Leta i den här bloggen

måndag 21 mars 2022

BA.3 yhteydessä mainittua kirjallisuutta

 

BA.3 Publications & Resources

8 results
viewing results 1 − 8 of 8

BA.2 virusvarianttia koskevia julkaisuja

 

BA.2 Publications & Resources

46 results
Publication
The Omicron SARS-CoV-2 epidemic in England during February 2022 Marc Chadeau-Hyam et al.medRxiv13 March 2022

Rekombinantti XD ja rekombinantti XF ovat BA.1 ja delta-linjan rekombinaatioita.

 XD on  Delta-peräisen linjan ja  Tanskan ja Ranskan BA:1 linjan rekombinaatio. Tästä ei vielä löydy  enempiä tietoja kuin se, että 22 näyteen perusteella on voitu hahmottamaa tämä  XD varianttimuoto. 


XF on  Deltan ja BA.1 UK-linjan jokin rekombinaatiomuoto ja se on määritelty 34 nöytteen perusteella. 

Näistä kummastakaan ei ole vielä enempiä tietoja taulukoituna.

Rekombinanttien XD, XE ja XF luettelo WHO lähteestä

 

XD

220Recombinant lineage of Delta and BA.1, France and Denmark lineage, from pango-designation issue #444
XE

225 0 Recombinant lineage of BA.1 and BA.2, UK lineage, from pango-designation issue #454
XF

34 0 Recombinant lineage of Delta and BA.1, UK lineage, from pango-designation issue #445 
(BA.1.11

00Lineage reassigned. Withdrawn: Does not have a reliable defining mutation)Otin tämän alimman BA.1.11 maininnan mukaan, sillä sen yläpuolelta BA.1 -linjojen  linkistä löysin nuo kolme rekombinanttimainintaa. 

 

Rekombinantti XE on BA.1 ja BA.2 UK- linjojen rekombinaatio

 XE rekombinaation yhteydessä on seuraavaa kirjallisuutta mainittu.,

XE Publications & Resources

8 results
Publication
Mechanisms of the Effects of Short-Term Inhalations of Xe and O V V Udut et al.Bulletin of experimental biology and medicine12 January 2022
Publication
Emergence of novel SARS-CoV-2 variants in the Netherlands. Aysun Urhan et al.Scientific reports29 November 2021
Publication
Dataset of enhanced UV-C emitting properties of Pr Junsang Cho Data in brief 6 May 2021
Publication

Aiemmin ( formerly) monitoroituja VUM -variantteja (FVM) on ollut runsaasti . 21.3.2022

 Huomaa: Allamainitut variantit ovat aiemmin monitoroituja, mutta niistä ei näytä  olevan haittaa eikä niitä nyt  kiertele merkitsevästi.

Formerly monitored variants

Former VOCs/VOIs/VUMs, including their descendent lineages, that have been reclassified based on at least one the following criteria: (1) the variant is no longer circulating at levels of global public health significance, (2) the variant has been circulating for a long time without any impact on the overall epidemiological situation, or (3) scientific evidence demonstrates that the variant is not associated with any concerning properties.
   

Pango  
lineage* 
GISAID cladeNextstrain  
clade 
Earliest documented  
samples 
Date of designation 
AV.1 GR-United Kingdom, Mar-2021 
VUM: 26-May-2021
FMV: 21-Jul-2021 
AT.1 GR-Russian Federation, Jan-2021 
VUM: 09-Jun-2021 
FMV: 21-Jul-2021 
R.1GR-Multiple countries, Jan-2021
VUM: 07-Apr-2021
FMV: 9-Nov-2021 
 
B.1.466.2 GH-Indonesia, Nov-2020
VUM: 28-Apr-2021 
FMV: 9-Nov-2021 
B.1.1.519GR20B/S.732AMultiple countries, Nov-2020
VUM: 02-Jun-2021
FMV: 9-Nov-2021 
C.36.3GR-Multiple countries, Jan-2021
VUM: 16-Jun-2021
FMV: 9-Nov-2021 
B.1.214.2G-Multiple countries, Nov-2020
VUM: 30-Jun-2021
FMV: 9-Nov-2021 
B.1.1.523GR-Multiple countries, May 2020

VUM: 14-July-2021

FMV: 9-Nov-2021

B.1.619G20A/S.126AMultiple countries, May 2020

VUM: 14-July-2021

FMV: 9-Nov-2021

B.1.620 G-Multiple countries, Nov-2020
VUM:14-July-2021 
FMV: 9-Nov-2021
B.1.630GH-Dominican Republic, Mar-2021

VUM: 12-Oct-2021

FMV: 29-Dec-2021

B.1.1.318GR-Multiple countries, Jan-202102-Jun-2021
C.1.2GR-South Africa, May 202101-Sep-2021

 

 

Huhua kulkee uudesta "deltakrom"- variantista. Mitä WHO sanoo. Katso aktuellit VUM-variantit

 

Huomaa: Monitoroidaan (VUM)  erästä rekombinanttia omikron- ja delta-alalinjojen kesken.

