Näätäeläinten alttiudesta koronaviruksille. Mitä näätäeläimiä on olemassa?

The ferret coronavirus is a coronavirus which infects ferrets and is a strain of the species Mink coronavirus 1. The first cases in ferrets were detected in March 1993 in the east coast of the United States. It was previously known as Green Slime Disease. The illness is highly contagious among ferrets, has a short incubation period, and has a mortality rate of about 5 percent. Symptoms include diarrhea and intestinal damage. Less pronounced symptoms are bloody stools, dehydration, lethargy, weight loss, and weakness.^[1][2][3][4]

The reason that this disease is sometimes referred to as Green Slime Disease is that Green Slime Disease causes stool to turn dark green and fluorescent.^[5]

There are two types of ferret coronavirus. These are ferret enteric coronavirus and ferret systemic coronavirus.^[6]   

References

1. 
   

Murray, Jerry; Kiupel, Matti; Maes, Roger K. (2010). "Ferret Coronavirus-Associated Diseases". Veterinary Clinics of North America: Exotic Animal Practice. 13 (3): 543–560. doi:10.1016/j.cvex.2010.05.010. PMC 7110453. PMID 20682435.

 

 NÄÄTÄELÄIMISTÄ  nimien selvitystä itselle ensinnäkin.

 Huomasin tänään WAHIS/OIE listoilla maininnan, että  Ruotsissa jossain Skaran tienoilla on todettu yksi näätäeläimen  Sars-2 koronavirustapaus 31.8.2021.

Tässä  maininnassa  sanottiin vain että kyse on mustelideista, eli jostain näätäeläimestä.

Minkeistähän oli valtava kohu tässä taannoin. ne kuuluvat mustelidae- heimoon. näätäeläimet.

Näätäeläimiä on koko joukko ja tänään kun on se Viikon Viides Päivä, sopii  pitää eläintieteellistä  kertausta siitä luomakunnan osasta.

Näätäeläimiä ovat;

AHMA (Järv), Gulo Gulo. Saksaksi Welfrass. Englanniksi Wolverine. Se on Euroopan suurin näätäeläin ja tosi ahmatti, tappaa yli nälän  tyydyttämisen. 

HILLERI eli lahokas (Iller). Mustela  putorius.Tansk. Ilder.  Saks: Waldiltis. European polecat.

 Mustela = Kärpät

KÄRPPÄ eli portimo.( Hermelin). Mustela erminea.  Engl. European ermine, Short tailed weasel, The Stoat. Saksaksi:  Das Hermelin, Grosses Wiesel, , Kurzschwanzwiesel.

LUMIKKO  eli pieni portimo, Nirppa. Talvikko.  (Vessla), Mustela nivalis,  Tansk. Brud. Saksaksi Mauswiesel. Se on nimittäin pienin näätäeläin.  Engl.  The Little Weasel, Least  weasel.

MÄYRÄ eli metsäsika (Grävling) Meles meles.  Gräevling. Der  europäische Dachs, The European Badger. 

NÄÄTÄ eli mäntynäätä (mård). Martes martes 

 (.Caniformia, 

Musteloidea, Mustelidae, Guloninae,

 Echte Marder, varsinaiset näädät, Mustelinae  . 

Baummarder, Mäntynäätä , The European Pine Marten  = Martes martes) 

SAUKKO  (Utter), Lutra lutra. Tansk.  Odder. Saksaksi: Fischotter. Engl. Eurasian otter. 

Mustelidae.

 Alaheimo Saukot: Lutrinae.

Lutra: Altweltotter, Eurasian otter

Art: lutra

Species: Lutra lutra  Fischotter: Old world otter 

Tämä  laji on Smålannin maakuntaeläin. 

VESIKKO eli tuhkuri. (Flodiller). Mustela lutreola. Tämä on kadonnut Suomesta. 

Saksaksi: Der Nerz.  Engl. The European Mink, Russian Mink. 

SOOPELI eli nokinäätä ei esiinny  Suomessa. Martes zigellina.  Arveltu että  Nokian joki olisi tästä saanut nimensä. Yksi teoria.  Soopeli oli hieno turkiseläin.  Soopelin ja näädän hybridi on "kida".

FRETTI ( tamiller, frett)  on lemmikkieläimen'ä tunnettu  hilleristä jalostettu eläin.  Mustela putorius furo tai M.p. furo.  Tanskaksi: Fritte. Saksaksi: Frett, Fretchen. Engl.  Ferret. 

