WHO Ebolarokotteesta ja muusta ebolataudin hoidosta

• Statement on the WHO Consultation on potential Ebola therapies and vaccines
  5 September 2014
• UN senior leaders outline needs for global Ebola response
  3 September 2014
• WHO issues roadmap to scale up international response to the Ebola outbreak in west Africa
  28 August 2014

• Press centre

SITAATTI: 5. syysk. 2014 artikkelista:

On identifioitu useita terapeuttisia ja rokotteellisia interventiomahdollisuuksia, jotka pitäisi prioritoida nyt  kliinisesti  punnittaviksi. Tällä hetkellä mikään  rokotteista tai terapioista ei ole vielä hyväksytty ihmiskäyttöön ebolavirustaudin (EVD)  ehkäisemiseksi tai hoitamiseksi. On kehitelty lukuisia rokote-ehdokkaita ja terapiaehdotuksia ja niitä on testattu eläinmalleilla ja joistakin on ollut lupaavia tuloksia.  Näiden purkausten aiheuttaman  kiireelliisen tilanteen takia kansainvälinen yhteisö on  lähtemässä  etsimään  tapoja,  jotka nopeuttaisivat näiden yhdisteiden  arvioimista ja käyttöä.
Turvallisuus ihmiskäytössä on myöskin  tuntematon seikka,  samoin  on mahdollista että lääkettä annettaessa tulee esiintymään sivuvaikutuksia, Joidenkin tällaisten  tuotteiden käyttö on vaativaa, mm.  laskimonsisäistä  antoa ja infrastruktuuria vaativaa kuten kylmäkuljetusketjua ja laitoksia, jotka voivat tarjota hyvän ja turvallisen hoitostandardin.

Statement on the WHO Consultation on potential Ebola therapies and vaccines

(Statement 5 September 2014
After 2 days of discussion on potential Ebola therapies and vaccines, more than 150 participants, representing the fields of research and clinical investigation, ethics, legal, regulatory, financing, and data collection, identified several therapeutic and vaccine interventions that should be the focus of priority clinical evaluation at this time).
Currently, none of these vaccines or therapies have been approved for human use to prevent or treat EVD. A number of candidate vaccines and therapies have been developed and tested in animal models and some have demonstrated promising results. In view of the urgency of these outbreaks, the international community is mobilizing to find ways to accelerate the evaluation and use of these compounds.
Safety in humans is also unknown, raising the possibility of adverse side effects when administered. Use of some of these products is demanding and requires intravenous administration and infrastructure, such as cold chain, and facilities able to offer a good and safe standard of care.

 Asiantuntijat  päättelivät seuraavaa 

Yhtä mieltä ollaan siitä, että kokoverenkäyttöterapiat ja toipilasseerumin anto on katsottava  prioritoiduksi  asiaksi.

Kaksi  kaikkein  parhaimmiksi identifioitua  rokotevalmistetta on  turvallisuustutkimuksissa-  toinen perustuu vesikulaariseen stomatiitttivirukseen (VSV-EBO) ja toinen simpanssin adenovirukseen (ChAd-EBO). Niiden  tutkimukset on aloitettu USA.ssa ja syyskuun puolessa välissä  tutkimukset  aloitetaan Afrikassa. WHO koettaa   yhdessä vaikuttavien  elimien kanssa kiihdyttää niiden kehittelyä ja turvallista käyttöä  purkauksien vaivaamissa maissa.  Jos rokote osoittautuu turvalliseksi, sitä voisi olla  saatavilla marraskuussa 2014   terveydenhuoltotyöntekijöitä priorisoiden.

On keskusteltu myös uusista terapeuttisista lääkkeestä joihin kuuluu monoklonaaliset vasta-aineet, RNA-perusteiset  lääkkeet ja pienet  antivirusmolekyylit. Pohdittiin myös olemassaolevien  toisten tautien  ja tilojen lääkkeiden soveltamista  

Keskustelluista uusista lääkkeistä jotkut ovat  osoittautuneet hyvin lupaaviksi apinamalleissa ja niitä on käytetty muutamilla ebolapotilaalla ( mutta niin harvalla, että  niiden tehosta ei voi vetää johtopäätöstä).

The experts determined:

• There was consensus that the use of whole blood therapies and convalescent blood serums needs to be considered as a matter of priority.

• Safety studies of the 2 most advanced vaccines identified – based on vesicular stomatitis virus (VSV-EBO) and chimpanzee adenovirus (ChAd-EBO) – are being initiated in the United States of America and will be started in Africa and Europe in mid-September. WHO will work with all the relevant stakeholders to accelerate their development and safe use in affected countries. If proven safe, a vaccine could be available in November 2014 for priority use in health-care workers.

• In addition to blood therapies and candidate vaccines, the participants discussed the availability and evidence supporting the use of novel therapeutic drugs, including monoclonal antibodies, RNA-based drugs, and small antiviral molecules. They also considered the potential use of existing drugs approved for other diseases and conditions. Of the novel products discussed, some have shown great promise in monkey models and have been used in a few Ebola patients (although, in too few cases to permit any conclusion about efficacy). 

 On olemassa vain rajalliset varastot   kaikkia kokeellisia lääkkeitä  Vielä moneen kuukauteen ei varastot ole vielä riittävät, vaikka on monin tavoin kiihdytetty tuotantoa. Hieman paremmalta näyttää tilanne rokotevarastojen  vahventamisen  kohdalla.

On varottava, että  interventioitten  selvittelemisen  ei kutista huomiokykyä tehokkaan kliinisen hoidon toimeenpanosta,  intensiivisestä infektion ennaltaehkäisemisestä ja purkauksen hillitsemisestä, huolellisesta kontaktien jäljittämisesta ja seurannasta, tehokkaasta riskikommunikaatiosta ja yhteiskunnallisesta valveuttamisesta,  mitkä kaikki ovat kriittisia jotta purkaus saadaan päättymään.

Kokeellista interventiota saavien valinta,  tutkimusten sijaintipaikka ja tutkimusdesign pitäisi perustaa tarkoituksessa  oppia niin paljon kuin voidaan ja niin nopeasti kuin  pystytään vaarantamatta  potilaitten hoitamista tai terveystyöntekijöitten turvallisuutta  ja  tämän pitäisi  tapahtua  aktiivissa yhteistyössä  paikallisten tiedemiesten kanssa  ja  asiankuuluvasssa  konsultaatioyhteydessä    yhteiskuntiin.

Existing supplies of all experimental medicines are limited. While many efforts are underway to accelerate production, supplies will not be sufficient for several months to come. The prospects of having augmented supplies of vaccines rapidly look slightly better.
The participants cautioned that investigation of these interventions should not detract attention from the implementation of effective clinical care, rigorous infection prevention and control, careful contact tracing and follow-up, effective risk communication, and social mobilization, all of which are crucial for ending these outbreaks.
The recipients of experimental interventions, locations of studies, and study design should be based on the aim to learn as much as we can as fast as we can without compromising patient care or health worker safety, with active participation of local scientists, and proper consultation with communities.

 Tämä vaatii seuraavia kriittisiä kvalitatiivisia seikkoja

This will require the following crucial elements:

• Appropriate protocols must be rapidly developed for informed consent and safe use.
• A mechanism for evaluating pre-clinical data should be put in place in order to recommend which interventions should be evaluated as a first priority.
• A platform must be established for transparent, real-time collection and sharing of data.
• A safety monitoring board needs to be established to evaluate the data from all interventions.

All of these will require continued ethical oversight.

WHO: Pohdintaa rekisteröimättömän ebolan vastaisen terapian käytöstä nykytilanteessa

http://www.who.int/bulletin/volumes/92/9/14-145789.pdf
Artikkelin lopputoteamus

• Mitä tästä kriisistä voidaan oppia?

 Taudinpurkausten hallintaansaamisessa  on avaimena kunnolliset ja riittävät terveydenhoitojärjestelmät.
On varmistettava, että  terveydenhoitojärjestelmien vahvistamiseksi  hahmotellaan  kehittävät toimenpiteet. Korvaamattomia ovat  hyvin koulutetut  ja motivoituneet terveystyöntekijät. Heidän tulee saada  työstään ansiota ja heidän on saatava se tuki, mitä he tarvitsevat suorittaessaan velvollisuuksiaan.
 Ja lopuksi:: Maailmanlaajuisesti ottaen asian puoltajien tulisi prioritoida lisäinvestoimista tieteelliseen tutkimukseen ja hoitokeinojen kehittelyyn, taudin hallintaan ja estämiseen -enitenhän  tauti tällä hetkella  vaivaa köyhää väestönosaa ja  varattomia  valtioita. Ei unohdeta nykyisen ebolapurkauksen antamaa opetusta silloinkaan, kun purklaus alkaa  kadota  sanomalehtiemme etusivuilta.

