DENGUE rokotekehittelyn nykyvaihe 2013

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23758699
  J Biomed Sci. 2013 Jun 13;20:37. doi: 10.1186/1423-0127-20-37. Current progress in dengue vaccines.

Wan SW, Lin CF, Wang S, Chen YH, Yeh TM, Liu HS, Anderson R, Lin YS.

TIIVISTELMÄ (Abstract)

• Dengue on  tärkeimpiä leviäviä vektorivälitteisiä virustauteja. Dengue -virusta (DENV) on neljä eri serotyyppiä ja jokainen niistä pystyy aiheuttamaan itsestään rajoittuvan denguekuumeen ( dengue fever, DF) tai jopa henkeäuhkaavan hemorrhagisen denguekuumeen (DHF) tai dengueshokkioireyhtymän ( DSS).

Dengue is one of the most important emerging vector-borne viral diseases. There are four serotypes of dengue viruses (DENV), each of which is capable of causing self-limited dengue fever (DF) or even life-threatening dengue hemorrhagic fever (DHF) and dengue shock syndrome (DSS).

• Pääasiallisin vaikean  denguevirusinfektion kliininen esiintymismuoto on  verisuonten  läpivuoto, verihiutaleitten vähäisyys ja verenvuoto, eikä taudin  mekenismia ole vieläkään ratkaistu.  Viruksen suorien vaikutusten lisäksi dengueoireitten kehittymiseen osallistuu myös immunopatologiset  aspektit. 

The major clinical manifestations of severe DENV disease are vascular leakage, thrombocytopenia, and hemorrhage, yet the detailed mechanisms are not fully resolved. Besides the direct effects of the virus, immunopathological aspects are also involved in the development of dengue symptoms. 

• Vaikka vieläkään ei ole pätevää  denguerokotetta,  on kuitenkin kehitteillä useita rokote-ehdokkaita. Niissä on  elävää heikennettyä virusta sisältäviä rokotteita, elävää kimeeristä virusrokotetta, inaktivoitua virusta sisältävää rokotetta ja elävää rekombinanttirokotetta, DNA:ta ja alayksikköjä sisältäviä rokotteita

 Although no licensed dengue vaccine is yet available, several vaccine candidates are under development, including live attenuated virus vaccines, live chimeric virus vaccines, inactivated virus vaccines, and live recombinant, DNA and subunit vaccines. 

•  Kliinisessä  arvioinnissa on parhaillaan elävää heikennettyä virusta sisältävä rokote ja elävää kimeeristä virusta sisältävä rokote . Toiset rokoteet on arvioitu  prekliinisissä eläinmalleissa tai niitä on   valmiina  kliinisten kokeitten aloitamiseksi.

The live attenuated virus vaccines and live chimeric virus vaccines are undergoing clinical evaluation. The other vaccine candidates have been evaluated in preclinical animal models or are being prepared for clinical trials.

•  Dengue-rokotteitten turvallisuuden ja tehokkuuden suhten  on otettava huomioon myös  mahdolliset immunopatologiset komplikaatiot kuten denguetaudin vasta-ainevälitteinen pahenema  ja  autoimmuniteetti. 

 For the safety and efficacy of dengue vaccines, the immunopathogenic complications such as antibody-mediated enhancement and autoimmunity of dengue disease need to be considered.

Päivitys 29.12. 2013 

CIRCOVIRIDAE, Genus Circovirus. uusi Cyclovirus 2010

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3810929/

ANELLOVIRUS , Torque teno-virusta löytyy kontaminoidusta juomavedestä

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23412718

Selvittelynalainen virus ANELLOVIRUS

otin  tämän kirjan sen takia lainaan joululoman ajaksi, koska  en tiedä tästä aiheesta yhtään mitään.
TT Viruses-The Still Elusive Human Pathogens  on kirjan nimi. Tämä kuuluu Springerin sarjaan Current Topics in Microbiologys and Immunology. ISBN 978-3-540-70971-8.

 Katsauksen toimittajat ovat Ethel-Michele de Villiers, Harald zur Hausen Editors.  Kirja on julkaistu 2009.

 Fylogeneettistä ja taksonomista  pohdintaa: Aiemmin ja nykyään. Miten ANELLOVIRUS suku luotiin?

TT-viruksia luonnehdittiin ensimmäisen kerran  1997. Tämän ryhmän virusten määrä alkoi sitten paisua tutkimusten myötä kymmenessä vuodessa, niin että Geenipankissa oli  huhtikuuhun 2008 mennessä jo  yli 200 täydellistä sekvenssiä identifioituna ihmisistä ja useista Nämä kaikki olivat  viruksia joilla oli rengasmuotoinen DNA-genomi.  eläinlajeista.

Sellaisia syklisen ssDNA:n omaavia viruksia  on luonnehdittu monista ( ei- ihmis-)  isännistä, eläimistä, kasveista, bakteereista jo kauan ennenkuin löytyi inäitä anelloviruksia.ESIM:

•  Virukset jotka infektoivat bakteereita  ryhmitetään kahteen virusperheeseen: 

INOVIRIDAE ( Suku Inovirus ja suku Plectrovirus)
ja MICROVIRIDAE ( suvut Bdellomicrovirus, Chlamydiamicrovirus, Microvirus ja Spiromicrovirus) (2005)
Inovirukiksilla ja microviruksilla on monopartiitti genomi.

• Virukset jotka infektoivat kasveja 

GEMINIVIRIDAE (neljä sukua: Genera  Begomovirus, Curtovirus, Mastrevirus, Topocuvirus
Näillä  on monopartiitti tai bipartiitti genomi ja ambisense organisaatio).
NANOVIRIDAE (kaksi sukua:  Genera Babuvirus, Nanovirus)
(Näillä on genomissa 6- 10 osaa ja se esiintyy unisense organisaatiossa).

• CIRCOVIRIDAE perheen jäsenet infektoivat  eläimiä kuten lintuja tai sikalajeja ja ne jaetaan taksonomisesti kahteen sukuun.

Genus Circovirus:  Tähän kuuluu esim sian circovirus , porcine circovirus 1, PCV-1.
Genus  Gyrovirus , kuten  kananpojan anemiavirus, Chicken anaemia virus CAV (2005).

• Genus  ANELLOVIRUS

Jo varhain kun oli löydetty näitä anelloviruksia, havaittiin niiden  biofysikaalinen ja molekulaarinen  eroavuus muista yllämainituista ryhmistä  ja näin  alettiin  luoda niille omaa perhettä. Mutta koska niitä vielä oli suhteellisen rajoitetusti, luotiin  yksinäinen Genus, suku Anellovirus, joka oli  tarkemmin luokittelematon edelleen. Tämä tapahtui  vuonna 2001.
Anello sana otettiin latinasta ja se tarkoitaa rengasta. Täten se erottui musita  syklisen DNA:n omaavista  viruksista ( circoviridae) . Siihen aikaan tiedettiin olevan seuravat anelloviirukset: TTV ja TTMV.
TT virus, joka sai  nimensä potilastapauksesta  (ja sanoista transfusion transmitted) sai  nimen Torque teno virus (TTV) .  Torque  tulee myös latinasta ja tarkoitaa kaulaketjua ja teno tarkoittaa ohutta.  Tällä  kuvataan  sen DNA- genomin ohutta syklistä yksisäikeistä  hahmoa. 
 Vastaavasti  TT-viruksen kaltainen minivirus  sai nimen Torque teno mini virus (TTMV). 
Anellovirusisolaatteja  alettiin tästedes merkata  TTV:n kaltaisiksi tai TTMV:n kaltaisiksi isolaateiksi. 
Näin  saatiin  alkuun virusperheen  ANELLOVIRUSES  luokittelu. (2005)  Vaikkakin  pidettiin asianmukaisempana luoda  ensin  GENUS  ANELLOVIRUS, koska  muista TTV:n kaltaisista viruksista ei ollut vielä  koossa  tietoa  paljoakaan. Saatiin kuitenkin identifioitua   laaja-alaista  geneettistä diversiteettiä myös TTV:n TTMV:n ja eläimistä eristettyjen viruskantojen kesken. 

• Mikä on  tilanne  2009?

  Anellovirusten diversiteetti on jatkuvassa evoluutiossa. 
Löydetään uusit TTV:n kaltaisia  muotoja. 
Looginen nimitys olisi nyt ANELLOVIRIDAE
ja siinä seuraavat 9- 10 sukua niemttynä tilapäisesti vaikka näin:
Alfatorquevirus
Beetatorquevirus
Gammatorquevirus
jne 
Tyyppilajeja tunnetaan yli 40.  Tarkempaa nimitystä luonnollisesti  koetetaan ajan myötä saada tehtyä. Näitä löytyy kyllä internetistä. Tärkeää on havaita, mikä merkitys kullakin  anelloviruksella on ihmiselle. Ja ylipäätänä onko tämä Anelloviridae- järjestelmä  jotakin ihmiskunnalle essentielliä, koska sitä on 90%.ssa aikuisista. Lapsi syntyessään ei tuo mukanaan  mitään äidiltä perittyä  anellovirusta, vaan niitä sitten alkaa ilmetä.
http://jid.oxfordjournals.org/content/early/2013/09/11/infdis.jit423.abstract

Eräs Anellovirus, SEN- virus

 SEN- VIRUS.  "VERENSIIRTOVÄLITTEISEN VIRUKSEN"  EPIDEMIOLOGIAA JA LUONNEHDINTAA. Otan tämän erikseen, jota saa jonkinlaista käsitystä tällaisestakin  viraalista geneettisestä materiaalista.

