidän työnsä auttaisi  monilla ammattialoilla ja kansainvälisissä ponnistuksissa, jotta  saadaan käsitys  tästä laajenevasta epidemiasta ja saataisiin  se  hillityksi.

To aid in relief efforts and facilitate rapid global research, we immediately released all sequence data as generated. Ongoing epidemiological and genomic surveillance is imperative to identify viral determinants of transmission dynamics, monitor viral changes and adaptation, ensure accurate diagnosis, guide research on therapeutic targets, and refine public-health strategies. It is our hope that this work will aid the multidisciplinary, international efforts to understand and contain this expanding epidemic. 

•  Muistokirjoitus: 

Suureksi epäonneksi  viisi  sierraleonelaista  tämän artikkelin koostamiseen   osallistunutta tutkijaa  menehtyivät ebolavirustautiin työn kuluessa ennen kuin käsikirjoitusta ei vielä ollut julkaistu. He ovat antaneet  suuren panoksen  kansanterveyteen ja  tieteellisiin tutkimuksiin Sierra Leonessa. Kunnioitus heidän muistollensa.


In memoriam: Tragically, five co-authors, who contributed greatly to public health and research efforts in Sierra Leone, contracted EVD in the course of their work and lost their battle with the disease before this manuscript could be published. We wish to honor their memory.