Variants under monitoring (VUM)

Working definition 

A SARS-CoV-2 variant with genetic changes that are suspected to affect virus characteristics with some indication that it may pose a future risk, but evidence of phenotypic or epidemiological impact is currently unclear, requiring enhanced monitoring and repeat assessment pending new evidence.  

Note: It is expected that our understanding of the impacts of these variants may fast evolve, and designated Variants under Monitoring may be readily added/removed; therefore, WHO labels will not be assigned at this time. Former VOIs/VOCs may, however, be monitored for an extended period under this category, and will maintain their assigned WHO label until further notice. 

 

Variants under monitoring (VUMs):

Pango  
lineage* 
GISAID cladeNextstrain  
clade 
Earliest documented  
samples 
Date of designation 
B.1.640GH/490R-Multiple countries, Sep-2021

22-Nov-2021

BA.1 x AY.4 recombinant--France, Jan-202109-Mar-2022

Pandemiastatustarkistus: Onko VOI -variantteja 21.3.2022? Ei ole aktuelleja kiertäviä VOI-variantteja

Huomaa: Aiemmin kiertäneet VOI-variantit on lueteltu 21.3. 2022, mutta aktiivisti kiertäviä VOI-variantteja ei  nyt havaita. 

There is no currently circulating variant of interest (VOI).

Previously circulating VOIs:

WHO label  Pango  
lineage*
GISAID cladeNextstrain  
clade 
Earliest documented  
samples 
Date of designation 
Epsilon

B.1.427

B.1.429

GH/452R.V1

21C

 

United States of America, Mar-2020

 

VOI: 5-Mar-2021

Previous VOI: 6-Jul-2021

 

Zeta

 

P.2

 

GR/484K.V2

 

20B/S.484K

 

Brazil, Apr-2020

VOI: 17-Mar-2021

Previous VOI: 6-Jul-2021

 

Eta

 

 

B.1.525

 

G/484K.V3

 

21D

 

Multiple countries, Dec-2020

VOI: 17-Mar-2021

Previous VOI: 20-Sep-2021

 

Theta

 

P.3

 

GR/1092K.V1

 

21E

 

Philippines, Jan-2021

VOI: 24-Mar-2021

Previous VOI: 6-Jul-2021

 

Iota

 

B.1.526

 

GH/253G.V1

 

21F

 

United States of America, Nov-2020

VOI: 24-Mar-2021

Previous VOI: 20-Sep-2021

 

Kappa

 

B.1.617.1

 

G/452R.V3

 

21B

 

India, Oct-2020

VOI: 4-Aprl-2021

Previous VOI: 20-Sep-2021

 

Lambda

 

C.37

 

GR/452Q.V1

 

21G

 

Peru, Dec-2020

VOI: 14-Jun-2021

Previous VOI: 9-Mar-2022

MuB.1.621GH21HColombia, Jan-2021

VOI: 30-Aug-2021

Previous VOI: 9-Mar-2022

*Includes all descendent lineages. The full list of Pango lineages can be found here: https://cov-lineages.org/lineage_list.html ; for FAQ, visit: https://www.pango.network/faqs/

 

Pandemiastatustarkistus 21.3.2022 WHO taulukko VOC variantit ja entiset VOC-variantit.

Huomaa muutos: Vain kaksi aktuellia kiertävää  VOC varianttia nyt taulukossa. 

