WHO päivitti kiertävät pandemiset koronavirusvarianttiryhmät . Kaksi VOI ja kuusi VUM-varianttia. Varianttien vakavuudessa ei ole olennaista muutosta ja pandemiavaihe jatkuu edelleen

 https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants

 XBB.1.16 on nostettu monitoroitavista  VUM ryhmästä VOI varianttijoukkoon  XBB.1.5  varianttein kanssa, koska se on osoittautunut evasiiviseksi ja  nopeasti välittyväksi.  Muutos on tehty 21.4. 2023. Edelleen on rportoitu  3 miljoonaa tartuntaa ja kuollseisuuta on edelleen.  Kehotetaan sekvenssoimaan. WHO odottaa pandemisessa vaiheessa tapahtuvan  siirtymää,  jatkovaiheeseen, kuten  matalampaan patogeenisuuteen ja  kausiluontoisuuteen, , mutta maailman eri valtiot ovat  pandemian eri vaiheissa- toisissa paikoin ei ole enää edes   akuuttia kriisitilannettakaan.  Taudille altista  korkean riskin väestöä kehotetaan kuitekin edelleen   ottamaan niitä rokotuksia  ---   näinä aikoina kaikkien immuunivastetta  edelleen koettelevien uusien  rekombinanttienkin takia. Viru on  edelleen se  vanha "uusi virus", jota  ei edeltä käsin tunne, mitä se tekee.  Odotetaan sen taipuvan  luontaiseen kulkuun entismaailman pandemian tavoin.  Mitään pandemisen vaiheen vaihdetta ei  WHO vielä   voi  ilmoittaa  tekevänsä. Kuitenkin viime lehdistäkonferenssiaa käsiteltiin ensin muita asioita kuten  Sudanin akuuttia  tilannetta, jossa on  tämän päivän hengenvaaraa jopa WHO työntekijöille, kaksi on ssanut jo surmansa.  Toinenasia  oli  Marburgvirusta koskeva ( kaksi WHO-työntekijääkin on saanut tartunnan) , kolmas asia Afganistanin  sisäpoliittinen  kielteinen linja naisväen osallistumselle sivistykseen kuten  YK:N   humanitaariseen  työpanokseen oman kansan keskuudessa. Kolmas asia oli  maailman suurtappajan tuberkuloosin suhteen tapahtuva  uudetleen järjestäytyminen: 16 rokotekandidaatia on vireillä uuden rokotteen luomiseksi, sillä tubi  tappaa vuosittan  1,6 miljoonaa ihmistä. Tubin suhteen WHO on luomassa uusia ohjelinjoja, jotka julkaistaan piakkoin. ( Pandemia-aika ja  Ukrainan sota ym sodat   lisäksi vaikeuttavat  tubitilannetta).  Viidentenä asiana  mainittiin naisten oikeuksista  saada  abortus arteprovocatus, aap).   Kuudentena asiana oli jotain Eteläafrikkaa koskevan ohjelman  tarkistusta (MRDA?). Kun oli kysymysten vuoro,  käsiteltiin COVID-19 pandemian tilannetta: (Tässä yhteydessä mainittin  XBB.1.16, joten tarkistin WHO-taulukon sen suhteen ja huomaan, että se on nostettu VOI-joukkoon).  Siis  edelleen VUM joukossa ovat  kuusi muuta aiemmasta seitsemästä: BA.2.75, CH.1.1, BQ.1, XBB, XBB.1.9.1 ja XBF.

ango lineage	Nextstrain clade	Genetic features	Earliest documented samples	Date of designation and risk assessments
XBB.1.5	23A	Recombinant of BA.2.10.1 and BA.2.75 sublineages, i.e. BJ1 and BM.1.1.1, with a breakpoint in S1.  XBB.1 + S:F486P (similar Spike genetic profile as XBB.1.9.1)	05-01-2022	11-01-2023 XBB.1.5 Rapid Risk Assessment, 11 January 2023 XBB.1.5 Updated Rapid Risk Assessment, 25 January 2023 XBB.1.5 Updated Risk Assessment, 24 February 2023
XBB.1.16	23B	Recombinant of BA.2.10.1 and BA.2.75 sublineages, i.e. BJ1 and BM.1.1.1 XBB.1 + S:E180V, S:K478R and S:F486P	09-01-2023	17-04-2023   XBB.1.16 Initial Risk Assessment 17 April 2023

WHO päivitti Sars-2 viruksen kiertävät VOI ja VUM variantit 6.4. 2023

WHO UPDATE 6.3. 2023
Table 2. Weekly prevalence of SARS-CoV-2 VOIs and VUMs,

week 7 to week 11 of 2023
Lineage Countries Sequences

2023-w.07 , 2023-w.08 , 2023-w.09 , 2023-w.10 , and 2023-w.11 resp. .
XBB.1.5* (VOI)

94 countries, 139 228 seq.

