Leta i den här bloggen

måndag 30 november 2009

Matrixproteiini M2 muuntelee.

MATRIX PROTEIINI M1, M2.
Geeni 7 tuote.

Norjalaisen viruksen M1 proteiini: Sen C-terminaalinen jakso( samanlainen kuin esim katalonialaisen)
/collection_date="08-Sep-2009"
Protein 1..252
/product="matrix protein 1"
Region 2..157
/region_name="Flu_M1"
/note="Influenza Matrix protein (M1); pfam00598"
/db_xref="CDD:109646"
Region 158..252
/region_name="Flu_M1_C"
/note="Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain;
smart00759"
/db_xref="CDD:128998"
CDS 1..252
/gene="M1"
/coded_by="CY052001.1:11..769"
ORIGIN
1 mslltevety vlsiipsgpl kaeiaqrles vfagkntdle almewlktrp ilspltkgil
61 gfvftltvps erglqrrrfv qnalngngdp nnmdravkly kklkreitfh gakevslsys
121 tgalascmgl iynrmgtvtt eaafglvcat ceqiadsqhr shrq//matttn plirhenrmv
181 lasttakame qmagsseqaa eamevanqtr qmvhamrtig thpsssaglk ddllenlqay
241 qkrmgvqmqr fk


Norjalaisen viruksen M2 proteiinista annetaan kaksi hieman poikkeavaa versiota.

//
10 20 30 40 50 60 70 80
....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|....*....|
gi 81936884 1 MSLLTEVETPIKSGWECRCNDSSDLLVAIASITGILHLILWIFDRLFFKCAYRRFRHGLKRGPSTGGIPESMREEYRQEQ 80
gi 82053560 1 MSLLTEVETPTRNEWECRCSDSSDPLVVAASIIGILHLILWILDRLFFKCIYRRLKYGLKRGPATAGVPESMREEYRQEQ 80
90
....*....|....*..
gi 81936884 81 QSDVNVDNGHFVNIELE 97
gi 82053560 81 QSAVDVDDGHFVNIELE 97

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=109647

Vertaan Tukholmalaiseen virukseen , sen M2 proteiiniin.
1 mslltevetp triewecrcs dssdplviaa niigilhlil witdrlffkc iyrrfkyglk
61 rgpstegvpe smreeyqqeq qsavdvddgh fvniele
Tämä on kuin kolmas versio ja sekamuoto kaikista kolmesta.

1..97
/organism="Influenza A virus (A/Stockholm/36/2009(H1N1))"
/strain="A/Stockholm/36/2009"
/serotype="H1N1"
/host="Homo sapiens; gender: F; age: 50"
/db_xref="taxon:657983"
/segment="7"
/country="Sweden: Stockholms Lan"
/collection_date="29-May-2009"
/note="in country transmission via family member returning
from USA"
Protein 1..97
/product="matrix protein 2"
Region 1..97
/region_name="Flu_M2"
/note="Influenza Matrix protein (M2); pfam00599"
/db_xref="CDD:109647"
CDS 1..97
/gene="M2"
/coded_by="join(GQ365365.1:33..58,GQ365365.1:747..1014)"
ORIGIN
1 mslltevetp triewecrcs dssdplviaa niigilhlil witdrlffkc iyrrfkyglk
61 rgpstegvpe smreeyqqeq qsavdvddgh fvniele

JOHTOPÄÄTÖKSENI.
M2 muuntelee suhteellisen runsaasti.

Nyt tulee vaikea ja sekava artikkeli.

Tässä vertailen vanhaa A H5N1 lintuinfuenssan PB2 aminohapposekvenssiä nykynorjalaiseen ihmisten pandemisen viruksen PB2 proteiinin aminohappojärjestykseen. Erot ovat hyvin suuria. (PubMed lähde)

source          1..759
/organism="Influenza A virus
(A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1))"
/strain="A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)"
/db_xref="taxon:93838"
/segment="segment 1"
Protein 1..759
/product="polymerase"
/calculated_mol_wt=85842
Region 1..759
/region_name="Flu_PB2"
/note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2;
pfam00604"
/db_xref="CDD:109652"
ORIGIN LINTUUN tarttunut H5N1
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamKypitad
61 krimemiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdInpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlTitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtSsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra Tvsadplasl lemchstqig gIrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaMglris ssfsfggftf krtNgssvkK eeevltgnlq tlkiKvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iePidnvmgm igilpdmtps AemslrgVrv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqQgn vllspeevse tqgTekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweTv kiqwsqdptm lynkmefeSf qslvpkaArs Qysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappePsr mqfssltvnv rgsgMrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtAgvesav lrgflilgRe dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvliMqgd vvlvmkrkrd Fsiltdsqta tkrirmain