 

 https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants

Currently circulating variants of concern (VOCs):

WHO label 

Pango  
lineage
GISAID cladeNextstrain clade Additional amino acid changes monitored°Earliest documented  
samples 
Date of designation 
Delta 

B.1.617.2

G/478K.V121A, 21I, 21J

+S:K417N

+S:K484K

India,  
Oct-2020 
VOI: 4-Apr-2021 
VOC: 11-May-2021
Omicron*B.1.1.529GR/484A

21K

 

+S:R346KMultiple countries, Nov-2021

VUM: 24-Nov-2021

VOC: 26-Nov-2021

*Includes all descendent lineages. The full list of Pango lineages can be found here: https://cov-lineages.org/lineage_list.html; for FAQ, visit: https://www.pango.network/faqs/

° Only found in a subset of sequences

Enhancing Response for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States

 Huomaa: Aiemmin kiertäneet variantit on poistettu aktuellisti kiertävien taulukosta: 

Previously circulating VOCs:

WHO label 

Pango  
lineage
GISAID cladeNextstrain clade Earliest documented  
samples 
Date of designation 

Alpha 

B.1.1.7 

GRY

20I (V1) 

United Kingdom,  
Sep-2020 

VOC: 18-Dec-2020

Previous VOC: 09-Mar-2022

Beta 

B.1.351 

GH/501Y.V2  20H (V2)South Africa,  
May-2020 

VOC: 18-Dec-2020

Previous VOC: 09-Mar-2022

Gamma 

P.1 

GR/501Y.V3  20J (V3) Brazil,  
Nov-2020 

VOC: 11-Jan-2021

Previous VOC: 09-Mar-2022

*Includes all descendent lineages.

Pandemiastatus tarkistus 21.3.2022 Tieteellisiä artikkeleita

 B.1.1.529 omikronia  koskevia artikkeleita 10 ( kaikkiaan  287 saatavilla)

B.1.1.529 Publications & Resources

287 results
Publication

 

måndag 14 mars 2022

Onkohan deltaomikron (deltakron) elinkykyinen uusi rekombinantti, nähtäneen kevään kuluessa.

 Täytyy kai edelleen katsoa niitä  proteiini-proteiini-interaktioita, joita sars-2 virus pystyy tekemään ihmisen proteiinien kanssa, sillä voi olla  kesemmällä kuitenkin uutta  pandemia-aaltoa ja uusia piirteitä.

Nyt sununtai-iltayöstä katselin kertauksena  asiaa mitokondriasta ja tumasta proteiinisynteesin teiden kannalta. 

Miten  vastasyntyneet proteiinit kulkeutuvat mitokondriaan? Mitokondrain  funktioon ja rakenteeseen  tarvitaan n 1500 erilaista proteiinia, niistä vain 13 koodautuu mitokondriaalisella DNA:lla ja muut koodautuvat tuman DNA:sta. Siis niiden täytyy kulkeutua sisälle mitokondriaan, jota ne pääsevät rakentumaan tai toimimaan  siinä.

Tiedetään että Sars-2 tekee interaktioita useisiin mitokondriaproteiineihin. Mm. TIM ja TOM -proteiiniperheiden  joihinkin  jäseniin. 

Löysyin yksinkertaisen kuvan netistä ja selityksen vuodelta 2010  kuudesta proteiinien mitokondriaan  translokoitumisjärjestelmästä.  Artikkeli keskittyi lähinn pääjärjestelmään tai dominoivaan järjestelmään TIM23. 

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S000527281000037X


söndag 13 mars 2022

COV Alfa variantti, assosiaatiota mikrokefaliaan ?

 https://www.jpost.com/health-and-wellness/coronavirus/article-700628

 

COVID-19 can make the brain shrink, cause memory loss - study

The study was conducted when the Alpha variant was dominant in Britain and is unlikely to include anyone infected with the Delta variant.

COVID-19 can cause the brain to shrink, reduce grey matter in the regions that control emotion and memory, and damage areas that control the sense of smell, an Oxford University study has found.

The scientists said that the effects were even seen in people who had not been hospitalized with COVID, and whether the impact could be partially reversed or if they would persist in the long term needed further investigation.

"There is strong evidence for brain-related abnormalities in COVID-19," the researchers said in their study, which was released on Monday.

Even in mild cases, participants in the research showed "a worsening of executive function" responsible for focus and organizing, and on an average brain sizes shrank between 0.2% and 2%.

The peer-reviewed study, published in the Nature journal, investigated brain changes in 785 participants aged 51–81 whose brains were scanned twice, including 401 people who caught COVID between their two scans. The second scan was done on average 141 days after the first scan.

 

The study was conducted when the Alpha variant was dominant in Britain and is unlikely to include anyone infected with the Delta variant.

Studies have found some people who had COVID suffered from "brain fog" or mental cloudiness that included impairment to attention, concentration, speed of information processing and memory.