• LÄHDE:  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15987351

Transfusion. 2005 Jul;45(7):1084-8. SEN virus: epidemiology and characteristics of a transfusion-transmitted virus.Akiba J, Umemura T, Alter HJ, Kojiro M, Tabor E. Author information

• SEN- virus tarttuu verestä. . Se on vaipaton ja sillä on   yksisäikeinen DNA. Vaikka sen prevalenssi vaihtelee alueittain, niin sitä on havaittu  jopa 30%.lla leikkauksen jälkeisen  verensiirron  saaneista potilaista verrattaessa niihin potilaihin (3%)  jotka eivät  tarvinneet postoperatiivista verensiirtoa.
  

SEN virus (SEN-V) is a blood-borne, single-stranded, nonenveloped DNA virus. Although its prevalence varies by geographic region, it has been detected in as many as 30 percent of postoperative transfusion recipients, compared to 3 percent of postoperative patients who did not receive transfusions.

•  Merkitsevää assosiaatiota on myös havaittu verensiirtovolyymin ja SEN-virusinfektion kesken. Tarttuminen verensiirron välityksellä on vahvistunut myös siitä havainnosta, että  verenluovuttajan ja veren siirron saajan  seerumien  SEN-virusten  keskeinen homologian aste  on 99%.

A significant association has been observed between transfusion volume and the occurrence of SEN-V infection. Transmission by transfusion also has been confirmed by the detection of greater than 99 percent homology between SEN-V in donor and recipient sera.

•  On dokumentoitu myös kilpailevia infektioita    kuten SEN- viruksen, hepatiitti B-viruksen, hepatiitti C- viruksen ja  HIV- 1-virusten aiheuttamia infektioita.  Tällaiset havainnot viittaavat  näitten virusten kuten SEN- viruksenkin välittyvän  verensiirron kautta. 

 Concurrent infections with SEN-V and hepatitis B virus, hepatitis C virus, or human immunodeficiency virus type 1 have been documented, and these observations probably reflect the blood-borne transmission of these viruses as well as SEN-V. 

• Vaikka SEN-virus alunperin löydettiinkin etsittäessä  syitä verensiirron jälkeiseen  hepatiittiin , ei ole kuitenkaan mitään näyttöä siitä, että SEN-virus aiheuttaisi hepatiittia tai pahentaisi samanaikaisen maksasairauden kulkua. Siitä huolimatta SEN- virus näyttää välittyvän verensiirrossa ja  sen tulevaisesta roolista tarvitaan  tutkimuksilla saatavaa lisävalaistusta.

Although SEN-V was discovered as part of a search for causes of posttransfusion hepatitis, there is no firm evidence so far that SEN-V infection either causes hepatitis or worsens the course of coexistent liver disease. Nevertheless, SEN-V appears to be transmitted by transfusion, and further studies may reveal more about its role in the future.

KOMMENTTI: Katsokaapa Anellovirusten tarkkaa systeemiä, jonne tämä SEN- virus sijoittuu. :http://eol.org/pages/11605601/names

NCBI Taxonomy view in classification

Species

Viruses + Ssdna viruses + Anelloviridae + Unclassified Anelloviridae + Small anellovirus Sen virus 4 more... show full tree...

CIRCOVIRIDAE, Vuoden 2013 tietoa systematiikasta . Huomaa TTV ja TTMV sijoitus Anellovirus-sukuun.

http://de.wikipedia.org/wiki/Circoviridae
Wikipedian saksalainen versio  esittää taxonomista nykysysteemiä  laajemmin.

• Genus Circovirus
  • Spezies Beak and feather disease virus (BFDV)
  • Spezies Kanarienvogel-Circovirus (CaCV)
  • Spezies Gänse-Circovirus (GoCV)
  • Spezies Tauben-Circovirus (PiCV), Erreger des Young Pigeon Disease Syndrome („Jungtaubenkrankheit“)
  • Spezies Porcines Circovirus-1 (PCV-1)
  • Spezies Porcines Circovirus-2 (PCV-2)

vorläufige Spezies innerhalb der Gattung:

• Spezies Enten-Circovirus (DuCV)
• Spezies Fink-Circovirus (FiCV)
• Spezies Möwen-Circovirus (GuCV)

• Genus Gyrovirus

• Spezies Hühneranämievirus (CAV)

nicht-klassifiziert innerhalb der Familie:

• Genus Anellovirus

• Spezies Torqueno-Teno-Virus (TTV) (5 Gruppen/Genotypen)

vorläufige Spezies innerhalb der Gattung:

• Spezies Torqueno-Teno-Mini-Virus (TTMV) (13 TTMV-Spezies)
• Spezies Katzen-Torqueno-Teno-Virus (TTV4-Fc)
• Spezies Hunde-Torqueno-Teno-Virus (TTV10-Cf)
• Spezies Nachtaffen-Torqueno-Teno-Virus (TTV3-At)
• Spezies Schweine-Torqueno-Teno-Virus (TTV31-Sd)
• Spezies Tamarin-Torqueno-Teno-Virus (TTV2-So)
• Spezies Tupaia-Torqueno-Teno-Virus (TTV14-Tbc)

Literatur

• C.M. Fauquet, M.A. Mayo et al.: Eighth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, London, San Diego, 2004
• David M. Knipe, Peter M. Howley et al. (eds.): Fields´ Virology, 4. Auflage, Philadelphia 2001

Weblinks

• Circoviridae: Genera und Spezies (NCBI)
• Genus Anellovirus: Spezies (NCBI)

CIRCOVIRIDAE, Anellovirus, TT-virus (Vuoden 2007 tietoa)

Rev Med Virol. 2007 Jan-Feb;17(1):45-57. Torque teno virus (TTV): current status.

Hino S, Miyata H.

Author information

TIIVISTELMÄ (Abstract)

•  Nykyisin tämä alunperin potilaan T.T. nimestä  nimensä saanut, sittemmin Torque teno-virus on nimetty Anellovirukseksi ja Circoviridae ryhmään, sellaisiin joiten ss  DNA on rengas ( anello latinaksi)  Ensiksi sitä luultiin  non-A-E- hepatiittivirukseksi.

Torque teno virus (TTV), currently classified into the family Circoviridae, genus Anellovirus, was first found in a patient with non-A-E hepatitis. 

• TTV omaa  yksinkertaisen DNA-säikeisen sirkulaarisen genomin, kooltaan on  noin 3.2 kb . Se on  erittäin diversi ja siinä on viisi ryhmää, kuten SANBAN virukset  ja SEN-virukset.

 TTV has a single stranded circular DNA of approximately 3.8 kb. TTVs are extraordinarily diverse, spanning five groups including SANBAN and SEN viruses. 

•  Torque teno miniviruksella (TTMV) on 2.9 kb genomi ja silläkin on  laajalti variantteja.  Tähän virusyhteisöön on liitetty äskettäin vielä kaksi uutta jäsentä, niiden koko on 2.2 kb ja 2.6 kb. . Näitten varianttien keskeiset rekombinaatiot ovat yleisiä.

Torque teno mini virus (TTMV) with approximately 2.9 kb genome also has wide variants. Recently, two related 2.2- and 2.6-kb species joined this community.  Recombinations between variants are frequent.

•  TT- virusten laaja-alainen diversiteetti  on edelleen selvittämättä. on epäselvää, miten TT-virukset  voivat olla elinkykyisiä ja miksi ne vaativat niin laajaa variabiliteettia. 

 This extensive TTV diversity remains unexplained; it is unclear how TTVs could be viable, and why they require such genetic variation.

•  Yksiselitteisiä viljelyjärjestelmiä ei ole vielä saatavilla. TT- virukset ovat yleisiä yli 90%.ssa  aikuisista  ihmisistä   maailmanlaajuisesti, mutta  ei ole voitu täysin osoittaa mitään ihmispatogenisyyttä

 An unequivocal culture system is still not available. TTVs are ubiquitous in > 90% of adults worldwide but no human pathogenicity of TTV has been fully established. 

•  Epidemiologisin kartoituksin  tarvitsee spesifioida  tutkitut variantit ja kliiniset kohteet ja käytetyn menetelmän sensibiliteetti pitää kalibroida.