What can we learn from this crisis? Robust health systems are key for controlling disease outbreaks. Let us make sure that development efforts are designed to strengthen health systems. Well trained and motivated health workers are indispensable. They should be paid and receive the support they need to carry out their duties. And, finally, increasing investment into research and development for the treatment, control and prevention of diseases that currently mostly affect poor people and poor countries should be a key priority for policy-makers worldwide. Let us not forget these lessons when the current Ebola outbreak no longer appears on the front pages of our newspapers. 

WHO ARTIKKELEITA ebolataudin hoidosta ja interventioista

EBOLA TREATMENT AND INTERVENTIONS

• Consultation on potential Ebola therapies and vaccines
  4-5 September 2014
• Ethical considerations for use of unregistered interventions for Ebola virus disease
  Report of an advisory panel to WHO, 17 August 2014
• Panel discussion on ethical considerations for use of unregistered interventions for Ebola virus disease
  8 August 2014
• WHO to convene ethical review of experimental treatment for Ebola
  6 August 2014

WHO tilanneraportti ebolasta 5.9. 2014 -sisältää kartan

http://www.who.int/csr/disease/ebola/5-september-2014-en.pdf?ua=1
 http://www.who.int/csr/don/2014_09_04_ebola/en/

Miten WHO prioritoi tiedot Pandemia- ja Epidemia sivullaan

On ymmärrettävä että vaikka EBOLA on hyvin paha  tauti ja äkäinen purkaus, WHO:lla on  sen seitsemän rautaa tulessa globaalisti, joten  maailman kaikkia organisatorisia  voimia ei voi irrottaa  VAIN ebolan vastaiseen taisteluun, vaan  apu on voimien mukaan prioritoitua ja suhteellista, missä  suuresta merkityksstä on a) muiteen maitten  tavallisten ihmisten henkilökohtainen avustava lantti , pieni tai iso- paikan päällä avustaville   erityisosaamista omaaville järjestöille,  silloin kun ei millään muulla tavalla voi osallistua maailmaa jäytävään akuuttiin ongelmaan. ja b)  purkauksesta kärsivän kansan hallitusen ja  kansalaisten  jäsenten aktiivi osallistuminen  WHO:n ja muiden päättävien ja paikalla legitimoidusti auttavien  organisaatioiden  ohjeitten mukaiseen toimintaan.  Täytyy aina muistaa, että  joskus voi  ebolapurkaus tai jokin vastaava  kohdata myös omaa maata - ja silloin voi olla riippuvainen  ulkopuliestakin  avusta.

WHO:n eri aihepiireistä:
http://www.who.int/csr/disease/en/
Sitaatti  WHO:n  pandemiat ja epidemiset taudit  esittävästä internetsivusta:

Global Alert and Response (GAR)

GAR Home Alert & Response Operations Diseases Global Outbreak Alert & Response Network Biorisk Reduction

Pandemic and Epidemic Diseases

Emerging and re-emerging epidemic diseases pose an on-going threat to global health security.
The WHO's Twelfth General Programme of Work sets the reduction of "mortality, morbidity and societal disruption resulting from epidemics... through prevention, preparedness, response and recovery activities" as one its five strategic imperatives

 Luettelo  niistä taudeista jotka WHOn kannalta ovat  eniten aktiivissa fokuksessa: 

Diseases
Avian influenza
Cholera
Emerging diseases (e.g. nodding disease)
Hendra virus infection
Influenza (seasonal, pandemic)
Leptospirosis
Meningitis
Nipah virus infection
Plague
Rift Valley fever
SARS and coronavirus infections
Smallpox and human monkeypox
Tularaemia
Viral haemorrhagic fevers (Ebola, Marburg, Lassa, Crimean-Congo haemorrhagic fever, etc.)
Viral hepatitis (A, B, C, E)
Yellow fever

Cross-cutting initiatives and network

Anticipating epidemics
Antimicrobial Resistance (AMR)
Battle Against Respiratory Viruses (BRaVe) initiative including RSV and coronavirus
Communicable Disease Control in Humanitarian Emergencies (DCE)
Emerging and Dangerous Pathogens Laboratory Network (EDPLN)
International Coordinating Group (ICG) for yellow fever, meningitis and cholera
Global Infection Prevention and Control Network (GIPCN)
Global Influenza Surveillance and Response System (GISRS)
Global Leptospirosis Environmental Action Network (GLEAN)
Meningitis Environmental Risk Information Technologies (MERIT) project
Pandemic Influenza Preparedness framework (PIP)

Weekly Epidemiological Record (WER)

Linkkejä ebolaviruksesta . Sierra Leonessa neljän päivän ulkonaliikkumiskielto tartunnan rajoittamiseksi

Ebolavirusta on kutsuttu Africa´s Top Killer, huipputappajavirus Afrikan alueella.
Ilmaston muutos  voi levittää sitä muillekin mantereille.
http://journals.tubitak.gov.tr/medical/issues/sag-05-35-1/sag-35-1-1-0410-10.pdf

Aamulehti kertoo tänään  6.9. 2014  Sierra Leonen  neljän päivän ulkoilukiellosta, joka astuu voimaan 18. 9. 2014. Siellä koetetaan katkaista epidemian exponentiaalisen  kaksinkertaistumisen kierre ulkonaliikkumiskiellon avulla ja samalla saada  selville tartunnan teitä.
http://www.aamulehti.fi/Ulkomaat/1194925516437/artikkeli/sierra+leone+otti+kayttoon+rajut+toimet+ebolataistelussa+ovat+tarpeen.html

GöteborgsPost kertoo saman
 http://www.gp.se/nyheter/varlden/1.2481313-ebola-stanger-ner-sierra-leone

Dagens Nyheter:
http://www.dn.se/nyheter/varlden/utegangsforbud-i-sierra-leone-for-att-stoppa-ebolan/ 

BBC Sierra Leone declares Ebola lockdown
Sierra Leone - one of the countries worst hit by Ebola - is to confine people to their homes for four days in an effort to contain the deadly virus.

• Use survivors' blood - WHO
• How bad can Ebola get?
• Ebola in 60 seconds Watch
• Five ways to avoid Ebola

Science- lehden artikkeli ebolaviruksesta (5) Hautajaiset tartunnanlähtenä. Virustutkijoita menehtynyt

Tutkijaryhmän hankkiman tiedon mukaan Sierra Leonen purkaus on  kahden geneettisesti toisistaan eroavan guinealaisen viruksen alullepanema suunnilleen samoihin aikoihin. Sierra Leonen kahdentoista ensimmäisen EVD potilaan uskotaan olleen läsnä EVD- tapauspotilaan hautajaisissa Guineassa ja heistä otetut näytteet  osoittautuvat olevan kahta erillistä ryvästä  ( cluster 1 ja cluster 2) (Kuva 4A ja kuva S8). Molekyläärinen ajoittaminen sijoittaa näiden ryväslinjojen toisistaan erkanevuuden huhtikuun loppupuolelle ( Kuva 3B), mikä  ennakoi  niiden samanaikaisen esiintymisen Sierra Leonessa myöhään toukokuussa ( Kuva 4B). Se taas viittaisi hautajaisvieraitten mahdollisesti  juuri hautajaisissa  infektoituneen kaikkein todennäköisemmin kahdella viruslinjalla, jotka silloin kiertelivät Guineassa (Kuva S9). Kaikki sitä seuraava diversiteetti, mitä Sierra Leonesta on tavattu on kumuloitunut näiden kahden viruslinjan  antamissa  puitteissa (Kuva 4A) ja tämä on yhtäpitävää  kaikkien niiden epidemiologisten tietojen kanssa, mitä kontaktien jäljittämisestä on saatu

Our data suggest the Sierra Leone outbreak stemmed from the introduction of two genetically distinct viruses from Guinea around the same time. Samples from 12 of the first EVD patients in Sierra Leone, all believed to have attended the funeral of an EVD case from Guinea, fall into two distinct clusters (clusters 1 and 2) (Fig. 4A and fig. S8). Molecular dating places the divergence of these two lineages in late April (Fig. 3B), predating their co-appearance in Sierra Leone in late May (Fig. 4B), suggesting the funeral attendees were most likely infected by two lineages then circulating in Guinea, possibly at the funeral (fig. S9). All subsequent diversity in Sierra Leone accumulated on the background of those two lineages (Fig. 4A), consistent with epidemiological information from tracing contacts.

