Virusten kuvia

Pictures of viruses

September 25, 2011

http://www.smi.se/presstjanst/pressbilder/virus/

NF-kB yleistietoa (2)

NF-kB edustaa transkriptiotekijöitten perhettä, mikä normaalisti pitäytyy inaktiivina solun sytoplasmassa siten, että on olemassa estäviä eli inhibitorisia molekyylejä IkB perhe siihen tarkoitukseen.

NF-kB/Rel perhe näitä transkriptiotekijöitä mainitaan isäntäkehon immuunivasteitten mestarisäätelijöinä ( master regulators of host immune responses in mammals).
Tämä molekyyliperhe käsittää Rel proteiinit
( RelA(p65), RelB ja c-Rel ja NF-kB prekursoriproteiinit NF-kB1( p105) ja NF-kB2 (p100).

NFkB:n estäjämolekyylin perhe on IkB perhe:
Mutta monenlaisiin eri signaaleihin vasteena (signaali = tulehdussytokiini, bakteerituote, virustuote, solustressi) tämä estomolekyyli IkB fosforyloituu kahdesta kohdastaan ( kriittisistä seriinimolekyyleistään) ja silloin se suuntautuu kohti häviämistään, se poly-ubikitinoituu ja menee proteiinisilppuriin. Kun sen ote NF-kB-tekijästä irtoaa niin NF-kB pääse vapaana siirtymään tumaan.

Koska NF-kB taas on transkriptiotekijä, se aktivoi DNA:ssa transkriptiota useissa geeneissä, joissa on sitä tunnistavia elementtejä. Immuunivastegeenit, tulehdusvastegeenit, adheesion järjestäjät , kasvua kontrolloivat ja apoptoosilta suojaavat geenit tunnistavat NF-kB tekijän ja alkavat tuottaa vastaavia tuotteita.

Estäjämolekyyliperheen kinaasi, fosforyloija IKK
Kesti monta vuotta, ennenkuin pystyttiin ratkaisemaan IkB- inhibiittoreitten fosforylaatiosta vastaavat tekijät, kinaasit. Mutta sitten vuosien 1996- 1997 aikoihin pystyttiin puhdistamaan solun sytoplasmasta biokemiallisin menetelmin korkeamolekyylinen ympäriinsä migroituva kompleksi, joka oli kooltaan 700- 900 kDa ja siinä oli erotettavissa kaksi katalyyttistä alayksikköä Tätä merkattiin IKK nimellä, inhibiittorin Ik kinaasi. Alayksiköt merkattiin IKK alfa ja IKK beta nimillä.

Sen jälkeenkin vuonna 1998 löydettiin vielä IKK kompleksissa lisäosa ja sen nimeksi asetettiin IKKgamma tai NEMO. Myöhemmin sitä kutsuttiin vain NEMO nimellä. Vaikka tässä NEMO komponentissa ei esiintynyt katalyyttistä ominaisuutta, niin, jos NEMO komponentti puuttui, niin solussa ei pystynyt NF-kB-vasteet aktivoitumaan stimuluksista. Joten NEMO omasi myös jonkin avainrooliin tässä NF-kB signaalitiessä.

Ihmisen NEMO molekyylissä on 419 aminohappoa dimeerisessä molekyylissä. NEMO koodautuu X kromosomista Xq28.
IKKkompleksiin vaikuttanee vielä jokin muu tekijä, joka on kaskadissa tärkeä, jotta NF-kB aktivoituu kokonaan ja jotta IKK komponentteja (IkBalfa) rekrytoituu, esim DNA vauriossa tapahtuvassa NF-kB vasteessa.

Tunnetaan perinnöllisiä tautejakin, joissa IKK kompleksissa on jotain puutetta. Näistä sanotaan IKK-related genetic diseases. Silloin potilailla on mm. vaikeuksia luonnollisessa immuunipuolustuksessa sieni-infektioita, viruksia ja varsinkin bakteereita kohtaan. Myös adaptatiivisessa immuniteetissa on silloin vajeita. Esim IgG ja IgA immuunoglobuliineja voi tuottua liian vähän ja epäspesifistä IgM taas liikaa. NK solujen aktivaatio on myös heikkoa, vaikka soluja voisi olla tavallinen määrrä. Interferonien muodostus voi olla heikkoa. Immuunivaje on täten heijastusta monivaiheisesti säätyvän NF-kB järjestelmän fysiologisen toiminnan epätäsmällisyydestä.