Epidemiological surveys need to specify the variants being studied and clinical targets, and must calibrate the sensitivity of the assay used.

•  Mahdollisiin kiinnostaviin havaintoihin kuuluu suurempi viruskuorma sellaisilla potilailla, jotka sairastavat  vaikeaa idiopaattista tulehduksellista myopatiaa, syöpää tai punahukkaa.

 Potentially interesting observations include a higher viral load in patients with severe idiopathic inflammatory myopathies, cancer and lupus.

•  Aktiivia  viruksen replikoitumista  on havaittu myös vauvoissa, joilla on  akuutteja hengitystietauteja.

Active replication was also found in infants with acute respiratory diseases.

• Eläimillä on TTV ja TTMV virusten kaltaisia viruksia havaittu simpansseilla, apinoilla, Afrikan  marakateilla ja tupaijoilla ( puupäästäisillä), sekä myös  kanapojilla, porsailla, lehmillä, lampailla ja koirilla.  http://fi.wikipedia.org/wiki/Tupaijat

TTV/TTMV-related viruses were found in chimpanzees, apes, African monkeys and tupaias, and also in chickens, pigs, cows, sheep and dogs.

•  Kokeellisesti saatiin Rhesus-apina infektoitumaan TTV:llä, mutta simpanssia ei saatu infektoitua (paitsi  yksi  1/53)

Experimentally, rhesus monkeys were persistently infected by TTV, but only 1/53 chimpanzees.

• TT- virus  transkriboi  kolmea mRNA-lajia 3.0 kb, 1.2 kb ja 1.0 kb suhteessa 60: 5: 35.

 TTV transcribes three species of mRNAs, 3.0-, 1.2- and 1.0-kb in the ratio of 60:5:35.

•  Äskettäin on osoitettu kananpojan anemiaviruksessa ainakin  kolmea mRNA.ta. Genominen alue -154 /- 76 sisältää kriittisen promootorin. TT-viruksella  näyttää olevan ainakin kolme proteiinia, joitten funktioitten määrittäminen on  jatkotutkimusten vaassa.

Recently, at least three mRNAs were shown in chicken anaemia virus. The genomic region -154/-76 contains a critical promoter. TTV seems to have at least three proteins; however, the definite functions of these proteins await further research work.
Copyright 2006 John Wiley & Sons, Ltd.

Kausi-influenssa lähestyy Ruotsia. Maasssa kehotetaan rokottautumaan. ( Luokittelematon Negales) .Orthomyxoviridae)

Ruotsissa ei käytetä adjuvanttia tässä rokotuksessa enää. 

Sitaatti: http://www.lakemedelsverket.se/OVRIGA-SIDOR/sasongsinfluensa/

Vaccin mot säsongsinfluensa 2013-2014

Den viktigaste åtgärden för att begränsa de medicinska konsekvenserna av influensa är årlig vaccination av de medicinska riskgrupperna. Antivirala läkemedel är ett komplement och ersätter inte vaccination.

Följande virusstammar har använts vid tillverkningen av årets influensavacciner:

• influensa A/California/7/2009 (H1N1)pdm09
• influensa A/Victoria/361/2011 (H3N2)
• B/Massachusetts/2/2012

Stammarna A(H1N1) och A(H3N2) är samma som ingick i förra säsongens vaccin. Biverkningarna av årets influensavacciner förväntas vara ungefär detsamma som de tidigare årliga vaccinerna mot säsongsinfluensa. Detaljerad information om vaccinernas innehåll, egenskaper och användningsinformation finns i läkemedlets produktresumé och bipacksedel (se länkar till höger).

Vem bör vaccinera sig?

Följande riskgrupper rekommenderas att ta säsongsinfluensavaccin:

• personer över 65 års ålder
• gravida kvinnor i andra och tredje trimestern
• personer med kroniska sjukdomar
  - kronisk hjärt- och/eller lungsjukdom
  - instabil diabetes mellitus
  - kraftigt nedsatt infektionsförsvar 
  - kronisk lever- eller njursvikt
  - astma
  - extrem fetma eller neuromuskulära sjukdomar som påverkar andningen
  - flerfunktionshinder hos barn
   

För ytterligare information hänvisas till Socialstyrelsens rekommendationer för profylax och behandling av influensa.

 

• Snabblänk till denna sida: http://www.lakemedelsverket.se/sasongsinfluensa
• Senast ändrad/granskad: 2013-10-30

Share on facebook Share on print Share on email Share on twitter More Sharing Services

H10N8. Yksittäinen tapaus: uusi lintuviruskanta AIV H10N8

http://www.jpost.com/Breaking-News/Woman-in-China-dies-from-new-strain-of-bird-flu-335340
 BEIJING - A 73-year-old woman in China has died from a new strain of bird flu, the H10N8 virus, the Xinhua state news agency reported on Wednesday.

Xinhua cited unidentified experts as saying that the case in Nanchang, the capital of the landlocked southeastern province of Jiangxi, was an individual one and the virus had a low risk of spreading to humans.

The Chinese Center for Disease Control and Prevention had identified the strain as the H10N8 avian influenza virus, Xinhua said.

The Geneva-based World Health Organization (WHO) did not have any information about the virus on its website. A WHO spokeswoman said a statement would be issued later on Wednesday.

The woman died on Dec. 6 due to respiratory failure and shock, Xinhua said. She had sought treatment at a hospital in late November.

She had visited a live poultry market and was exposed to the live poultry business, Xinhua said, adding that people who had had close contact with her had not exhibited any abnormal symptoms.

• ONKO TÄTÄ KOMBINAATIOTA OLLUT ENNEN? Katsotaan. Minulla on tuore kirja lainassa, mutta menee aikaa, että seulon tiedon esiin. 

• Kirja J.A. Richt, R.J. Webby (Ed.). Swine Influenza. (2013).ISBN 978-3-642-36870-7.
• Tässä kirjassa kerrotaan, miten pandeminen virus kehkeytyy. 
• Roland Zell, Christoph Scholtissek et Stephan Ludwig.Genetics, Evolution and Zoonotic Capacity of European Swine Influenza Viruses.

Tässä kerrotaan, miten lintuvirukset lähtevät  linnuista ja niillä on   rakenteessaan  determinantit HA ( hemagglutiniini)  ja NA ( neuraminidaasi) , joilla voi olla yhteensä 144 erilaista kombinaatiota. On 16  mahdollista H- tekijää ja 9 mahdollista N - tekijää.  Kaikista 144 teoreettisesti mahdollsesta kombinaatiosta on linnuissa havaittu ainakin 110 erilaista (HN) kombinaatiota.

Otsikon artikkelissa on pieni taulukko , jossa mainitaan ihmiskunnassa  vakiintuneet influenssavirukset  H1N1, H3N2 ja pandeminen (2009)  H1N1.
 Ihmiskunnassa  sattumoisin esiintyviä on lisäksi: H1N2, H5N1, H7N1, H7N2, H7N3, H7N7, H9N2.
 Ihmiskunnasta kadonnut on vuoden 1957 pandeminen   H2N2 -virus.

Possuissa esiintyvät stabiilit viruket ovat: H1N1, H1N2, H3N2.
  Sattumoisin possuissa esiintyy myös: H1N7, H2N3, H3N1, H3N3, H4N6, H5N1, H5N2, H9N2 sekä pandeminen (2009) H1N1.
 
Hevosessa esiintyy stabiilisti H3N8-virus. Sattunnaisesti hevosessa esiintyy  H1N8 ja H3N3.

Koirassa esiintyy sattumoisin H3N8, H5N1.

Minkissä esiintyy sattumoisin  H3N2, H10N4.

.En nyt tässä kirjoita enempää tästä taulukosta, sillä kuten näkyy  löysin H8 kahdesta eläimessä replikoituvasta  A-influenssaviruksesta : hevosessa ja koirassa 
Vain minkistä ( Mustela vison, mårdjur)  löysin A-influenssaa H10N4. Myös H3N2 replikoitui minkissä.

Tästä päätellen  viruskombinaatiolla  H10N8 olisi aika pitkä matka  ihmiskuntaa suuremmin vaivaavaksi virukseksi.  Tarvitaan vähintäin kierto possujen puolella - ja niillä ei näitä  ehkä ole  esiintynyt.  Kukapa tietää?

Zoonoosiperäinen AIDS epidemia . Uusi SIVcol lentiviruslinja

 AIDS-epidemiasta  zoonoosina vuoden 2007 katsauksen mukaan 

Angela Merianos. Surveillance and Reponse to Disease Emergence. The Aids Epidemic.In: Wildlife and Emerging Zoonotic Diseases: The Biology, Circumstances and Consequences of Cross- Species Transmission.  (2007)
Springer.  ISBN 978-3-540-70961-9 
 http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-70962-6_19#page-1

HIV- viruksen aiheuttama AIDS-epidemia on ihmiskunnan historian kaikkein tuhoisin ja  destruktiivisin pandemia ( Näin asian  ilmaisee  UNAIDS vuonna 2005). 