• In this page
• In a new window

• Download PowerPoint Slide for Teaching

Fig. 4 Viral dynamics during the 2014 outbreak.
 Kuva selvittää viruksen tämän vuoden purkauksen dynamiikkaa 

 Havaitut  niin isäntäkehossa (i)  ja isäntien välillä eiintyvät variaatiomallit antavat tärkeää oivallusta tartunnasta ja epidemiologiasta. Potilasryhmät, joissa on identtiset virukset tai joilla on samnlaisia isäntäkehon sisäisiä variaatioita osoittavat   sellaisia aikamalleja, mitkä viittaavat tartuntayhteyksiin (kuva S10).Yksi iSNV asemassa 10 218 on kaikissa 12 potilaassa ja sittemmin sitä on havaittu fixoituneena  38 potilaassa ja siitä on tullut pääalleeli väestöön (kuva 4C) ja Sierra Leonen kolmannen virusryväksen  tuntomerkki (Kuva 4, A ja D sekä kuva S8).keskimääräisellä tahdilla tapahtuva  toistuva propagoituminen viittaa siiheen, että  monenlaisten virushaplotyyppien tarttuminen  saattaa olla tavallista. Maantieteelliset, ajalliset ja epidemiologiset meta-tietueet  tukevat käsitystä ryväsmäisestä taudinsiirtymisestä   geneettisten tietojen mukaisesti ( Kuva 4, D ja E sekä kuva S11).

Patterns in observed intrahost and interhost variation provide important insights about transmission and epidemiology. Groups of patients with identical viruses or with shared intrahost variation show temporal patterns suggesting transmission links (fig. S10). One iSNV (position 10,218) shared by twelve patients is later observed as fixed within 38 patients, becoming the majority allele in the population (Fig. 4C) and defining a third Sierra Leone cluster (Fig. 4, A and D, and fig. S8). Repeated propagation at intermediate frequency suggests that transmission of multiple viral haplotypes may be common. Geographic, temporal, and epidemiological metadata supports the transmission clustering inferred from genetic data (Fig. 4, D and E, and fig. S11) (6). 

 Havainnoitu substituutiotahti on noin kaksikertainen  tämän vuoden purkauksessa kuin purkausvälien  aikana (Kuva 4F) . Mutaatiot ovat  useimmin myös nonsynonyymisiä purkauksen aikana (Kuva FG) . Samantapaisia löytöjä on nähty aiemminkin ja ne pitävät yhtä niiden odotusten kanssa, mitä  epätäydellisesti  puhdistetuista  selektioista on. Tarvittaisiin funktionaalista analyysiä, jota voitaisiin määritellä, onko yksittäiset mutaatiot deletoivia  jopa adaptoivia; kuitenkin se  vauhti millä tapahtuu nonsynonyymisiä mutaatioita viittaa siihen, että  tämän epidemian  jatkuva progredioituminen saattaisi  suoda  virukselle mahdollisuuden adaptoitua (Kuva 4H)- ja tämä taas  suurella syyllä alleviivaa tarvetta nopeaan epidemian hillitsemiseen.

The observed substitution rate is roughly twice as high within the 2014 outbreak as between outbreaks (Fig. 4F). Mutations are also more frequently nonsynonymous during the outbreak (Fig. 4G). Similar findings have been seen previously (15) and are consistent with expectations from incomplete purifying selection (16–18). Determining whether individual mutations are deleterious, or even adaptive, would require functional analysis; however, the rate of nonsynonymous mutations suggests that continued progression of this epidemic could afford an opportunity for viral adaptation (Fig. 4H), underscoring the need for rapid containment. 

 Kuten on jokaisen ebolavirustaudin (EVD)  purkauksen aikana niin myös tämän  vuoden 2014 ebolaviruvariantti (EBOV)  omaa koko joukon geneettisiä muutoksia, jotka poikkeavat viruslinjastaan, mutta  tutkijoitten hankkima tieto ei varsinaisesti osoita sitä, korreloiko nämä erot purkauksen vakavuuteen. Mutta sellaisiin tutkimuksiin saa kyllä alkukohdan  tutkijoitten laatimasta luettelosta, missä on 395 mutaatiota, joihin kuuluu 50  fiksoitunutta nonsynonyymistä muutosta, joista kahdeksan on tapahtunut kautta ebolavirusten esiintyvissä   hyvin vahvasti   konservoituneissa kohdissa (taulukko S4).

As in every EVD outbreak, the 2014 EBOV variant carries a number of genetic changes distinct to this lineage; our data do not address whether these differences are related to the severity of the outbreak. However, the catalog of 395 mutations, including 50 fixed nonsynonymous changes with 8 at positions with high levels of conservation across ebolaviruses, provide a starting point for such studies (table S4). 

Auttaakseen   saamaan aikaan  avustusponnistelut ja  nopean globaalin tieteellisen tutkimuksen tutkijaryhmä  on julkaissut  kaikkien generoitujen sekvenssien  tiedot. On aivan välttämätöntä  pitää yllä epidemiologista ja genomista  seurantaa, jotta voidaan tunnistaa  tartuntadynamiikan virusdeterminantit, monitoroida  viruksen muutoksia ja sopeutumista ( ihmiskuntaan ), taata  täsmällinen diagnoosi,   antaa ohjelinjoja  tieteelliselle tutkimukselle, jossa koetetaan löytää terapeuttisia kohteita ja   saattaa  kansanterveydelliset strategiat  erittäin  yksityiskohtaisiksi ja asianmukaisiksi. Tutkijaryhmän toivomuksena on, että heidän työnsä auttaisi  monilla ammattialoilla ja kansainvälisissä ponnistuksissa, jotta  saadaan käsitys  tästä laajenevasta epidemiasta ja saataisiin  se  hillityksi.

To aid in relief efforts and facilitate rapid global research, we immediately released all sequence data as generated. Ongoing epidemiological and genomic surveillance is imperative to identify viral determinants of transmission dynamics, monitor viral changes and adaptation, ensure accurate diagnosis, guide research on therapeutic targets, and refine public-health strategies. It is our hope that this work will aid the multidisciplinary, international efforts to understand and contain this expanding epidemic. 

•  Muistokirjoitus: 

Suureksi epäonneksi  viisi  sierraleonelaista  tämän artikkelin koostamiseen   osallistunutta tutkijaa  menehtyivät ebolavirustautiin työn kuluessa ennen kuin käsikirjoitusta ei vielä ollut julkaistu. He ovat antaneet  suuren panoksen  kansanterveyteen ja  tieteellisiin tutkimuksiin Sierra Leonessa. Kunnioitus heidän muistollensa.


In memoriam: Tragically, five co-authors, who contributed greatly to public health and research efforts in Sierra Leone, contracted EVD in the course of their work and lost their battle with the disease before this manuscript could be published. We wish to honor their memory.

Science- lehden artikkelista (4) Nykyisen Ebolapurkauksen fylogeneettinen esiviruksen määrittely

 Ebolavirusten fylogeneettinen vertailu:
  Aiempien purkausten kaikki 20 genomia viittaavat siihen, että  vuoden 2014 Länsi-Afrikan virus todennäköisesti  levisi  Keski-Afrikasta viimeksi kuluneen vuosikymmenen aikana.  Fylogeneettinen  juurten selvillesaaminen käyttämällä divergenssiä toisten  ebolavirusten suhteen on ongelmallista. (Kuva 2A ja kuva S6).  Kuitenkin selvittelemällä vanhimman purkauksen juuripuuta selkenee  vahva korrelaatio näytteenottopäivämäärän ja juuresta latvaan etäisyyden kesken ja siinä  havaitaan substituutiovauhti 8 x 10 E(-4)/sijaintikohta/ vuosi ( Kuva 2B ja kuva S7)  Tämä viittaa siihen, että  aivan  tuoreimpien purkausten sukupuut kaikki  ovat lähtöisin  yhteisestä alkuperäisviruksesta ja  suurin piirtein  samaan aikaan  noin vuonna 2004 (Kuva 2C ja kuva 3A), mikä taas tukee oletusta, että jokainen  purkaus edustaa  itsenäistä  zoonoositapahtumaa samasta, geneettisesti  erilaisten    virusten populaatiosta  sen luonnollisessa reservoaarissa.

Phylogenetic comparison to all 20 genomes from earlier outbreaks suggests the 2014 West African virus likely spread from Middle Africa within the last decade. Rooting the phylogeny using divergence to other ebolavirus genomes is problematic (Fig. 2A and fig. S6) (6, 13). However, rooting the tree on the oldest outbreak reveals a strong correlation between sample date and root-to-tip distance, with a substitution rate of 8x10⁻⁴/site/year (Fig. 2B and fig. S7) (13). This suggests that the lineages of the three most recent outbreaks all diverged from a common ancestor at roughly the same time c. 2004 (Fig. 2C and Fig. 3A), supporting the hypothesis that each outbreak represents an independent zoonotic event from the same genetically diverse viral population in its natural reservoir.

