Leta i den här bloggen
måndag 22 februari 2021
H5N8 A-influenssaviruksen alaluokan lintuvirus tarttunut kanoista ihmiseen Venäjällä
torsdag 15 oktober 2020
INO1 entsyymi. Inositolin synteesi linkkiytynee galaktoosin metaboliaan.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2788023/
Ihmisellä geeni tunnetaan nimellä ISYNA1, sijainti19p13.11.
Tämä on inositolia sisältävien yhdisteiden metaboliassa tahtia rajoittava entsyymi. Sen tehtävät on konvertoida glukoosi-6-fosfaattia myoinositoli-1-fosfaatiksi (MIP) , siitä taas impaasi-entsyymit voivat saada aikaan myoinositolia mI. Sanon tätäsokeria "haisokeriksi"!. Hai käyttää tätä sokeria energiansa kehittämiseen. Myös ihmisaivojen harmaissa soluissa on inositolilipidien kehittämää energia järjestelmää . Glukoosin aueella toimii ATP ja GTP, galaktoosin alueella UTP ja tämä inositoli alkaa CTP alueella synteesejään. mutta metabolinen tie yhtyy lopulta jälleen ATP ja GTP teihin, joitten toimintaa tämä vahvistaa.
fredag 18 september 2020
Esimerkki Israelin nykyisestä pandemisesta vaiheesta
i24news kertoo tänään, että Israelissa on pandemian alusta lähtien todettuja Covid-19 infektioita 166794. Täysin toipuneiksi katsotaan 120 727 eli yli 72%. C
ovid-19 tautiin kuolleita on todettu 1169 tai toisen tiedon mukaan 1147. Tästä luvusta laskettuna mortaliteetti Israelissa on 0,687 %. Tarkistan vielä tuosta toisesta luvusta: 0,7%. Viime tiistaina tehtiin koronavirustestauksia siellä 57 165 kpl. Torstaina uusia tautitapauksia oli 5238, toisen tiedon mukaan 5523. Vakavassa tilassa on 577 henkilöä. Intuboituina on 149. Armeijasta ilmoitettiin 833 sotilasta ja IDF siviilivirkmiestä tartunnan saaneiksi, heillä tauti on aktiivissa vaiheessa ja lieväasteista. Lisäksi koti-karanteeniin on määrätty 11 845 sotilasta. Koska Israelissa on vuoden suurimpiin ja väkirikkaimpiin juhlatilaisuuksiin perinteisesti kuuluva aika meneillään, valtion johdon taholta on määrätty täysi 3 viikon lockdown tila valtioon ja virkavalta valvoo käskyn noudatusta. Tämä juhla-aika perinteisesti sisältää myös Lehtimajanjuhlan johon on aiemmin tulvinut koko maailmasta turisteja viettämään suuria joukkotilaisuuksia väkirikkaissa kaupungeissa.
Tänään on Uudenvuoden alku. Siirrytään vuodesta 5780 vuoteen 5781. ROSH HASHANA.
Siunattua Uutta Vuotta!
onsdag 9 september 2020
5`UTR ja 3`UTR koronaviruksissa SARS Cov ja MERS CoV
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25736566/
Epub 2015 Feb 28.
The structure and functions of coronavirus genomic 3' and 5' ends
- PMID: 25736566
- PMCID: PMC4476908
- DOI: 10.1016/j.virusres.2015.02.025
Abstract
Coronaviruses (CoVs) are an important cause of illness in humans and animals. Most human coronaviruses commonly cause relatively mild respiratory illnesses; however two zoonotic coronaviruses, SARS-CoV and MERS-CoV, can cause severe illness and death. Investigations over the past 35 years have illuminated many aspects of coronavirus replication. The focus of this review is the functional analysis of conserved RNA secondary structures in the 5' and 3' of the betacoronavirus genomes. The 5' 350 nucleotides folds into a set of RNA secondary structures which are well conserved, and reverse genetic studies indicate that these structures play an important role in the discontinuous synthesis of subgenomic RNAs in the betacoronaviruses. These cis-acting elements extend 3' of the 5'UTR into ORF1a. The 3'UTR is similarly conserved and contains all of the cis-acting sequences necessary for viral replication. Two competing conformations near the 5' end of the 3'UTR have been shown to make up a potential molecular switch. There is some evidence that an association between the 3' and 5'UTRs is necessary for subgenomic RNA synthesis, but the basis for this association is not yet clear. A number of host RNA proteins have been shown to bind to the 5' and 3' cis-acting regions, but the significance of these in viral replication is not clear. Two viral proteins have been identified as binding to the 5' cis-acting region, nsp1 and N protein. A genetic interaction between nsp8 and nsp9 and the region of the 3'UTR that contains the putative molecular switch suggests that these two proteins bind to this region.