NF-kB yleistietoa

http://www.bu.edu/nf-kb/
Katson yhden NF-kB translaatiotuotteen c-Rel aminohappojärjestyksen: Merkkaan essentiellit aminohapot mustalla: teen n 10 aa kpl pätkiä ja katson onko rakenne hyvin riippuva ravinnon essentielleistä aminohapoista. Näyttää olevan ainakin kaksi 6 aminohapon pätkää sellaista aminohappoa, jotka ovat vain ravinnosta saatavia ja joita keho ei kykene tekemään. Kuten kaikki proteiinisignaalijärjestelmät luontaisessa puolustuksessa, niin tämäkin vaatii hyvää ravinto- ja energiatasapainoa toimiakseen normaalisti.
Koska tämä NF-kB järjestelmä on hyvin kompleksinen luontaisessa immuunivastessa, on käsitettävä, että siihen ei voi mitään erityistä suoraa täsmälääketä järjestää, vaan kyse on proteiinien keskinäisen toiminnan sujuvuudesta kehossa. Näitä proteiineja on tässäkin järejstelmässä runsaasti ja ihminen voi omasta puolestaan tehdä sen että katsoo ravintonsa riittävän hyväksi, jotta kehon genomissa olemassaoleva järjestelmäö voi vapaasti toimia puolustustarkoituksessa. Jokainen puolustustekijä on proteiini, joka koostuu aminohapoista. Näistä aminohapoista on osa sellaisia, jotka tulevat vain ravinnossa eri proteiinilähteistä, ja vain osan keho voi syntetisoida aineenvaihdunnan hiiliketjuista ja saatavilla olevasta aminotypestä ja orgaanisesta rikistä. Yleensä korostetaan hiilihydraatteja ja rasvoja ruoassa ja proteiinit pidetään taustaseikkana, muta juuri proteiineilla on tärkeä osuus. on yleistä, että esim vanhukset käyttävät proteiinia aivan liian vähän. Myös ekonominen rasitus ja suuri köyhyys heijastuu biologisesti korkea-arvoisen ja hyvän proteiinin vähyyteen ravinnossa. Proteiiniin tulee kiinnittää enemmän huomiota kansanterveydessä. Biologisesti korkea-arvoisen jasolujen saatavilla olevan proteiinin tarve voi olla suurempi kuin nyky suositukset esittävät, jotta immuunipuolustus olisi paras mahdollinen. saattaa olla että kaupan proteiinit mutiloidaan liikaa niin että niistä ei ole saatavilla olevaa niin paljon kuin voisi olla enää siinä vaiheessa kun ravinto on syötynä kehossa ja tämä kostautuu yleisenä immuunivasteen huononemana kansassa.

metylalaniinia M,
tyrosiinia Y
valiinia V
isoleusiinia I
leusiinia L
treoniinia T
tryptofaania W
lysiiniä K
translation
="MASGAYNPYI
EIIEQPRQRG
MRFRYKCEGR
SAGSIPGEHS
TDNNRTYPSI
QIMNYYGKGK
VRITLVTKND
PYKPHPHDLV
GKDCRDGYYE
AEFGQERRPLF
FQNLGIRCVK
KKEVKEAIIT
RIKAGINPFN
VPEKQLNDIE
DCDLNVVRL
CFQVFLPDEH
GNLTTALPPV
VSNPIYDNRA
PNTAELRICR
VNKNCGSVRG
GDEIFLLCDK
VQKDDIEV
RFVLNDWEAK
GIFSQADVHR
QVAIVFKTPP
YCKAITEPVT
VKMQLRRPSD
QEVSESMDFR
YLPDEKDTYG
NKAKKQKTTL
LFQKLCQDHV
ETGFRHVDQD
GLELLTSGDP
PTLASQSAGI
TVNFPERPRP
GLLGSIGEGR
YFKKEPNLFS
HDAVVREMPT
GVSSQAESYY
PSPGPISSGL
SHHASMAPLP
SSSWSSVAHP
TPRSGNTNPL
SSFSTRTLPS
NSQGIPPFLRI
PVGNDLNASN
ACIYNNADDI
VGMEASSMP
SADLYGISDP
NMLSNCSVNM
MTTSSDSMGE
TDNPRLLSMN
LENPSCNSVL
DPRDLRQLHQ
MSSSSMSAGA
NSNTTVFVSQ
SDAFEGSD FS
CADNSMINESG
PSNSTNPNSH
GFVQDSQYSG
IGSMQNEQLS
DSFPYEFFQV"

Glycyrrhizin alentaa NF-kB influenssassa

PLoS One. 2011;6(5):e19705. Epub 2011 May 17. Glycyrrhizin exerts antioxidative effects in H5N1 influenza A virus-infected cells and inhibits virus replication and pro-inflammatory gene expression.

Michaelis M, Geiler J, Naczk P, Sithisarn P, Leutz A, Doerr HW, Cinatl J Jr.

Source

Institut für Medizinische Virologie, Klinikum der J.W. Goethe-Universität, Frankfurt am Main, Germany.

Abstract

Glycyrrhizin is known to exert antiviral and anti-inflammatory effects. Here, the effects of an approved parenteral glycyrrhizin preparation (Stronger Neo-Minophafen C) were investigated on highly pathogenic influenza A H5N1 virus replication, H5N1-induced apoptosis, and H5N1-induced pro-inflammatory responses in lung epithelial (A549) cells. Therapeutic glycyrrhizin concentrations substantially inhibited H5N1-induced expression of the pro-inflammatory molecules CXCL10, interleukin 6, CCL2, and CCL5 (effective glycyrrhizin concentrations 25 to 50 µg/ml) but interfered with H5N1 replication and H5N1-induced apoptosis to a lesser extent (effective glycyrrhizin concentrations 100 µg/ml or higher). Glycyrrhizin also diminished monocyte migration towards supernatants of H5N1-infected A549 cells. The mechanism by which glycyrrhizin interferes with H5N1 replication and H5N1-induced pro-inflammatory gene expression includes inhibition of H5N1-induced formation of reactive oxygen species and (in turn) reduced activation of NFκB, JNK, and p38, redox-sensitive signalling events known to be relevant for influenza A virus replication. Therefore, glycyrrhizin may complement the arsenal of potential drugs for the treatment of H5N1 disease.

NF-kB ja EBV

Alla lähteenä mainitussa kirjassa, joka monipuolisesti käsittelee NF-kB systeemiä, on kuvattu myös onkogeenisia viruksia, jotka käyttävät tätä järjestelmää kohteenaan. Tällaisia viruksia ovat ihmisen T-solu leukemia tyyppi 1- virus HTLV1, Kaposin sarkoomaan liittyvä herpes virus KSHV ja maailmassa yleinen EBV virus, Epstein-Bar virus. Nämä virukset koodaavat spesifisiä onkoproteiineja, joiden kohteena on NF-kB-järjestelmän erilaiset signaloivat komponentit, mistä johtuu, että NF-kB-järjestelmä joutuu pysyvään pinttyneeseen aktivaatiotilaan.

