Silmäys Sars--Cov-2 viruksen evoluutioon: Eräs harvinainen 3prim UTR-päädyssä kahdeksan hyvin konservoidun nukleotidin mutaatio

Katselin  ensin Suomen THL  raporttia  koronavirustapahtumien  runsaudesta.  Tällä viikolla on ilmoitettu 23  sairastumistapausta ja joulukuun jälkeen  sairastumismäärät ovat laskeneet nelinumeroisesta  luvusta kaksinumeroisiin lukuihin per viikko. 

Siten katsoin mitä Github tietuissa on uutta. Silmää pisti uusi mutaatio, jota ei ole  missään sars-Cov-2  variantissa vielä ennen  n-itä viime aikoja esiintyyt.  Mutaatio on kahdeksan nukleotidin ituinen (ONM) ja sijaitsee  translatoimattomassa  3prim päädyssä ( 3`-UTR). Sekvenssejäkin on ilmaantunut  yli  tuhat jo.

JN.1.4 + A29799G (Octanucleotide mutation) (1192 seq, Mar 15) #2522

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/2522

Tämä asia (Issue) on  asetettu neljä päivää siten GITHUB sivun avointen käsittelyjen listaan  . Tiedemies joka  raportin antaa on  nimimerkiltä" Ryhisner".  Otan sitaatin tekstistä, alkuosasta. Tekstiin liittyy tarkka selvitys UTR- jaksoista ja mutaatiokohdasta kuvana!  Ne näkee linkistä, ei  sitaattia niistä voi  saadakaan.

• Description

Sub-lineage of: JN.1.4
Earliest sequence: 2023-10-23, Germany, Bavaria — EPI_ISL_18526215
Most recent sequence: 2024-3-4, USA, California — EPI_ISL_18975471
Continents circulating: Asia (643), Europe (300), North America (245), Oceania (3), Africa (1)
Countries circulating: South Korea (610), USA (242), UK (97), Germany (69), Denmark (66)
Number of Sequences: 1192
GISAID Nucleotide Query: C774T, A29799G, C897A
CovSpectrum Query: Nextcladepangolineage:JN.1.4* & A29799G
Substitutions on top of JN.1.4:
Nucleotide: A29799G (in Octanucleotide Motif—ONM)

This branch of JN.1.4 is easily the largest lineage ever with an ONM mutation. The second-largest lineage with an ONM mutation was a ~660-sequence BA.4.6 branch with A29799T, mainly found in the US from July-September 2022.

The ONM is nucleotides 29794-29801 and has a sequence of GGAAGAGC. Its function is unknown, but given that it is absolutely conserved in all coronaviruses, it is clearly doing something important. Below are three different depictions of the ONM from these studies:

( Jos joku  haluaa nähdä kuvana enemmän tekstiä   sarbecoviruksien ja  UTR- alueen kaavasta, tässä on hyvä linkki:  Se on jaksoa, jota muuntelemalla virus pystyy hankkimaan   sille soveltuvia uusia funktioita. Tiedemiehet   uumoilevat  jo edessäpäin oelvan  Sars-Cov-3 aikoja, oten   tiedettä ja tietämystä  asiasta pitää olla valmiina.

 https://healthcare-in-europe.com/en/news/researchers-prepare-for-sars-cov3.html)

Asian kliininen merkitys on vielä  epäselvä, mutta lisää immunoevaasiota tämä tuottanee, jos virus  osoittaa olevansa  ajallisesti elinkykyistä laatua. Kohtalaisen  laajalla alueella ja runsaasti sitä esiintyy.