39.83 % ,43.61%, 45.97%, 48.32 % and resp. 47.14%.

BA.2.75* (VUM)

121 countries, 102 656 seq.,

6.05%, 5.87%, 5.16%, 2.84 %, and 1.59% resp.,

CH.1.1* (VUM)

88 copuntries, 38 888 seq.,

6.91 %, 6.70%, 6.50%, 5.80 % and 5.04% resp.,

BQ.1* (VUM)

142 countries, 406 210 seqiuences,

18.68%, 14.79%, 11.07%, 8.52% and 6.92% resp.,

XBB* (VUM)

122 countries, 74 221 seq.,

5.52%, 6.69%, 8.16%, 11.80% and 15.26% resp.

XBB.1.9.1*(VUM),

59 countries, 8212 sequences,

2.03%, 2.96%, 4.26%, 5.46% and 5.96% resp.,

XBF* (VUM),

48 countries, 8505 sequences,

1.25 1.24 1.10 1.26 0.87

Unassigned

96 countrties, 292 690 sequences,

9.17%, 8.99%, 10.91%, 10.28% and 13.77 resp.,

Other+ +Others are other circulating lineages excluding the VOI, VUMs, BA.1*, BA.2*, BA.3*, BA.4*, BA.5*

207 countries, 6 690 563 seq.,

1.28%, 1.10%, 1.12%, 1.05 % and 1.02% resp.,

XBB.1.(VUM),

16 countries (§) , 27 1497 sequences,

0.12 %, 0.25%, 0.60 %, 1.32% and 2.15% resp.,

(§The prevalence of XBB.1.16 was extracted from GISAID on 5 April 2023 using the nucleotides T12730A, T28297C, A28447G).

*Denotes descendent lineages.

.
Additional resources
• Tracking SARS-CoV-2 Variants
• WHO statement on updated tracking system on SARS-CoV-2 variants of concern and variants of interest
• WHO XBB.1.5 rapid risk assessment, 24 February 2023
• Genomic sequencing of SARS-CoV-2: a guide to implementation for maximum impact on public health
• VIEW-hub: repository for the most relevant and recent vaccine data

SARS-CoV-2 variants of interest and variants under monitoring

Geographic spread and prevalence
Globally, from 5 March to 2 April 2023 (28 days), 65 864 SARS-CoV-2 sequences were shared through GISAID.

Currently, WHO is closely tracking one variant of interest (VOI), XBB.1.5, 

and seven variants under monitoring
(VUMs). 

The VUMs are BA.2.75, CH.1.1, BQ.1, XBF, XBB, XBB.1.16, and XBB.1.9.1.  

On 30 March 2023, XBB.1.9.1 wasadded to the list of VUMs due to the F486P mutation (shared with XBB.1.5 and XBB.1.16). XBB.1.16 and XBB.1.9.1 have the same spike mutation profile as XBB.1.5 (E180V and F486P); and additional mutations in the open reading
frame regions, the effects of which are not well characterized. Mutations at position 478 of the SARS-CoV-2 spike protein have been associated with decreased antibody neutralization, increased transmissibility, and pathogenicity. 

 As of 2 April, a total of 1497 XBB.1.16 and 9644 sequences XBB.1.9.1 have been reported from 27 and 68 countries, respectively.

To date, there have been no reports of higher severity for the currently circulating variants, although some countries have reported an increase in hospitalizations following a rise in case incidence. However, there have been no reported rises in ICU admissions or deaths due to any of the currently circulating XBB descendent lineages. 

 There are currently no reported laboratory studies on markers of disease severity for XBB.1.5, XBB.1.16 or XBB.1.9.1.

