Leta i den här bloggen

onsdag 25 mars 2020

Caspase-1 ( Wikipedia tietoa). Gasdermiini D aukkoja

https://en.wikipedia.org/wiki/Caspase_1
pelkkä kaspaasi-1 näyttää riittävän  Gasdermiinin pilkkoamiseen.
intgerleukiinit  IL-1b ja IL-18  eivät ilmeisesti  vaikuta siihen  GasdermiiniD- aukon tekemiseen vaan niiden  ilmeneminen tapahtuu sen aukon avulla. Jos aukkoa ei mudoostu, ne jäävät solun sisään. erään tiedon mukaan. Siis olennaista on kaspaasi-1.n aktivoituminen gasdermiini D kanavan muodostumiseen pikkuhiljaa.  Miten hanakasti se tukee pelkkää kanavaa ilman ilman monomeerin löytämää  kohdetta, esim bakteeria tai parasiitti? Siis pelkän solustressin takia viruksen ollessa sille näkymätön.  Kanava sinänsä on  edullinen virukselle, koska sen omat kanavat ovat pieniä ja ehkä niisä lie vielä jotain joniselektiivisyytäkin. tässä  kun ei ole joniselektiivisyyttä vaan se hävittää   membraanipotentiaalin tarvitsemat jonitasapainot   nopeasti ja päästää  vettä  soluun.
Se on tosiaan huomionarvoinen  kohde tällä kertaa.  Siitä tuleva tieto on aika tuoretta, viime joulukuulta  ja muutenkin vain parilta viime vuodelta on enemmän tietoa.

https://www.embopress.org/doi/abs/10.15252/embj.201798321

 Huom  kuvan pyörylät ovat gasdermiiniaukkoja eikä viruksia!
Abstract
Gasdermin‐D (GSDMD), a member of the gasdermin protein family, mediates pyroptosis in human and murine cells. Cleaved by inflammatory caspases, GSDMD inserts its N‐terminal domain (GSDMDNterm) into cellular membranes and assembles large oligomeric complexes permeabilizing the membrane. So far, the mechanisms of GSDMDNterm insertion, oligomerization, and pore formation are poorly understood. Here, we apply high‐resolution (≤ 2 nm) atomic force microscopy (AFM) to describe how GSDMDNterm inserts and assembles in membranes. We observe GSDMDNterm inserting into a variety of lipid compositions, among which phosphatidylinositide (PI(4,5)P2) increases and cholesterol reduces insertion. Once inserted, GSDMDNterm assembles arc‐, slit‐, and ring‐shaped oligomers, each of which being able to form transmembrane pores. This assembly and pore formation process is independent on whether GSDMD has been cleaved by caspase‐1, caspase‐4, or caspase‐5. Using time‐lapse AFM, we monitor how GSDMDNterm assembles into arc‐shaped oligomers that can transform into larger slit‐shaped and finally into stable ring‐shaped oligomers. Our observations translate into a mechanistic model of GSDMDNterm transmembrane pore assembly, which is likely shared within the gasdermin protein family.'

 image

Gasdermiini D:n osuus COVID-19 tulehduksissa

Kerään tähän linkkiä Gasdermiinin osuudesta:
Tässä mainitaan että  sensoriteitse esim  solustressistä aktivoitunut Gasdermiinin kehittyminen  antaisi signaalina IL-1beta ja IL 18. 
Katson onko niistä mainintaa jossain.
https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S2319417017302780-gr1_lrg.jpg 
Nikotiini aiheuttaa niitä:  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31835256