MINKKI, Villiminkki. (mink)  Neovison vison. 

Aiemmin minkki  luokiteltiin  Mustela vison tai  Lutreola vison tai Lutreola lutreola vison- nimillä. siis kärppien (mustela)  tai vesikoitten (lutreola)  kaltaisena.  näätäeläimenä (mustelidae, mustelinae).

 

Amerikan minkki  on nykynimeltä Neogale vison ja   katsotaan   yhdessä sukupuuttoon kuolleen meriminkin ()sea mink)   Mustela macrodon) kanssa  luokkaan Neogale . Tähän Neogale  luokkaan luetaan uuden maailman kärpistä (hermelin, Wiesel , mustelidae)  myös joitain  lajeja. 

Euroopan minkit ja vesikot elävät samankaltaisessa miljöössä ja  Amerikan minkit ja saukot (Lutra)  taas samankaltaisissa.

Minkkien alttius koronaviruksille  ja viruksen  väli-isäntäfunktiolle  tiedetään. 

 

Frettien alttius koronaviruksille  mainitaan netissä. 

https://en.wikipedia.org/wiki/Ferret_coronavirus

Sars cov-2 viruksen vallitsevista ihmisille vaarallisista varianteista

https://www.google.com/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=&cad=rja&uact=8&ved=2ahUKEwigvtrmn9nyAhUWSfEDHa9hD0M4MhAWegQIBBAB&url=https%3A%2F%2Fviralzone.expasy.org%2F9556&usg=AOvVaw2BFCNgAOj5XDYIL4LOB_ii

 

 

 https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global

 

Delta variantti  saa alaa .30.8. 2021.

NSP6 mutaatioilla merkitystä viruksen infektiivisyydelle

 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.29.424530v2.full

 SARS-2 viruksen nsp6 on proteiinituotteena  lyhyehkö,vain 290 proteiinia. Swiss Model antaa tästä TM-proteiinista  niukan kuvauksen mitärakenteeseen tulee. Löydän kuitenkin TASSER-1 mallista tietoa ja myös Protter-mallista.  Jo peptidiketjusta voi päätellä, että se on asennettu täyteen  funktionaalisia motiiveja. Sen  transmembraaninen rakenne  läpäisee  kalvon 7 kertaa. Tänään olen katsonut  sen aminohapoistakoostuvia  funktiomotiiveja.

Yhdessä  funktionaalisessa kohdassa on tiivistymä  aromaattisia aminohappoja leusiinien kera. Lisäksi esiintyy  insertiosubstituutiota , joka lisää fenylalaniineja  ja muuttaa tyrosiininkin fenylalaniinimuotoon ( Y38F ja  Ins.38F. 

Täten koronaviruksille tyypillinen kohta SLFFFLFY tehostuu muotoon SLFFFLFFF jolloin siinä on peräkanaa kaksi  motiivia LFFF joka muistuttaa   ryhmästä Agnoproteini funktio, produktiivinen virusinfektio..x voi olla mikä tahansa aminohappo, myöskin L tai F

Yleiskaava tuolle funktiolle on:

L (FL) (VI) F (VIL)LE(LF)LLxF

Rakentessa on usea H, D ja C. Jonkin mallin Zn finger muodostuu  seitsemän  C:n kesken.

Jotainw- toistojaksojakin on. Löytyy kuusi w:tä.

Ottaen huomioon että Zn- rakenteissa voi esiintyä myös H ja D, niin   aika paljon on H, D ja C  aminohappoja. Ottane huomioon, että Spikproteiinin viruksen sisäinen  pätkä  sisältää sinkkirakennetta, niin voi ymmärtää että  virus kerää  sinkkiä itseensä näillä  tekijöillä jotka vastaavat virionin produsoimisesta.

DELTA variantin neljä päälinjaa . Uusimman Deltan mutaatioista luettelo.

 https://github.com/cov-/pango-designation/issues/112

 

B1.617.2  (Delta) Tässäkin on 5 kladia erotettavissa: A/B/C/D/E ja niistä D kladi vallitsee nykyisellään.

B.1.617.1 , Epätavallinen  T3646A  Orf 1a:ssa   ilmenee harvoin.

 

B.1.617.2 , V3718A +T3750I Orf1a:ssa.

 

AY.2   Spike:K417N+ A222V.

