Pango linjoja . Jotain mainintaa JN ja KP koodeja kantavista varianteista. FLiRT muutokset, "level" arviota antavat muutokset.

 https://cov-lineages.org/lineage_list.html

Tästä linkistä saa tietoja variantin  alkamisesta, sen määrittelyhetken , määrittelyssä olleet  virusmäärät ja  sittemmin  ilmoitetut virusmäärät  tilastojen merkintäpäivään mennessä.

Tällä kertaa en onnistu saamaan esiin sitä Pangotaulukkoa, missä mainitaan kaikki aminohappomutaatiot esim Spike-proteiinista, muta olin kirjoittanut vihkooni  kevättalvella JN.1  Spike- aminohapot.  Mutaatiolistan. Listassa on   66 mutaatiokohtaa mainittu, niistä n  deleetiokohtia kolme. 

Aiemmin ilmoitettiin ns.  level substitutions and deletions., siis mutaatiot, joiden mukaan  viruksen  vaarallisuutta  ja riskejä  arvioitiin 0-7  asteikolla. Näitä muutoksia mainittiin 18  aminohappoaseman suhteen. Nämä aminohapot  olivat ja ehkä ovat edlleen tasoa määräävässä asemassa. Luettelen ne: 

346, 356, 444, 445,  450, 446, 452, 460, 486, 490, 494, 498Q ( reversiomuoto alfaan)

Näisti JN.1 (Alias BA.2.86.1.1 eli Alias B.1.1.529.2.86.1.1,   omikronlinjan  variantti) omaa seuraavia  tasoa määrittäviä minohappomuutoksia:

K356T, V445H,  G446S, N450D, L452W, N460K, F486P,  (Q498R) esiintyvät  JN.1 variantissa ja  jo  "JN"  koodin saaneessa  edeltäjävariantissa (parent)  BA.2.86.1. 

 JN.1 variantin oma erityinen määritelmä on  L455S  substituutiomuutos Spike-proteiinissa.Lisämääritelmänä on ORF1a:R3821K sekä ORF7b . F19L. Nämä erityiset määritelmät näkyvät  internetissä Katso alapuolella oleva kopio  linkistä. .

Kliinisesti vaikuttavia  aminohapposubstituutioita, joita näissä uusissa JN.1*  linjan varianttidivertiteetissä esiintyy  on mm   ns. FLiRT  ryhmän  aminohapot. Näitä tulee sitten JN.1 alaryhmien  variantteihin vähä vähältä useampia  ja  niistä on jo runsaasti  kartoitusta ja määritelmiä olemassa ja GITHUB. uutisissa saa  päivittäin  tietoa uusista  alalinjaehdotuksista. 

 FLiRT  aminohappomutaatiot käsitellään alaryhmädiversiteetteinään  tässä vaiheessa juuri kuten  JN.1 + R346X ryhmänään  tai  JN.1 +F456L ryhmänään   tai JN.1 +T572I sisältävät  ryhmänään, jolloin saadaan paljon tarkkoja  alavarianttilinjoja, mikä helöpottaa  tilastointia , tilanteen arviointia ja lopulta  rokotteisiin sopivan antigeenin täsmennystä. Näillä aminohapoilla on merkitystä  kliinisesti  viruksen  vastustuskyvyssä. 

Linkistä voi seurata  alavariantti alavariantilta, mikä tärkeä aminohappomuutos on lisääntynyt linjaan.  Esimerkiksi JN.1.1 linkki:

Kopio linkistä JN.1

JN.1

United States of America 33.0%, Canada 9.0%, United Kingdom 8.0%, Spain 6.0%, South_Korea 4.0%

2020-01-20

4066,

93025

Alias of B.1.1.529.2.86.1.1, S:L455S, ORF1a:R3821K, ORF7b:F19L, Europe

 Kopio linkistä JN.1.1

Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1, ORF1a:F499L, C11747T, France, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#987

Kopio linkistä JN.1.1.1 osoittaa yhden FLIRT  aminohappolisän edelliseen arsenaaliin. 

Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.1, S:T572I on C9142T branch, France/Sweden/Poland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097.

 Kopio linkistä JN.1.2  osoittaa taipumusta  Spike proteiinin  C-päädyn uusiin  substituutioihin. Viimeisin aminohapposubstituutio  JN.1  spike-proteiinissa on P1143L .  Sen jälkeisiä  mutaatioitakin alkaa esiintyä C-päädyssä.

Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.2, S:M1229I, USA/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1087

Kopio linkistä JN.1.11

Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11, S:V1104L, G17334T, India, from #2446   

 

Kopio linkistä  JN.1.11.1   ( tämä on "KP" koodilinjan  parent)   Tässä ilmenee FLIRT aminohappo F456L.

Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1, S:F456L, after ORF1a:T2283I, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253

Tämä aminohappo saa koodin " KP".

 

Kopio linkistä  KP.1 .Alias BA.2.86.1.11.1

Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1, S:K1086R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1364

KP.1 saa uuden aminohapposubstituution, uta se ei ole FLIRT joukkoon kuuluva.  

Kopio linkistä KP.1.1. Tässä jo  nähdään  lisänä FLIRT aminohappomuutos.

 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1, S:R346T (FLiRT) , from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089

 

Kopio  Linkistä KP.2 , joka on nykyisen  Covidaallun valtavariantti.

Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2, S:R346T (FLiRT)  on JN.1.11.1 polytomy, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089

 

GITHUB tietoa KP2 linjan rikastumisesta eri  aminohappomutaatioilla. 

