Virusripuleista: ROTAVIRUS

Kun tulokset on saatu kokoon, saadaan tietään myös ROTA-virustaudin merkityksestä yli 70-vuotiaiden  virusperäisissä  mahataudeissa: Siteeraan tutkimuksen netistä. Se on jopa juuri  tämän läänin projekti! http://www.researchweb.org/is/vgr/project/222941

 Hain  tietoja yli 70 vuotiaiden Rotaviruksen luonteesta, mutta tietoja  puuttuu vielä

" IÄKKÄIDEN ROTAVIRUS" --"Tutkimustuloksia puuttuu."

Rotavirus genotyper i Västsverige under 2015-2017
Projektnummer : 222941
Skapat av: Maria Andersson, 2016-12-08
Senast ändrad av: Maria Andersson, 2017-02-13
Projekt inkommet till: FoU i Västra Götalandsregionen
Publicerad

1.Översiktlig projektbeskrivning

Engelsk titel

Rotavirus genotypes i western Sweden, 2015-2017.

1.1. Populärvetenskaplig sammanfattning av projektet

Gastroenterit som ger symtom i form av diarré, ofta i kombination med kräkning eller feber, orsakad av rotavirus i Sverige är relativt vanlig, särskilt hos små barn. Rotavirus indelas i undergrupper, genotyper, baserat på genetiska skillnader mellan olika virusstammar. Genom att studera förekomsten av olika virusgenotyper hos olika grupper av individer och genotypernas förändring över tid kan man få en bättre uppfattning om dessa infektioners epidemiologi. Syftet med studien är att undersöka cirkulerande rotavirus genotyper i Västsverige under åren 2015-juni 2017, både bland barn och äldre. Studien är viktigt för att bättre förstå spridningen av rotavirus i samhället och på sjukhus där infektionen också drabbar äldre, samt övervakning av genotyper inför och efter introduktionen av vaccin mot rotavirus. Rotavirus vaccin erbjuds kostnadsfritt i Västra götaland för alla barn sedan april 2016 .

Inkommande prover med misstanke om gastroenterit, för diagnostik hos Klinisk mikrobiologi, SU, analyseras med PCR avseende gastroenteritorsakande virus (rotavirus, norovirus, sapovirus, astrovirus, adenovirus). Prover med ett positivt utfall för rotavirus kommer att väljas ut för vidare analys av genotyp. Den metod som kommer att användas för genotypning i projektet är utvecklad vid vårt laboratorium, en multiplex realtids- PCR som riktar sig mot genotypspecifika gener.  

Humant rotavirus grupp A indelas i serotyper utefter skillnader i två ytproteinerna, glykoprotein VP7 och det proteas känsliga proteinet VP4. VP7 representerar så kallade G-typer och VP4 P-typer. Kombinationen av dessa G och P typer bestämmer genotypen. Analysen kommer att innehålla PCR-reaktioner mot 6 olika G-typer (G1, G2, G3, G4, G9 och G12) och 3 olika P-typer (P4, P6 och P8). Valet av genotyper som ingår i analysen är gjort för att kunna detektera de dokumenterat vanligaste genotyperna, G1P[8], G2P[4], G3P[8], G4P[8] och G9P[8], vilka tillsammans står för 80% av rotavirus infektionerna i världen.

1.2. Vetenskaplig sammanfattning av projektet

Infektiös gastroenterit är en relativt vanlig infektion som ger symtom i form av diarré, ofta i kombination med kräkning eller feber. Orsaken kan vara virus, bakterier eller protozoer. Virusorsakad gastroenterit orsakad av rotavirus i Sverige är relativt vanlig, särskilt hos små barn där morbiditeten är hög men mortaliteten låg. Studier av rotavirus hos äldre saknas både i Sverige och internationellt men misstänks även vara ett problem även för den populationen.
Rotavirus indelas i undergrupper baserat på genetiska skillnader mellan olika virusstammar. Genom att studera förekomsten av olika virusgenotyper hos olika grupper av individer och genotypernas förändring över tid kan man få en bättre uppfattning om dessa infektioners epidemiologi, vilket är viktigt bl.a. för beslut om förebyggande åtgärder såsom vaccination. Senaste decenniet har rotavirusvaccination införts i det generella barnvaccinationsprogrammet i många länder efter rekommendation från WHO 2009 (1), dock ännu inte i Sverige. Vaccin mot rotavirus har erbjudits kostnadsfritt lokalt i vissa regioner och från och med april 2016 gäller detta även Västra götalands regionen. Tidigare studier av rotavirus har fokuserat på barn och den senaste studien redovisar genotyper som cirkulerade för snart 10 år sedan (2). För att kunna studera effekten av vaccinet är det viktigt att dokumentera den uppskattade sjukdomsbördan av rotavirus men även vilka genotyper av viruset som cirkulerar före, under och efter introduktion av vaccin (3).
För att dokumentera vilka genotyper som cirkulerade före eventuellt införande av rotavirus vaccin analyserades alla rotavirus prover med avseende på genotyp, som utföll positiva vid rutin diagnostik på Klinisk Mikrobiologi, SU, under 2010-2014. Resultatet av denna studie visade stora förändringar över tid av cirkulerande genotyp samt en skillnad av genotypsdistributionen hos barn och äldre.

