Leta i den här bloggen

torsdag 2 september 2021

Supikoira (mårdhund). raccoon dog ja -Sars-2 koronavirusalttius?

 

. 2020 Dec;26(12):2982-2985.
doi: 10.3201/eid2612.203733. Epub 2020 Oct 22.

Susceptibility of Raccoon Dogs for Experimental SARS-CoV-2 Infection

Free PMC article

Abstract

Raccoon dogs might have been intermediate hosts for severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus in 2002-2004. We demonstrated susceptibility of raccoon dogs to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 infection and transmission to in-contact animals. Infected animals had no signs of illness. Virus replication and tissue lesions occurred in the nasal conchae.

Keywords: 2019 novel coronavirus disease; COVID-19; Nyctereutes procyonoides; SARS-CoV-2; coronavirus; coronavirus disease; raccoon dogs; respiratory infections; severe acute respiratory syndrome coronavirus 2; susceptibility; transmission; viruses; zoonoses.

Panzoonoosiko vaarana?

. 2020 Dec 31;56(2):65-66.
doi: 10.12834/VetIt.2375.13627.1. Epub 2020 Sep 9.

Could Mustelids spur COVID-19 into a panzootic?

Affiliations

Abstract

The ongoing pandemic caused by SARS-CoV-2 has spilled over into humans from an animal reservoir. Notably, the virus is now spilling back into a variety of animal species. It appears striking that American (Neovison vison) and European (Mustela vison) minks are the first intensively farmed animal to experience outbreaks. Neither of these have occurred in Asia or Africa but rather in Europe - namely Spain, Denmark, Netherlands and in the US, at a mink farm in Utah. Current evidence indicates that the virus was transmitted to the animals through infected human workers on the farm.At the time of writing, SARS-CoV-2 infection has not been documented in any other intensively farmed species, suggesting that mustelids may exhibit a higher susceptibility to the virus. Studies have shown that domestic ferrets have an extremely low resistance to COVID-19 infection (Shi et al. 2020). Mustelids comprise approximately 60 different species (Kollas et al. 2015) and are widely distributed across a number of habitats, both aquatic (marine and freshwater), and terrestrial (prairies, steppes, tundra, forests). Several wild mustelids (villit NÄÄTÄELÄIMET) have become acclimated to urban areas - such as raccoons, otters (SAUKOT,Lutra lutra ) and badgers (MÄYRÄT, Meles meles ) , and some are raised in households as pets - such as ferrets (FRETIT, HILLEREISTÄ jalostetut) . The latter are perhaps at greater risk of infection than their cousins inhabiting the wild, but it is the former that we should be most worried about. If infection by SARS-CoV-2 spills into wild mustelids, these have the potential to become a permanent reservoir of infection for other animal species. Such a scenario has been seen before with rabies in raccoons (PESUKARHUT)  and skunks (HAISUNÄÄDÄT, Musteloidea, Mephitidae) (Rupprecht et al. 1995) and with bovine tuberculosis in badgers (Gallagher and Clifton-Hadley 2000).We believe that it is important to prioritize studies in mustelids on their putative role as reservoirs and amplifiers of SARS-CoV-2 infection in animals and subsequently humans. The development of appropriate surveillance and intervention strategies will determine if mustelids are one of the key links in the chain to the initiation of an unprecedented epochal event: a panzootic.

 

Näätäeläinten alttiudesta koronaviruksille. Mitä näätäeläimiä on olemassa?

The ferret coronavirus is a coronavirus which infects ferrets and is a strain of the species Mink coronavirus 1. The first cases in ferrets were detected in March 1993 in the east coast of the United States. It was previously known as Green Slime Disease. The illness is highly contagious among ferrets, has a short incubation period, and has a mortality rate of about 5 percent. Symptoms include diarrhea and intestinal damage. Less pronounced symptoms are bloody stools, dehydration, lethargy, weight loss, and weakness.[1][2][3][4]

The reason that this disease is sometimes referred to as Green Slime Disease is that Green Slime Disease causes stool to turn dark green and fluorescent.[5]

There are two types of ferret coronavirus. These are ferret enteric coronavirus and ferret systemic coronavirus.[6]   

References


Murray, Jerry; Kiupel, Matti; Maes, Roger K. (2010). "Ferret Coronavirus-Associated Diseases". Veterinary Clinics of North America: Exotic Animal Practice. 13 (3): 543–560. doi:10.1016/j.cvex.2010.05.010. PMC 7110453. PMID 20682435.

 

 NÄÄTÄELÄIMISTÄ  nimien selvitystä itselle ensinnäkin.