View larger version:

• In this page
• In a new window

• Download PowerPoint Slide for Teaching

•  Kuva 2. Purkausvälien suhde

Fig. 2 Relationship between outbreaks.

(A) Unrooted phylogenetic tree of EBOV samples; each major clade corresponds to a distinct outbreak (scale bar = nucleotide substitutions/site).

 (B) Root-to-tip distance correlates better with sample date when rooting on the 1976 branch (R² = 0.92, top) than on the 2014 branch (R² = 0.67, bottom).

 (C) Temporally rooted tree from (A).

 Geneettinen samankaltaisuus kautta tämän vuoden (2014)  sekventoitujen  näytteiden viittaa  yksinkertaiseen taudin tarttumiseen  luonnollisesta  reservoaarista, mitä sitten seurasi ihmisestä toiseen tarttuminen purkauksen kuluessa. Molekulaarinen ajoitus sijoittaa kaikkien sekventoitujen guinealaisten (GN)  ja sierraleonelaisten (SL)  virussukupuulinjojen  yhteisen esiviruksen  suunnilleen helmikuun 2014 loppuun (Kuva 3B), kun kolme kuukautta oli kulunut varhaisimmasta  epäillystä tapauksesta Guineassa, mikä yhteensulautuminen olisi epätodennäköistä, jos olisi ollut multippeleita tartuntoja luonnon reservoaarista. Täten -  päinvastoin kuin eräissä aiemmissa  ebolavirustaudin purkauksissa- altistuksen jatkuminen   ihmisen ja  reservoaarin kesken ei ole se  todennäköinen  osatekijä , mikä on  vaikuttamassa  tämän epidemian paisumiseen niillä alueilla, joita  saatavilla oleva  sekvensoitu tietue edustaa

Genetic similarity across the sequenced 2014 samples suggests a single transmission from the natural reservoir, followed by human-to-human transmission during the outbreak. Molecular dating places the common ancestor of all sequenced Guinea and Sierra Leone lineages around late February 2014 (Fig. 3B), three months after the earliest suspected cases in Guinea (3); this coalescence would be unlikely had there been multiple transmissions from the natural reservoir. Thus, in contrast to some previous EVD outbreaks (14), continued human-reservoir exposure is unlikely to have contributed to the growth of this epidemic in areas represented by available sequence data.

Science- lehden artikkeli ebolagenomista (3) Sierra Leonen ebolavirustauti (EVD) ja tartunnanlähteiden etsintä

Maaliskuussa 2014 alettiin tarkkailla EBOV tilannetta  hallituksen Kenema -sairaalassa (KGH)  Sierra Leonessa  tämän vuoden taudinpurkauksen alkukohdan lähistöllä. Kenemassa suoritettiin  konventionellia PCR-perustuvaa  ebolavirusdiagnostiikka seuraten nykyisen ja aiempien purkausten kenttätyöhön perustuvien testien standardeja  (Kuva S2) Toukokuun  alussa olivat kaikki testit negatiivisia. Toukokuun 25. päivänä KGH:n  tiedemiehet vahvistivat Sierra Leonen  ensimmäisen  ebolavirustautitapauksen (EVD)  

In March 2014, Kenema Government Hospital (KGH) established EBOV surveillance in Kenema, Sierra Leone, near the origin of the 2014 outbreak (Fig. 1C and fig. S1) (6). Following standards for field-based tests in previous (7) and current (3) outbreaks, KGH performed conventional PCR-based EBOV diagnostics (8) (fig. S2); all tests were negative through early May. On May 25, KGH scientists confirmed the first case of EVD in Sierra Leone.

 Terveys- ja hygieniaministeriön suorittamat tutkimukset havaitsivat epidemiologisen yhteyden tämän sairaustapauksen  ja guinealaisia ebolavirustautisia hoitaneen kansanparantajan hautauksen kesken. Jäljitys johti 13   muuhunkin ebolatautitapaukseen- kaikki olivat hautajaisiin osallistuneita naisia. Tutkijaryhmä sai MoHS:stä, Sierra Leonen   etiikan   ja tieteellisten katsausten  komitealta   sekä USA.n instituuteilta eettisen hyväksynnän   USA.ssa   tapahtuvaan potilasnäytteiden  sekvensoimiseen  hyväksyttyjen turvallisuus standardien mukaisesti.

Investigation by the Ministry of Health and Sanitation (MoHS) uncovered an epidemiological link between this case and the burial of a traditional healer who had treated EVD patients in Guinea. Tracing led to 13 additional cases—all females who attended the burial. We obtained ethical approval from MoHS, the Sierra Leone Ethics and Scientific Review Committee, and our U.S. institutions to sequence patient samples in the U.S. using approved safety standards (6). 

 Tutkijat arvioivat neljä  toisistaan riippumatonta  alustusmetodia  ja kaksi sekventoimisohjelmaa ensimmäisellä ryhmällä, johon kuului 15 invaktivoitua ebolaravirustautinäytettä kahdestatoista potilaasta. Kaikkein täydellisimmät genomikoosteet ja luotettavimmat  isäntäkehon sisäiset  yksittäisten nukleotidivarianttien   (iSNV) tunnistukset saatiin Nextera- konstruktiolla ja Illumina - sekvensoimisella.
Samaa kombinaatiota käytettiin seuraavassa ryhmässä, johon kuului 84 näytettä  66 muusta  potilaasta ja tehtiin  kaksi toisistaan riippumatonta  replikaattia jokaisesta näytteestä ( Kuva 1D).
Lisäksi sekvensoitiin 35 näytettä epäillyistä EVD- tapauksista, jotka oli testattu negatiivisiksi ebolaviruksen (EBOV)  suhteen ja genominen analyysi paljastikin   näissä joitain muita tunnettuja patogeenejä kuten Lassa virusta, HIV-1 virusta, Enterovirusta A  ja malariaparasiittia ( Kuva S3).

We evaluated four independent library preparation methods and two sequencing platforms (9) (table S1) for our first batch of 15 inactivated EVD samples from 12 patients. Nextera library construction and Illumina sequencing provided the most complete genome assembly and reliable intrahost single nucleotide variant (iSNV, frequency >0.5%) identification (6).
 We used this combination for a second batch of 84 samples from 66 additional patients, performing two independent replicates from each sample (Fig. 1D). We also sequenced 35 samples from suspected EVD cases that tested negative for EBOV; genomic analysis identified other known pathogens, including Lassa virus, HIV-1, enterovirus A and malaria parasites (fig. S3). 

 Kaiken kaikkiaan tutkijat  saivat  muodostumaan 99 EBOV genomisekvenssiä seitsemältäkymmeneltäkahdeksalta (78)  varmistetulta  EVD potilaalta.jotka edustivat yli 70% (prosenttia) niistä potilaista, joilla oli diagnosoitu ebolavirustautia (EVD)  Sierra Leonessa myöhäisestä  toukokuusta kesäkuun  keskivaiheille mennessä.  He käyttivät  monia näytteenottometodeja ja ajankohtia kolmelletoista (13)  potilaalle (Taulukko S2). Saatu genomitieto kattoi yli 99,9% ebolaviruksen koodaavista alueista (Kuva 1,D ja E ja taulukko S2)

In total, we generated 99 EBOV genome sequences from 78 confirmed EVD patients, representing over 70% of the EVD patients diagnosed in Sierra Leone in late May to mid June; we employed multiple extraction methods or timepoints for 13 patients (table S2). Median coverage was >2,000x, spanning more than 99.9% of EBOV coding regions (Fig. 1, D and E, and table S2). 

 Tutkijat kombinoivat  Sierra Leonen 78 sekvenssiä  kolmen julkaistun guinealaisen  näytteen kanssa.( korjaten 21 todennäköistä sekvensoimisvirhettä jälkimmäisessa, jolloin saatiin 81 sekvenssin  tietuesetti). Näistä paljastuu 341 fiksoitunutta substituutiota  vuoden  2014 ebolaviruksen ja kaikkien muiden aiemmin julkaistujen  ebolavirusten välillä ( 35 nonsynonyymistä, 173 synonyymistä ja 133 ei-koodaavaa) sekä lisäksi 55  yksittäisen nukleotidin polymorfiaa (SNP) ( jossain potilasyksilöissä fiksoituneena esiintyvänä) Länsi-Afrikan taudinpurkauksessa  ( 15 nonsynonyymistä, 25 synonyymistä, 15 ei-koodaavaa).  Ebolavirus ja panfilovirusdiagnostiikaan käytetyissä viidessä  erilaisessa menetelmässä Sierra Leonen genomit eroavat  PCR luotaimista huomattavasti.