Globally, XBB.1.5 accounted for 47.1% of cases in epidemiological week 11 (13 to 19 March 2023), compared to 39.8% in week 7 (13 to 19 February 2023). To date, XBB.1.5 has been detected in 94 countries. 

A comparison of sequences submitted to GISAID from week 7 to week 11 shows declining trends for all VUMs except for XBB, XBB.1.16, and XBB.1.9.1. 

Table 2 shows the number of countries reporting the VOI and VUMs, and their prevalence
from week 7 to week 11

 

Aineen viides olomuoto on kvantin kaltaista aaltoa. Tätäkin tutkivat NASA:n tiedemiehet avaruusasemalla

 

BOSE-EINSTEIN CONDENSATE (BEC),

Aineen viides olomuoto on kvanttiaallon kaltainen tila. The fifth state of matter

quantum (wave-like) phase of matter

NASA Cold Atom Lab (CAL)

Kokeellinen toteuttaminen aineen eksoottisesta viidennestä tilasta, jolloin aine ilmentää kvanttikäyttäytymistä (aallon kaltaista tilaa) , on mahdollista kvanttifysiikan koelaboratoriossa ultrakylmien atomien avulla (NASA Cold Atom Lab (CAL). Näitä kokeita tehdään rubidium- Rb- ja kaliumatomien avulla myös avaruudessa ISS avaruusasemalla ainutlaatuisessa mikrogravitaatio-olosuhteessa.

Vuonna 1995 on ensi kerran raportoitu Bose-Einstein kondensaatista. Nobel-palkinto jaettiin kahden ttutkimusinstituutin tutkijoiden kesken vuonna 2001; Eric Cornell ja Carl Wieman Joint Institute for Laboratory Astrophysiscs sekä Wolfgang Ketterle, Massachusets Institute of Technology. He kehittivät Bose-Einstein kondensaatin Rb ja K atomeja viilentämällä muutaman sadan nanoKelvin asteen rajoissa, mikä se on yhden asteen pieni fragmentti lähellä absoluuttista nolla-Kelviniä. Siinä kylmyysalueessa tutkijat havaitsivat tapahtuvan faasimuutoksen termaalisesta aineesta kvanttimateriaan ja tapahtuma antoi kuvaajana kaasunkeskukseen paikallistuvan korkean tiheyden piikin.

Sitaatti NASA:n  tietellisistä tutkimuslöydöistä:

Ultracold atomic gases provide a unique tool for exploring the quantum nature of matter and for probing the foundations of modern physics. Researchers with NASA’s Cold Atom Lab (CAL) have now simultaneously produced gases of two atomic species (rubidium and potassium) in a uniquely quantum (wave-like) phase of matter called a Bose-Einstein condensate (BEC) for the first time in space. CAL scientists are using the unique microgravity environment onboard the International Space Station to study interactions, molecule formation, and the emergence of structure and complexity in these coexisting dual-species gases at unprecedented low temperatures, for long times in free fall, and specifically in the absence of the perturbing force of gravity.

The experimental realization of an exotic fifth state of matter exhibiting macroscopic quantum behaviors ignited the modern-day use of ultracold atoms as the workhorse of experimental quantum physics.

This so-called Bose-Einstein condensate (BEC) was first reported in 1995 by the team of Eric Cornell and Carl Wieman at the Joint Institute for Laboratory Astrophysics (JILA), who jointly shared the Nobel prize with Wolfgang Ketterle from the Massachusetts Institute of Technology in 2001 for this discovery.  The JILA team created a BEC by cooling a gas of rubidium atoms to within a few hundred nanoKelvins, which is a small fraction of a degree above absolute zero, and observing the phase transition from thermal to quantum matter as a high-density peak building up in the center of the gas.

https://fi.wikipedia.org/wiki/Bosen%E2%80%93Einsteinin_kondensaatti

Wikipedia selittää tätä  Bose-Einstein kondensaattia seuraavasti suomalaisessa  osiossaan: 