 

B.1.617.2, V3718A

 

B.1.617.2 , T3646A Orf1a:ssa, epätavallinen.

 

AY.3 Orf1a I 3731V

 

AY.1 Spike:K417N +W258L 

Ensimmäinen  B.1.617.2   variantti löydettiin Intiasta 10. 12.2020.

Viimeisin   saman merkinnän saanut  on löytynyt Australiasta 16.6. 2021 ja sille on tunnusmerkkinä   12.33 prosentissa tutkituista näytteistä esiintyvä  S mutaatio A222V.

 Näitä  kutsutaan deltavarianteiksi.

 

Tässä uusimmassa variantissa on luetteloituna Spike proteiinimutaatioitten ohella  muitakin tunnusmerkkejä tässä linkissä  niin että saadan ainakin 25  mutaation luettelo.

Poimin  Deltalinjapuusta (yllä)  vain   mainintoja  ylösalaisin olevassa järjestyksessä.

Sublineage B.1.617.2. 

Australia 15.6.2021-

Spike_ A222V

M_I82T

S_D614G

Nsp13_P77L

S_P681R

Nsp12_G671S

Nsp6_V149A

Nsp12_P323L

NS3_S26L

Nsp6_T181I

N_R203M

N_D377Y

Nsp4_A446V

S_L452R

Nsp3_P822L

S_T478K

N_D63G

NS7a_T120I

NS7a_V82A

S_D950N

S_R158deletio

S_F157deletio

S_E156G

S_T19R

S_G142D

Venäjän luoteinen variantti NW , AT.1, Ehkä juuri B.1.1.370.1 Venäjän ja Suomen variantti.

 https://www.news-medical.net/news/20210607/Distinct-spike-protein-mutations-in-SARS-CoV-2-variant-in-Russia.aspx

 AT.1 lineage,

Mutations: E484K, D614G,

N679K

Insertion ov 4 amino acids:  679GIAL

 N679delinsKGIAL;

Deletion of 9 amino Acids: C136-414Ydel.

( Tämä on havaittu ja monitoroitava. Ei ole tehnyt vielä purkauksia Euroopasa tai muualla maailmassa. Potentiaalia VOC variantiski on Marcia Khanin artikkelin mukaan.

Muistiin 1.7.2021.

Artikkelin päivämäärä on 7.6. 2021.

ECDC luettelee 24.6.2021 aktuellit variantit ja niiden ilmenemän Euroopassa.

 https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

 

Mitä Suomen THL neuvoo nyt uuden DELTA- variantti ryppään takia:

 Sitaatti  THL.fi lähteestä 

Matkailijatartunnat - myös Pietarissa matkailleiden kanssa aikaa viettäneitä suositellaan hakeutumaan oireettomanakin koronatestiin

28.6.2021

Pietarista palanneilla suomalaisilla matkailijoilla on todettu lähes 300 koronavirustartuntaa. THL kehottaa kaikkia matkustajia, jotka ovat matkustaneet Pietarista Suomeen millä tahansa kuljetusyhtiöllä, hakeutumaan koronavirustestiin, mikäli he eivät jo ole testissä käyneet. Myös rajalla testissä käyneiden tulee tartunnan poissulkemiseksi käydä uudestaan testissä aikaisintaan 72 tuntia maahan saapumisen jälkeen.   

Runsaista tartunnoista johtuen myös juhannusta palanneiden turistien kanssa viettäneitä tai muuten lähikontaktissa heidän kanssaan olleita suositellaan hakeutumaan testiin heti, vaikka heillä ei olisikaan oireita.  

Suositus koskee kahden rokoteannoksen saaneita tai taudin alle 6 kuukautta sitten varmistetusti sairastaneita vain, jos heille tulee koronaan sopivia oireita.

Testiin voi hakeutua omalla koti- tai oleskelupaikkakunnalla. Koronavirustestit ovat testattavalle maksuttomia. 

THL suosittelee välttämään tarpeetonta matkustamista Venäjälle. Lisäksi vahva suositus on, että kaikki Venäjältä Suomeen palaavat matkustajat hakeutuvat koronavirustestiin 72 tuntia Suomeen paluun jälkeen ja välttävät sosiaalisia kontakteja testituloksen valmistumiseen saakka. 

Lisätietoja:

Mika Salminen
Johtaja
THL
029 524 8454
etunimi.sukunimi@thl.fi