 Huomasin tänään WAHIS/OIE listoilla maininnan, että  Ruotsissa jossain Skaran tienoilla on todettu yksi näätäeläimen  Sars-2 koronavirustapaus 31.8.2021.

Tässä  maininnassa  sanottiin vain että kyse on mustelideista, eli jostain näätäeläimestä.

Minkeistähän oli valtava kohu tässä taannoin. ne kuuluvat mustelidae- heimoon. näätäeläimet.


Näätäeläimiä on koko joukko ja tänään kun on se Viikon Viides Päivä, sopii  pitää eläintieteellistä  kertausta siitä luomakunnan osasta.

Näätäeläimiä ovat;

AHMA (Järv), Gulo Gulo. Saksaksi Welfrass. Englanniksi Wolverine. Se on Euroopan suurin näätäeläin ja tosi ahmatti, tappaa yli nälän  tyydyttämisen. 

HILLERI eli lahokas (Iller). Mustela  putorius.Tansk. Ilder.  Saks: Waldiltis. European polecat.

 Mustela = Kärpät

KÄRPPÄ eli portimo.( Hermelin). Mustela erminea.  Engl. European ermine, Short tailed weasel, The Stoat. Saksaksi:  Das Hermelin, Grosses Wiesel, , Kurzschwanzwiesel.

LUMIKKO  eli pieni portimo, Nirppa. Talvikko.  (Vessla), Mustela nivalis,  Tansk. Brud. Saksaksi Mauswiesel. Se on nimittäin pienin näätäeläin.  Engl.  The Little Weasel, Least  weasel.

MÄYRÄ eli metsäsika (Grävling) Meles meles.  Gräevling. Der  europäische Dachs, The European Badger. 

NÄÄTÄ eli mäntynäätä (mård). Martes martes 
 (.Caniformia, 
Musteloidea, Mustelidae, Guloninae,
 Echte Marder, varsinaiset näädät, Mustelinae  . 
Baummarder, Mäntynäätä , The European Pine Marten  = Martes martes) 

SAUKKO  (Utter), Lutra lutra. Tansk.  Odder. Saksaksi: Fischotter. Engl. Eurasian otter. 
Mustelidae.
 Alaheimo Saukot: Lutrinae.
Lutra: Altweltotter, Eurasian otter
Art: lutra
Species: Lutra lutra  Fischotter: Old world otter 
Tämä  laji on Smålannin maakuntaeläin. 

VESIKKO eli tuhkuri. (Flodiller). Mustela lutreola. Tämä on kadonnut Suomesta. 
Saksaksi: Der Nerz.  Engl. The European Mink, Russian Mink. 

SOOPELI eli nokinäätä ei esiinny  Suomessa. Martes zigellina.  Arveltu että  Nokian joki olisi tästä saanut nimensä. Yksi teoria.  Soopeli oli hieno turkiseläin.  Soopelin ja näädän hybridi on "kida".

FRETTI ( tamiller, frett)  on lemmikkieläimen'ä tunnettu  hilleristä jalostettu eläin.  Mustela putorius furo tai M.p. furo.  Tanskaksi: Fritte. Saksaksi: Frett, Fretchen. Engl.  Ferret. 

MINKKI, Villiminkki. (mink)  Neovison vison. 
Aiemmin minkki  luokiteltiin  Mustela vison tai  Lutreola vison tai Lutreola lutreola vison- nimillä. siis kärppien (mustela)  tai vesikoitten (lutreola)  kaltaisena.  näätäeläimenä (mustelidae, mustelinae).
 
Amerikan minkki  on nykynimeltä Neogale vison ja   katsotaan   yhdessä sukupuuttoon kuolleen meriminkin ()sea mink)   Mustela macrodon) kanssa  luokkaan Neogale . Tähän Neogale  luokkaan luetaan uuden maailman kärpistä (hermelin, Wiesel , mustelidae)  myös joitain  lajeja. 
Euroopan minkit ja vesikot elävät samankaltaisessa miljöössä ja  Amerikan minkit ja saukot (Lutra)  taas samankaltaisissa.



Minkkien alttius koronaviruksille  ja viruksen  väli-isäntäfunktiolle  tiedetään. 
 
Frettien alttius koronaviruksille  mainitaan netissä. 
https://en.wikipedia.org/wiki/Ferret_coronavirus


måndag 5 juli 2021

NSP6 mutaatioilla merkitystä viruksen infektiivisyydelle

 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.29.424530v2.full

 SARS-2 viruksen nsp6 on proteiinituotteena  lyhyehkö,vain 290 proteiinia. Swiss Model antaa tästä TM-proteiinista  niukan kuvauksen mitärakenteeseen tulee. Löydän kuitenkin TASSER-1 mallista tietoa ja myös Protter-mallista.  Jo peptidiketjusta voi päätellä, että se on asennettu täyteen  funktionaalisia motiiveja. Sen  transmembraaninen rakenne  läpäisee  kalvon 7 kertaa. Tänään olen katsonut  sen aminohapoistakoostuvia  funktiomotiiveja.