Syfet med aktuell studie är att undersöka cirkulerande genotyper i Västsverige under åren 2015-juni 2017, vilket medför en uppdatering av kunskapsläget precis före och under införande av vaccination samt ny kunskap om samband mellan infektioner hos barn och äldre.Följande frågeställningar föranleder arbetet av att studera cirkulerande rotavirus genotyper, i anslutning till och under införandet av vaccin:

• Vilka rotavirusgenotyper förekommer i olika åldersgrupper under 2015-2017 i Västsverige
  
• Har det skett en förändring i cirkulerande genotyper under 2015-2017 jämfört med 2010-2014?
  
• Finns det skillnader i cirkulerande rotavirus genotyper som kan härledas till införande av vaccin?
  
• Ändras eller kvarstår skillnaden i rotavirus frekvens mellan barn och äldre samt finns det ett mönster i vilken genotyp som i större utsträckning drabbar en viss åldersgrupp under 2015-2017 i relation till 2010-2014?
  

Påvisning av rotavirus i rutindiagnostik utförs med realtids-PCR som riktar sig mot en generell gen för humant rotavirus grupp A, NSP3. Den metod som kommer att användas för genotypning i projektet är utvecklad vid vårt laboratorium, en multiplex realtids- PCR som riktar sig mot genotypspecifika gener. Humant rotavirus grupp A indelas i serotyper utefter skillnader i två ytproteinerna, glykoprotein VP7 och det proteas känsliga proteinet VP4. VP7 representerar så kallade G-typer och VP4 P-typer. Kombinationen av dessa G och P typer bestämmer genotypen (4,5). Analysen kommer därför att innehålla PCR-reaktioner mot 6 olika G-typer (G1, G2, G3, G4, G9 och G12) och 3 olika P-typer (P4, P6 och P8). Valet av genotyper som ingår i analysen är gjort för att kunna detektera de dokumenterat vanligaste genotyperna, G1P[8], G2P[4], G3P[8], G4P[8] och G9P[8], vilka står för 80% av rotavirus infektionerna i världen (6, 7). Om ett prov utfaller negativt för ovanstående genotyper kommer det att genomgå efterföljande analys med publicerad metod (8) för sekvensering.
Den främsta betydelsen av detta arbete är att öka den epidemiologiska kunskapen och skapa ett utgångsläge som ger möjlighet att studera effekten av införande av rotavirus vaccin på molekylär nivå. Trots att upptagningsområdet för studien är begränsat till Väst Sverige kan den ha ett nationellt intresse då antalet studier i Sverige är mycket få och dessutom utförda för många år sedan. Vikten av den här typen av studier har visats i många länder, där utarbetade rutiner föra att studera rotavirus vaccinet redan finns tillgängliga. Studien inkluderar alla åldersgrupper, till skillnad från majoriteten av rotavirus studier i världen som framför allt riktar sig mot barn, vilket även det kan ge oss ökad kunskap om hur rotavirus infektioner beter sig i olika åldersgrupper, med tyngdvikt på de över 70 år. Att studera rotavirus lokalt kan även ge Smittskyddsläkare stöd i att utarbeta en uppföljningsplan för rotavirusvaccination efter ett regionalt införande.

Referenser

1. Weekly epidemiological record. 2009 Dec 17;:1–8.
2. Rinder M, Tran AN, Bennet R, Brytting M, Cassel T, Eriksson M, et al. Burden of severe rotavirus disease leading to hospitalization assessed in a prospective cohort study in Sweden. Scand J Infect Dis. 2014 Apr;46(4):294–302.
3. Rotavirusinfektion i Sverige; Sjukdomsbörda, genotypsdistribution, förväntad effekt av rotavirusvaccin och förslag på en nationell övervakningsplan; Folkhälsomyndigheten Sverige. 2015
4. Estes MK, Kapikian AZ. Rotaviruses, p 1917–1974. Fields virology; 2007.
5. MATTHIJNSSENS J, Ciarlet M, McDonald SM, Attoui H. Uniformity of rotavirus strain nomenclature proposed by the Rotavirus Classification Working Group (RCWG) - Springer. Archives of …. 2011.
6. Gentsch JR, Laird AR, Bielfelt B, Griffin DD, Bányai K, Ramachandran M, et al. Serotype diversity and reassortment between human and animal rotavirus strains: implications for rotavirus vaccine programs. J Infect Dis. 2005 Sep 1;192 Suppl 1:S146–59.
7. Banyai K, LÁSZLÓ B, Duque J, Steele AD, Nelson E. Systematic review of regional and temporal trends in global rotavirus strain diversity in the pre rotavirus vaccine era: Insights for understanding the impact of rotavirus vaccination programs. Vaccine. 2012.
8. van Doorn LJ, Kleter B, Hoefnagel E, Stainier I, Poliszczak A, Colau B, et al. Detection and Genotyping of Human Rotavirus VP4 and VP7 Genes by Reverse Transcriptase PCR and Reverse Hybridization. J Clin Microbiol. 2009 Aug 31;47(9):2704–12.

Typ av projekt

Forskningsprojekt

MeSH-termer för att beskriva typ av studier

Hälso- och sjukvårdsundersökningar (Health Care Surveys)
Retrospektiva studier (Retrospective Studies)

(Endast valda alternativ visas. Klicka här om du vill se alla alternativ)

MeSH-termer för att beskriva ämnesområdet