We combined the 78 Sierra Leonean sequences with 3 published Guinean samples (3) (correcting 21 likely sequencing errors in the latter (6)) to obtain a dataset of 81 sequences. They reveal 341 fixed substitutions between the 2014 EBOV and all previously published EBOV (35 nonsynonymous, 173 synonymous, 133 noncoding), with an additional 55 single nucleotide polymorphisms (SNPs) (fixed within individual patients) within the West African outbreak (15 nonsynonymous, 25 synonymous, 15 noncoding). Notably, the Sierra Leonean genomes differ from PCR probes for five separate assays used for EBOV and pan-filovirus diagnostics (table S3). 

 Deep- sequence coverage sallii tunnistaa 263  isäntäkehon sisäistä yksittäistä nukleotidivarianttia (iSNV) (73 nonsynonyymistä, 108 synonyymistä, 70 ei-koodaavaa ja 12  frameshift)  Sierra Leonen potilaissa.  Kaikissa  potilaissa, joiden näytteet olivat useista eri ajankohdista, sekvenssit yleensä  olivat identtisiä ja iSNV frekvenssit pysyivät  stabiileina.( kuva S4). Muuan huomioitava isäntäkehon sisäinen variaatio on glykoproteiinigeenin (GP)  RNA-luentakohta (Kuva S5A) , minkä tutkijat pystyivät potilaista luonnehtimaan.

Deep-sequence coverage allowed identification of 263 iSNVs (73 nonsynonymous, 108 synonymous, 70 noncoding, and 12 frameshift) in the Sierra Leone patients (6). For all patients with multiple time points, consensus sequences were identical and iSNV frequencies remained stable (fig. S4). One notable intrahost variation is the RNA editing site of the glycoprotein (GP) gene (fig. S5A) (10–12), which we characterize in patients (6).

Science- lehden artikkeli Ebola- genomista (2) Tilanne 19. 8. 2014 mennessä -Purkausten historiasta

Tämä  Ebolavirus (EBOV), aiemmin kutsuttu Zairen ebolavirukseksi, on yksi viidestä ebolaviruksesta. Se on letaali eli tappava ihmispatogeeni ja aiheuttaa ebolavirustautia (EVD) , jossa keskimääräinen kuolleisuus on 78 %.

 Aiemmat  ebolataudin purkaukset ovat rajoittuneet  Keski-Afrikan syrjäisille seuduille. Niistä laajin purkaus vuonna 1976 käsitti 318 tapausta. (Katso kuva 1A)

Nykyinen purkaus alkoi helmikuussa tänä vuonna 2014 Guineassa, Länsi-Afrikassa ja  sieltä se levisi maaliskuussa Liberiaan, toukokuusssa Sierra Leoneen ja heinäkuun loppupuolella  Nigeriaan. Tässä on kyse  kaikkein laajimmasta tunnetusta ebolavirustaudin purkaumasta ja se vaikuttaa laajenevan  exponentiaalisella tavalla niin että kaksinkertaistumisjaksona on 34.8 päivää.( Katso kuva 1B)

Elokuun 19. päivään mennessä (2014)  on pystytty dokumentoimaan  2 240 sairastumistapausta ja  1229 kuolemantapausta.
Ebolavirustauti  on laajenemisvaiheessa suurissa  kaupungeissa kuten Conakry (Guinea), Freetown (Sierra LEone), Monrovia (Liberia) ja  Lagos (Nigeria), mikä   herättää  huolestuneisuutta   lisääntyvästä  paikallisesta ja kansainvälisestä leviämisestä.

In this page
In a new window
Download PowerPoint Slide for Teaching

 Kuva 1. osoittaa  Ebolapurkauksia, aiempia ja nykyisen

Fig. 1 Ebola outbreaks, historical and current.

 Kuva A. historiallisia Ebolataudin purkauksia eri vuosikymmeninä . Ympyrällä merkataan  tapausten kokonaismääriä. RC on Kongon tasavalta, DRC on Demokraattinen Kongon Tasavalta

(A) Historical EVD outbreaks, colored by decade. Circle area represents total number of cases (RC = Republic of the Congo; DRC = Democratic Republic of Congo).

Kuva B osoittaa  tämän vuoden  purkauksen laajenemista ( varmat,  mahdolliset ja epäillyt tapaukset) 

(B) 2014 outbreak growth (confirmed, probable and suspected cases).

Kuva C osoittaa  ebolavirstaudin leviämistä  Sierra Leonessa  piiri piiriltä.Värin vahvuus heijastaa tapausten lukumäärää ja nuoli  leviämissuuntaa.

 (C) Spread of EVD in Sierra Leone by district. The gradient denotes number of cases and the arrows depict likely direction.
Kuva D. 
 EBOV näytteet 78 potilaasta  sekvensoitiin kahdessa ryhmässä;   virusgenomeja  saatiin selvitettyä  yhteensä 99

 (D) EBOV samples from 78 patients were sequenced in two batches, totaling 99 viral genomes (Replication = technical replicates (6)). Mean coverage and median depth of coverage with range are shown.

 (E) Combined normalized (to the sample average) coverage across sequenced EBOV genomes. 

 Uusi genomitekniikka tällaisessa  kansanterveydelle kriittisessä tilanteessa voi antaa mltei pulssin päällä  oivallusta patogeenin alkuperään,  transmissiodynamiikkaan ja evoluutioon. Tutkijat käyttivät  massiivia paralleelia virussekventoimista käsittääkseen  miten ja milloin EBOV pääsi ihmiskuntaan vuoden 2014 L-Afrikan purkauksessa.  ja  saako  purkaus edelleen  jatkuvaa syöttöä uusista  tartunnoista luonnon reservoaareista käsin ja millä tavalla virus muuttui  ennen   ihmiskuntaan siirtymistään  ja sen jälkeen. .

In an ongoing public health crisis, where accurate and timely information is crucial, new genomic technologies can provide near real-time insights into the pathogen’s origin, transmission dynamics, and evolution. We used massively parallel viral sequencing to understand how and when EBOV entered human populations in the 2014 West African outbreak, whether the outbreak is continuing to be fed by new transmissions from its natural reservoir, and how the virus changed, both before and after its recent jump to humans. 

Science- lehden artikkeli Ebola- genomista (1) Monitoroinnin tarve, nopeita geneettisiä variaatioita

http://www.sciencemag.org/content/early/2014/08/27/science.1259657.full

Tiivistelmästä käy ilmi, että tutkijat havaitsivat ebolaviruksen ( EBOV)  kattavassa   geenimateriaalissa nopeaa kertymää  isäntäkehojen välisistä ja isäntäkehon  sisäisistä geneettisistä variaatioista  ja niistä he saattoivat luonnehtia sitä tapaa, millä virus välittyi  epidemian alkuviikkojen aikana levitessään Guineasta, Sierra Leoneen ja Nigeriaan. .99 virusgenomia ekvensoitiin 78 potilaasta

We observed a rapid accumulation of interhost and intrahost genetic variation, allowing us to characterize patterns of viral transmission over the initial weeks of the epidemic. 

 Tämä Länsi-Afirkan variantti  juontunee Keski-Afrikan  geenilinjoista  noin  vuodelta 2004 ja se on siirtynyt Guineasta Sierra Leoneen toukokuussa 2014  ja  alkanut  ilmentää  kykyä  siirtyä  ihmisestä toiseen  ilman  näyttöä enemmistä  animaalisista lähteistä. Koska moni mutaatioista tapaa  muuntaa proteiinin sekvenssejä ja muita  biologisesti merkityksellisiä kohteita, niitä pitäisi monitoroida niiltä vaikutuksilta mitä niillä on diagnostiikkaan, rokotteisiin ja hoitomuotoihin, mitkä ovat kriittisiä  purkausvasteelle.

This West African variant likely diverged from Middle African lineages ~2004, crossed from Guinea to Sierra Leone in May 2014, and has exhibited sustained human-to-human transmission subsequently, with no evidence of additional zoonotic sources. Since many of the mutations alter protein sequences and other biologically meaningful targets, they should be monitored for impact on diagnostics, vaccines, and therapies critical to outbreak response. 