“Bosen–Einsteinin kondensaatti on kvantti-ilmiö, jossa suuri määrä hiukkasia menettää yksilöllisen luonteensa ja kondensaatti alkaa noudattaa kvanttimekaniikan lakeja kuin kyseessä olisi yksi hiukkanen.[1] Kondensaatti on tyypillisesti matalassa lämpötilassa esiintyvä aineen tila, jossa makroskooppisesti merkittävä määrä alkeishiukkasista voi miehittää alinta mahdollista energiatilaa. Kondensaatio - kondensoituminen - on tuttu ilmiö ilmankosteuden tiivistyessä kylmään pintaan[1]. Bosen–Einsteinin kondensaatti muodostuu kuitenkin aineen pienimmistä osista, jopa valosta eli fotoneista. Myös kvanttimaailmassa hiukkasten täytyy päästä eroon ylimääräisestä energiastaan; 'kondensoitua viileämpään pintaan ja luovuttaa energiaansa'. Kondensoitumisprosessi - tiivistyminen - kestää tyypillisesti millisekunneista yhteen sekunnin biljoonasosaan.[1] Bosen–Einsteinin kondensaatti voi muodostua vain hiukkasilla, jotka noudattavat Bosen–Einsteinin statistiikkaa^. Bosen–Einsteinin kondensaatti on havaittu jo monille eri hiukkasille, kuten atomeille ja valolle (fotoneille). Ilmiön rajoja ei vielä (v. 2018) tunneta.[2]

Ilmiö on saanut nimensä S. N. Boselta ja Albert Einsteinilta. Bose ennusti tilan fotoneille teoreettisesti ja Einstein ja Bose laajensivat teoriaa koskemaan myös massallisia hiukkasia vuosina 1924–1925 .[3]

Historiallisesti ensimmäinen kokeellinen havainto kondensaatiosta oli nestemäisen heliumin faasitransitio supranesteeksi 2,73 kelvinin lämpötilassa (−270,42 Celsiusastetta), jonka havaitsi Heike Kamerlingh Onnes vuonna 1913. Ilmiön selittivät teoreettisesti 1930-luvulla neuvostoliittolainen Lev Landau ja yhdysvaltalainen Richard Feynman. Kondensaatio on saatu aikaan myös kaasussa, missä se on atomien välisten vuorovaikutusten takia huomattavasti vaikeampaa kuin nesteessä. Vuonna 1995 Eric Cornell ja Carl E. Wieman jäähdyttivät rubidium-atomeja laserilla ja havaittiin, että niiden nopeusjakaumassa suurin osa atomeista oli perustilassa.[4] Cornell ja Wieman palkittiin tästä Nobelilla.[5]

Etsin mainituista  henkilöistä    tietoa Wikipediasta , myös listan  kaikista  fysiikan Nobel-palkinnosita: 

https://fi.wikipedia.org/wiki/Eric_Cornell (Nobel 2001)

https://fi.wikipedia.org/wiki/Carl_Wieman (Nobel 2001)

https://fi.wikipedia.org/wiki/Richard_Feynman (Nobel 1965)

https://fi.wikipedia.org/wiki/Lev_Landau (Nobel 1962) Nesteiden suprajohtavuus

https://fi.wikipedia.org/wiki/Albert_Einstein (Nobel 1921)

https://fi.wikipedia.org/wiki/Satyendra_Bose

https://fi.wikipedia.org/wiki/Heike_Kamerlingh_Onnes Suprajohtavuuden löytäjä (Nobel palkinto 1913)

https://www.nobelprize.org/prizes/lists/all-nobel-prizes-in-physics/

WHO on tehnyt yhteenvetoa pandemiatilanteesta tänään 6.4. 2023 .

WHO kertoo vielä ilmenneen  3.4 miljoonaa  uutta  Sars-cov-2 tartuntaa ja  kuolemantapauksiakin on kirjattu 28 päivän sisällä  covidin syyksi  23 000  eiliseen mennessä. Vaikka  globaalisti ottaen nämä lukemat osoittaisivat  sairastuvuudessa 28 prosentin ja kuolleisuudessa 30 prosentin laskua ja pandemia-allon   alenevaa  trendiä niin joissain maissa tapahtuu vielä  noususuuntaa .  Jopa 74 maata (31% WHO:n jäsenmaista) raportoi  uusia  tapauksia ilmenevän  20 % tai  enemmänkin,  kun vertaillaan  viimeksi vierähtänyttä 28 päivän jaksoa siä edeltävään yhtä pitkään jaksoon. Siis maailmassa on  tämän vuoden huhtikuun toiseen päivään mennessä  yhteenä 762 miljoonaa  ihmistä   saanut  varmennetun  covid-tartunnan  ja  yli  6,8  covidista johtuvaa kuolemantapausta  on   raportoitu. 