Keywords: Coronaviruses; RNA binding proteins; RNA secondary structure; Virus replication; cis-Acting sequences.
fredag 17 juli 2020
Pub Med luetuimpia artikkeleita 10 listan ensimmäistä 17.7. 2020. rokoteuutiset päälimmäisinä
Trending articles
Online ahead of print. PMID: 32668443The COVID-19 pandemic is a major threat to global health1 for which there are limited medical countermeasures2,3. Moreover, we currently lack a thorough understanding of mechanisms of humoral immunity4. From a larger panel of human monoclonal antibodies (mAbs) targeting the spike (S) glycoprotein5, we identified several that exhibited potent neutralizing activity and fully blocked the receptor-binding domain of S (SRBD) from interacting with human ACE2 (hACE2). Competition-binding, structural, and functional studies allowed clustering of the mAbs into classes recognizing distinct epitopes on the SRBD as well as distinct conformational states of the S trimer. Potent neutralizing mAbs recognizing non-overlapping sites, COV2-2196 and COV2-2130, bound simultaneously to S and synergistically neutralized authentic SARS-CoV-2 virus. In two mouse models of SARS-CoV-2 infection, passive transfer of either COV2-2196 or COV2-2130 alone or a combination of both mAbs protected mice from weight loss and reduced viral burden and inflammation in the lung. In addition, passive transfer of each of two of the most potently ACE2 blocking mAbs (COV2-2196 or COV2-2381) as monotherapy protected rhesus macaques from SARS-CoV-2 infection. These results identify protective epitopes on SRBD and provide a structure-based framework for rational vaccine design and the selection of robust immunotherapeutics.
Review. Although COVID-19 is most well known for causing substantial respiratory pathology, it can also result in several extrapulmonary manifestations. These conditions include thrombotic complications, myocardial dysfunction and arrhythmia, acute coronary syndromes, acute kidney injury, gastrointestinal symptoms, hepatocellular injury, hyperglycemia and ketosis, neurologic illnesses, ocular symptoms, and dermatologic complications. Given that ACE2, the entry receptor for the causative coronavirus SARS-CoV-2, is expressed in multiple extrapulmonary tissues, direct viral tissue damage is a plausible mechanism of injury. In addition, endothelial damage and thromboinflammation, dysregulation of immune responses, and maladaptation of ACE2-related pathways might all contribute to these extrapulmonary manifestations of COVID-19. Here we review the extrapulmonary organ-specific pathophysiology, presentations and management considerations for patients with COVID-19 to aid clinicians and scientists in recognizing and monitoring the spectrum of manifestations, and in developing research priorities and therapeutic strategies for all organ systems involved.
torsdag 9 juli 2020
TRIM59 ja ECSIT ovat SARS2 interaktioproteiineja ( ORF3a ja vastaavasti ORF9C kanssa)
GeneCards Summary for ECSIT Gene
ECSIT (ECSIT Signaling Integrator) is a Protein Coding gene. Among its related pathways are Activated TLR4 signalling and MAPK signaling pathway. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include DNA-binding transcription factor activity and oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H.
UniProtKB/Swiss-Prot Summary for ECSIT Gene
-
Adapter protein of the Toll-like and IL-1 receptor signaling pathway that is involved in the activation of NF-kappa-B via MAP3K1. Promotes proteolytic activation of MAP3K1. Involved in the BMP signaling pathway. Required for normal embryonic development (By similarity).
-
Required for efficient assembly of mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase.
TRIM59, TSBF1
External Ids for TRIM59 Gene
Tämä TRIM sijaitsee 3. kromosomin q-haarassa. Sen koodaama proteiini on 403 aminohappoa.Se kuuluu HC- struktuurin omaaviin TRIMproteiineihin. Sen rakenne on kaavaa ”RING-HC-TRIM59-C-V”. Se kuuluu HC- alaryhmään. Sen HC-rakenne on tarkemmin (C3HC4)-TRIM59 saattaa ubikitinoida p53.