Tällä aktivaatio tai preaktivaatiotilalla taas on merkitystä muitten tautien suhteen, esim lintuinfluenssaviruksen infektoimiskyvyn suhteen ja muun taudin esim influenssan kulkuun eri yksilöillä.

Tämän takia on syytä silloin tällöin koettaa ymmärtää EBV-viruksen olemassaolon merkitystä. Onko se haitaton vai tulisiko siihen jollain tavalla suhtautua, esim. kehitellä jotain rokotetta, joka olisi enemmän hyödyksi kuin haitaksi. EBV viruksen suhteen voi kaikki tällainen olla kuitenkin enemmän haitaksi. onhan sitä 90%.lla maailman väestöä.

• Miten NF-kB aktivoituu kun EBV virus sitoutuu ja menee naiviin B-soluun?

Jos kyse on naiiveista B-lymfosyyteistä, niin EBV:n pääasiallinen vaipan glykoproteiini gp350/220 sitoutuu CD21(cluster of differentiation 21) tekijään joka on komplementtireseptorityyppi 2 (CR2) solun pinnalla.
Sitoutuminen tähän CD21 molekyyliin triggeröi NF-kB aktivaation.

Tästä sitoutumisesta seuraa (NF-kB inhibiittorin) IkB alfa:n fosforyloituminen proteiinikinaasilla PKC. Siitä seuraa sen hajoaminen ja nyt alkaa akkumuloitua tumaan p50 ja RelA hetero- ja homodimeerejä (NF-kB perhettä) . Kun NF-kB on aktivoitunut, virus DNA:ta menee solun tumaan ja latenttia virusproduktia alkaa transkriboitua seurauksena NF-kB:lle responsiivisen elementin triggeröitymisestä EB-viruksen Wp promoottorissa.
Sen takia EBV viruksen sitoutuminen aloittaa NF-kB aktivoitumisen- mitä taas onnistunut solun infektoiminen vaatii.
NF-kB aktiivisuus vuorostaan myös säätää ylös CD21 molekyylin ilmenemistä B-solussa, mikä lienee positiivinen feed back lisäämässä solun alttiutta päästää EBV-virusta sisäänsä.

• Miten NF-kB toimii kun vallitsee latentti EBV infektio?

EBV LMP1 proteiini on tarpeen viruksen latenssin muodostumiselle, vaikka sen tarve näyttää olevan vain väliaikaista ohimenevää ihmisessä tapahtuvan primäärin EBV virusinfektion aikana. Sitä on tavattu koeputkessa EBV- lymfoblastisolulinjasta kuten myös juuri infektoituneissa B-lymfosyyteissä latentin infektion aikana.
LMP1 aktivoi vahvasti NF-kB signaalitien ja vuorostaan säätyy itsestään ylös NF-kB:n avulla. Tämä on amplification loop, kiihtyvä lenkki, joka pitää vakaasti yllä korkeita NF-kB pitoisuuksia EBV-latenssin aikana.
EBV LMP1 on tärkeä latenssin ylläpidossa ja se voi vaimentaa lyyttisen reaktivaation NF-kB:sta riippuvan tai riippumattoman tien välityksellä.

LMP2 vaikuttaa myös NF-kB-signalointiin niissä lymfoomissa, jotka ovat EBV assosioituneita ja tämän se tekee epäsuoraa tietä.
Paradoksaalisesti EBNA1 proteiini sääti alas NF-kB signaalin eräissä nenänielun karsinoomasoluissa estämällä IKK alfa/beta fosforylaation.

EBNA1 antigeenia ilmenee kaikissa EBV+ jakaantuvissa soluissa, joten voidaan olettaa, että EBV on kehittänyt mekanismin, millä se säätää alas tämän transkriptiotekijän kehoinfektion aikana, jotta se välttää immuunijärjestelmän taholta tulevan tunnistuksen ( ja täten eliminoiduksi tulemisen).

On mahdollista, että NF-kB on vain ohimenevästi säätynyt ylös latenssin aikana, mutta pitkäaikaisen virusinfektion aikana sen aktiviteetti jäänee matalaksi.
Kuitenkin tällaista NF-kB:n alassäätymistä EBNA1:llä on raportoitu vain epiteliaalisista soluista, joten sen täytyy olla soluspesifistä eikä sitä ilmene latentisti infektoituneissa B-solureservoaareissa.

• Miten NF-kB suhtautuu EBV reaktivaation lyyttisessä reaktivoitumisessa?

EBV koodaa varhaisia proteiineja ( immediately early proteins) ZTA, BZLF1, bZIP tai ZEBRA. Seikka on tärkeä, jotta tapahtuisi vaihde lyyttisen replikaatioon. NF-kB pystyy estämään ZTA-ilmenemisen, erityisesti RelA proteiinillaan. Vuorostaan ZTA pystyy indusoimaan RelA proteiinin translokoitumisen tumaan ja samalla estämään sen transkriptionaalisen aktiivisuuden.
Sentakia NF-kB on tärkeä latenssin ylläpitäjänä ja sellaiset soluperäiset muutokset, jotka johtavat NF-kB-vähenemiseen, voivat johtaa ZTA ilmenemiseen.
Ja toisaalta kun indusoituu ZTA-expressio ( esim. B-solun differentioitumisen aikana kohti plasmasolua XBP-1 tekijästä) tämä johtaa NF-kB tumatekijän vähenemiseen, mikä taas sallii suuremman ZTA ilmenemispitoisuuden ja se propagoi lyyttistä kaskadia.