KP.2.1  , S:1201K  saa oman  aminohappolisänsä.

KP.2.2 ,  S: F59; S:K1266R. saa kaksi aminohappomutaatiota lisää.

KP.2.3,      S: H146Q, OrF3A: K67N, S:31 deleetio.  

KP.2.3.1,  S:A475V.

KP.2.3.2,    S:G184V.

KP.2.3.3,   S:N185T. 

KP.2.4,  S:T250N.

KP.2.5,   S:N185D.

KP.2.6,   S:W64R.

KP.2.7,    S:31F, (C22795 nt jälkeen).

KP.2.8, S: S 60I

KP.2.9,  S:T572I     (FLiRT muutos lisää rakenteeseen) .

KP.2.10, S:F59S.

KP.2.11, S:S56V,  Orf Ia:T2693I.

KP.2.12,  S:V1176F, G-T nt mutaatio. 

KP.2.13: , S:K478E , N:P6T, Kaksi C-T nt mutaatiota.

KP.2.14: S:G184V, S: S31F. 

KP.2.15: A-G nt mutaatio, S: -31 deletio.

KP.2.16: ORF8:F6S. 

(Jätän tässä  mutaatiot merkkamatta kunnes tulee taas  FLIRT muutos vastaan:

KP.3

KP.3.1

KP.3.1.1

KP.3.1.2

KP.3.1.3

KP.3.1.4

KP.3.2

KP.3.2.1

KP.3.2.3.

KP.3.2.4

KP.3.2.5

KP.3.3

KP.4  , C-T nt mutaatio )

KP.4.1,    S:R346T  (FLiRT muutos)

KP.4.2,   S:R346T /(FLiRT muutos),  S:K187R. 

KP.4.2.1,  S:S31F.

KP.4.2.2,   S:F59I.

KP.5 , S:T572I (FLiRT muutos) 

 

JN.1.12  ALIAS ba.2.88.1.1.12  S:F456V (FLiRT muutos),  Orf7a:A8T

 

 

  ( JN ja KP  koodeja kantavista ryhmistä on tullut maailmaa kiertäviä virulentteja muotoja, jotka ovat voittaneet   rekombinanttien valtakauden)  Kirjoittelen pikkutunneilla,joten voi olla kirjoitusvirheitä.

Netistä löytyvässä taulukossa mainitaan  dominoivista Sars-2 viruksista   taulukko, joka heijastaa  tämän alkukevään  muuttumisia dominanssissa.https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38826376/#&gid=article-figures&pid=figure-1-uid-0

Mainitut variantit ovat:

JN.1 jonka ote  alkaa hellittää.

KP.2 sen sijaan vahvistuu.

JN.7

JN.1.16

JN.1.13.1

KP.1.1

JN.1.11.1    ( Koodataan  "KP").

JN.1.8

Muilla  entisillä varianteilla on  vähenevä osuus. 

Listassa mainituilla esiintyvillä varianteilla on  alaryhmiä,joista muutamat ovat saaneet omia koodejaan kuten JN.1.11.1  omaa koodin "KP".

Mainitsen muutamia löytämiäni koodimerkintöjä:_ 

"LT" Alias JN.1.1.3, (FLIRT,S:R346T)

"KR" Alias JN.1.1.5, (FLIRT, S:R346T)

"KZ" alias JN.1.1.6, (FLIRT, S:R346T)

"LC", AliasJN.1.1.7,(FLIRT, S:F456L),

"LL", Alias JN.1.4.2

"KQ", Alias  JN.1.4.3, (FLIRT, S:T572I)

"KV",Alias JN.1.4.5,

"LE",Alias  JN.1.4.7,

"LK", Alias JN.1.7.5,

"KY", Alias JN.1.8.2,

"LB", JN.1.9.2,

("KP" on jo mainittu:JN.1.11.1)

"LP", Alias KP.1.1.3, Alias JN.1.11.1.1.1.3  BA.2.86.1.11.1.1.1.3),

"KS", Alias JN.1.13.1, (FLIRT, S:R346T;  mainitaan dominoivissa linjoissa)

"LU", Alias JN.1.15.1, /(FLIRT , S:F456L)

"LF", Alias JN.1.16.1, (Tämän "Parent" mainitaan  dominoivissa: JN.1.16. )

"LA", Alias JN.1.16.2, 

"LQ",  Alias JN.1.18.1 ,

"LS", Alias JN.1.18.5, /FLIRT, S:R456L)

"LM", AliasJN.1.25.1 (FLIRT S:R346T),

"KW", Alias  JN.1.28,

"LG", Alias KW.1.1.1 Alias  BA.2.86.1.1.28.1.1.1.1.

"KU", Alias JN.1.30.1  (FLIRT , S:R346T).

"LJ", Alias JN.1.51,

"LN", Alias JN.1.53.1.

Jos ei itse Koodin omaavassa  kantalinjassa ole FLIRT substituutioita, niin  näitten koodattujen linjojen alahaaroissa vähitellen kertyy niitä kolmea mainittua  :S-mutaatiota  kronologisesti eri laisessa järjestyksessä ja erilaisista  taustoistakin konvergoivan evoluution periaatteella.  (S taimuita merkittäviä  mutaatioita.  S:R346T, S:F456L, S:T572I. Joskus  muuntunut aminohappo merkataan X, koska evoluutiossa siirtymä kohti   riskialtteinta FLIRT muotoa voi mennä eri aminohappojen teitse. Esim R346X). 

Koodilistaa voi etiä GITHUB  tietueesta.

 

.