Viroporiinista  mainitaan  että se aktivoi inflammasomin ja aiheuttaa mainitut interleukiinit ... siis aika varhain.  Viroporiinin aiheuttama  solustressi ja  kalsiumin ja muiden jonien epätasapaino tunnistuu, vaikka  virusgenomia ei havaittaisikaan ja tässä käsittääkseni  GSDMD  pääsee  vähitellen myös raekntamaan sen lisäaukon kun gasdermin D myös pilkkoutuu  . Riittääkö sen pilkkoamiseen pelkkä kaspaasi -1? Ilmeisesti riittää, mutta  varmastikin  nopeammin tapahtuu  sen muodostuminen jos on myös TLR- tietä  tapahtunutta kaspaasien muodostusta lisäksi.   Viroporiinin aukko ei voi olla kovin suuri, muta kun viroporiini on  aktivoinut inflammasomin ja saanut aikaan  gasdermiiniaukkojen muodostuksen,  Nesteaukot  10-14 nm  toimivat   ilman jonisensitiivisyyttä ja  vettä tulvii soluun  ja solu paisuu, samalla solusta virtaa  tekijöitä ulos. Ilmeiseti virus  kaapaa tämän solun  puolustusfunktion  stressireaktiovälitteisesti.  Tuo iso kanava on tarkoitettu  isompien mikrobien esim EHEC  ym , bakteereiden ja parasiittien pois saamiseksi solusta ja  tappamiseksi  niin solun sisällä kuin solun ulkopuolella. Sen takia  GasderminD  omaa  pätevän pääsyn kaikkiin solukalvoihin, sen kohdemolekyylit ovat fosfoinositolilipidit , fosfatidyyliseriini ( plasmamembraanin sisäkalvossa, , fosfatidyylietanolamini kalvon sisä-keskiosissa,  fosfotidihappo (sytoplasmassa) ja jopa kardiolipiini, jota on vain mitokondrian sisäkalvoissa.  Lisäksi  se tekee interaktion niihin  fosfatidyyliinositolimuotoihin joita  tuman sisäpuolella ensisijaisesti  valitaan ( muotoja joissa  on  4 tai 5 aseman fosfaatti).   Gasdermin D  molekyylin N-terminaaliset osat  puhkaisevat reikiä  soluun  solutilojen  sisäpuolelta  noudattaen  lipidikerrosten lipidien hierarkiaa.   Aluksi varmaan vain pieni reikä, josta vesi pääsee soluun, kaliumit ulos, kalsiumia sisään ja niin  turvottamaan solun pyöreäksi mikä jo mekaanisesti levittää kanavaa.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32156572
2020 Mar 7;122:105738. doi: 10.1016/j.biocel.2020.105738. [Epub ahead of print]

Viroporins and inflammasomes: A key to understand virus-induced inflammation.

Abstract

Viroporins are virus encoded proteins that alter membrane permeability and can trigger subsequent cellular signals. Oligomerization of viroporin subunits results in formation of a hydrophilic pore which facilitates ion transport across host cell membranes. These viral channel proteins may be involved in different stages of the virus infection cycle.

Inflammasomes are large multimolecular complexes best recognized for their ability to control activation of caspase-1, which in turn regulates the maturation of interleukin-1 β (IL-1β) and interleukin 18 (IL-18). IL-1β was originally identified as a pro-inflammatory cytokine able to induce both local and systemic inflammation and a febrile reaction in response to infection or injury. Excessive production of IL-1β is associated with autoimmune and inflammatory diseases.

Microbial derivatives, bacterial pore-forming toxins, extracellular ATP and other pathogen-associated molecular patterns trigger activation of NLRP3 inflammasomes.

Recent studies have reported that viroporin activity is capable of inducing inflammasome activity and production of IL-1β, where NLRP3 is shown to be regulated by fluxes of K+, H+ and Ca2+ in addition to reactive oxygen species, autophagy and endoplasmic reticulum stress. The aim of this review is to present an overview of the key findings on viroporin activity with special emphasis on their role in virus immunity and as possible activators of inflammasomes.