NORJALAINEN ( em artikkelissa mainitun viruksen PB2 aminohapot)

ORIGIN      IHMISEEN tarttunut pandeminen virus H1N1
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamRypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdTnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlAitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtGsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra Avsadplasl lemchstqig gVrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaIglris ssfsfggftf krtSgssvkN eeevltgnlq tlkiRvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg ieSidnvmgm igilpdmtps TemslrgIrv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqRgn vllspeevse tqgXekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweIv kiqwsqdptm lynkmefePf qslvpkaTrs Rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeQsr mqfssltvnv rgsgLrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtSgvesav lrgflilgKe dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvliGqgd vvlvmkrkrd Ssiltdsqta tkrirmain

Kovin paljon on eroja lintuinfluenssan H5N1 PB2 ja ihmisiin tuleen pandemisen H1N1 PB2 proteiinin aminohappojärjestyksen kesken. Havaitsen näin yhden kerran katsomalla , että

linnusta ihmisen influenssavirukseen on tapahtunut seuraavat mutaatioaskeleet norjalaiseen virukseen nähden:

K54R, (I) isoleusiini147 T, S125G, T271A, (I)isoleusiini292V,

M 315 isoleusiini(I), N 334S, K340N, K355R, P453S, A471T, V477(I),

Q508R, T534X , T559(I), S579P, A588T, Q591R, P628 Q, M655 L,

A684 S, R699 K, M727 G, F741 S.

627 on molemmissa jo E. joten tämä kuvattu lintuvirus on sen osalta jo lajirajan ylittävässä muodossaan.

Aika paljon eroja on kuitenkin tuon vanhan lintuviruksen AH5 N1 ja ihmisissä liikkuvan pandemisen sikainfluenssan kesken.

http://labvirus.wordpress.com/2009/09/05/co-transmission-of-h5n1-with-pandemic-h1n1-in-egypt/

Tarkemmin PB2 polymeraasialayksikön rakenteesta

PB2 polymerase subunit. Aminoacid sequences. November 25, 2009
Vertaan nyt NORJASSA olevaa virusta ja keväällä HOUSTONISSA ollutta pandemista virusta H1N1(2009). Löydän 2 eroavaisuutta niiden PB2-proteiinin kesken.

Influenza A virus (A/Norway/3364-2/2009(H1N1))”
Protein 1..>759
/product="polymerase PB2"
CDS 1..759
/gene="PB2"
/coded_by="CY051995.1:12..>2289"
ORIGIN
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamrypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdtnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlaitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtgsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra avsadplasl lemchstqig gvrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaiglris ssfsfggftf krtsgssvkN eeevltgnlq tlkirvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iesidnvmgm igilpdmtps temslrgirv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqrgn vllspeevse tqgXekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweiv kiqwsqdptm lynkmefepf qslvpkatrs rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeqsr mqfssltvnv rgsglrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtsgvesav lrgflilgke dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvligqgd vvlvmkrkrd ssiltdsqta tkrirmain

