EBOV VP40 aminohappojärjestys ( 1-326) Viruksen runsain proteiini. Matrixproteiini.

 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AGB56838.1

FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..326
                     /organism="Zaire ebolavirus"
                     /isolate="EBOV/H.sapiens-tc/COD/1976/deRoover"
                     /host="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:186538"
                     /country="Democratic Republic of the Congo"
                     /collection_date="1976"
     Protein         1..326
                     /product="VP40"
     CDS             1..326
                     /gene="VP40"
                     /coded_by="KC242801.1:4479..5459"
                     /note="matrix protein"
ORIGIN      
        1 mrrvilptap peymeaiypv rsnstiargg nsntgfltpe svngdtpsnp lrpiaddtid
       61 hashtpgsvs safileamvn visgpkvlmk qipiwlplgv adqktysfds ttaaimlasy
      121 tithfgkatn plvrvnrlgp gipdhplrll rignqaflqe fvlppvqlpq yftfdltalk
      181 litqplpaat wtddtptgsn galrpgisfh pklrpillpn ksgkkgnsad ltspekiqai
      241 mtslqdfkiv pidptknimg ievpetlvhk ltgkkvtskn gqpiipvllp kyigldpvap
      301 gdltmvitqd cdtchspasl paviek
//

TEHTYJÄ HUOMIOITA:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4061899/

Proliinit p283 ja p286 ovat kriittisen tärkeitä VP40 proteiinin

 assosioitumisessa plasmamembranin mikrodomeeniin. VLP ei kehity,

 jos ne mutatoituvat leusiiniksi.

VP40 N-terminaali tekee interaktiota fosfatidyyliseriinin (PS) kanssa.

C-terminaali on essentielli membraaniin kiinnittymisessä aivan

 31- 326 mitalta. 

VP40 C-terminaalin hydrofobiset interaktiot ovat tärkeitä

viruksen VLP muodostuksessa.

 Jos C-terminaaliset 9 aminohappoa puuttuvat,

 sitoutuminen plasmakalvoon on vähempää.

 Jos   C-terminaaliset 18 aa puuttuvat, kiinnittymistä plasmakalvoon 

ei edes ole havaittavissa. 

VP40  esiintymä lipideissä PC, PS ja kolesteroli stimuloi sen

 oligomerisaatiota kohti oktameeristä rengasmuotoa.  Niitä muodostuu

 sytoplasmaan,jos  C-terminaalin aminohappoja puuttuu.

Sytoplasmassa  tavataan silloin  globulaarisia muodostumia,

 jotka kertyvät perinukleaarisesti.

C 309- 317 aminohapot ovat kriittiset, jotta VP40 hexameerit 

 kiinnittyvät plasmakalvoon. -qd cdtchsp- 

(glutamiini- aspartaatti-cysteiini-aspartaatti-threoniini-

cysteiini-histidiini-seriini-proliini)

hexameerirenkaita nähdään  lokalisoituneina filopodia-projektioihin,

(putkiin)joita  ihmissolusta ulkonee.

Ei tarkalleen tiedetä, miten lipidilevykohdat säätelevät

 filamenttien silmukoitumista jopa yli mikronin pituisiksi

 ulokkeiksi. 

HUOM. Nämä filopodia ulokkeet, putket ovat sisäpinnaltaan 

VP40 matrixproteiiniputkia ja 

voivat olla tyhjiäkin  (empty) varsinaisesta  viruspartikkelista,

 jossa genomi vRNA on.

Mutta putkipinnalla on glykoproteiinipiikkejä (GP). 

 Ehkä nämä harhauttavat  suureen massansa varsinaista  virusta

 sisältävän putken ja täten  vähentävät immunologista hyökkäystä 

genomia sisältävää kohtaa vastaan. 

Ihmisen immuunipuolustus harhaantuu  ja uupuu.