• Kaikkien artikkeliin osallistuneiten nimet ja tehtäväosuudet mainitaan lähteessä

Published Online August 28 2014
Science DOI: 10.1126/science.1259657

Genomic surveillance elucidates Ebola virus origin and transmission during the 2014 outbreak

Ruotsin lääkärilehti Ebolasta 29.8.2014

LÄHDE:
2014;111:C3LM
 Läkartidningen 36/2014
Läkartidningen.se 2014-08-29

Uutisia suomennettuna

Ebolan  genomi on kartoitettu- mutta millä hinnalla? Usea  tukijaryhmään kuuluvista   on menehtynyt Amerikkalaistutkijat yhdessä sierraleonelaisten kollegoittensa kanssa on onnistunut  sekvensoimaan länsiafrikkalisen ebolapurkauksen  DNA:n uuden tekniikan avulla. Mutta  viisi artikkelin kirjoittajista on tänään  jo poismenneitä saatuaan itse virustartunnan
Asiasta kirjoittaa  tuoreeseen lääkärilehteen Marie Ström seuraavaa:
Tutkijat ovat sekvensoineet yhdeksänkymmentä yhdeksän  kokopitkää ebolavirusta seitsemältäkymmeneltä kahdeksalta  sierraleonelaispotilaalta tämän vuoden  toukokuun lopusta kesäkuun alkuun  kestäneenä ajanjaksona.  Nyt Science-  aikakauslehti julkaisee  saatuja tuloksia, joilla  voi olla merkitystä rokotteen, lääkkeitten ja terapiametodien  kehittelylle, Viisi artikkeliin osallistunuta  kirjoittajaa- kaikki Sierra Leonesta-  on kuollut ebolaan tutkimuksen aikana Science-lehden artikkelin mukaan.

en artikel i Science
Sierra Leonen ebolapurkauksen ensimmäinen ebolatapaus oli  eräs nuori nainen, joka  diagnosoitiin  Sierra Leonen  hallituksen Kenema- sairaalassa  ja suurin osa  tutkimuksen perustana olevista näytteistä oli koottu juuri tämän sairaalan potilaista. Tutkimustiimin mukaan nainen oli sairastunut erään luonnonlääkärin hautajaisissa. Luonnonlääkäri oli taas hoitanut ebolatartuntaa saaneita potilaitaan Guinean rajaseuduilla. Hänen hautajaisissaan   sai kolmetoista naista tartunnan.

 Hallituksen Keneman sairaalassa on n. 20 lääkäriä ja sairaanhoitajaa kuollut  tästä viruksesta.  Menehtyneet viisi  tutkimusartikkeliin osallistunutta kirjoittajaa  kuuluivat sairaalan lassakuumetiimiin. Kolme heistä, kaksi sairaanhoitajaa ja kätilö, saivat tartunnan hoidettuaan  raskaanaolevaa,  ebolaa potevaa kollegaansa. Neljäs, laboratorioteknikko,  sai luultavasti tartunnan kotonaan.  Hän menetti useita lähimpiä perheenjäseniään. Viides oli  Sierra Leonen kansallisen lassakuumeohjelman johtaja ja   hemorrhagisten kuumesairauksien hoidon asiantuntija.

WHO arvioi, että 20 000 ihmistä  voi  vielä  tulla sairastumaan ennen kuin tämä ebolapurkaus  laantuu.  Miltei neljässäkymmenessä  prosenttissa ( 40%)  raportoiduista tapauksista  henkilöt  ovat sairastuneet  neljän  viimeksi kuluneen  viikon  aikana.

Tähän mennessa ebolapurkas on niittänyt 1500 kuolonuhria. 
Sierra Leonesta, Liberiasta, Nigeriasta ja Guineasta on raportoitu   runsaat 3000 sairastumista.

 Torstain aikana WHO esitti suunnitelmansa purkauksen pysähdyttämisestä.  Suunnitelma kattaa tulevat 6- 9 kuukautta ja  sen katsotaan maksavan noin 500 miljoonaa dollaria.  Muutamiain toimenpiteisiin kuuluu mm  turvatummat hautajaiset, parempi  tartunnan lähteen etsintä ja informaatio. Tarvitaan myös enemmän  sairaanhoidollista henkilökuntaa.

Aiempia artikkeleita Ruotsin lääkärilehdessä  tästä aihepiiristä 

Johan von Schreeb: »Den här katastrofen går inte att bekämpa utan att ta risker«
Ytterligare två smittade bättre efter Zmapp-behandling
Liberia får ej godkänt läkemedel
Tvåårig pojke kan ha varit det första offret för ebola
Läkare utan gränser vädjar om hjälp att bekämpa ebolautbrottet
WHO utlyser internationellt nödläge
Så ska svensk sjukvård agera vid misstänkt ebola
Svensk smittskyddsläkare i Michigan:Högsta beredskap mot ebola i USA
Oprövat läkemedel kan ha hjälpt ebolasmittad läkare
Ebolasmittad läkare vårdas i USA
Svensk läkare reser till ebolacentrum
Största utbrottet sedan viruset identifierades
Ebolavaccin- och behandling finns men har inte prövats på människor

EBOV Geenirajat ja niiden vaikutus transkriptioon . Pitkän geenivälin (IR) merkitys replikaatiosyklissä

LÄHDE: 
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25142600

J Virol. 2014 Aug 20. pii: JVI.01863-14. [Epub ahead of print]Analysis of the highly diverse gene borders in Ebola virus reveals a distinct mechanism of transcriptional regulation.

Brauburger K¹, Boehmann Y² et al.

Ebolavirus EBOV kuuluu segmentoitumattomiin negatiivisen rihman omaaviin RNA viruksiin ( Mononegales). Seitsemää EBOV geeniä erottaa toisistaan  varioivat geenirajat, joihin kuuluu 4-5 nukleotidin lyhyitä geenivälialueita (IR) ja yksittäinen pitkä (144 nukleotidin) geenivälialue sekä geenien  toisiaan kattavia kohtia joissa  naapurigeenin lopetus ja aloitussignaalit  jakavat keskenään viisi konservoitua nukleotidia.  Geenien toisiaan kattavuuden ainutlaatuinen rakenne  sekä yksittäisen pitkän  geenivälialueen esiintyminen ovat konservoituja kaikissa filoviruksissa.

Ebola virus (EBOV) belongs to the group of nonsegmented negative sense RNA viruses.
 The seven EBOV genes are separated by variable gene borders, including short (4-5 nucleotides) intergenic regions (IRs), a single long (144 nucleotides) IR and gene overlaps, where the neighboring gene end and start signals share five conserved nucleotides.  The unique structure of the gene overlaps and the presence of a single long IR are conserved among all filoviruses. 

 Tässä työssä tutkijat ovat koettaneet määritellä EBOV geenirajojen vaikutusta viruksen transkription aikana, He osoittavat, että mRNA:n läpi lukevaa synteesiä tapahtuu EBOV-infektoituneissa soluissa geenirajoista välittämättä, mikää viitta siihen, että geenien päällekäisyys ei edistä yksittäisen geenin päätesignaalin tunnistamista.  Kuitenkin  kaksi perälläistä geenin päätesignaalia VP24-geenissä saattaisi tehostaa terminaatiota VP24/L geenirajalla varmistaen tehokkaan L-geeniexpression.

Here, we sought to determine the impact of the EBOV gene borders during viral transcription. We show that readthrough mRNA synthesis occurs in EBOV-infected cells irrespective of the structure of the gene border, indicating that the gene overlaps do not promote recognition of the gene end signal. However, two consecutive gene end signals at the VP24 gene might improve termination at the VP24/L gene border, ensuring efficient L gene expression. 

 Tutkijat osoittavat myös, että pitkä geeniväli ei ole essentielli transkription uudelleen alkamiselle, mutta  säätelee sitä pituudesta riippuvalla ja  sekvenssistä riippumattomalla tavalla. Bikistronisten minigenomien  mutaatioanalyyseillä ja EBOV rekombinanteilla  ei voitu osoittaa olevan  suoraa korrelaatiota  geenivälialueen pituuden ja uudelleen aloitustahdin kesken, mutta niillä osoitettiin , että spesifiset geenivälialuepituudet ( joita ei luonnostaan löydy  floviruksista)  vahvasti estivät geeniexpressiota alavirtaan päin. Vaikka 144nt  pituista geenivälialuetta  lyhennettiin  viideksi nukleotidiksi ( 5 nt) , tämä ei vaikuttanut  paljoakaan EBOV transkriptioon mutta johti kuitenkin merkitsevään vähenemään viruksen kasvussa.

We further demonstrate that the long IR is not essential for, but regulates transcription reinitiation in a length-dependent, but sequence-independent manner. Mutational analysis of bicistronic minigenomes and recombinant EBOVs showed no direct correlation between IR length and reinitiation rates, but demonstrated that specific IR lengths, not found naturally in filoviruses, profoundly inhibit downstream gene expression. Intriguingly, although truncation of the 144 nucleotide long IR to 5 nucleotides did not substantially affect EBOV transcription, it led to a significant reduction of viral growth.

Asian tärkeys.  Linkki: Kuva geenistä ja virionista.