Vertaan tätä johonkin varhaiseen amerikkalaiseen Houstonin virukseen.
Influenza A virus (A/Houston/1OS/2009(H1N1))"
13-May-2009"
Protein 1..759
/product="polymerase PB2"
Region 1..759
/region_name="Flu_PB2"
/note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit
ORIGIN
1 merikelrdl msqsrtreil tkttvdhmai ikkytsgrqe knpalrmkwm mamrypitad
61 krimdmiper neqgqtlwsk tndagsdrvm vsplavtwwn rngpttstvh ypkvyktyfe
121 kverlkhgtf gpvhfrnqvk irrrvdtnpg hadlsakeaq dvimevvfpn evgariltse
181 sqlaitkekk eelqdckiap lmvaymlere lvrktrflpv aggtgsvyie vlhltqgtcw
241 eqmytpggev rnddvdqsli iaarnivrra avsadplasl lemchstqig gvrmvdilrq
301 npteeqavdi ckaaiglris ssfsfggftf krtsgssvkK eeevltgnlq tlkirvhegy
361 eeftmvgrra tailrkatrr liqlivsgrd eqsiaeaiiv amvfsqedcm ikavrgdlnf
421 vnranqrlnp mhqllrhfqk dakvlfqnwg iesidnvmgm igilpdmtps temslrgirv
481 skmgvdeyss tervvvsidr flrvrdqrgn vllspeevse tqgTekltit ysssmmwein
541 gpesvlvnty qwiirnweiv kiqwsqdptm lynkmefepf qslvpkatrs rysgfvrtlf
601 qqmrdvlgtf dtvqiikllp faaappeqsr mqfssltvnv rgsglrilvr gnspvfnynk
661 atkrltvlgk dagaltedpd egtsgvesav lrgflilgke dkrygpalsi nelsnlakge
721 kanvligqgd vvlvmkrkrd ssiltdsqta tkrirmain

Kommenttini:

NORJALAINEN on myöhempi, joten asetan sen aminohapon paikanumeron jälkeen ja Houstonin viruksen aminohapon eteen.
K340N, T524X

Houstonin lysiini (K) 340 on norjalaisessa asparagiini (N).
Norjalaisessa on merkintä X, mikä tarkoitaa että siinä kohtaa voi olla ”mikä tahansa aminohappo”. Houstonilaisessa toukokuussa oli threoniini (T) asemassa 524.

LISÄNÄ VANHEMPI HAVAINTO:

REASSORTEMENT, uudelleen järjstäytyminen on havaittu yleisesti tapahtuvan PB2-proteiinin aminohapossa 627 ja sen on havaittu olevan tärkeä determinantti heterospesifisten kompleksien replikaation tehokkuudessa.

E627 on jo näissä molemmissa pandemisisisa H1N1 viruksissa ( Houston ja Norja)

Aiemmin lintuviruksessa oli lysiini(K) ja nyt näyttää sikainfluensaviruksessa olevan glutamiinihappo(E). Siis K627E on tapahtunut aikanaan ja samalla lajirajan ylitys on virukselle helpottunut nykyiseen tilanteeseen.

Lähteenä ovat PubMed uutisten virus sekvenssit.

Keskiviikko, 25. marraskuuta 2009

Entä polymeraasialayksiköt PB2 ja PB1?

Miten tärkeitä viruksen muuttuvuudessa on RNA-polymeraasin alayksiköt PB2 ja PB1 eli virusgeenituotteet geenistä 1 ja geenistä 2 ja niiden suhteet?
Relevance of PB2 & PB1 reassortements in influenza viruses
November 25, 2009

PB2 ja PB1 kombinaatioista

LÄHDE: Li OT, Chan MC, Leung CS, Chan RW, Guan Y, Nicholls JM, Poon LL. Full factorial analysis of mammalian and avian influenza polymerase subunits suggests a role of an efficient polymerase for virus adaptation. PLoS One. 2009 May 21;4(5):e5658. State Key Laboratory of Emerging Infectious Diseases, Department of Microbiology, The University of Hong Kong, Hong Kong SAR, China.

Kaikista A- influenssaviruksen sisärakenteen geenisegmenteistä (PB2, PB1, PA, NP ja NS) on lintuviruksen PB1 segmentti ainoa, joka aikanaan teki uudelleenjärjestäytymisen ( reassortement) ihmisen H2N2 ja H3N2 pandemisiksi kannoiksi. Tästä ollaan päätelty, että viruksen polymeraasialayksikköjen geenien uudelleen järjestäytyminen lämminveristen ja lintujen influenssavirusten kesken saattaisi vaikuttaa virusten siirtymisissä lajista toiseen.

Tutkijat testasivat oletustaan lintujen H5N1 ja lämminveristen H1N1 virusten PB2, PB1, PA ja NP geeneillä ja niiden toisiinsa suhtautumisella.

Luonnehdittiin kaikki 16 mahdollista virus-ribonukleoproteiinin(vRNP) chimeeristä kombinaatiota lintuviruksesta H5N1 ja lämminveristen viruksesta H1N1.