TRIM59 säätää negatiivisesti NF-kB- ja IRF3/IRF7-välitteistä tietä ja tekee interaktion ECSIT:iin (joka on mitokondriaalinen, evolutionaalisesti konservoitunut signalointivälituote Tollin reseptorien signaaliteissä, signaloinnin integroija) (ECSIT on SARS2 oref9C interaktioproteiini)
.TRIM59 omaa onkogeenista luonnetta ja sitä on havaittu poikkeavasti ilmenevänä monessa eri syövässä. Siitä löytää hyvin paljon artikkeleita netistä. TRIM59 on todettu luonnollisen immuniteetin multifunktionaaliseksi signaaliteitten säätelijäksi. Kun kaikki artikkelit käy läpi, voi ehkä jollain tavalla hahmottaa sen moninaisen normaalin ja runsaan epänormaalin funktion. Se on aikamoinen palapeli. Sen nimi IFT80L tarkoittaa Intraflagellaarinen kuljetus (transport) (IFT) proteiini. Se on kaikissa cilioita omaavissa organismeissa konservoitunut ja essentielli, tärkeä cilia-rakenteen koostumukselle ja ylläpidolle. Sitä ilmenee paljon nopeasti proliferoituvissa soluissa, mutta ei differentioituneissa soluissa, jotka ovat siirtyneet pois solusyklistä. Tällä tekijällä on tärkeä osa solun proliferaatiossa ja differentiaatiossa. Tästä herää kiinnostus mikä on TRIM59 geenin normaali funktio esim värekarvoja (cilia) omaavassa hengitystie-epiteelissä. Jos TRIM59 geeni sammutetaan keuhkosyöpäsolussa, solusykli pysähtyy G2-vaiheeseen ja solutuotetta kertyy- p53 ei toimi. Paljon onkin tutkittu sen osuutta NSCLC keuhkosyövissä. Ras- ja RB- signalointitiessä TRIM59 on proto-onkogeeni. TRIMgeenin sammutus voi eräissä syövissä säätää TGFbeta/SMAD2- tien vaimeammaksi, samoin EMT vaimenee ( epiteliaalinen-mesenkymaalinen transitio). TRIM59 pystyy moduloimaan onkogeenejä MTOR ja EIF4E .
BCG-rokotus aktivoi makrofageja ja ne kykenevät siten tappamaan tuumorisoluja. Näiden makrofagien yksi pääominaisuus on TRIM59:n runsas ilmentäminen. TRIM59 omaa transmembraanisen domaanin ja on solukalvoproteiini. TRIM59 pystyy myös säätelemään onkogeeni EGFR/STAT3- signaalitietä (Glioomassa tällä tiellä on merkitystä) . Maksasyöpäsolut ilmentävät runsaasti TRIM59, joka voi toimia täten biomerkitsijänä tälle syövälle TRIM59 pystyy tekemään interaktion aktiiniin ja myosiiniin assosioituviin proteiineihin. TRIM59 puutteessa F-aktiinin polymerisaatio häiriintyi solun sisämaterian differentiaation aikana. TRIM59 saattaa olla kriittisen tärkeä alkion varhaiskehityksen säätelijänä blastokysti vaiheesta gastrulaan (F-aktiinin koostuminen).
https://genecards.weizmann.ac.il/v3/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TRIM59
https://www.nature.com/articles/s41419-018-0370-y
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_775107.1
ORIGIN
1 mhnfeeeltc picysifedp rvlpcshtfc rnclenilqa sgnfyiwrpl riplkcpncr
61 siteiaptgi eslpvnfalr aiiekyqqed hpdivtcpeh yrqplnvycl ldkklvcghc
121 ltigqhhghp iddlqsaylk ekdtpqklle qltdthwtdl thlieklkeq kshsekmiqg
181 dkeavlqyfk elndtleqkk ksfltalcdv gnlinqeytp qiermkeire qqlelmalti
241 slqeesplkf lekvddvrqh vqilkqrplp evqpveiypr vskilkeews rteigqiknv
301 lipkmkispk rmscswpgkd ekeveflkil nivvvtlisv ilmsilffnq hiitflseit
361 liwfseasls vyqslsnslh kvknilchif yllkefvwki vsh
//
- MRF1; TSBF1; IFT80L; RNF104; TRIM57
- Expression
- Broad expression in testis (RPKM 4.6), lymph node (RPKM 4.6) , brain and 20 other tissues See more