Nykykäsitystä  ebolaviruksen transkription säätelystä rajoittaa tämän hyvin patogeenisen viruksen vaatimat BSL-4 tasoiset tutkimusoloshteet.  Arvellaan kuitenkin, että EBOV  monilta mekanistisilta piirteiltään on samantapainen kuin prototyyppinen negatiivisrihmainen  segmentoitumaton RNA virus. Yksinkertaisen polymeraasin sisäänpääsykohta genomin 3 prim päädyssä määrää, että geenien transkritio kontrolloituu pääasiassa geenijärjestyksestä ja geenirajoilla  toimivista cis-signaaleista .Tässä työssään tutkijat selvittivät rakenteellisesti ainutlaatuisen EBOV geenin rajojen säätelyllisen  osuuden  viruksen transkriptioon. Saatu tieto osoittaa, että EBOV:in transkriptionaalinen säätely on mitä monimutkaisinta ja eroaa prototyypin viruksista.  ja saadut tiedot edistävät  filoviruksen syklin  fundamentaalisimman prosessin ymmärtämistä. Lisäksi  tulokset  EBOV-rekombinanttiviruksilla  viittaavat  uuteen löytöön  pitkän geenivälin (IR)  osuudesta kaikissa filovirusgenomeissa viruksen replikaatiosyklin aikana

 http://www.mdpi.com/viruses/viruses-04-01878/article_deploy/html/images/viruses-04-01878-g005-1024.png

 
Päivitys 15.11. 2014 

Ebola entry. TIM- välittteinen. (PtdSer)-mediated virus entry-enhancing receptors (PVEERs).

 (PVEER) :  http://jvi.asm.org/content/87/15/8327/F8.large.jpg

LÄHDE:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24696470
Tämä artikkeli kertoo  lisää  ebolaviruksen käyttämistä   viruksen sisäänpääsyä edistävistä fosfatidyyliseriiniväliteisistä  reseptoreista (PVEER )
PVEER = Phosphatidylserine-mediated Virus Entry- Enhancing Receptor
EBOV =  Ebola Virus
TIM-1  = T- Cell Immunoglobulin and Mucin Domain -1
PtdSer, PS = Phosphatidylserine, fosfatidyyliseriini  ( anioninen fosfolipidi)
NPC1,  GP1-NPC1 complex 

LÄHDE:

J Virol. 2014 Jun 15;88(12):6702-13. doi: 10.1128/JVI.00300-14. Epub 2014 Apr 2. Characterizing Functional Domains for TIM-Mediated Enveloped Virus Entry. Moller-Tank S¹, Albritton LM², Rennert PD³, Maury W⁴.

Abstract (Tiivistelmä)

 T- solussa esiintyvä immunoglobuliini ja musiinidomaani 1 (TIM-1) sekä muita TIM- perheen jäseniä on  aivan viime aikoina  alettu tunnistaa fosfatidyyliseriinivälitteisiä  virussisäänpääsyjä lisäävinä reseptoreina (PVEER)  Nämä proteiinit kiihdyttävät niin ebolaviruksen kuin toistenkin virusten  sisäänpääsyä isäntäsoluihin , koska ne sitoutuvat virusvaipalla esiintyvään  fosfolipidilajiin  ( PtdSer , fosfatidyyliseriini) ja sen seurauksena   ne edistävät  viruksen internalisaatiota, menemistä solun sisään.
 TIM-1 välitteiselle viruksen sitoutumiselle ja internalisaatiolle on välttämätöntä myös IgV domaani ( immunoglobuliinin kaltainen variabeli domaani)
 Kuitenkaan TIM-3, jonka IgV domaani pystyy kyllä  sitomaan fosfatidyyliseriiniä, ei kuitenkaan tehokkaasti lisää viruksen pääsyä  soluun ja täten voidaan päätellä, että TIM- proteiineissä on muitkin  domaaneja, jotka ovat funktionaalisesti tärkeitä. vielä jotain, mikä olisi toiminnallisesti tärkeää.
 Tässä otsikon tutkimuksessa tiedemiehet selvittävät  ne domaanit, jotka  toimivat  vaipallisen viruksen sisäänpääsyn lisäämisen tehostajana  ja  määrittelevät  funktionaaliselle PVEE- reseptorille välttämättömiä piirteitä.
 Tutkijat käyttävät lukuisia chimeerisiä ja deleetiomutantteja ja havaitsevat, että funktionaalisen fosfatidyyliseriiniä sitovan domaanin lisäksi nämä PVEE- reseptorit vaativat eräänlaisen riittävän pitkän tukivarsidomaanin, jossa on sekvenssejä edistämässä struktuurin laajenemista. 

Using a variety of chimeras and deletion mutants, we found that in addition to a functional PtdSer-binding domain PVEERs require a stalk domain of sufficient length, containing sequences that promote an extended structure. 

 Ei TIM- 1 proteiinin sytoplasminen eikä transmembraaninenkaan domaani ole välttämätön viruksen sisäänmenon  tehostamisessa  edellyttäen että virus on vielä plasmamebraaniin kiinnittyneenä.

 Pohjautuen  näihin  määritettyihin  piirteisiin tutkijat kehittelivät  sellaisen mallin, mistä puuttui TIM- sekvenssit ja kokosivat siihen  seuraavia osia:  anneksiiniV, alfa -dystroglykaanin  musiinin kaltainen domaani ja GPI-ankkuri, jotka toimivat kuten PVEE reseptori lisäten sellaisten virionien kulkeutumista soluun jotka kantoivat     Ebola, Chikungunya, Ross River tai Sindbis virusten glykoproteiineja (GP).  Näitten pääpiirteitten identifioiminen  viruksen fosfatidyyliseriinivälitteisen sisäänpääsyn tehostamisessa   tarjoaa perustaa tuntemattomien PVEE reseptoreitten  tehokkaaseen  tunnistamiseen. .

Based on these defined characteristics, we generated a mimic lacking TIM sequences and composed of annexin V, the mucin-like domain of α-dystroglycan, and a glycophosphatidylinositol anchor that functioned as a PVEER to enhance transduction of virions displaying Ebola, Chikungunya, Ross River, or Sindbis virus glycoproteins.

 This identification of the key features necessary for PtdSer-mediated enhancement of virus entry provides a basis for more effective recognition of unknown PVEERs.

Päivitys 15.11. 2014

Ebolaviruksen sisäänpääsyvaihe ( entry) ja fosfatidylseriinin merkitys, Gas6/Ax1 signaalitie.. (PtdSer)-mediated virus entry-enhancing receptors (PVEERs).

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24478428
(Tiedämme seuraavia asioita: solujen vanhuuden merkki on flip- flop- scramblase systeemissä  solun ulkopintaan sisäpinnan läheltä kohoava fosfatidylseriini (PtdSer, PS).
 Tämän tunnistaa mm Gas6  (Growth Arrest Specific geneproduct 6) ja  vaikuttaa kehon tavallisen  solun joutumista vaakaan punnittavaksi mahdollisen apoptoosin valiutumiseksi. Kyse on preapoptoottisesta muutoksesta, solun vanhenemisesta., mutta  kumma kyllä  muutama virus käyttää fosfatidylseriiniänsä   keinona  saada sillanpääasema   isäntäkehoon  mm.  sen apoptoosijärjestelmän soluihin. Virus houkuttelee itsensä  kohdesoluun kuin susi lampaan vaateissa. Fosfatidyyliseriini on fysiologisen apoptoosin signaali. . 

LÄHDE:

J Virol. 2014 Apr;88(8):4275-90. doi: 10.1128/JVI.03287-13. Epub 2014 Jan 29.Role of phosphatidylserine receptors in enveloped virus infection. Morizono K¹, Chen IS.

Abstract (Tiivistelmä)

 Isäntäkehosta  mm.  plasman  liukoinen  peptidi Gas6  havaitsee viruksen fosfatidylseriinin (PS)  ja tässä on jo yksi silta isäntäkehoon ( Ax1 tekijään) ( Gas6/Ax1 signaalitie) , mikä tekee mahdolliseksi viruksen suunnistuksen isäntäkehon fagosyyttisoluihin.  Fagosyytti  tulkitsee saaneensa kontaktin "kuolleeseen soluun, joka pitäisi poistaa kehosta".  Tämä valhesignaali viruksen taholta  edistää  dengue,. West Nile ja Ebola viruksen soluun pääsyä. Moniin virusperheisiin on yleistynyt tämä molekulaarinen  sisäänpääsymekanismi, .missä virus tarjoaa fosfatidylseriiniään  reseptoriin..

