Science- lehden artikkelista (4) Nykyisen Ebolapurkauksen fylogeneettinen esiviruksen määrittely

 Ebolavirusten fylogeneettinen vertailu:
  Aiempien purkausten kaikki 20 genomia viittaavat siihen, että  vuoden 2014 Länsi-Afrikan virus todennäköisesti  levisi  Keski-Afrikasta viimeksi kuluneen vuosikymmenen aikana.  Fylogeneettinen  juurten selvillesaaminen käyttämällä divergenssiä toisten  ebolavirusten suhteen on ongelmallista. (Kuva 2A ja kuva S6).  Kuitenkin selvittelemällä vanhimman purkauksen juuripuuta selkenee  vahva korrelaatio näytteenottopäivämäärän ja juuresta latvaan etäisyyden kesken ja siinä  havaitaan substituutiovauhti 8 x 10 E(-4)/sijaintikohta/ vuosi ( Kuva 2B ja kuva S7)  Tämä viittaa siihen, että  aivan  tuoreimpien purkausten sukupuut kaikki  ovat lähtöisin  yhteisestä alkuperäisviruksesta ja  suurin piirtein  samaan aikaan  noin vuonna 2004 (Kuva 2C ja kuva 3A), mikä taas tukee oletusta, että jokainen  purkaus edustaa  itsenäistä  zoonoositapahtumaa samasta, geneettisesti  erilaisten    virusten populaatiosta  sen luonnollisessa reservoaarissa.

Phylogenetic comparison to all 20 genomes from earlier outbreaks suggests the 2014 West African virus likely spread from Middle Africa within the last decade. Rooting the phylogeny using divergence to other ebolavirus genomes is problematic (Fig. 2A and fig. S6) (6, 13). However, rooting the tree on the oldest outbreak reveals a strong correlation between sample date and root-to-tip distance, with a substitution rate of 8x10⁻⁴/site/year (Fig. 2B and fig. S7) (13). This suggests that the lineages of the three most recent outbreaks all diverged from a common ancestor at roughly the same time c. 2004 (Fig. 2C and Fig. 3A), supporting the hypothesis that each outbreak represents an independent zoonotic event from the same genetically diverse viral population in its natural reservoir.

View larger version:

• In this page
• In a new window

• Download PowerPoint Slide for Teaching

•  Kuva 2. Purkausvälien suhde

Fig. 2 Relationship between outbreaks.

(A) Unrooted phylogenetic tree of EBOV samples; each major clade corresponds to a distinct outbreak (scale bar = nucleotide substitutions/site).

 (B) Root-to-tip distance correlates better with sample date when rooting on the 1976 branch (R² = 0.92, top) than on the 2014 branch (R² = 0.67, bottom).

 (C) Temporally rooted tree from (A).

 Geneettinen samankaltaisuus kautta tämän vuoden (2014)  sekventoitujen  näytteiden viittaa  yksinkertaiseen taudin tarttumiseen  luonnollisesta  reservoaarista, mitä sitten seurasi ihmisestä toiseen tarttuminen purkauksen kuluessa. Molekulaarinen ajoitus sijoittaa kaikkien sekventoitujen guinealaisten (GN)  ja sierraleonelaisten (SL)  virussukupuulinjojen  yhteisen esiviruksen  suunnilleen helmikuun 2014 loppuun (Kuva 3B), kun kolme kuukautta oli kulunut varhaisimmasta  epäillystä tapauksesta Guineassa, mikä yhteensulautuminen olisi epätodennäköistä, jos olisi ollut multippeleita tartuntoja luonnon reservoaarista. Täten -  päinvastoin kuin eräissä aiemmissa  ebolavirustaudin purkauksissa- altistuksen jatkuminen   ihmisen ja  reservoaarin kesken ei ole se  todennäköinen  osatekijä , mikä on  vaikuttamassa  tämän epidemian paisumiseen niillä alueilla, joita  saatavilla oleva  sekvensoitu tietue edustaa

Genetic similarity across the sequenced 2014 samples suggests a single transmission from the natural reservoir, followed by human-to-human transmission during the outbreak. Molecular dating places the common ancestor of all sequenced Guinea and Sierra Leone lineages around late February 2014 (Fig. 3B), three months after the earliest suspected cases in Guinea (3); this coalescence would be unlikely had there been multiple transmissions from the natural reservoir. Thus, in contrast to some previous EVD outbreaks (14), continued human-reservoir exposure is unlikely to have contributed to the growth of this epidemic in areas represented by available sequence data.