NF-kB on myös tärkeässä osassa lyyttisen virusreplikaation aikana vaikuttamalla ympäröiviin infektoitumattomiin tulehduksellisiin soluihin. EBV dUTPaasin vapautuminen perifeerisen veren mononukleaaristen solujen ja niistä peräisin olevien makrofagien mikromiljööseen aktivoi näissä soluissa Tollin reseptorien kaltaisten reseptorien (TLR2) välityksellä NF-kB:n .
Tämä dUTPaasi on nonstrukturelli virusproteiini, jota tuottuu lyyttisen vaiheen aikana EBV viruksesta. EBV-viruksen dUTPaasin kehittämä NF-kB aktivaatio loppujen lopuksi moduloi paikallista immuunivastetta, kun sytokiinieritys sen takia nousee, erityisesti IL-6 ja IL-10 eritykset.

• Miten latentit virusproteiinit LMP1 ja LMP2 aktivoivat NF-kB mekanismin?

LMP1 on kaikkein tärkein EBV antigeeni (tuote), mikä aiheuttaa konstitutiivisen NF-kB aktiivisuuden useimmissa EBV-virukseen liittyvissä pahanlaatuisissa taudeissa ja sillä on transformaatiokykyä niin kehossa kuin koeputkessa.
Se sitoo TRAF (TNF receptor associated factor) , indusoi NF-kB säätöiset geenit, jotka edistävät solun elossapysymistä ja proliferaatiota, mutta LMP1 indusoi monia eri signaaliteitä.
LMP2 on funktionaalinen homologi B-solujen BCR reseptorille, estää B-solun antigeenin indusoimaa aktivoitumista , vaikuttaa että B-solut ohittavat kehityksessään tärkeitä kontrollikohtia ja välttävät luuytimen, kolonisoituvat perifeerisiin lymfaattisiin elimiin. LMP2A ei voi yksin aktivoida NF-kB mutta vahvistaa LMP1 signalointia lisäämällä sen puoliintumisaikaa. LMP2 aktivoi PI3K, Akt, mTOR signaloinnin ja antaa elossapysymissignaaleja BCR negatiivisille B-soluille.

• Mikä osuus on NF-kB:llä EBV välitteisessä onkogeneesissä?

NF-kB signaalitien relevanssi on voitu osoittaa EB virusväliteisessä lymfomageneesissä. Jos on voitu eliminoida NF-kB aktiivisuus, indusoituu EBV-infektoidussa lymfoomasolussa apoptoosi koe-eläimessä ja koeputkessa. Tämä viittaa siihen että NF-kB on essentielli signaalitie, jonka virusperäinen onkoproteiini on aiheuttanut. RNAinterferenssitutkimuksilla on saatu selville että EBV virusantigeeni LMP1 omaa keskisen osuuden NF-kB-signaloinnin aktivoimisessa, mikä taas on välttämätön infektoituneen lymfoomasolun elossapysymiselle jatkossa.

Lähde:
Shao-Cong Sun and Ethel Cesarman: NF-kB as a target for oncogenic viruses
In: Michael Karin: NF-kB in health and Disease. Springer 2011

NF-kB tumatekijä , jolla on merkitystä esim. lintuinfluenssan vakavuusasteessa

Nyt alan kirjoittaa muutamia artikkeleita aiheesta NF-kB. Ensin tällainen sitaatti internetistä alustukseksi:


Short report Non-structural protein 1 (NS1) of avian influenza A viruses differentially inhibit NF-κB promoter activation

Muhammad Munir^1*, Siamak Zohari^1,2 and Mikael Berg¹

• * Corresponding author: Muhammad Munir

Author Affiliations

¹ Department of Biomedical Sciences and Veterinary Public Health, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Ulls väg 2B, SE-751 89 Uppsala, Sweden

² Department of Virology, Immunobiology and Parasitology, National Veterinary Institute (SVA), Ulls väg 2B, SE-751 89 Uppsala, Sweden

Virology Journal 2011, 8:383 doi:10.1186/1743-422X-8-383

The electronic version of this article is the complete one and can be found online at: http://www.virologyj.com/content/8/1/383

Received:	8 June 2011
Accepted:	2 August 2011
Published:	2 August 2011

© 2011 Munir et al; licensee BioMed Central Ltd.

This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

Abstract (Tiivistelmä)

Background (Tausta)

Influenza virus infection activates NF-κB and is a general prerequisite for a productive influenza virus infection. On the other hand, non-structural protein 1 (NS1) suppresses this viral activated NF-κB, presumably to prevent expression of NF-κB mediated anti-viral response. NS1 proteins of influenza A viruses are divided into two groups, known as allele A and allele B. The possible functional relevance of this NS1 division to viral pathogenicity is lacking.

INFLUENSSAVIRUSINFEKTIO aktivoi tumatekijän NF-kB ja se on edellytys influenssaviruksen produktiiviselle infektoimiselle. Ja toisaalta kuitenkin viruksen oma proteiini NS1 vaimentelee ja painaa villasella tätä viruksen isäntäsolussa aktivoimaa NF-kB vaikutusta. Oletettavasti siinä on tarkoituksena estää ennalta isäntäsolussa kehkeytyvä NF-kB-välitteinen antivirusvaste. Näitä viruksen NS1 proteiineja on kaksi ryhmää alleeli A ja alleeli B. Tämän NS1 osaston toiminnallinen relevanssi viruksen patogenisuudessa on kuitenkin puutteellisesti tiedossa.

Findings ( Havaintoja)

The ability of NS1 protein from two avian influenza subtypes, H6N8 and H4N6, to inhibit NF-κB promoter activation was assessed. Further, efforts were made to characterize the genetic basis of this inhibition. We found that allele A NS1 proteins of H6N8 and H4N6 are significantly better in preventing dsRNA induced NF-κB promoter activation compared to allele B of corresponding subtypes, in a species independent manner.