Käyränä kokonaistilanne:  https://covid19.who.int/

Tähän  epidemiologiseen 137.:een  viikkotiedotukseensa   WHO sisällyttää seuraavia asioita: 

*EPIDEMIOLOGINEN PÄIVITYS COVID:19:sta  globaalilla  ja alueellisilla tasoilla.

*PÄIVITYS SARS-Cov-2  VOI ja VUM-varianteista  

*PÄIVITYS Covid-19 infektioon liittyvistä  sairaalahaoitoon ottamisista ja tehohoitoon lähettämisistä

• Home/
• Publications/
• Overview/
• Weekly epidemiological update on COVID-19 - 6 April 2023

Weekly epidemiological update on COVID-19 - 6 April 2023

Edition 137

6 April 2023

 | Emergency Situational Updates

Overview Globally, nearly 3.3 million new cases and over 23 000 deaths were reported in the last 28 days (6 March to 2 April 2023), a decrease of 28% and 30%, respectively, compared to the previous 28 days (6 February to 5 March 2023). Despite this overall downward trend, it is important to note that 74 (31%) countries have reported increases in new cases of 20% or greater during the last 28 days compared to the previous 28-day period. As of 2 April 2023, over 762 million confirmed cases and over 6.8 million deaths have been reported globally.

In this edition, we include:

• The COVID-19 epidemiological update at the global and the regional levels
• An update on the SARS-CoV-2 variants of interest (VOI) and variants under monitoring (VUM)
• An update on hospitalizations and ICU admissions related to COVID-19

All Weekly Epidemiological and Operational Updates

WHO Team

Emergency Response

Uusin tag taulukko linkki designaatiot , varianttien nimet GITHUB asianumero#

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/releases/tag/v1.19 

Sitaatti otettu 6.4. 2023 klo 21:09. 

Linkki 1.5. 2023

Here is a record for aliases: https://github.com/cov-lineages/pango-designation/blob/master/pango_designation/alias_key.json

WHO label is not commonly used any more because all recently designated and circulating lineages (since alias BC*) are Omicron, except for several Delta-Omicron recombinants (XAY*, XBC*).

tag taulukkoa GITHUB tietueesta esiin v1.19 Muutamia VUM luokkaan 30.3. 2023

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/releases/tag/v1.19 

(On myöhäisempikin  tag taulukko, mutta  asetan VOI ja VUM merkinnät tähän aikaisempaan muistiinpanoon tänään 6.4. 2023)  

Tästä  v.1.19-taulukosta sitten löytää jo tämän XBB.1.16 variantin.  Edellinen taulukko antoi vain XBB.1.15:ta asti.

Tässä on on kyse XBB* ryhmän sarjasta XBB.1, josta  suurimman huomion on  saanut XBB.1.5*

 ja se on yksinään  VOI-ruudussa. https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

ja kuten huomaa VOC-variantiksi näistä mikään ei kuitenkaan  yksinään  tällä hetkellä yllä. 

Muutamia mainintoja tag  taulukoista

XBB.1,   Definition: (S:G252Y),  Issue#1088.  (Orf 1ab:P5371) , (Nuc G -A mutaatio).

XBB.1.1, Def. (ORF1A P309L).

XBB.1.2. Def. (S: S640F).

XBB. 1.3. Def. (S: A484T.

XBB. 1.4,  Def. (S: T883I).

XBB.1.4.1. (S: S673G). Issue #1352.

XBB.1.5  Tästä tulee paljon alaryhmiä ad  XBB.1.5.39  ainakin  minulla on  jo merkattuna muistiin erikseen) . 

WHO: XBB.1.5   on VOI-luokiteltu ja saanut riskiluokitteluja: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

XBB.1.6,  (S:216F), (S:H146K). Issue #1428.  (WHO 30.3. 2023 :  VUM luokkaan)

XBB.1.7,  Def. (S:V608I).

XBB.1.8,  Def.(Spike : 186ins SGG)(NucC3241T).

