Science- lehden artikkeli Ebola- genomista (2) Tilanne 19. 8. 2014 mennessä -Purkausten historiasta

Tämä  Ebolavirus (EBOV), aiemmin kutsuttu Zairen ebolavirukseksi, on yksi viidestä ebolaviruksesta. Se on letaali eli tappava ihmispatogeeni ja aiheuttaa ebolavirustautia (EVD) , jossa keskimääräinen kuolleisuus on 78 %.

 Aiemmat  ebolataudin purkaukset ovat rajoittuneet  Keski-Afrikan syrjäisille seuduille. Niistä laajin purkaus vuonna 1976 käsitti 318 tapausta. (Katso kuva 1A)

Nykyinen purkaus alkoi helmikuussa tänä vuonna 2014 Guineassa, Länsi-Afrikassa ja  sieltä se levisi maaliskuussa Liberiaan, toukokuusssa Sierra Leoneen ja heinäkuun loppupuolella  Nigeriaan. Tässä on kyse  kaikkein laajimmasta tunnetusta ebolavirustaudin purkaumasta ja se vaikuttaa laajenevan  exponentiaalisella tavalla niin että kaksinkertaistumisjaksona on 34.8 päivää.( Katso kuva 1B)

Elokuun 19. päivään mennessä (2014)  on pystytty dokumentoimaan  2 240 sairastumistapausta ja  1229 kuolemantapausta.
Ebolavirustauti  on laajenemisvaiheessa suurissa  kaupungeissa kuten Conakry (Guinea), Freetown (Sierra LEone), Monrovia (Liberia) ja  Lagos (Nigeria), mikä   herättää  huolestuneisuutta   lisääntyvästä  paikallisesta ja kansainvälisestä leviämisestä.

In this page
In a new window
Download PowerPoint Slide for Teaching

 Kuva 1. osoittaa  Ebolapurkauksia, aiempia ja nykyisen

Fig. 1 Ebola outbreaks, historical and current.

 Kuva A. historiallisia Ebolataudin purkauksia eri vuosikymmeninä . Ympyrällä merkataan  tapausten kokonaismääriä. RC on Kongon tasavalta, DRC on Demokraattinen Kongon Tasavalta

(A) Historical EVD outbreaks, colored by decade. Circle area represents total number of cases (RC = Republic of the Congo; DRC = Democratic Republic of Congo).

Kuva B osoittaa  tämän vuoden  purkauksen laajenemista ( varmat,  mahdolliset ja epäillyt tapaukset) 

(B) 2014 outbreak growth (confirmed, probable and suspected cases).

Kuva C osoittaa  ebolavirstaudin leviämistä  Sierra Leonessa  piiri piiriltä.Värin vahvuus heijastaa tapausten lukumäärää ja nuoli  leviämissuuntaa.

 (C) Spread of EVD in Sierra Leone by district. The gradient denotes number of cases and the arrows depict likely direction.
Kuva D. 
 EBOV näytteet 78 potilaasta  sekvensoitiin kahdessa ryhmässä;   virusgenomeja  saatiin selvitettyä  yhteensä 99

 (D) EBOV samples from 78 patients were sequenced in two batches, totaling 99 viral genomes (Replication = technical replicates (6)). Mean coverage and median depth of coverage with range are shown.

 (E) Combined normalized (to the sample average) coverage across sequenced EBOV genomes. 

 Uusi genomitekniikka tällaisessa  kansanterveydelle kriittisessä tilanteessa voi antaa mltei pulssin päällä  oivallusta patogeenin alkuperään,  transmissiodynamiikkaan ja evoluutioon. Tutkijat käyttivät  massiivia paralleelia virussekventoimista käsittääkseen  miten ja milloin EBOV pääsi ihmiskuntaan vuoden 2014 L-Afrikan purkauksessa.  ja  saako  purkaus edelleen  jatkuvaa syöttöä uusista  tartunnoista luonnon reservoaareista käsin ja millä tavalla virus muuttui  ennen   ihmiskuntaan siirtymistään  ja sen jälkeen. .

In an ongoing public health crisis, where accurate and timely information is crucial, new genomic technologies can provide near real-time insights into the pathogen’s origin, transmission dynamics, and evolution. We used massively parallel viral sequencing to understand how and when EBOV entered human populations in the 2014 West African outbreak, whether the outbreak is continuing to be fed by new transmissions from its natural reservoir, and how the virus changed, both before and after its recent jump to humans.