NIDOVIRALES 2006 . Coronaviruses, Toroviruses, Roniviruses, Arteriviruses

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16503362

Virus Res. 2006 Apr;117(1):17-37. Epub 2006 Feb 28. Nidovirales: evolving the largest RNA virus genome.

Gorbalenya AE, Enjuanes L, Ziebuhr J, Snijder EJ. Source

Molecular Virology Laboratory, Department of Medical Microbiology, Leiden University Medical Center, LUMC E4-P, P.O. Box 9600, 2300 RC Leiden, The Netherlands.

TIIVISTELMÄ (Abstract)

Katsaus  kohdistuu monofyleettiseen eläinRNA-virus ryhmään,  NIDOVIRALES

• Tämä käsittää kaukaisesti toistensa sukuiset coronavirukset  (Coronaviruses) torovirukset (Toroviruses)  ja ronivirukset (Roniviruses), joilla  on   suurin tunnettu RNA- genomi ( 26- 32 kb) ja  sen takia niitä sanotaan isoiksi nidoviruksiksi. Niitä vertaillaan niitten "serkkuihin", arteriviruksiin (Arteriviruses), jotka myös kuuluvat  NIDOVIRALES -viruksiin, vaikka niillä on  paljon pienempi genomi (13- 16 kb) .

This review focuses on the monophyletic group of animal RNA viruses united in the order Nidovirales. The order includes the distantly related coronaviruses, toroviruses, and roniviruses, which possess the largest known RNA genomes (from 26 to 32kb) and will therefore be called "large" nidoviruses in this review. They are compared with their arterivirus cousins, which also belong to the Nidovirales despite having a much smaller genome (13-16kb). 

•  Otsikon artikkeli kuvaa yleisiä ja ainutlaatuisia piirteitä, joita nöissä  isoissa tai kaikissakin nidoviruksissa on tunnistettavissa, kuten  nidovirusten geneettinen ohjelma ja genomin diversiteetti, replikaasikoneiston  ja viruspartikkelien koostumus, viruksen spesifiset lisägeenit, RNA ja proteiinisynteesin mekanismit, pieni- ja isogenomisten nidovirusten alkulähde ja evoluutio. 

Common and unique features that have been identified for either large or all nidoviruses are outlined. These include the nidovirus genetic plan and genome diversity, the composition of the replicase machinery and virus particles, virus-specific accessory genes, the mechanisms of RNA and protein synthesis, and the origin and evolution of nidoviruses with small and large genomes. 

•  Nidoviruksilla on yksisäikeiset,  polaarisuudeltaan positiiviset  polycistroniset RNA genomit, jotka ohjaavat replikatiivisen kompleksin alayksiköiden, kuten RNA.sta riippuvan RNApolymeraasin ja helikaasin  synteesin. 

Nidoviruses employ single-stranded, polycistronic RNA genomes of positive polarity that direct the synthesis of the subunits of the replicative complex, including the RNA-dependent RNA polymerase and helicase.

•  Replikaasigeenin ilmenemää  kontrolloi  ylimpänä  ribosomaalinen ohjelmaa vaihtava signaali ja kymotrypsiinin kaltainen proteaasi, jota avustaa yksi tai useampi papaiinin tapainen proteaasi. 

 Replicase gene expression is under the principal control of a ribosomal frameshifting signal and a chymotrypsin-like protease, which is assisted by one or more papain-like proteases.

•  Subgenominen  RNA-settisarja syntetisoituu ilmentämään 3´ORF:eja  ( open readign frames),  jotka koodaavat useimmat konservoidut rakenteelliset proteiinit ja joissain isoissa nidoviruksissa myös erilaisia lisäproteiineja, jotka saattavat edistää viruksen adaptoitumista  spesifisiin isäntiin. 

A nested set of subgenomic RNAs is synthesized to express the 3'-proximal ORFs that encode most conserved structural proteins and, in some large nidoviruses, also diverse accessory proteins that may promote virus adaptation to specific hosts.

•  Replikaasikoneisto käsittää  setin RNA:ta prosessoivia entsyymeitä, joissa jotkut ovat jollekin tai kaikille isoille nidoviruksille ainutlaatuisia. Tällaisten entsyymien hankkiminen lienee parantanut RNA-replikaation vähemmän uskollista  toistamista sallien genomin expansion  ja tuottaa  jatkossa esiviruksia niin pienille kuin suurille nidoviruksille. 

The replicase machinery includes a set of RNA-processing enzymes some of which are unique for either all or large nidoviruses. The acquisition of these enzymes may have improved the low fidelity of RNA replication to allow genome expansion and give rise to the ancestors of small and, subsequently, large nidoviruses.

 

(Huomt. Torovirukset katsotaan NIDOVIRALES lahkossa  Coronavirusten alaperheeksi Wikipedialähteen mukaan) :