Päivitys 24.6. 2021. Olen kirjoittanut TRIM59.stä vuosi takaperin, mutta vasta tänään 24.6. 2021 törmäsin ECSIT- proteiiniin ja asetan tähän asiayhteyden: Olen aamusta asti lukenut rauta-rikki-klustereista Fe-S clusters, joita on useissa proteiineissa ja jonkalaista rakennetta myös Sars-2 virusproteiineissa esiintyy funktion tehostajana ja struktuurin stabiloijana. Koska sars-2 proteiinit tekevät interaktioita mitokondriaaliseen hengitysketjuun, jossa ihmisellä on useita Fe-S- klusterin omaavia proteiineja, etsin myös artikkelin hengitysketjun kompleksien rakenteesta . Ehdin katsoa Complex I (CI):n evoluutiosta perustavaa tietoa.
Tässä yhteydessä ECSIT- proteiini mainitaan ja sen nimi tulee sanoista: Evolutionally Conserved Signaling Intermediate In TOLL pathways. se on sytosolinen proteiini, joka osallistuu tulehdsvasteesee ja alkion kehitykseen. Lisäksi se on mitokondriaalinen proteiini ja tekee interaktion CI- kompleksin jäsenten kanssa siinä vaiheessa kun kompleksi I koostuu. NDUFAF1:n stabiliteetti ja siihen liittyvien komponenttien stabiliteetti on riippuvainen ECSIT-proteiinista.
Sars-2 ORF9c tekee interaktioita useisiin CI kompleksin komponentteihin: CIAO30 eli NDUFAF1, ECSIT, ACAD9, NDUFB9) . Sars 2 nsp7 tekee interaktiota NDUFAF2 komponenttiin muun muassa.
Sitaatti:
GeneCards Summary for ECSIT Gene
ECSIT (ECSIT Signaling Integrator) is a Protein Coding gene. Among its related pathways are Activated TLR4 signalling and MAPK signaling pathway. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include DNA-binding transcription factor activity and oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H.
UniProtKB/Swiss-Prot Summary for ECSIT Gene
-
Adapter protein of the Toll-like and IL-1 receptor signaling pathway that is involved in the activation of NF-kappa-B via MAP3K1. Promotes proteolytic activation of MAP3K1. Involved in the BMP signaling pathway. Required for normal embryonic development (By similarity).
-
Required for efficient assembly of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase.
TRIM59, TSBF1
Aliases for TRIM59 Gene
External Ids for TRIM59 Gene
Tämä TRIM sijaitsee 3. kromosomin q-haarassa. Sen koodaama proteiini on 403 aminohappoa.Se kuuluu HC- struktuurin omaaviin TRIMproteiineihin. Sen rakenne on kaavaa ”RING-HC-TRIM59-C-V”. Se kuuluu HC- alaryhmään. Sen HC-rakenne on tarkemmin (C3HC4)-TRIM59 saattaa ubikitinoida p53.
TRIM59 säätää negatiivisesti NF-kB- ja IRF3/IRF7-välitteistä tietä ja tekee interaktion ECSIT:iin (joka on mitokondriaalinen, evolutionaalisesti konservoitunut signalointivälituote Tollin reseptorien signaaliteissä, signaloinnin integroija) (ECSIT on SARS2 oref9C interaktioproteiini)
.TRIM59 omaa onkogeenista luonnetta ja sitä on havaittu poikkeavasti ilmenevänä monessa eri syövässä. Siitä löytää hyvin paljon artikkeleita netistä. TRIM59 on todettu luonnollisen immuniteetin multifunktionaaliseksi signaaliteitten säätelijäksi. Kun kaikki artikkelit käy läpi, voi ehkä jollain tavalla hahmottaa sen moninaisen normaalin ja runsaan epänormaalin funktion. Se on aikamoinen palapeli. Sen nimi IFT80L tarkoittaa Intraflagellaarinen kuljetus (transport) (IFT) proteiini. Se on kaikissa cilioita omaavissa organismeissa konservoitunut ja essentielli, tärkeä cilia-rakenteen koostumukselle ja ylläpidolle. Sitä ilmenee paljon nopeasti proliferoituvissa soluissa, mutta ei differentioituneissa soluissa, jotka ovat siirtyneet pois solusyklistä. Tällä tekijällä on tärkeä osa solun proliferaatiossa ja differentiaatiossa. Tästä herää kiinnostus mikä on TRIM59 geenin normaali funktio esim värekarvoja (cilia) omaavassa hengitystie-epiteelissä. Jos TRIM59 geeni sammutetaan keuhkosyöpäsolussa, solusykli pysähtyy G2-vaiheeseen ja solutuotetta kertyy- p53 ei toimi. Paljon onkin tutkittu sen osuutta NSCLC keuhkosyövissä. Ras- ja RB- signalointitiessä TRIM59 on proto-onkogeeni. TRIMgeenin sammutus voi eräissä syövissä säätää TGFbeta/SMAD2- tien vaimeammaksi, samoin EMT vaimenee ( epiteliaalinen-mesenkymaalinen transitio). TRIM59 pystyy moduloimaan onkogeenejä MTOR ja EIF4E .
BCG-rokotus aktivoi makrofageja ja ne kykenevät siten tappamaan tuumorisoluja. Näiden makrofagien yksi pääominaisuus on TRIM59:n runsas ilmentäminen. TRIM59 omaa transmembraanisen domaanin ja on solukalvoproteiini. TRIM59 pystyy myös säätelemään onkogeeni EGFR/STAT3- signaalitietä (Glioomassa tällä tiellä on merkitystä) . Maksasyöpäsolut ilmentävät runsaasti TRIM59, joka voi toimia täten biomerkitsijänä tälle syövälle TRIM59 pystyy tekemään interaktion aktiiniin ja myosiiniin assosioituviin proteiineihin. TRIM59 puutteessa F-aktiinin polymerisaatio häiriintyi solun sisämaterian differentiaation aikana. TRIM59 saattaa olla kriittisen tärkeä alkion varhaiskehityksen säätelijänä blastokysti vaiheesta gastrulaan (F-aktiinin koostuminen).
https://genecards.weizmann.ac.il/v3/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TRIM59
https://www.nature.com/articles/s41419-018-0370-y
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_775107.1
ORIGIN
1 mhnfeeeltc picysifedp rvlpcshtfc rnclenilqa sgnfyiwrpl riplkcpncr
61 siteiaptgi eslpvnfalr aiiekyqqed hpdivtcpeh yrqplnvycl ldkklvcghc
121 ltigqhhghp iddlqsaylk ekdtpqklle qltdthwtdl thlieklkeq kshsekmiqg
181 dkeavlqyfk elndtleqkk ksfltalcdv gnlinqeytp qiermkeire qqlelmalti
241 slqeesplkf lekvddvrqh vqilkqrplp evqpveiypr vskilkeews rteigqiknv
301 lipkmkispk rmscswpgkd ekeveflkil nivvvtlisv ilmsilffnq hiitflseit
361 liwfseasls vyqslsnslh kvknilchif yllkefvwki vsh
//
- MRF1; TSBF1; IFT80L; RNF104; TRIM57
- Expression
- Broad expression in testis (RPKM 4.6), lymph node (RPKM 4.6) , brain and 20 other tissues See more
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar