https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.29.424530v2.full
SARS-2 viruksen nsp6 on proteiinituotteena lyhyehkö,vain 290 proteiinia. Swiss Model antaa tästä TM-proteiinista niukan kuvauksen mitärakenteeseen tulee. Löydän kuitenkin TASSER-1 mallista tietoa ja myös Protter-mallista. Jo peptidiketjusta voi päätellä, että se on asennettu täyteen funktionaalisia motiiveja. Sen transmembraaninen rakenne läpäisee kalvon 7 kertaa. Tänään olen katsonut sen aminohapoistakoostuvia funktiomotiiveja.
Yhdessä funktionaalisessa kohdassa on tiivistymä aromaattisia aminohappoja leusiinien kera. Lisäksi esiintyy insertiosubstituutiota , joka lisää fenylalaniineja ja muuttaa tyrosiininkin fenylalaniinimuotoon ( Y38F ja Ins.38F.
Täten koronaviruksille tyypillinen kohta SLFFFLFY tehostuu muotoon SLFFFLFFF jolloin siinä on peräkanaa kaksi motiivia LFFF joka muistuttaa ryhmästä Agnoproteini funktio, produktiivinen virusinfektio..x voi olla mikä tahansa aminohappo, myöskin L tai F
Yleiskaava tuolle funktiolle on:
L (FL) (VI) F (VIL)LE(LF)LLxF
Rakentessa on usea H, D ja C. Jonkin mallin Zn finger muodostuu seitsemän C:n kesken.
Jotainw- toistojaksojakin on. Löytyy kuusi w:tä.
Ottaen huomioon että Zn- rakenteissa voi esiintyä myös H ja D, niin aika paljon on H, D ja C aminohappoja. Ottane huomioon, että Spikproteiinin viruksen sisäinen pätkä sisältää sinkkirakennetta, niin voi ymmärtää että virus kerää sinkkiä itseensä näillä tekijöillä jotka vastaavat virionin produsoimisesta.