The researchers did not say if vaccination against COVID had any impact on the condition but the UK Health Security Agency said last month that a review of 15 studies found that vaccinated people were about half as likely to develop symptoms of long COVID compared with the unvaccinated.

 

 

 

 

tisdag 8 mars 2022

Omikron on saanut lisää luokiteltuja alalinjoja

 Omikronin päälinjat ovat BA.1, BA.2 ja BA.3.   Kaiken kaikkiaan  pandemiaa hallitseva omikron osoittaa  maailmassa  otteensa  irtoamista  kansoista, BA.1 ja BA.1.1 käyrät ovat laskuun päin. . Hieman vielä  BA.2   nostaa  esiintymislukuaan ja  BA.3 tuottaa vielä jotain  jälkikasvua eikä suostunutkaan  täysin katoamaan. Globaalinen tartuntaluku on  445 096 612 varmistettua tapausta.Covid- kuolemantapauksia 5 998 301. (Lisätieto 3/22 : Todellisen mortaliteetti uvun arvellaan olevan kolminkertainen). Ukrainan kriisin ja pakolaisten  valtavan määrän  vaikutus Euroopan pandemiseen tilanteeseen näkyy vasta parin viikon päästä. Pois kodeistaan on joutunut  siirtymään käsittämättömän monta  henkilöä  epäinhimillisen sodan takia keskellä aikamme Eurooppaa. WHO  antaa  raportteja Ukrainan kriisin  vaikuttaman  terveystilanteen heikentymisen takia ja  terveydenhoitohenkilöstöön kohdistuneen  väkivallan ja uhan takia. 


BA.1 omaa seuraavat  alalinjat 

BA.1.1. tämä linja tulee  yhdeksi hallitsevaksi omikronlinjaksi ja saa omia alalinjoja.
 BA.1.2 , Mayotten ja Reunionin linja;
BA.1.3, Kanadan linja;
BA.1.4, Ranskan linja;
BA.1.5, UK:n linja;
BA.1.6, Kanadan ja Sint Maartinin linja;
BA.1.7, UK:n linja;
 BA.1.8,  Euroopan  linja;
BA.1.9, Brasilian linja;
 BA.1.10 , UK:n linja.
 (BA.1.11 poistettu joukosta, koska   sillä ei ole tarpeeksi selviä omia  definioittavia mutaatioita), 
BA.1.12, UK:n linja;
 BA.1.13, Euroopan linja;
 BA.1.13.1,Indonesian linja;
 BA.1.14, Brasilian ym linja;
BA.1.15, USA:n  ym linja;
 BA.1.15.1,UK:n linja;
 BA.1.16, UK:n  linja;
 BA.16.1, Taimaan, Kambodjan ja Indonesian linja;
 BA.1.17, Euroopan linja;
 BA.1.17.1, Australian linja.


Näistä alalinjoita BA.1.1. on saanut enemmän alalinjoja. Ne ovat:
BA.1.1.1. Euroopan linja.
BA.1.1.2, Japanin linja.
BA.1.1.3, Sveitsin linja;
BA.1.1.4, UK:n linja;
BA.1.1.5, Etelä-Korean linja;
BA.1.1.6, Kanadan linja;
BA.1.1.7, Intian ym. maiden linja;
BA.1.1.8, USA;n linja;
BA.1.1.9, Uuden Seelannin linja;
BA.1.1.10, Kanadan linja;
BA.1.1.11, Euroopan linja;
BA.1.1.12, UK:n linja;
BA.1.1.13, UK:n linja;
BA.1.1.14, Euroopan linja;
BA.1.1.15, Euroopan ja Australian linja;
BA.1.1.16, Kanadan ja USA:n linja.
Nämä linjat on voitu  merkata selvien tyyppimutaatioiden takia, mutta niistä ei ole  enemmän uudempia löytöjä sen jälkeen kun linja on määritelty.

BA.2 on saanut myöskin jo alalinjamerkintöjä seuraavat alalinjat:
BA.2.1, UK:n linja;
BA.2.2. Hong- Kongin linja;
BA.2.3, Filippiinien ym  linja.
 