KEYWORDS:

Inflammasomes; Inflammation; NLRP3; Viroporins; Virus-immunity
PMID:
32156572
DOI:
10.1016/j.biocel.2020.105738

tisdag 24 mars 2020

NLRP3 ja Tyypin I interferonit

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3824101/

ARDS (lyhytvideo, ruots)

https://www.youtube.com/watch?v=gmg0JXE8lng

Eräs selvittämätön seikka uudessa Coronaviruksessa SARS2

https://cellandbioscience.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13578-020-00404-4 
On nimittäin josain mielessä  havaittu SARS CoV2002  pahemmaksi kuin  nykyinen SARS CoV 2-2019, vaikka  minusta  sen tappavuus ei kyllä mikään  " vähempi patogeenisuus" mielestäni ollenkaan.  koska virus on hankkinut sen pandemisen kykynsä tässä aikojen kuluessa.
Kuitenin sanotaan että SARS 1 tekijöillään ORF3a ja ORF8b  indusoi  NLRP3 inflammasomia samoja  ORF.eja taas  ei niissä muodoissaan ole tässä viruksessa, sen sijaan uudella viruksella on jokin lisä proteiinipätkäkin  näistä  ORF-alueista eikä  tiedetä niiden  funktiosta kovin paljoja.  Ne ovat varmaan nsp- kaltaisia tekijöitä.  ja maintiaan vain "ORF3" ja " ORF8"oletettavaa on , että ne tehostavat  kaikkien 16 tunnetun  polyproteiiniperäisen nsp:n monipuolista  funktiota ehkä  viruksen virioninkehittämisohjelman ajoituksessa  tarvitavaia tekijöitä.  Koko  nsp-kirjo on ajoituksesta suuresti riippuvaista.  vähän tyrmäystaktiikalla, hyvä alkutyrmäys ja sitten  työrauhaa vikkelään toimintaan.  En oikeiastaan vielä odotakaan löytäväni karttoja  uuden viruksen vaikutuksesta inflammasomitasoon. muta koetan löytää ensin karttoja  ja tekstejä  vanhoissta SARS- viruksista inflammasomiympäristössä. .

  • The ninth question concerns why SARS-CoV-2 is less pathogenic. If the reduced pathogenicity of SARS-CoV-2 is the result of adaptation to humans, it will be of great importance to identify the molecular basis of this adaptation. The induction of a cytokine storm is the root cause of pathogenic inflammation both in SARS and COVID-19. SARS-CoV is known to be exceedingly potent in the suppression of antiviral immunity and the activation of proinflammatory response. It is therefore intriguing to see how SARS-CoV-2 might be different from SARS-CoV in interferon-antagonizing and inflammasome-activating properties. It is noteworthy that some interferon antagonists and inflammasome activators encoded by SARS-CoV are not conserved in SARS-CoV-2. Particularly, ORF3 and ORF8 in SARS-CoV-2 are highly divergent from ORF3a and ORF8b in SARS-CoV that are known to induce NLRP3 inflammasome activation. ORF3 of SARS-CoV-2 is also significantly different from the interferon antagonist ORF3b of SARS-CoV. Thus, these viral proteins of SARS-CoV and SARS-CoV-2 should be compared for their abilities to modulate antiviral and proinflammatory responses. The hypothesis that SARS-CoV-2 might be less efficient in the suppression of antiviral response and the activation of NLRP3 inflammasome should be tested experimentally.