AIDS  tunnistettiin vuonna  1981.  Vuoteen 2005 mennessä  se oli ehtinyt aiheuttaa jo  25 miljoonaa kuolemaa ja  HIV/AIDS infektoituneita oli siihen aikaan  40.3 miljoonaa. 

HIV on lähtenyt liikeelle vähintäin kahdesta  kädellisen eläimen reservoaarista  Afrikassa 1950 luvulla.  Vuoden  2007 aikaan tiedettiin, että   silloin oli olemassa 33  eri lajia kädellisiä eläimiä, joilla oli omia  ainutlaatuisia SIV  viruskantojaan  ( simian immunodeficiency virus)  ja SIV-viruksen esiintymisprevalenssi  apinanlihasta peräisin  olevassa viidakkoriistassa on korkea. 

On tehty tutkimus viidestä eri apinalajista saaduista  16 eri SIV isolaatista ja havaittiin, että niistä  12 virusta kykeni infektoimaan  ihmisen monosyyteistä muodostuneita  makrofageja ja 11 kantaa pystyi infektoimaan ihmisen perifeerisen veren mononukleaarisia soluja, kuitenkin tutkijat painottavat, että koeputkessa osoitettu solutropismi ei välttämättä  ennusta mahdollista  kehossa ilmenevää patogeenisuutta.

Subsaharan Afrikassa kädellisiä eläimiä ( chimpanzees, sooty mangabeys)  metsästävät  altistuvat  metsästyksen ja riistan laiton   aikana SIV- viruksille, samoin ne, jotka pitävät kädellisiä eläimiä lemmikkieläiminä. 
Tällaiset spillover-  tapahtumat , missä viruksia tulee ihmiskehoon, ovat merkitseviä    verensiirtovarastojen kannalta,  koska  kehkeytyy uusia HIV- kantoja, joita  aktuellit käytössä olevat HIV-testit eivät havaitse. 

•  Mitä tästä asiasta  sanotaan 2013?Mitä on tapahtumassa SIV virusten puolella  kädellisissä eläimissä?

 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11134299
 

• TARINA GUEREZA turkisapinasta.  Siitä on   kuvattu Kamerunista uusi lentivirusperhe Tämä kaunisturkkinen iso apina on latinaksi Colobus guareza. Sitä metsästetään turkin takia ja se on rauhoitettu.
  

LÄHDE:  J Virol. 2001 Jan;75(2):857-66.  Characterization of a novel simian immunodeficiency virus from guereza colobus monkeys (Colobus guereza) in Cameroon: a new lineage in the nonhuman primate lentivirus family. Courgnaud V, Pourrut X, Bibollet-Ruche F, Mpoudi-Ngole E, Bourgeois A, Delaporte E, Peeters M. Author information

• Tiivistelmä: Kun tutkitaan kädellisillä esiintyvien lentivirusten diversiteettiä, on välttämätöntä selvittää immuunivajevirusten alkuperää ja evoluutiota. Kamerunissa tehtiin  virologinen katsaus ja seulottiin  25 Colubus guereza apinaa. niistä  tunnistettiin 7 HIV/SIV- ristiinreagoivaa  vasta-ainetta. Tämän tutkimuksen aikana tutkijat havaitsivat yhden uuden lentiviruksen ja nimittivät sen nimellä SIVcol ja se esiintyy Colubus guereza- apianssa .

Abstract 
 Exploration of the diversity among primate lentiviruses is necessary to elucidate the origins and evolution of immunodeficiency viruses. During a serological survey in Cameroon, we screened 25 wild-born guereza colobus monkeys (Colobus guereza) and identified 7 with HIV/SIV cross-reactive antibodies. In this study, we describe a novel lentivirus, named SIVcol, prevalent in guereza colobus monkeys.

• Geneettinen analyysi osoitti, että tämä SIVcol oli hyvin selvästi eroava kaikista muista SIV/HIV-isolaateista:  Sen keskiimääräinen aminohappohappohomologia oli vain  40% Gag- proteiinin suhteen,  50% Pol  suhteen,  28% Env suhteen ja 25% viiden muun geenin koodaaman proteiinin suhteen. Fylogeneettinen analyysikin osoitti SIVcol viruksen olevan geneettisseti selvästi eroava  muista aiemmin luonnehdituista kädellisten lentiviruksista  ja niiden rykelmistä ja  se muodostaa  itsenäisesti  aivan oman linjansa, kuudennen linjan nykyisessä luokituksessa.

 Genetic analysis revealed that SIVcol was very distinct from all other known SIV/HIV isolates, with average amino acid identities of 40% for Gag, 50% for Pol, 28% for Env, and around 25% for proteins encoded by five other genes. Phylogenetic analyses confirmed that SIVcol is genetically distinct from other previously characterized primate lentiviruses and clusters independently, forming a novel lineage, the sixth in the current classification.

•  Vanhan Maailman Apinat  ( CERCOPITHECIDAE ) 

jaetaan kahteen alaperheeseen: COLOBINAE ja CERCOPITHECINAE .
ja tähän asti kaikki ne Cercopithecidae- apinat, joista on eristetty lentiviruksia, ovat kuuluneet tähän CERCOPITHECINAE -alaperheeseen.
 Sentakia SIVcol virus joka on COLOBUS guereza- apinasta,  on ensimmäinen kädellisen  eläimen lentivirus, mikä on tunnistettu  vahan maailman apinain toisesta alaryhmästä COLOBINAE .  Ja SIVcol  poikkeama linjasta   heijastanee  a isäntäeläinlinjassa. siirtymää. 

 Cercopithecidae monkeys (Old World monkeys) are subdivided into two subfamilies, the Colobinae and the Cercopithecinae, and, so far, all Cercopithecidae monkeys from which lentiviruses have been isolated belong to the Cercopithecinae subfamily. Therefore, SIVcol from guereza colobus monkeys (C. guereza) is the first primate lentivirus identified in the Colobinae subfamily and the divergence of SIVcol may reflect divergence of the host lineage.

FILOVIRUSES. Ebola reston evoluutiossa ? Vuosi 2008

Ajattelin jo että Ebola Restonista voisi saada  tehtyä rokotteen Afrikan ebolaa vastaan, mutta Ebola Reston voi olla   evoluutiossa. Sitä on esiintynyt possuissa sekainfektiossa, joka on ollut  vakava.
 Oie kertoo uudesta löydöstä. Otan sitaatin ja myöhemmin suomennan.
LÄHDE:
 http://www.oie.int/en/for-the-media/press-releases/detail/article/first-detection-of-ebola-reston-virus-in-pigs-faooiewho-offer-assistance-to-the-philippines/ First detection of Ebola-Reston virus in pigs - FAO/OIE/WHO offer assistance to the Philippines

MANILA 23 December 2008 – Following the detection of the Ebola-Reston virus in pigs in the Philippines, the UN Food and Agriculture Organization (FAO), the World Organisation for Animal Health (OIE) and the World Health Organization (WHO) announced today that the government of the Philippines has requested the three agencies send an expert mission to work with human and animal health experts in the Philippines to further investigate the situation.

An increase in pig mortality on swine farms in the provinces of Nueva Ecija and Bulacan in 2007 and 2008 prompted the Government of the Philippines to initiate laboratory investigations. Samples taken from ill pigs in May, June and September 2008 were sent to international reference laboratories which confirmed in late October that the pigs were infected with a highly virulent strain of Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) as well as the Ebola-Reston virus.

Although co-infection in pigs is not unusual, this is the first time globally that an Ebola-Reston virus has been isolated in swine. It is not, however, the first time that the Ebola-Reston virus has been found in the Philippines : it was found in monkeys from the Philippines in outbreak s that occurred in 1989-1990, 1992, and 1996.

The E bola virus belongs to the Filoviridae family (filovirus) 

 and is comprised of five distinct species: 

1. Zaïre 
2. Sudan
3. Côte d'Ivoire
4. Bundibugyo
5.  Reston .

 Zaïre , Sudan and Bundibugyo species have been associated with large Ebola hemorrhagic fever (EHF) outbreak s in Africa with high case fatality ratio (25–90%)
 while Côte d'Ivoire and Reston have not.
 Reston species can infect humans but no serious illness or death in humans have been reported to date.

Since being informed of this event in late November, FAO, OIE and WHO have been making every effort to gain a better understanding of the situation and are working closely with the Philippines Government and local animal and human health experts.

The Department of Health of the Philippines has reported that initial laboratory tests on animal handlers and slaughterhouse workers who were thought to have come into contact with infected pigs were negative for Ebola Reston infection, and that additional testing is ongoing. The Bureau of Animal Industry (BAI) of the Philippines Department of Agriculture has notified the OIE that all infected animals were destroyed and buried or burned, the infected premises and establishments have been disinfected and the affected areas are under strict quarantine and movement control. Vaccination of swine against PRRS is ongoing in the Province of Bucalan. PRRS is not transmissible to humans.