Yhdessä  funktionaalisessa kohdassa on tiivistymä  aromaattisia aminohappoja leusiinien kera. Lisäksi esiintyy  insertiosubstituutiota , joka lisää fenylalaniineja  ja muuttaa tyrosiininkin fenylalaniinimuotoon ( Y38F ja  Ins.38F. 

Täten koronaviruksille tyypillinen kohta SLFFFLFY tehostuu muotoon SLFFFLFFF jolloin siinä on peräkanaa kaksi  motiivia LFFF joka muistuttaa   ryhmästä Agnoproteini funktio, produktiivinen virusinfektio..x voi olla mikä tahansa aminohappo, myöskin L tai F

Yleiskaava tuolle funktiolle on:

L (FL) (VI) F (VIL)LE(LF)LLxF

Rakentessa on usea H, D ja C. Jonkin mallin Zn finger muodostuu  seitsemän  C:n kesken.

Jotainw- toistojaksojakin on. Löytyy kuusi w:tä.

Ottaen huomioon että Zn- rakenteissa voi esiintyä myös H ja D, niin   aika paljon on H, D ja C  aminohappoja. Ottane huomioon, että Spikproteiinin viruksen sisäinen  pätkä  sisältää sinkkirakennetta, niin voi ymmärtää että  virus kerää  sinkkiä itseensä näillä  tekijöillä jotka vastaavat virionin produsoimisesta.

DELTA variantin neljä päälinjaa . Uusimman Deltan mutaatioista luettelo.

 https://github.com/cov-/pango-designation/issues/112
 

B1.617.2  (Delta) Tässäkin on 5 kladia erotettavissa: A/B/C/D/E ja niistä D kladi vallitsee nykyisellään.

B.1.617.1 , Epätavallinen  T3646A  Orf 1a:ssa   ilmenee harvoin.
 
B.1.617.2 , V3718A +T3750I Orf1a:ssa.
 
AY.2   Spike:K417N+ A222V.
 
B.1.617.2, V3718A
 
B.1.617.2 , T3646A Orf1a:ssa, epätavallinen.
 
AY.3 Orf1a I 3731V
 
AY.1 Spike:K417N +W258L 

Ensimmäinen  B.1.617.2   variantti löydettiin Intiasta 10. 12.2020.
Viimeisin   saman merkinnän saanut  on löytynyt Australiasta 16.6. 2021 ja sille on tunnusmerkkinä   12.33 prosentissa tutkituista näytteistä esiintyvä  S mutaatio A222V.
 Näitä  kutsutaan deltavarianteiksi.
 
Tässä uusimmassa variantissa on luetteloituna Spike proteiinimutaatioitten ohella  muitakin tunnusmerkkejä tässä linkissä  niin että saadan ainakin 25  mutaation luettelo.
Poimin  Deltalinjapuusta (yllä)  vain   mainintoja  ylösalaisin olevassa järjestyksessä.


Sublineage B.1.617.2. 
Australia 15.6.2021-
Spike_ A222V
M_I82T
S_D614G
Nsp13_P77L
S_P681R
Nsp12_G671S
Nsp6_V149A
Nsp12_P323L
NS3_S26L
Nsp6_T181I
N_R203M
N_D377Y
Nsp4_A446V
S_L452R
Nsp3_P822L
S_T478K
N_D63G
NS7a_T120I
NS7a_V82A
S_D950N
S_R158deletio
S_F157deletio
S_E156G
S_T19R
S_G142D


torsdag 1 juli 2021

Venäjän luoteinen variantti NW , AT.1, Ehkä juuri B.1.1.370.1 Venäjän ja Suomen variantti.

 https://www.news-medical.net/news/20210607/Distinct-spike-protein-mutations-in-SARS-CoV-2-variant-in-Russia.aspx

 AT.1 lineage,

Mutations: E484K, D614G,

N679K

Insertion ov 4 amino acids:  679GIAL

 N679delinsKGIAL;

Deletion of 9 amino Acids: C136-414Ydel.


( Tämä on havaittu ja monitoroitava. Ei ole tehnyt vielä purkauksia Euroopasa tai muualla maailmassa. Potentiaalia VOC variantiski on Marcia Khanin artikkelin mukaan.

Muistiin 1.7.2021.

Artikkelin päivämäärä on 7.6. 2021.