Selaillessani  KARTTOJA INFLAMMASOMISTA HAVAITSIN YHDEN ARTIKKELIN JOSSA OLI  ASSOSIOITU Covid-19  ja  NLRP3  MYÖS KUTEN  AIEMMIN ASSOSIOITIIN   Sars coV ja NLRP3.
Luin artikkelin. se vaikuttaa yhden henkilön teorialta.
 https://www.evolutamente.it/category/doris-loh/Tässä on sarja  näitä  eri näkökohtia. Otan sen  NLRP3:n yhteydessä  mainitun kohdan. Yllätyksekseni se assosioidaan melatoniiniin.
Monessa kohtaa olen samaa mieltä, patisi   ACEI ja ARb lääkityksen suhteen, koska ne eivät kohdistu entsyymi ACE2- molekyyliin ollenkaan ja ovat mielestäni  hyödyksi koska mahdollisesti kehittyy hypoertensiota jos ACE2- molekyyliä pääsee paljon tuhtuumaan ja ACE-entsyymi  pääsee vallalle , ja  juuri  sitä ylivaltaa  vastaan ACEI ja ARB ovatkin, järjestelmän  vasokonstrikipuolen ylisäätymistä vastaan, ACE2  vastaa dilataatiofunktiosta.  Hyvä maininta on NO, sillä  se kuuluu RAAS järjestelmään ja verisuoniston  tilavuuden ylläpitoon.  Mitä tulee Melatoniiniin, mielstäni kaikki  sadat tuhannet karanteeniin määrätyt voivat nostaa melatoniininsa vain nukkumalla yönsä pimeässä huoneessa  ilman  yövaloa.   Melatoniin säätöä tehostaa jos aamulla vilkaisee   valoisaa   ulkoilmaa kun hengittää raikasta aamuilmaa ja tuulettaa keuhkojaan. Melatoniini muodostuu aminohapoista.  ja aivoon  siirtyy aromaattisia (AA)  ja haaraketjuisia (BCAA)  aminohappoa  eli isoja neutraaleja aminohappoja (LNAA)  circadisen rytmin mukaan ja siihen sopii että syö  aamuisi maitoproteiineja aamiaisella, munaa, maitoa, leipää, ym ja keskipäivällä esim  lpapusoppaa, kalaa, linsejä ym  josita tulee runsaasti  näitä  laatuja, sillä niillä on sitten  kilpailunsa  aivoon pääsystä ja  se on tasapainoisinta  vuorokaudelle jos  niitä on syöty päiväsaikaan jo aamusta.  Sitten  on  materiaalia sille  melatoniinia  muodostua pimeässä.  Aminohappojen keskinäisessä  kilpailussa  tryptofaani josta melatoniini lopulta muodostuu,  on  eräänlainen rajoittava tekijä,  sitä on aika vähän joissain ruoissa, että on paras  katsoa  ravintonsa sen verran monipuoliseksi, että sitäkin tulee.  Ei pitäisi harrastaa  proteiinia vain  kaikken maukkaimmassa ja kulinaarisimmassa muodossaan, sillä siinä  arvokkaat aminohapot ovat    monta kertaa pelkkää muistoa omasta  itsestään, eli itsensä aminimuotoja, joista  ei voi rakentaa  kehon proteiinimuotoja.  Sen takia  tuollaiset  kylmät  proteiinit, kuten jogurtit, rahkat, maidot, tuorejuustot, pähkinät, mantelit, hiutaleet, myslit, ovat eduksi. Kananmunakin voi  keittää  vähälläkin ajalla ettei se nyt ole  aivan kivikova tai paistaa niin että se juuri ja juuri muuttuu hyväksi omeletiksi eikä ole mikään   tärkätty ruskeareunainen pitsi.



söndag 22 mars 2020

MERS-CoV ja Bat CoV HKU4 HKU5 kuuluvat betakoronavirusten samaan linjaan 2C.

2015 Sep 1;23(17):6036-48. doi: 10.1016/j.bmc.2015.06.039. Epub 2015 Jun 19.

Targeting zoonotic viruses: Structure-based inhibition of the 3C-like protease from bat coronavirus HKU4--The likely reservoir host to the human coronavirus that causes Middle East Respiratory Syndrome (MERS).