 Ei vain Ax1/Gas6  toimi fosfatidylseriinin reseptorina,  vaan niitä on muitakin sen tunnistajia. -  mutta laajemmin  ei ole vielä arvioitu, miiten suuri  merkitys viruksen sitoutumiselle ja sisäänpääsylle  näillä  olisi. Tämän artikkelin tutkimuksessa tiedemiesryhmä  selvittää useimmat fosfatidylseriinin (PtdSer, PS)  tunnistavat molekyylit kuten

 MFG-E8, TIM-1, -3, ja -4, CD300a, BAI1 sekä  stabiliini-1 ja -2 kuvaten  niiden kykyä  kiihdyttää viruksen kiinnittymistä ja infektoimista.

Pseudotyypattuja  lentivirusfaktoreita käyttämällä  havaittiin että  liukoinen fosfatidyyliseriiniä sitova proteiini  MFG-E8 kiihdyttää transduktiota.   Solupintareseptorit TIM-1 ja -4 myös lisäävät viruksen sitoutumista ja transduktiota. Näitten  molekyylien  tehostusaste vaihtelee riippuen  pseudotyypatun  virusvaippaproteiinin tyypistä

 Mutatoitunut MFG-E8, joka sitoutuu viruksen vaipan  fosfatidylseriiniin  muodostamatta siltaa soluihin, (yllättävää kyllä ei sitoudu kuitenkaan    anneksiini V molekyyleihin, jota käytetään blokeeraamaan kuolleitten solujen  fagosytoosia   fosfatidyyliseriineitä kätkemällä),  tehokkaasti blokeeraa  näitä fosfatidyyliseriinista riippuvia viruksen sisäänpääsymekanismeja. 

 Tuloksista saa oivallusta viruksen  kalvon fosfatidylseriinin  roolista virusinfektiossa.

Mutated MFG-E8, which binds viral envelope phosphatidylserine without bridging virus to cells, but, surprisingly, not annexin V, which has been used to block phagocytosis of dead cells by concealing phosphatidylserine, efficiently blocks these phosphatidylserine-dependent viral entry mechanisms. These results provide insight into understanding the role of viral envelope phosphatidylserine in viral infection.

Asian merkitys

Virusvaipan fosfatidylseriinin (PS)  on aiemmin osoitettu olevan tärkeä  useiden vaipallisten virusten replikaatiossa, mutta tämän mekanismin yksityiskohdat eivät ole  olleet selvillä.   Otsikon työryhmä ensimmäisenä raportoi  kaksifunktioisen seerumiproteiinin Gas6 muodostavan siltaa virusvaipan fosfatidyyliseriinin ja solupintareseptorin Ax1 kesken.
Äskettäiset tutkimukset ovat osoittaneet, että monet vaipalliset virukset ( kuten vaccinia, dengue, West Nile ja Ebola) hyödyntävät Ax1/Gas6  signaalitietä  kiihdyttääkseen sisäänpääsyään, mikä  viittaisi siihen, että fosfatidyyliseriinivälitteinen viruksen sisäänpääsymekanismi on monellakin vaipallisella viruksella käytössä

 Ax1/Gas6 molekyylitien lisäksi on monta tunnettua fosfatidyyliseriinin  molekulaarista tunnistajaa olemassa , vaikka näiden  moleyylien vaikutuksia viruksen sitoutumiseen ja sisäänpääsyyn ei ole laajemmin arvioitu  eikä vertailtu.  Tässä tutkimuksessa on käsitelty useimmat ihmisen  molekyylit, jotka pystyvät tunnistamaan fosfatidyyliseriinin (PS) ja katsottiin niiden kyvyt kiihdyttää virusinfektiota.  Saadut oivallukset  vaipan fosfatidyyliseriinin roolista (rooleista)  virusinfektiossa voivat olla sovellutettavissa uusien antivirus reagenssien kehittelyyn, jossa  periaatteena on viruksen  fosfatidyyliseriinivälitteisen sisäänpääsyn blokeeraaminen.

(Oma kommentti Gas6 tekijästä 4.9. 2014.: Minulla ei ole tietoa missä vaiheessa Gas6 sai gammakarboksyloidun Gla-ryhmänsä  kaikkien  VKDP peptidien joukossa ja  minkä asteisesti se normaalisti on gammakarboksyloituneena ja miten sen käy esim Marevan hoidon aikana kun  muut VKDP:t jäävät PIVKA peptideiksi). Eräs tieto on että plasmassa sitä on 20 kertaa enemmän kiertämässä kuin mitä trombosyytteihin on sitä  varastoituneena.  Tämä myös viittaa siiheen että Gas6 peptidin suhteen myös trombosyytti tarvitsee  epäsuorasti jossain määrin K-vitamiinia normaaliuteensa ja kykyynsä makroaggrekaattien  luomiseen. Siis Ebola ikään kuin sieppaa Gas6 signaalitien ja  suuntaa itsensä sen antaman sillan  avulla  fagosyyteihin ja soluihin jotka toimivat  PS-tunnistajana ja kuolleitten solujen poistajana

Lisätietoa näistä reseptoreista : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24696470
 T-cell immunoglobulin and mucin domain 1 (TIM-1) and other TIM family members are recently identified phosphatidylserine (PtdSer)-mediated virus entry-enhancing receptors (PVEERs).

Päivitys 15.11.2014

Viruksen vaipan fosfatidylseriini (PS) fosfolipidi strategisena kohteena lääkekehittelyssä

http://www.nature.com/nm/journal/v14/n12/abs/nm.1885.html

Viruksen normaalisti intrasellulaarinen anioninen fosfolipidi  triggeröityy ilmenemään virusvaipan ulkopinnalla viruksen replikoituessa (esim. soluaktivaatiossa tai preapoptoottisissa muutoksissa).
Chimeeristä  vasta-ainetta BAVITUXIMAB käyttäen  tunnistettiin  anioninen fosfolipidi ja  sen ilmentyessä ulkopintaan siihen  kohdennettiin. Lassakuumeviruksen  ( joka on mahdollinen bioterroriagenssi) mallivirus on Pichinde virus. Jos tällä Pichindeviruksella infektoidaan soluja  seuraa  anionisten fosfolipidien ilmenemä solupintaan. Sitten annettu BAVITUXIMAB käsittely paransi  letaalisti Pichinde-viruksella infektoidun  marsun taudin. Pääasialliset antivirusmekanismit olivat infektioivan viruksen puhdistus verestä ja viruksella infektoituneitten solujen  vasta-aineista riippuva solusytotoksisuus.
Kombinaationa annettu käsittely BAVITUXIMAB + RIBAVIRIN  oli tehokkaampi kuin kumpikaan lääke yksinään. BAVITUXIMAB  sitoutui myös  sellaisiin soluihin, joita oli infektoitunut monista muista viruksista  ja paransi hiiriä sytomegalovirusinfektiosta.  Ulkopinnalle ilmentyneitten anionisten fosfolipidien kohdennus BAVITUXIMAB- käsitelyllä vaikuttaa olevan turvallista ja tehokasta.
Tämä  tutkimustulos  osoittaa, että infektoituneitten isäntäsolujen ja virionien  ilmentämien anionisten fosfolipidien  kohdennus  saattaa olla uusi kohde  antiviruslääkkeiden kehittelyssä.

Letter abstract (sitaatti)

Nature Medicine 14, 1357 - 1362 (2008)
Published online: 23 November 2008 | doi:10.1038/nm.1885

Targeting inside-out phosphatidylserine as a therapeutic strategy for viral diseases

M Melina Soares¹, Steven W King² & Philip E Thorpe¹

There is a pressing need for antiviral agents that are effective against multiple classes of viruses. Broad specificity might be achieved by targeting phospholipids that are widely expressed on infected host cells or viral envelopes. We reasoned that events occurring during virus replication (for example, cell activation or preapoptotic changes) would trigger the exposure of normally intracellular anionic phospholipids on the outer surface of virus-infected cells.

 A chimeric antibody, bavituximab, was used to identify and target the exposed anionic phospholipids. Infection of cells with Pichinde virus (a model for Lassa fever virus, a potential bioterrorism agent) led to the exposure of anionic phospholipids. Bavituximab treatment cured overt disease in guinea pigs lethally infected with Pichinde virus. Direct clearance of infectious virus from the blood and antibody-dependent cellular cytotoxicity of virus-infected cells seemed to be the major antiviral mechanisms. 

Combination therapy with bavituximab and ribavirin was more effective than either drug alone. Bavituximab also bound to cells infected with multiple other viruses and rescued mice with lethal mouse cytomegalovirus infections. Targeting exposed anionic phospholipids with bavituximab seems to be safe and effective. Our study demonstrates that anionic phospholipids on infected host cells and virions may provide a new target for the generation of antiviral agents.

Top of page

1. Department of Pharmacology, 6001 Forest Park Road, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, Texas 75390-9041, USA.
2. Peregrine Pharmaceuticals Inc., 14272 Franklin Avenue, Tustin, California 92780, USA.