The planned joint FAO/OIE/WHO team will work with country counterparts to address, through field and laboratory investigation, important questions as to the source of the virus, its transmission, its virulence and its natural habitat, in order to provide appropriate guidance for animal and human health protection.

Until these questions can be answered, the FAO and WHO stressed the importance of carrying out basic good hygiene practices and food handling measures.

Ebola viruses are normally transmitted via contact with the blood or other bodily fluids of an infected animal or person. In all situations, even in the absence of identified risks, meat handling and preparation should be done in a clean environment (table top, utensils, knives) and meat handlers should follow good personal hygiene practices (e.g. clean hands, clean protective clothing). In general, hands should be r egularly washed while handling raw meat.

Pork from healthy pigs is safe to eat as long as either the fresh meat is cooked properly (i.e. 70°C in all part of the food, so that there is no pink meat and the juices run clear), or, in the case of uncooked processed pork, national safety standards have been met during production, processing and distribution.

Meat from sick pigs or pigs found dead should not be eaten and should not enter the food chain or be given to other animals. Ill animals should be reported to the competent authorities and proper hygiene precautions and protection should be taken when destroying and disposing of sick or dead pigs. The Philippines Department of Agriculture has advised the Philippine public to buy its meat only from National Meat Inspection Services certified sources.

As a general rule, proper hygiene and precautionary measures ( wearing gloves, goggles and protective clothing) should also be exercised when slaughtering or butchering pigs. This applies both to industrial and home-slaughtering of pigs. Children and those not involved in the process of slaughtering should be kept away.

December 2008

Ebolaviruksen alkulähteen selvittelyä . FILOVIRUSES

Conzales JP, Pourrut X, Leroy E.  Ebolavirus  and  Other Filoviruses. In: Wildlife and Emerging Zoonotic Diseases: The Biology, Circumstances and Consequences of Cross-Species Transmission (2007)  Springer ISBN 978-3-540-70961-9.
http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-540-70962-6_15#page-1 

FILOVIRUSES

MARBURG- virus 

Tässä FILOVIRUSTEN ryhmässä on mainittavat ensimmäisenä Marburg-virus. -virus. http://en.wikipedia.org/wiki/Marburg_virus
MARBURG-virus on hemorragista kuumetta aiheuttava virus ja se havaittiin ensi  kerran  1960-luvulla Saksassa Marburgissa ja Frankfurtissa sekä  jugoslavian Belgradissa. 
Työntekijät olivat joutuneet sattumoisin altistumaan Behringwerkenin tehtailla ( Hoechst, nyk. CSL, Behring) infektoituneelle vihermarakatille, vervetille (grivet, Chloropus aethiops). 31 henkilöä infektoitui ja heistä kuoli seitsemän 
Marburgvirus (MARV) aiheutti ihmisissä vaikean taudin, verenvuotokuumeen samoin myös kädellisillä eläimillä. Virusta on käsiteltävä   biosafetylevel-4 (BSL-4)  mukaan. kun  EBOLA-virus löytyi, arveltiin että Marburg-virus olisi EBOLAN alalaji. 

 EBOLAVIRUS 

 Keskia-Afrikasta  alkoi levitä EBOLA- kuume 1976 ja tartuntakehtu oli tarkantutkinnan kohteena, muta alkuperäsitä  reservoaaria ei  aluksi havaittu, vaikka lepakoita osattiin   epäillä.  Havaittiin erityinen 20 vuoden  jakso epidemia-aalloissa ja muitakin miljöötekijöitö joita alettiin kartoittaa.  eräänkin infektion aikana kuoleltia eläintenraatoja tutkittiin ja  niistä etsittiin  merkkejä viruksesta.  Koetettiin löytää alkureservoaarin lisäksi  väli-isäntiä,  satunnaisia isäntiä, amplifioivia isäntiä ,  vektori-siäntiä ja työ on todella ollut valtaisia tässä kartoituksessa.  Varsinkin lepakkojen taxonomiaa on jouduttu selvittämään .

 Virus osoitautui  myös tarvitsevan oman  paikkansa taxonomaissa.  Se  ja sen akltaiset virukset  merkattiin FILOVIRUS-ryhmäksi, ksoka niissä on filamentteja , jonkinlaista säikeistä  sisältöä. Genomiltaan  EBOLA ryhmittyy kuten  muutkin MONONEGALES- virukset: Sen genomi on  yksittäinen säie, negatiivisesti polarisoitunut RNA.  ( mono- nega) .(  Näitä  MONONEGALES- viruksia  oli  muitakin  kuten  Rhabdoviridae,  Paramyxoviridae )  ja  erityistä on että  niitä juuri esiintyy lepakoissa  kroonisesti pinttyneenä. Lepakko on  niiten reservoaari. 

POTENTIAALINEN RESERVOAARI LEPAKKOLAJI   ( H R, Host, reservoar)

lepakkolajeja  tutkittaessa huomattiin, että kolme  MEGACHIROPTERA- lepakkolajia  tuli kyseeseen  Ebolaviruksen rservoaarina. 

Nämä lajit ovat 

Hammer-headed fruit bat, Hypsignathus monstrous http://en.wikipedia.org/wiki/Hammer-headed_bat

Singing fruit bat, Epomops franqueti  http://www.zootierliste.de/en/?klasse=1&ordnung=106&familie=10608&art=21103264

Hedelmälepakko, Little collared fruit bat,  Myonycteris torquata.   http://fi.wikipedia.org/wiki/Hedelm%C3%A4lepakot 

Näiä kolmea lajia esiintyy toisiaan täysin kattavilla alueilla Keski_ Afrikassa ja  Keski-Afrikan länisrannikolla.  

TARTUNTAKETJU

  INCIDENTAL HOSTS

Hedelmälepakto  syövät hedlemiä ja ovat riippuvaisia  eri  puitten  hedelmien  kypsymisestä, mitä on eri aikoina eri paikoissa ja kuivat ja sadeajat vaikuttavat myös  tähän ravinnon saantiin.  Tästä johtuu,  että lepakkolaumat voivat lätheä siirtymään ravinnon perässä.  Tällaiset siirtymät ajoittuvat  infektioitten lisääntymisiin.  Varsinkin jos kuivaan aikaan sekä   maaeläimet  että lepakot lähtevät  vesilähteen perään,  niitä kertyy samaan paikaan runsaasti.  Lepakot jotka kantavat virusta kroonisesti kehossaan, erittävät sitä sylkeenaä ja  kun ne purevat  hedelmiä, virusmassaa putoaa maahan hedelmäjätteissä ja pudonneita, osin purtuja hedelmiä   joutuu  maassa kulkevien eläinten ravintoketjuun. Varsinkin  kädelliset ja puikkija-antiloopit ovat hyvin  alttiita tälle virukselle ja  niissä tapahtuu eläinkannan kuolemia runsaasti.  Eläinten runsaammat Ebola-kuolemantapaukset  tapaavat edeltää ihmisten Ebola-epidemioita. 

 Kun vuosina  2002- 2003 Ebola-epidemia  kohtasi eläimiä,  saatuja ruhoja tutkittiin 44 kpl  korkean BSl-4-  turvallisuusvaatimusten  mukaisesti Gabonin laboratoriossa..  Niistä 12 gorillaa, 3 simpassia ja 1 puikkiantilooppi  oli kuollut ebolaan.  Vuosina 2002 - 2003 kuoli  puolet R.O. Kongon   Lossi Sanctuary- reservaatin ( 320 neliökm)  gorilloista.  Simpanssikanta  väheni 88%. 

Ebola- virusepidemat pitävät jonkinlaista  ajallista ja geografista aaltomallia. ja ne etenevät  R-O. Kongon alkulähteiltä kaakkoon ja luoteeseen. 

 Insidentaalinen tai väli-isäntä  on jokin laji, jossa  virusta  voi tjatkuvasti muosostua niin että tulee runsas viremia tilanne . Reproduktion aikana  voi  kehonnesteitä tulla   kontaminoimaan  maaperää. Viidakkoruoka on  yksi tartuntalähde. 

EBOLAN TAXONOMINEN KAAVA 

Afrikan Ebolaviruksista osa on luokiteltu lepakkoviruksina   (chiroptera) ja osa ihmisten  infektioiviruksina. 

Alku-virus on tuntematon.

• MARBURG VIRUS  katsotaan  kuuluvaan  omana  linjanaan tähän puuhun. SUDANIN EBOLA-virus

•  RESTON-virus, jonka  alkupeä on Filippiinien manilassa. RESTON-  ebolavirus ei ole letaali ihmiselle, mutta muuten  ebolan kaltainen.