XBB.1.9,   Def. ORF1a: (G1819S), ORF1aT4175I)

XBB.1.9.1  Def. (S:S486P)   WHO: 30.3. 2023: VUM luokkaan.https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

XBB.1.9.2 =" EG". (S:F486P) (A27807C, A16078T)

EG.1, Def.     (S:Q139)

XBB.1.9.3 (ORF1b)

XBB.1.10 (S:R403K, vaccine escape) , (S:A852V),  fusion peptide  region

XBB.1.11,  (nuc C13968A), (nucG16377A)

XBB.1.11.1 (S:S486P).  Issue #1490.

 

XBB.1.12 (S:Y453F)

XBB.1.13 (S: S490P)

XBB.1.14 (S:G75V, S:E554K)

XBB.1.15

XBB.1.16  /(WHO 30.3. 2023: VUM luokittelu:   https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

Koko uuden  VOI ja VUM taulukon asetan seuraavaan + uusimman  WHO tekstin linkin.  6.4.2023

Nopeiten kasvava ei-XBB-johteinen linja on tällä kertaa FK.1 (CH.1.1.17.1)

 https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1718

"CH.1.1.17 + S:D215G, S:Q613H(228 sequences) #1718

we've added lineage FK.1 with 70 newly designated sequences, and 89 updated from CH.1.1 (30) and CH.1.1.17 (59). Defining mutation A22206G (S:D215G) (following C11750T (ORF1a:L3829F), G23401T (S:Q613H)). "

/lineage_notes.txt

CH.1.1.17 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.17, M:S212G, on C21811T branch, from #1753

FK.1 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.17.1, found mainly in New Zealand and Australia, from pango-designation issue #1718

 

 

(to remember  code "CH":  ( Tämä oli merkattu  WHO;n   monitoroitavien linjojen luetteloon ja se todellakin n  tuottanut paljon alalinjaa edelleen. Tällä kertaa vielä nopeinta kasvua  kaikkein ei-XBB kinjojen  joukossa  ( fastest  among non-XBBs).

/lineage_notes.txt

BM.4.1.1 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1, mainly found in India, defined by S:346T

CH.1 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1, defined by S:K444T, issue #1113

CH.1.1 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1, defined by S:L452R, issue #1113

CH.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.75.3.4.1.1.1.1.1, defined by S:N185D

Text

Showing the top three matches Last indexed Apr 3, 2023

pango_designation/alias_key.json

"CE": "B.1.1.529.5.2.33",

"CF": "B.1.1.529.5.2.27",

"CG": "B.1.1.529.5.2.26",

"CH": "B.1.1.529.2.75.3.4.1.1",

 

Uusi linja XAC saanut virstanpylväänsä (milestone)

Tämä rekombinantti muodostuu mahdollisesti  linjojen  BA.2.75* ja BQ.1* kesken.

https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/1752

agamedilab  commented Mar 11, 2023

Proposal for a potential BA.2.75*/BQ.1*recombinant sublineage
Earliest sequence: 22.12.2022 (Singapore)
Countries detected: Singapore, Malaysia, USA, England, Austria

This is another potiential BA.2.75*/BQ.1* recombinant sublineage defined by S:D111N, ORF1ab:T1828N, ORF3a:S195P. Nextclade identifies the sequences as XBP or XBS while usher places them within BA.2.75. 42 seq. as of 11.03.23.

Gisaid query: C5748A, T13324C, G21893A, C22747T, T25975C

Defining Mutations:
nuc unique C5748A, T13324C, G21893A, C22747T, T25975C
nuc homoplasies C11124T, C23595T
ORF1ab unique T1828N
ORF1ab homoplasies A3620V
S unique D111N
S homoplasies T678I
ORF3a unique S195P

 . We've added lineage XCA with 41 newly designated sequences, and 0 updated. 

Defining mutations C5748A (ORF1a:T1828N), C11124T (ORF1a:A3620V), T25975C (ORF3a:S195P), G21893A (S:D111N), C23595T (S:T678I), T13324C, C22747T (following G18583A (ORF1b:V1706I)).

 

 --LISÄYS:

(Linkissä on USHER ja NEXTSTRAIN  kuvaajat) 

(Tällä linjalla XCA  on alakladi, joka saanee siten oman linjanimensä myöhemmin. sen aminohappomuutos kuvataan myös linkissä :  "Small subclade defined by ORF1ab: T749A, P7013L, R7014H, R7014S (11 seq., England) maybe worth proposing on its own.ORF1b:P2612L ORF1b:R2613N ")