BA.3 ei omaa vielä alalinjoja.
 Otan sitaatin WHO-linkistä näistä omikroneista ja sen kaikista määritellyistä  alalinjoista (BA) 

Lineage List


Lineage Most common countries Earliest date # designated # assigned Description WHO Name
BA.1 United Kingdom 42.0%, United States of America 27.0%, Germany 4.0%, Denmark 4.0%, Canada 2.0% 2021-09-10 124 881373 Alias of B.1.1.529.1, from pango-designation issue #361 Omicron
BA.1.1 United States of America 43.0%, United Kingdom 26.0%, Germany 5.0%, Japan 5.0%, France 3.0% 2021-09-13 391 702084 Alias of B.1.1.529.1.1, from pango-designation issue #360
BA.1.1.1

6023 0 Alias of B.1.1.529.1.1.1, European lineage
BA.1.1.2

6247 0 Alias of B.1.1.529.1.1.2, Japan lineage
BA.1.1.3

291 0 Alias of B.1.1.529.1.1.3, Switzerland lineage
BA.1.1.4

792 0 Alias of B.1.1.529.1.1.4, UK lineage
BA.1.1.5

106 0 Alias of B.1.1.529.1.1.5, South Korea lineage
BA.1.1.6

353 0 Alias of B.1.1.529.1.1.6, Canada lineage
BA.1.1.7

233 0 Alias of B.1.1.529.1.1.7, lineage in India and other countries
BA.1.1.8

381 0 Alias of B.1.1.529.1.1.8, USA lineage
BA.1.1.9

228 0 Alias of B.1.1.529.1.1.9, New Zealand lineage
BA.1.1.10

1146 0 Alias of B.1.1.529.1.1.10, Canada lineage
BA.1.1.11

1994 0 Alias of B.1.1.529.1.1.11, European lineage
BA.1.1.12

1929 0 Alias of B.1.1.529.1.1.12, UK lineage
BA.1.1.13

4148 0 Alias of B.1.1.529.1.1.13, UK lineage
BA.1.1.14

6394 0 Alias of B.1.1.529.1.1.14, European lineage
BA.1.1.15

6339 0 Alias of B.1.1.529.1.1.15, Europe and Australia lineage
BA.1.1.16

1020 0 Alias of B.1.1.529.1.1.16, Canada and USA lineage
BA.1.2

61 0 Alias of B.1.1.529.1.2, Mayotte and Reunion lineage
BA.1.3

198 0 Alias of B.1.1.529.1.3, Canada lineage
BA.1.4

183 0 Alias of B.1.1.529.1.4, France lineage
BA.1.5

191 0 Alias of B.1.1.529.1.5, UK lineage
BA.1.6

253 0 Alias of B.1.1.529.1.6, Canada and Sint Maarten lineage
BA.1.7

473 0 Alias of B.1.1.529.1.7, UK lineage
BA.1.8

354 0 Alias of B.1.1.529.1.8, European lineage
BA.1.9

309 0 Alias of B.1.1.529.1.9, Brazil lineage
BA.1.10

1252 0 Alias of B.1.1.529.1.10, UK lineage
BA.1.12

1862 0 Alias of B.1.1.529.1.12, UK lineage
BA.1.13

1520 0 Alias of B.1.1.529.1.13, European lineage
BA.1.13.1

1536 0 Alias of B.1.1.529.1.13.1, Indonesia lineage
BA.1.14

4538 0 Alias of B.1.1.529.1.14, lineage in Brazil and other countries
BA.1.15

35933 0 Alias of B.1.1.529.1.15, lineage in USA and other countries
BA.1.15.1

20040 0 Alias of B.1.1.529.1.15.1, UK lineage
BA.1.16

7687 0 Alias of B.1.1.529.1.16, UK lineage
BA.1.16.1

63 0 Alias of B.1.1.529.1.16.1, Thailand, Cambodia and Indonesia lineage
BA.1.17

8434 0 Alias of B.1.1.529.1.17, European lineage
BA.1.17.1

309 0 Alias of B.1.1.529.1.17.1, Australia lineage
BA.2 United Kingdom 37.0%, Denmark 34.0%, India 6.0%, Germany 5.0%, Sweden 4.0% 2021-11-17 14 218147 Alias of B.1.1.529.2, from pango-designation issue #361 Omicron
BA.2.1

532 0 Alias of B.1.1.529.2.1, UK lineage
BA.2.2

68 0 Alias of B.1.1.529.2.2, Hong Kong lineage
BA.2.3

1938 0 Alias of B.1.1.529.2.3, lineage in Philippines and other countries
BA.3 Poland 70.0%, South_Africa 12.0%, United Kingdom 5.0%, Germany 3.0%, Denmark 2.0% 2021-11-23 5 527 Alias of B.1.1.529.3, from pango-designation issue #367 Omicron
BA.1.11

0 0 Lineage reassigned. Withdrawn: Does not have a reliable defining mutation