• AFRIKAN EBOLAVIRUKSET

• SUDANIN EBOLAVIRUS 

• ZAIREN EBOLAVIRUS

 Mikä olisi tilanne vuonan  2013 ihmisten ebolainfektioitten suhteen? 
Tästä saa tiedon WHO-lähteestä, muta se tulee hakea samalta sivulta kuin kaikki hemorrhagiset kuumet, verenvuotokuumetaudit .Siinä on  erikseen Marburg virus ja Ebolavirusasiat. 

http://www.who.int/topics/haemorrhagic_fevers_viral/en/
Jos virusta on  aktuellisti, niin se ilmenee tässä GAR sivussa, muta siinä ei ole tänään Ebolaa.
 http://www.who.int/csr/alertresponse/en/

Tämän päivän  Global Incxidence kartallakaan ei ole Ebolaa. Taitaa olla ihmiskunnan puoellal nyt Ebolatauko taas menossa.  Ebolan endeemisellä alueella Afrikassa  riehuu nyt tappava kolera ja poliotakin. 

 

 

 

 

POXVIRUSES, rokkovirukset

Regnery R L. Poxviruses and the Passive Quest for Novel Hosts.
In: Wildlife and Emerging Zoonotic Diseases: The Biology, Circumstances and Consequences of Cross-Species Transmission. ISBN 978-3-540-70961-9
LÄHDE:
http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-540-70962-6_14#page-1
Tässä artikkelissa otetaan esiin seuraavia  poxvirus - esimerkkejä. 

POXVIRUSES, (Ryhmä 1, dsDNA)
POXVIRIDAE-perhe
Chordopoxvirinae alaperhe

Genus Lepovirus.
Leporix viruksen kaltaiset virukset
Aiheuttavat myxomatooseja. Kalifornian jänikselle luonnollinen virus.  Epizoottinen myxomatoosi välittyy  arthropoda-hyönteisen kautta. Ausralian vaivana olleita  jäniksiä ja Euroopan jäniksiä kuoli  runsaasti tähän tarkoituksella istutettuun virustautiin (1950),

Genus Parapox- virus.
 Parapoxviruksen kaltaiset virukset
(Pseudocowpoxvirus;  Orf virus;  Bovine papular stomatite virus; red deer parapoxvirus )
Tämä virus vikuuttaa oravakantoja, joista esim  Brittein saarten  eurooppalainen ruskea  orava (Sqiurus vulgaris) on sukupuuttoon kuolemisen uhassa parin vuosikymmenen päästä. Tätä poxvirusta kuvattiin ensin läntisissä  harmaissa P-Amerikan oravissa (Sciurus griseus) 1975. Harmaita oravia on  tuotu  Englantiin  useaan otteeseen. Itäisessä harmaassa P-amer. oravassa on myös jokin parapoxviruksen kaltainen virus. Niitä oravia on myös tuotu Brittein saarille. Harmaat oravat kestävät   tätä virusta paremmin kuin Britannian  ruskeat oravat.

Genus Orthopoxvirus  
http://www.who.int/csr/disease/smallpox/newpcr/en/
            O. variola, ihmisen  isorokkovirus, smallpox, smittkoppor
            Vaccinia virus (VV) 
            Monkeypoxvirus, apinarokkovirus, apkoppor  
http://www.smittskyddsinstitutet.se/sjukdomar/apkoppor/
http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs161/en/
            Extromelia-virus ( mousepox virus) hiiren rokkovirus
            Camelpox-virus, kamelin rokkovirus
            Cawpox-virus, lehmän rokkovirus
            Volepox -virus, myyrän rokkovirus
            Skunkpox-virus, haisunäädänrokkovirus
            Raccoonpox-virus, pesukarhunrokkovirus

Näitä viruksia voi ryhmitellä kahteen joukkoon sen mukaan, miten ne valitsevat isäntäkehon. 
Toiset  käyttävät  moninaisia isäntiä, toiset kuten isorokkovirus (Orthomyxovirus variola)  spesifisesti vain yhtä isäntää.  Isorokkoviruksen suhteen ihminen on  sen ainoa isäntä ja  tauti on saatu juurrettua pois  1979 mennessä maailmasta.

 Lehmärokkovirus( cowpox on päinvastoin sellainen, että se käyttää monia lajeja reservoaarina. Sen genomi on suurin kaikista orthopoxviruksista ja sillä on suurin ORF-setti.
Extromelia-virus  rajoittuu kasvamaan vain hiiressä.
Buffalopox virus on mahdollisesti karanneesta vaccinia-viruksesta alkuperäisin, vaikka jotain eroa on niissä kyllä havaittu.
Myös karjaan tullut  poxvirus  saattaa olla vaccinia-viruksesta karannutta, vaikka nykyään vaccinia-virus katsotaan  niistä hieman eroavaksi. 

Monkeypox, apinan rokkovirus, pystyy infektoimaan useita lajeja. Tämän viruksen on havaittu infektoivan myös ihmisiä ( 1970 luvulla) Ihmisen monkeypox- taudissa on fataliteetti  3-14% luokkaa  http://www.smittskyddsinstitutet.se/sjukdomar/apkoppor/
Tätä virustautia on esiintynyt  aluksi Kongon vesistön alueella. Isorokkorokotus  voi osittain suojata sitä vastaan. Luonnostaan virusta esiintyy myös keskisen Afrikan rannikoilla. 
Monkeypox-virus isolaateissa on kaksi eri ryhmää, toiset Länsi-Afrikasta, toiset Kongon vesistön alueelta.  Niitten kesken on merkittäviä eroja  antigeenisyydessä. Vakavampaa tautia ihmiselle aiheuttaa kongolainen poxvirus.

Lemmikkieläinten  ja viidakkoriistaeläinten kuljetusten kautta johtuu virusta uusiin asumaympäristöihin. Exoottiset lemmikkieläimet ovat  eräs viruksen kuljetusmuoto. Kesällä  2003 havaittiin ensimmäisen kerran ihmisen  monkeypox infektiota Afrikan ulkopuolella. Taudinpurkaus johti myös virusta uusiin isäntäeläimiin kuten preeriakoiriin (Cynomus sp,) Niissä  virus  vahvistui (amplifioitui) ja niistä se siirtyi ihmisiin (72 tapausta, 2004. Nämä eivät olleet letaaleja). Ghanasta laivatuista yli 500 eläimestä tuli Texasiin tätä virusta eläimissä, osa eläimiä kuolikin matkalla. Sitten eläintenmyyjä  välitti  eläimiä edelleen. Tarina on vivahteikas. Kaikista  tuontieläimistä vektorina ihmisen suhteen toimi preeriakoirat, sillä viruksen kasvu salliutuu niissä. Kun monkeypox - purkauma oli todettu USA;ssa, siitä seurasi rajoituksia eläinten ja viidakkoriistan  maahantuontiin ( 2003).

Orthopoxvirus variola, isorokkovirus (smittkoppor)
Arvellaan isorokkovirusta esiintyneen jo  Egyptin Ramses I:n aikana. Myös Kiinasta on  historiaa 3000 vuodelta sen suhteen. Virus muuttui aikojen myötä  vain ihmisissä lisääntyväksi.   Isorokkovirus sai pinttyneet endeemiset piirteensä Euroopassa vasta 16. vuosisadalla.  ja tämä oli myös yhteydessä  aikansa tuonti - ja vienti talouteen sekä asutusten tihenemiseen.
SMI kertoo isorokonhistoriaa.
http://www.smittskyddsinstitutet.se/sjukdomar/smittkoppor/ 

 (Monkeypox-virus tulee olemaan isorokkoa paljon vaikeampi juurtaa pois maailmasta).

Myös ontelosyyliä aiheuttava molluscivirus kuuluu POX-viruksiin, orthopoxviruksiin, ja sitä vastaan on lääke, mikä toimii muihinkin rokkoviruksiin. Ontelosyylä on opportunistisia tauteja.
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21994641

POXVIRUSES, Ihmisen isorokkovirus, eläinten rokkovirukset ja vaccinia-virus

 Vaikka isorokon ( Orthopoxvirus variola)  sanotaankin tulleen juurretuksi maailmasta,  ei rokkovirusten (Poxviruses)  lahkoa pidä kuitenkaan  unohtaa.

Tässä on melko tuore artikkeli POX- viruksista. 

Infect Genet Evol. 2013 Oct 24;21C:15-40. doi: 10.1016/j.meegid.2013.10.014. [Epub ahead of print] Poxviruses and the evolution of host range and virulence.

Haller SL, Peng C, McFadden G, Rothenburg S. Source

Laboratory for Host-Specific Virology, Division of Biology, Kansas State University, KS 66506, USA.

TIIVISTELMÄ (Abstract)

•  POXVIRUKSET  on sellaisten virusten ryhmä, joka voi infektoida   hyvin suurta  kirjoa eläinkunnan puolella. (Isorokkovirus oli ihmisiin erikoistunut). 

Poxviruses as a group can infect a large number of animals.