The bat coronavirus HKU4 belongs to the same 2c lineage as that of the deadly Middle East Respiratory Syndrome coronavirus (MERS-CoV) and shows high sequence similarity, therefore potentiating a threat to the human population through a zoonotic shift or 'spill over' event. To date, there are no effective vaccines or antiviral treatments available that are capable of limiting the pathogenesis of any human coronaviral infection. An attractive target for the development of anti-coronaviral therapeutics is the 3C-like protease (3CL(pro)), which is essential for the progression of the coronaviral life cycle. Herein, we report the screening results of a small, 230-member peptidomimetic library against HKU4-CoV 3CL(pro) and the identification of 43 peptidomimetic compounds showing good to excellent inhibitory potency of HKU4-CoV 3CL(pro) with IC50 values ranging from low micromolar to sub-micromolar. We established structure-activity relationships (SARs) describing the important ligand-based features required for potent HKU4-CoV 3CL(pro) inhibition and identified a seemingly favored peptidic backbone for HKU4-CoV 3CL(pro) inhibition. To investigate this, a molecular sub-structural analysis of the most potent HKU4-CoV 3CL(pro) inhibitor was accomplished by the synthesis and testing of the lead peptidomimetic inhibitor's sub-structural components, confirming the activity of the favored backbone (22A) identified via SAR analysis. In order to elucidate the structural reasons for such potent HKU4-CoV 3CL(pro) inhibition by the peptidomimetics having the 22A backbone, we determined the X-ray structures of HKU4-CoV 3CL(pro) in complex with three peptidomimetic inhibitors. Sequence alignment of HKU4-CoV 3CL(pro), and two other lineage C Betacoronaviruses 3CL(pro)'s, HKU5-CoV and MERS-CoV 3CL(pro), show that the active site residues of HKU4-CoV 3CL(pro) that participate in inhibitor binding are conserved in HKU5-CoV and MERS-CoV 3CL(pro). Furthermore, we assayed our most potent HKU4-CoV 3CL(pro) inhibitor for inhibition of HKU5-CoV 3CL(pro) and found it to have sub-micromolar inhibitory activity (IC50=0.54±0.03μM). The X-ray structures and SAR analysis reveal critical insights into the structure and inhibition of HKU4-CoV 3CL(pro), providing fundamental knowledge that may be exploited in the development of anti-coronaviral therapeutics for coronaviruses emerging from zoonotic reservoirs.

KEYWORDS:

3C-like protease; Broad-spectrum inhibitors; Coronavirus; HKU4; HKU5; MERS; Peptidomimetic compounds; Protease inhibitors; SARS; Zoonotic reservoir
PMID:
26190463
PMCID:
PMC5433438
DOI:
10.1016/j.bmc.2015.06.039
[Indexed for MEDLINE]
Free PMC Article

Theofylliini ja riboswitch

https://academic.oup.com/nar/article/44/18/9005/2468359https://academic.oup.com/nar/article/44/18/9005/2468359

Theophylline, also known as 1,3-dimethylxanthine, is a methylxanthine drug used in therapy for respiratory diseases such as chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and asthma under a variety of brand names. As a member of the xanthine family, it bears structural and pharmacological similarity to theobromine and caffeine, and is readily found in nature, being present in tea (Camellia sinensis) and cocoa (Theobroma cacao). A small amount of theophylline is one of the products of caffeine metabolic processing in the liver.[1]

https://en.wikipedia.org/wiki/Theophylline

Original Article | Open Access
Volume 2 |Article ID 607278 | 7 pages | https://doi.org/10.1093/ecam/neh081

Inhibition of SARS-CoV 3C-like Protease Activity by Theaflavin-3,3'-digallate (TF3)


Chia-Nan Chen,1 Coney P. C. Lin,1 Kuo-Kuei Huang,1 Wei-Cheng Chen,1 Hsin-Pang Hsieh,1 Po-Huang Liang,2 and John T.-A. Hsu1,3
1Division of Biotechnology and Pharmaceutical Research, National Health Research Institutes, Taipei, Taiwan
2Institute of Biological Chemistry, Academia Sinica, Taipei, Taiwan
3Department of Chemical Engineering, National Tsing Hua University, Hsinchu, Taiwan