Työssä mitattiin kahdesta lintuinfluenssa-alatyypistä H6N8 ja H4N6 niitten kyvyt estää tumatekijän NF-kB promoottorin aktivaatiota. Tämän inhibition geneettistä perustaa koetettiin myös luonnehtia. Tutkijat havaitsivat, että näitten mainittujen virusten NS1 A-alleelin proteiinit olivat merkitsevästi parempia estämään dsRNA muodosta indusoituvaa NF-kB- promoottorin aktivaatiota vastaaviin B-alleeleihin verrattuna lajista riippumattomalla tavalla.

Furthermore, the ability to suppress NF-κB promoter activation was mapped to the effector domain while the RNA binding domain alone was unable to suppress this activation.

Edelleen havaittiin, että NF-kB-promoottoria vaimentava kyky kartoittui effektoridomaaniin, kun taas se domaani, joka sitoi RNA:ta, ei kyennyt yksinään vaimentamaan mainittua aktivaatiota.

Chimeric NS1 proteins containing either RNA binding domain of allele A and effector domain of allele B or vice versa, were equally potent in preventing NF-κB promoter activation compared to their wt. NS1 protein of allele A and B from both subtypes expressed efficiently as detected by Western blotting and predominantly localized in the nucleus in both A549 and MiLu cells as shown by in situ PLA.

Kimeeriset NS1 proteiinit, joissa oli joko A-alleelin RNA:ta sitova domaani B-alleelin effektoridomaanin kera tai päin vastoin, olivat aivan yhtä vahvoja estämässä NF-kB promoottorin aktivoitumista kun verrattiin vastaaviin wild type viruksen NS1 alleeleihin. Molempien virusalatyyppien NS1 proteiinien A ja B alleelien havaittiin ilmentyvän tehokkaasti ja lokalisoituvan ensisijaisesti tumaan yllämainituissa solututkimuksissa.

Conclusions (Johtopäätöksiä)

Here, we present another aspect of NS1 protein in inhibiting dsRNA induced NF-κB activation in an allele dependent manner. This suggests a possible correlation with the virus's pathogenic potential.

Tässä tiedemiehet esittävät erään uuden aspektin NS1 proteiinista estämässä viruksen dsRNA muodon indusoimaa NF-kB tumatekijän aktivoitumista allelleistaan riippuvalla tavalla.Tämä viittaa mahdolliseen korrelaatioon viruksen patogeeniseen potentiaaliin.

Introduction (Johdanto, hieman tarkempaa selvitystä ylläolevalle asialle seuraa: )

Within hours of host-pathogen interaction, the type 1 interferons (IFNs), an essential arm of innate immune response, are induced to initiate a range of antiviral processes.

Isäntäsolun ja patogeenin kesken tapahtuu tunneissa interaktiota, j9ssa luonnollisen immuunipuolustuksen taholta indusoituu ensiksi interferoni 1 (IFN 1) kuin essentiaaliseksi käsivarreksi, joka alkaa koko joukon antivirusprosesseja.

The binding of dsRNA, produced as a viral by-product (or administered externally such as poly I:C) to helicases or toll-like receptors (TLR), initiates a series of events culminating in the activation of two kinase complexes:

TANK-binding kinase 1-inhibitor of kappa B-kinase ε (TBK1-IKK-ε)

and IKK-α/β/γ [1].

Virusperäinen RNA, sen sivutuotteena muodostuva kaksisäikeinen dsRNAmuoto sitoutuu helikaasi-entsyymiin(RIG) tai Tollin reseptoriin(TLR) ja tästä sitoutumisesta alkaa tapahtumasarja, joka huipentuu kahden kinaasikompleksin aktivoitumiseen. (Kinaasit ovat fosforyloivia entsyymejä) . Nämä kompleksit ovat TBK1-IKK-epsilon ja IKK-alfa/beta/gamma.

TBK1-IKK-ε phosphorylates interferon regulatory factor 3 and 7 (IRF3 and IRF7) while IKK-α/β/γ phosphorylates and hence activates nuclear factor-κB (NF-κB) transcription factor.

Ensinmainittu fosforyloi ja aktivoi interferoneja säätelevät tekijät IRF3 ja IRF7. Toinen mainittu kinaasikompleksi fosforyloi ja aktivoi tumatekijän NF-kB.

Activated NF-κB translocates to the nucleus where it induce the transcription of IFN-α and IFN-β as well as other pro-inflammatory cytokines together with ATF2/c-Jun (AP-1), p300 and CBP [2].

Nyt muodostunut NF-kB siirtyy tuman alueelle ja aiheuttaa siellä geenien transkriptiota. Muodostuu IFNalfa ja IFN beta, muita tulehdusta edistäviä sytokiineja ja ATF2/c-Jun (AP-1), p300 ja CBP.

NF-κB consists of a family of transcription factors that play indispensable roles in mediating inflammation, immune responses to pathogen infection, proliferation, apoptosis, and other cellular activities [3].

NF-kB käsittää transkriptiotekijäin perheen, jolla on korvaamattomia tehtäviä patogeenisen infektion tulehduksellisten ja immuunivasteitten välittämisessä, soluproliferaatiossa, apoptoosissa ja muissa soluaktiviteeteissa.

Because of the essential role of NF-κB in stimulation of IFN-α/β synthesis, many viruses have evolved different strategies to subvert this system. The non-structural protein 1 (NS1) of influenza A viruses is one of best example having ability to prevent NF-κB activation.