•  Yksittäisten virusten tasossa myös lähisukuisetkin poxvirukset  omaavat  erittäin erilaisia isäntäprofiileja  ja virulensseja.  Esimerkiksi  variola-virus ( isorokkovirus, small pox- virus , O. variola)  oli ihmisiin erikoistunut ja hyvin virulentti vain ihmisissä, kun taas sen sukulainen lehmärokkovirus ( cowpoxvirus)  pystyy infektoimaan koko joukon eläimiä, mutta aiheuttaa ihmisille vain  suhteellisen lievän taudin.

 However, at the level of individual viruses, even closely related poxviruses display highly diverse host ranges and virulence. For example, variola virus, the causative agent of smallpox, is human-specific and highly virulent only to humans, whereas related cowpox viruses naturally infect a broad spectrum of animals and only cause relatively mild disease in humans.

•  Poxvirusten menestyksekäs replikoituminen johtuu niiden  tehokkaasta kyvystä manipuloida isäntäsolun antivirusvaste  pois toiminnasta solu- ja kudostasolla sekä lajispesifisesti, mistä  johtuukin  erot poxvirusten isäntäkirjoissa ja virulensseissa.

The successful replication of poxviruses depends on their effective manipulation of the host antiviral responses, at the cellular-, tissue- and species-specific levels, which constitutes a molecular basis for differences in poxvirus host range and virulence.

•  On tunnistettu   koejärjestelmien avulla joukko poxviruksen geenejä, joissa on  isäntäspesifisyyden funktioita ja monet näistä kohdistuvat   isäntäkeholle spesifiseen  antiviraaliin tiehen

 A number of poxvirus genes have been identified that possess host range function in experimental settings, and many of these host range genes target specific antiviral host pathways. 

•  Tässä otsikon katsauksessa kohdistutaan  poxvirusten biologiaan, isäntäkehokirjoon,sitä määrääviin geenifunktioihin,  zoonoottisiin tulehduksiin, virulenssiin, genomitutkimuksiin ja miten interaktiot isäntäkehon  luonnollisen immuniteetin kanssa  vaikuttavat osaltaan  isäntäkirjon  ja virulenssin.

Herein, we review the biology of poxviruses with a focus on host range, zoonotic infections, virulence, genomics and host range genes as well as the current knowledge about the function of poxvirus host range factors and how their interaction with the host innate immune system contributes to poxvirus host range and virulence. 

•  Tutkijat  ottavat keskustelunsa aiheeksi  poxvirusten isännän valinnan ja virulenssin evoluution ja  isännän vaihdot ja mahdolliset rokkoviruksista käsin ihmisten ja eläinten terveyteen kohdistuvat uhkat.

 We further discuss the evolution of host range and virulence in poxviruses as well as host switches and potential poxvirus threats for human and animal health.


Wikipedia 2013  mainitsee  VACCINIA viruskäsitteestä seuraavaa:

•  Vaccinia virus (VACV, VV) on lähisukulainen sille virukselle, joka aiheuttaa lehmärokkoa. Historiallisesti ottaen näitä kahta on pidetty samana viruksena. Myös puhvelirokkovirus  muistuttaa vaccinia-virusta.

Vaccinia virus (VACV,VV)   is closely related to the virus that causes cowpox; historically the two were often considered to be one and the same.

•   Tarkka Vacciniaviruksen alkuperä ei ole tiedossa, koska  ei pidetty kirjaa viruksesta, kun sitä toistuvasti viljeltiin tutkimuslaboratorioissa monta kymmentä vuotta.

 The precise origin of vaccinia virus (VV) is unknown, however, due to the lack of record-keeping as the virus was repeatedly cultivated and passaged in research laboratories for many decades. 

• Yleisimmin mainitaan että vaccinia virus, lehmärokkovirus ja isorokkovirus ovat kaikki  polveutuneet  yhteisestä esiviruksesta. On pohdiskeltu myös, jos  vacciniavirusta  olisi  eristetty alunperin  hevosista. 

The most common notion is that vaccinia virus, cowpox virus, and variola virus (the causative agent of smallpox) were all derived from a common ancestral virus. There is also speculation that vaccinia virus was originally isolated from horses

NIDOVIRALES.Tarkkailtavat Coronavirukset. MERS-CoV

http://www.who.int/csr/don/2013_12_02/en/index.html
MERS-CoV  sai alkunsa kameleista ihmiseen .
http://www.who.int/csr/don/archive/disease/coronavirus_infections/en/index.html

NIDOVIRALES. SARS-CoV reseptori ihmiskehossa on ACE2

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?cmd=retrieve&dopt=default&rn=1&list_uids=59272

 The protein encoded by this gene belongs to the angiotensin-converting enzyme family of dipeptidyl carboxydipeptidases and has considerable homology to human angiotensin 1 converting enzyme. This secreted protein catalyzes the cleavage of angiotensin I into angiotensin 1-9, and angiotensin II into the vasodilator angiotensin 1-7. The organ- and cell-specific expression of this gene suggests that it may play a role in the regulation of cardiovascular and renal function, as well as fertility. In addition, the encoded protein is a functional receptor for the spike glycoprotein of the human coronaviruses SARS and HCoV-NL63. [provided by RefSeq, Jul 2008]


KOMMENTTI:
Wikipedialähde:
ACE2 entsyymiä koodava geeni on ACE2 ja se sijaitsee X- kromosomissa.

CDC artikkeli:
Sairastuneitten  miesten suhde sairastuneisiin naisiin on 1.6: 1.0.

 http://www.cdc.gov/mmwr/preview/mmwrhtml/mm6238a4.htm

NIDOVIRALES Coronaviruksista vuonna 2013. MERS- CoV mainitaan

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=MERS-CoV+reservoir+host

 Vaikeaa  (S, severe) akuuttia (A, acute)   hengitystieoireyhtymää (R, respiratory , S, syndrome  aiheuttavaa koronavirusta (SARS CoV)  on jäljitetty tarkasti.  SARS-taapusten jälkeen  on viime aikoina ollut huomionkohteena toinen koronaviruskin:  Keski-Idässä (M, Middle, E, East)  on ilmennyt myös erästä  tällainen vaikeamuotoinen  hengitystieoireyhtymää  aiheuttavaa koronavirustulehdusta  ja sillä on nimi: MERS- COV: 

LÄHDE:

J Thorac Dis. 2013 Aug;5(Suppl 2):S118-21. doi: 10.3978/j.issn.2072-1439.2013.06.19. Tracing the SARS-coronavirus. Chan PK, Chan MC. SourceDepartment of Microbiology, The Chinese University of Hong Kong, Prince of Wales Hospital, Shatin, New Territories, Hong Kong Special Administrative Region, People's Republic of China.

TIIVISTELMÄ (Abstract)

•  Ihmisisä esiintyy neljä endeemistä coronavirusta  ja ne ovat liittyneet lieviin  hengitystieinfektioihin. (Eihän ennen SARS- virusta  osattu edes odotaa coronaviruksista mitään vaaraa!) 

 Endeemiset coronavirukset ovat 
HCoV-229E
HCoV-OC43
HCoV-NL63
HCoV-HKU1
Vakavaa hengitystieoireyhtymää aiheuttavat coronavirukset ovat:
SARS-CoV
MERS-CoV

Four coronaviruses (HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-HKU1) are endemic in humans and mainly associated with mild respiratory illnesses; whereas the other two coronaviruses [Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARS-CoV) and Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV)] present as emerging infections causing severe respiratory syndrome.

•  CORONAVIRUKSET  tekevät evoluutiota  keräämällä pistemutaatioita ja rekombinoimalla genomista materiaansa  eri kantojen tai eri lajien kesken.

 Coronaviruses evolve by accumulation of point mutations and recombination of genomes among different strains or species.

• Nisäkkäiten coronavirukset mukaan lukien ihmisen coronavirukset ovat  aikojen kuluessa evoloituneet lepakoiten coronaviruksista käsin.

Mammalian coronaviruses including those infect humans are evolved from bat coronaviruses. 

•  Mitä tulee näihin  ihmiskunnalle uusiin viruksiin  SARS-CoV ja MERS-CoV,  ne ovat geneettisesti lähisukulaisia  lepakon coronavirusten kanssa, mutta  lepakkovirusten käyttämät  väli-isännät , osallistuvat todennäköisesti  virusinfektion  vahventamiseen ja  laajentamiseen  ja taudinvälittymiseen yli lajirajan.

While SARS-CoV and MERS-CoV are genetically closely related to bat coronaviruses, intermediate host(s) is (are) likely to be involved in the emergence and cross-species transmission of these novel human viruses. 

•  Naamapalmusivettiilajista  ja  supikoirasta ruokatoreilta kerätyt näytteet ovat osoittaneet o niissä  suurta SARS-in kaltaisten virusten esiintymää   samoihin aikoihin kun ihmisillä  puhkeaa  SARS- tautia.  Mutta nämä eläimet  ovat pikemminkin  vaäliaikaisia satunnaisia isäntiä  kuin pinttyneitä reservoaareja.  . On tarvetta lisätutkimuksiin  coronavirusekologian  selvittämiseksi . Olisi tärkeää pitää valppaasti silmällä coronaviruksista ilmaantuvia  uusia viruksia, jotta  ne  tulisivat heti tunnistetuiksi. 

High prevalence of SARS-like coronaviruses have been found from masked palm civet cats and raccoon dogs collected from markets around the time of outbreaks in humans, but these animals are likely to be a transient accidental host rather than a persisting reservoir. More research is needed to elucidate the ecology of coronaviruses. Vigilance and surveillance should be maintained to promptly identify newly emerged coronaviruses.

Avainsanat, KEYWORDS:

Severe acute respiratory syndrome (SARS), animal reservoir, coronaviruses (CoV), evolution

NIDOVIRALES: Yllättävä pandeminen virus Coronaviruksista oli SARS-CoV 2003-2004

http://en.wikipedia.org/wiki/SARS_coronavirus

Wang L-E, Eaton BT. Bats, Civets and the Emergence  of SARS.
In: Wildlife and Emerging Zoonotic Disease: The Biology, Circumstances and Consequences of Cross-Species Transmission. 2007. Springer ISBN 978-3-540-70961-9

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17848070

Alkuperäinen reservoaari ( Hr) löytyi lepakoista. BAT = lepakko; fladdermus.

Väliisäntänä, jossa infektio vahvistui, toimi  muutama eläin kuten  eräs sivettilaji jasupikoira.

Masked  Palm Civet,  Paguma larvata  Tämä on  sivettilaji. naamiopalmusivetti  ja sitä kasvatetaan farmeilla ja farmeilta viedään markkinoille lihaeläimenä. kauko-idässä, varsinkin E- Kiianssa.
http://en.wikipedia.org/wiki/Paguma_larvata
Ruotsalainen nimi on maskpalmmård.  Entinen suomalainen nimi oli naamaripalmunäätä.

Raccoon dog, Nyctereutes procyonoides  Tämä on suomeksi supikoira ja ruotsiksi mårdhund.
 http://en.wikipedia.org/wiki/Raccoon_dog

Näitä eläimia tuotiin markkinoille ja  henkilöt jotka olivat ammateissa, missä käsiteltiin  myytävää eläintä  tai näitten eäinten ruhoja,  saivat kontaktitartuntoja.   Tartunnalle  alttiiita eläimiä havaittiin tositakymmentä kuten rhesus apinat, makit,  afrikan vihreät apinat, kissat , ferretit, hiiret, jopa possu, hamsterit, marsut.

Alkuperäksi kuitenkin osoittautui lepakkolajit,  "hevosenkenkänokkainen" lepakko, hästskonäsan,  Horseshoe bat.
Esim. Kiinan  horseshoe bat, genus Rhinolopus sinicus , perhe Rhinolophidae, kantoi 39%:ssa  yksilöitä   geneettistä materiaalia, joka oli SARS-CoV kaltaista.  useita lepakkolajeja on tutkittu.  lepakoiten genomissa on  S- geenissä eräs 29nt- sekvenssi, joka deletoituu  viruksen adaptoituessa väli-isännissä  ja muuttuessa sitten myöhemmin helpommin ihmisestä toiseen siirtyväksi.

Lepakoita on hyvin paljon ja ne ovat monen viruksen reservoaari.Sitäpaitsi niitäkytetään kaukoidässä myös ravintona, jolloin pelkkä lepakon pyynti altista  lepakkoviruksille.  osa lepakoista on hedelmänsyöiä, joten virsuta voi tulla niiten puremista hedelmistäkin. 
 https://www.google.se/#q=roasted+bat

Ensimmäinen SARS purkauma oli  2002- 2003. Virus oli silloin hyvin patogeeninen
Toinen isompi purkautuma taopahtui 2003- 2004.

Vuonna  2003 identifioitiin SARS CoV reseptori ihmisessä. Se on metallopeptidaasi, angiotensiiniä konvertoiva entsyymi ACE2. Viruksen S- proteiini kiinnittyy  hanakasti ACE2 entsyymiin ihmislellä ja sivettieläimellä.

Ihmisestä ihmiseen tapahtunut tartunta 2003- 2004 oli tavattoman nopeaa. eräs  SARS CoV:lla infektoitunut lääkäri matkusti Kiinasta Hong Kongiin konferenssiin. Näin . yhdestä henkilöstä virus sitten levisi koko maailmaan   SSE tapauksina, superspeeding events, super nopeina leviämisinä-  hotellit, sairaalat ja lentomatkat  olivat osa tekijöitä nopeuttamassa  niin että  alle viidessä kuukaudessa oli ihmisestä toisen siirtyvää tautia jo 30 eri maassa  kaikissa viidessa manneralueessa. Raportoituja tapauksia tuli 8098 ja menehtyneitä oli 774 heinäkuun  2003 loppuun mennessä.  Toimenpitet olivat radikaalit  tartunnan leviämisen tyrehdyttämiseksi. kauta maailman.
WHO antaa tästä enemmän tietoa:

 http://www.who.int/topics/sars/en/

SMI.se antaa yleistietoa taavllisista coronaviruksista ja mainitsee artikkelissa myös SARS-CoV ja MERS- CoV.
http://www.smi.se/sjukdomar/coronavirus/

NIDOVIRALES 2011 uusi ryhmä löydetty: Mesoniviridae, infektoi moskiittoja

http://en.wikipedia.org/wiki/Mesoniviridae

The discovery and phylogenetic analysis of four additional mesoniviruses in 2013, named Hana virus, Méno virus, Nsé virus and Moumo virus, has suggested that they represent at least three new species of mesoniviruses.^[5] Additionally, in 2014 four potentially new species were discovered in Australia, Indonesia, and Thailand, named Casuarina virus, Karang Sari virus, Bontag Baru virus, and Kamphaeng Phet virus, respectively.^[3][6] As of February 2015, these discoveries have yet to be ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).

Structure and genome

 

Members of this family are enveloped, spherical in shape and 60–80 nm in diameter with club-shaped surface spikes. There are eight major structural proteins, including a nucleocapsid protein (25 kDa in weight), four differentially glycosylated forms of the membrane protein (20, 19, 18 and 17 kDa) and the spike (S) protein (77 kDa), which is cleaved to produce two S protein subunits (23 and 57 kDa).^[5][7]
The genomes are linear, positive-sense, polycistronic, single-stranded RNA, and are about 20,000 nucleotides in length, with a 3' poly(A) tail and seven major open reading frames (ORFs). Two overlapping ORFs are at the 5'-end, encoding the major non-structural proteins and are expressed as a fusion protein by ribosomal frameshift. ORFs 1a and 1b contain six replicase domains, as well as the 3'-5' exoribonuclease (ExoN) that controls RNA replication fidelity and a 2'-O-methyltransferase, both of which are found in larger nidoviruses. ORF 1b also encodes an N7-methyltransferase.^[2][7]

History

The family is relatively new, having only been discovered in 2011. The first virus, which was named Nam Dinh virus, was found in the Vietnamese province of Nam Định.^[2] The second virus, named Cavally virus, was then found in Côte d'Ivoire.^[7] These two viruses were later found to be of the same species. A third member of this first species, named Dak Nong virus, was later found in Culex tritaeniorhynchus populations in Vietnam.^[8] In 2013, four more mesoniviruses were discovered in mosquito populations, all within Côte d'Ivoire,^[5] and in 2014 four mesoniviruses were discovered in mosquito populations in Australia,^[6] Indonesia, and Thailand.^[3]

unranked):	Virus
Realm:	Riboviria
Phylum:	incertae sedis
Order:	Nidovirales
Suborders and Families[1]
Abnidovirineae Abyssoviridae Arnidovirineae Arteriviridae Cornidovirineae Coronaviridae Mesnidovirineae Medioniviridae Mesoniviridae Monidovirineae Mononiviridae Ronidovirineae Euroniviridae Roniviridae Tornidovirineae Tobaniviridae

Electron micrograph of negatively stained NDiV virions
Virus classification
(unranked):	Virus
Realm:	Riboviria
Phylum:	incertae sedis
Order:	Nidovirales
Suborder:	Mesnidovirineae
Family:	Mesoniviridae
Subfamily:	Hexponivirinae
Genus:	Alphamesonivirus
Subgenera and Species
Casualivirus Alphamesonivirus 4 Enselivirus Alphamesonivirus 8 Hanalivirus Alphamesonivirus 5 Kadilivirus Alphamesonivirus 7 Karsalivirus Alphamesonivirus 2 Alphamesonivirus 3 Menolivirus Alphamesonivirus 9 Namcalivirus Alphamesonivirus 1 Ofalivirus Alphamesonivirus 6