Koska tumatekijä NF-kB omaa välttämättömän osuuden alfa- ja beeta-interferonien synteesin stimuloimisessa, on moni virus kehittänytkin srategian, millä ne voivat kiertää tämän järjestelmän. Parhaimpia esimerkkejä NF-kB-aktivaation ehkäisykyvystä on A-influenssavirusten rakenneproteiini NS1.

It has been demonstrated that influenza virus infection activates the NF-κB and exhibit higher levels of replication in cells where NF-κB is pre-activated, suggesting that a NF-κB signalling pathway is a general prerequisite for a productive influenza virus infection [4].

On osoitettu, että influenssavirusinfektio aktivoi NF-kB tumatekijän ja ilmenee suurempia virusreplikaatiomääriäkin sellaisissa soluissa, joiden NF-kB järjestelmä on esiaktivoituneena, mikä viittaisi siihen, että NF-kB signalointitien olemassaolo on edellytys produktiiviselle inluenssavirusinfektiolle.

Kumar et al., [5], made further clarifications that NF-κB signalling is intimately involved in the influenza vRNA synthesis.

Kumar et al. selittivät edelleen, että NF-kB signalointi on mitä olennaisimmin osallistumassa influenssaviruksen viraalin vRNA muodon synteesiin.

On the contrary, viral NF-κB activation is partially suppressed by the NS1 protein of influenza virus, presumably to prevent an overshooting expression of IFN-β.

Ja toisaalta taas viruksesta aiheutuva NF-kB- aktivaatio osittain vaimentuu influenssavirusperäisen proteiinin NS1 vaikutuksesta, oletettavastikin sen takia, ettei isäntäsolu pääse kuitenkaan kiihdyttämään omaa IFN-beeta geeniään ja siitä siinä tapauksessa seuraavaa runsasta interferoni beeta- tuotantoa (antivirusgeenien herättäjää) .

Thus, in the context of an influenza virus infection NF-κB appears to have a supportive function for viral replication that is dominant over its antiviral activity.

Täten mitä NF-kB tumatekijään tulee influensasviruksen yhteydessä sillä näyttää nyt olevan virusreplikaatiota ylläpitävä funktio, joka on muuttunut voimakkaammaksi kuin sen antivirusvaktiivisuus. (Viruksen evaasioperiaate!)

The NS1 protein of influenza viruses consists of two domains: RNA binding domain (1-73 aa) and effector domain (74-230/237 aa). The N-terminal RNA binding domain is mainly responsible for interaction with RNA of several species whereas the C-terminal effector domain primarily mediates interactions with cellular proteins but also facilitates stabilization of the RNA binding domain [6].

Minkälainen sitten on viruksen NS1-proteiini? Siinä on kaksi domaania: Toinen sitoo RNA:ta (1-73) ja toinen on effektoridomaani ( 74- 230/237 aminohappoa). N-terminaalinen RNA.ta sitova aminohappojakso, domaani, vastaa interaktiosta monen eri lajin RNA:han päin, kun taas C-terminaalinen effektoridomaani välittää vuorovaikutuksia soluproteiineihin, mutta myöskin kiihdyttää RNA:ta sitovan domaanin stabiloitumista.

Based on their amino acid sequences, NS1 proteins of influenza A viruses are divided into two groups, termed as allele A and allele B. There is little information available for the possible functional relevance of this difference to viral pathogenicity.

Aminohappojen perusteella NS-1 proteiinit jaetaan A-influenssaviruksella kahdeksi alleeliksi A ja B. Mikä taas näitten erojen funktionaalinen relevanssi viruksen patogeenisuudessa on , siitä ei tiedetä paljoakaan.

However, recently we observed that allele A and B NS1s differ in their abilities to inhibit IFN-β promoter activation [7].

Kuitenkin tuore havainto on, että alleelleilla on eroa siinä, miten ne kykenevät estämään interferoni-beetan promoottorin aktivoitumista.

It has been demonstrated that H7N1 (A/FPV/Rostock/34), if carrying allele B of highly pathogenetic H5N1 (A/Goose/Guangdong/96), replicate more efficiently in human and mouse cell lines than wild-type H7N1 [8], which indicates that the NS1 protein is an essential determinant of influenza virus pathogenesis.

The present study focuses on the abilities of allele A and B NS1 proteins to inhibit NF-κB promoter in cultured cells line.

NS1 proteiinilla on aivan essentielli merkitys influenssaviruksen patogeenisuudessa. Tämän osoitti seuraava vertailu: Erästä luonnon H7N1 virusta verrattiin sellaiseen, johon oli asetettu hyvin patologisen lintuviruksen A H5N1 NS1-proteiinin B-alleeli. Tämä muutos saattoi viruksen lisääntymään paljon tehokkaammin niin ihmisessä kuin hiiressä. Nyt tutkijat sitten selvittivät, miten tällaiset viruksen NS1 proteiinin A ja B alleelit kykenevät estämään tumatekijää NF-kB soluviljelmissä.

(Materials and methods etc)

Conclusions ( johtopäätöksiä)

In conclusion, the results of this study demonstrated that NS1 proteins from avian influenza A viruses (H6N8 and H4N6 subtypes) have the ability to inhibit NF-κB promoter activation and suggest a possible correlation with the virus's pathogenic potential.

Tulokset osoittivat, että lintuinfluenssan NS1 proteiinit pystyvät estämään NF-kB tumatekijän promoottorin aktivoitumista ja omaavat korrelaatiota viruksen patogeeniseen potentiaaliin. (Tässä katsotut virusalatyypit olivat H6N8 ja H4N6)

Mapping of the NS1 protein domains involved in inhibition of NF-κB promoter showed that NS1 devoid of RNA binding domain still exhibited property of NF-κB promoter inhibition.

Kun kartoitettiin NS1 virusproteiinin domaaneita, jotka osallistuivat tumatekijän NF-kB promoottorin aktivoitumisen estämiseen, osoittautui, että sellainenkin NS1 proteiini, josta aivan puuttui RNA:ta sitova domaani, pystyi vielä ilmentämään tumatekijän NF-kB promoottoria estävää ominaisuutta.

Conversely, RNA binding domain alone loses this inhibitory activity.

Mutta taas toisaalta pelkällä RNA:ta sitovalla domaanilla ei ole tätä estävää aktiivisuutta enää.

However, for full elucidation, further experiments involving fusion of dimerization domain to that of RNA binding domain are required.

Jotta asia tulisi kokonaan ratkaistuksi, pitäisi tehdä kokeita, joissa on fusoituna dimeeri tälle RNA:ta sitovalle domaanille, A tai B alleellista.

Moreover, the full length NS1 protein is functionally interactive and can efficiently block NF-κB promoter activation regardless of RNA binding domain (either of allele A or allele B).

Edelleen, täyspitkä NS1 proteiini on toiminnallisesti interaktiivinen ja pystyy tehokkaasti blokeeraamaan NF-kB-promoottorin aktiivisuuden katsomatta RNA:ta sitovaan domaaniin oli se sitten A tai B alleeli.

Apart from NF-κB signaling, allele A and B NS1 protein from both subtypes were expressed predominantly in nucleus but also in cytoplasm in transfected human A549 and MiLu cells. On the basis of this work, we presented another dimension of NS1 protein in inhibiting dsRNA induced NF-κB activation that this character of NS1 is allele dependent.

Lukuunottamatta NF-kB signalointia, NS1 proteiinin A ja B alleelit molemmista virusalatyypeistä ilmenivät ensisijaisesti tumassa, mutta niitä esiintyi myös soluviljelmien sytoplasmassa transfektoiduissa ihmisen ja hiiren soluissa.

Tämän työn perusteella tutkijat esittivät erään uuden dimension, ulottuvuuden, tästä NS1 proteiinista: He osoittivat miten NS1 esti sen NF-kB induktion, mikä johtui dsRNA muotoisesta virussivutuotteesta ja tämä (evasoiva) NS1 funktio oli alleellista riippuvainen.

AIV viruksen CLADE asia vuosi siten

Näistä lintuviruksen clade asioista on ollut aiemminkin tietoa internetissä, mutta nyt kun niitä alkaa olla yli 12 "cladea",jotain pikkumutaatiota, on asia alkanut tulla tavallisten ihmisten tietoon.
Löytyy PubMed artikkeli joulukuulta 2010 ja suomennan sitä.

Komplementaarisilla monoklonaalisilla vasta-aineilla tutkittu lintuviruksen H5 antigeeni on artikkelin aiheena. Uusi testimetodikin H5 Dot ELISA kehitelty
LÄHDE:

BMC Microbiol. 2010 Dec 30;10:330. Complementary monoclonal antibody-based dot ELISA for universal detection of H5 avian influenza virus.

He F, Soejoedono RD, Murtini S, Goutama M, Kwang J.

Source

Animal Health Biotechnology, Temasek Life Sciences Laboratory, National University of Singapore, Singapore.

Abstract (Suomennosta)

BACKGROUND:

Rapid diagnosis and surveillance for H5 subtype viruses are critical for the control of H5N1 infection.

Kriittisen tärkeä asia on pystyä nopeasti diagnosoimaan ja seuraamaan H5 alatyypin viruksia, kun kontrolloidaan tätä AH5N1 lintuinfluenssaa.

RESULTS:

In this study, H5 Dot ELISA, a rapid test for the detection of avian H5N1 influenza virus, was developed with two complementary H5 monoclonal antibodies.

Tässä otsikon tutkimustyössä on kehitelty " H5 Dot ELISA", nopea testimetodi, jolla pystytään tunnistamaan lintuvirus AH5N1 ja tämä menetelmä perustuu kahteen komplementaariseen H5 monoklonaaliseen vasta-aineeseen.

HA sequencing of escape mutants followed by epitope mapping revealed that the two Mabs target the epitope component (189th amino acid) on the HA protein but are specific for different amino acids (189Lys or 189Arg).

Määriteltäessä poikkeavia mutantteja kartoitettiin niitten epitooppeja ( eräänlaisia antenneja) ja silloin kävi ilmi, että kaksi monoklonaalista vasta-ainetta ( Mabs) piti kohdemolekyylinään HA (hemagglutiniini) proteiinin epitoopin osatekijää, aminohappoa asemassa 189 ja oli samalla spesifinen kahdelle eri aminohapolle, 189lysiini (189Lys, K) tai 189 arginiini (189Arg, R).

Gene alignment indicated that these two amino acids are the most frequent types on this position among all of the H5 AIV reported in GeneBank.

Geenien järjestymä viittasi siihen, että nämä kaksi aminohappoa ovat kaikkein useimmin esiintyviä tyyppejä mainitussa asemassa kaikissa H5 AIV viruksissa raportoitiin Geenipankista.

These two H5 Mabs were used together in a dot ELISA to detect H5 viral antigen.

Dot ELISA- testissä käytettiin näitä kahta H5 Mabs vasta-ainetta yhdessä paljastamaan H5 virusantigeeniä.

The detection limit of the developed test for multiple clades of H5N1 viruses, including clades 0, 1, 2.1, 2.2, 2.3, 4, 7, and 8, was less than 0.5 hemagglutinin units.

Mitä tulee H5N1 virusten monien eri mutanttien varalta kehitetyn testin havaintorajaan, se oli alle 0.5 hemagglutiniiniyksikköä. Tässä yhdeydessä mainitaan mutantit 0, 1, 2.1, 2.2, 2.3, 4, 7 ja 8.

(Kommenttini: Joten niitä oli jo vuosi sitten koko joukko!!)

The specificity of the optimized dot ELISA was examined by using 100 H5 strains, including H5N1 HPAI strains from multiple clades, 36 non-H5N1 viruses, and 4 influenza B viruses.

Dot ELISA-testin spesifisyyttä tutkittiin käyttämällä sataa H5 kantaa, joihin kuului myös hyvin patogeeninen H5N1 HPAI monista eri mutanteista, lisäksi 36 muuta lintuvirusta kuin H5N1-tyyppistä, ja neljää B influenssa virusta.

No cross-reactivity was observed for any of the non-H5N1 viruses tested. Among 200 random poultry samples, the test gave 100% positive results for all of the twelve RT-PCR-positive samples.

Testissä ei esiintynyt mitään ristireaktiota niihin lintuviruksiin, jotka eivät olleet H5N1- tyyppisiä. Summittain valituissa 200 siipikarjanäytteessä testi antoi 100% positiivisen tuloksen kaikissa 12:ssa RT-PCR positiivisessa näytteessä.

CONCLUSIONS: Johtopäätös

Considering that the test is convenient for field use, this H5 Dot ELISA can be used for on-site detection of H5N1 infection in clinical or environmental specimens and facilitate the investigation of H5N1 influenza outbreaks and surveillance in poultry.

Mitä tulee tämän testimetodin H5 Dot ELISA sopivuuteen kenttäkäyttöön, sitä voi käyttää paikan päällä H5N1 infektion havaitsemiseen kliinisistä tai miljöönäytteistä. Tämä testi myös helpottaa H5N1 influenssapurkausten tutkimuksia ja seurantaa siipikarjassa.

FAO kertoo yli 12 AIV lintuvirusversiosta

http://afludiary.blogspot.com/search?q=Egypt

Although we generally talk about the H5N1 bird flu as if it were a single entity – in reality there have been more than a dozen clades of the virus identified - with numerous variants within each clade.

Tässä käytetään näistä eri lintuviruskokoomuksista CLADE sanaa,saman viruksen eri pukeutumismuotoa.

Ja jokaisessa kuosissa on lisäksi lukuisia variantteja, erilaisia versioita.Tämä tietysti on tiedemiehille suuri haaste, koska jokaista tulee arvioida pandemian mahdollisuuden näkökulmasta.

Mutta yleisvaara on edelleen sama kuin vuodesta 2003 alkaen , pandemian varoitusaste valveusaste: 3. Siitä tuskin menee virus takaisinpäin olemattomuuteen.

Joka tapauksissa linnuille nuo ovat vaaroja.

CDC:n lintuflunssapäiväkirja

CDC Avian Flu Diary rauhoittelee maailmaa, että uusi mutanti A H5N1 ei ole muutanut pandemisen riskin tasoa mitenkään olennaisesti pahemmaksi.
http://afludiary.blogspot.com/2011/09/cdc-on-new-h5n1-clade-2321.html

WHO noteeraa lintuviruksesta seuraavaa

Evolution of H5N1 avian influenza virus does not increase risk to public health

http://www.who.int/influenza/human_animal_interface/avian_influenza/h5n1-2011_08_30/en/index.html

30 August 2011 -- WHO closely monitors the evolution of influenza viruses and is aware of recent reports of an H5N1 virus (described as H5N1 clade 2.3.2.1) circulating in poultry in parts of Asia. Based on available information, this evolution of the H5N1 virus poses no increased risk to public health. It is not considered unusual because influenza viruses are constantly evolving, especially in areas where they circulate regularly in poultry.

The WHO Global Influenza Surveillance and Response System, the group of experts that studies animal and human influenza viruses that may impact human health, recognized this new clade in February 2011.

WHO also routinely assesses the public health risk from all animal influenza viruses. Based on available information, the identification of this newly-reported H5N1 virus clade does not change the current public health implications of the H5N1 avian influenza viruses for humans. Human cases of H5N1 infection remain rare and sporadic events, occurring mostly in areas where H5N1 viruses circulate regularly in poultry. Human cases could occur wherever the viruses are present in poultry and when humans might be exposed to infected birds or contaminated environments.

Lintuviruksen mortaliteetista taulukko

http://www.fao.org/docrep/014/al869e/al869e00.pdf
Näissä hyvin kuurnituissa tapauksissa on mortaliteetti noin 50%, muta kun ottaa huomioon tavallisen esim. suomalaisen influenssan sairastamisen, niin tuskin kovin monen virusta tullaan laboratiivisesti koskaan tunnistamaan. Tuskin on edes niin paljon laboratorioita että voitaisiin maailman lintuviruksen tapauksien määrä tarkasti edes ilmoittaa. Muta joka tapauksessa joitain vaikeasti sairastuneita on sairaitten lintujen miljöössä tullut diagnosoitua maailmassa. Joka tapauksessa nekin diagnoosit ovat huomioonotettava vaaranmerkki. Varsinkin kun ne sairaat, joita ei millään keinoilla ole saatu pysymään hengissä, ovat viruksen patogeenisyyden suhteen vielä osin kysymysmerkkejä. Näyttää siltä että huipputiede on jälleen saamassa prestaatiota yhä enemmän vaativan vastustajan. Jos tiede kipuaa himalajalleen, niin näyttää lintuviruksen strategiakin tekevän. Mikähän tuolla influenssaviruksen genomilla on oikein puutteena kun se ei tyynny vaan odottaa ihmiskunnasta jotakin ainesta. Jos se ei millään muotoa sitä saa, niin influenssagenomi voi luhistua sekin jonain aikakautena.