Sitten osoitettiin että sellainen rekombinantti-vRNP, jossa oli lämminveristen influenssaviruksen (H1N1) PB2 ja lintuviruksen (H5N1)PB1, omasi vahvimman polymeraasiaktiivisuuden ihmissoluissa kaikissa tutkituissa lämpötiloissa.

Lisäksi tällä mainitulla tavalla spesifiset PB2&PB1 kombinaatiot omaavat virukset saattoivat kasvaa tehokkaasti soluviljelmissä, varsinkin kuumissa lämpötiloissa (, ilmasto, kuume!). Nämä virukset olivat vahvoja proinflammatoristen sytokiinien ja kemokiinien indusoijia ihmisen primääreissä makrofageissa ja pneumosyyteissä.

Nämä virukset, joissa oli juuri tämä spesifinen PB2-PB1 kombinaatio, pystyivät myös kehkeyttämään adaptatiivisia mutaatioita ( sopeutumisia) uuteen tilanteeseen.

Näistä tuloksista voidaan päätellä, että juuri viruksen polymeraasin aktiivisuus saattaa olla ihmiskunnan terveyden suhteen relevantti tekijä influenssan syntymisessä.

Muuttuuko PA alayksikkö( Geeni 3. tuote?)

Polymeraasi PA. Muuttuuko tämä helposti vai ei?
Polymerase (PA) of A H1N1 (gene 3): No changes?
November 29, 2009

Norjan uusimmassa A H1N1 viruksessa on PA( geni 3) muuttumaton verrataessa
19 huhtikuuta eristettyyn meksikolaiseen virukseen.
Presiis sama aminohapposekvenssi. (PubMed lähteestä otetut sekvenssit)
/country="Mexico"
/collection_date="19-Apr-2009"
Protein 1..716
/product="polymerase PA"
Region 21..716
/region_name="Flu_PA"
/note="Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA;
pfam00603"
/db_xref="CDD:109651"
CDS 1..716
/gene="PA"
/coded_by="GQ379813.1:1..2151"
ORIGIN
1 medfvrqcfn pmivelaeka mkeygedpki etnkfaaict hlevcfmysd fhfiderges
61 iivesgdpna llkhrfeiie grdrimawtv vnsicnttgv ekpkflpdly dykenrfiei
121 gvtrrevhiy ylekankiks ekthihifsf tgeematkad ytldeesrar iktrlftirq
181 emasrslwds frqsergeet ieekfeitgt mrkladqslp pnfsslenfr ayvdgfepng
241 ciegklsqms kevnakiepf lrttprplrl pdgplchqrs kfllmdalkl siedpshege
301 giplydaikc mktffgwkep nivkphekgi npnylmawkq vlaelqdien eekiprtknm
361 krtsqlkwal genmapekvd fddckdvgdl kqydsdepep rslaswvqne fnkaceltds
421 swieldeige dvapiehias mrrnyftaev shcrateyim kgvyintall nascaamddf
481 qlipmiskcr tkegrrktnl ygfiikgrsh lrndtdvvnf vsmefsltdp rlephkweky
541 cvleigdmll rtaigqvsrp mflyvrtngt skikmkwgme mrrcllqslq qiesmieaes
601 svkekdmtke ffenksetwp igesprgvee gsigkvcrtl laksvfnsly aspqlegfsa
661 esrklllivq alrdnlepgt fdlgglyeai eeclindpwv llnaswfnsf lthalk

Edelleen PA alayksikön merkityksestä A H5N1 viruksessa

Jotta voi arvioida geeni 3:n roolin käytännössä, pitää katsoa aiempia tutkimuksia PA proteiinin merkityksestä.

LÄHDE: Kashiwagi T, Leung BW, Deng T, Chen H, Brownlee GG.The N-terminal region of the PA subunit of the RNA polymerase of influenza A/HongKong/156/97 (H5N1) influences promoter binding.PLoS One. 2009;4(5):e5473. Epub 2009 May 7. Oxford, Oxford, UK.

N-terminaalinen alue PA alayksikössä eräitten yllämainittujen A-influenssavirusten RNA-polymeraasissa vaikutti promoottoriin sitoutumiseen.

TAUSTA: Influenssaviruksen RNA-polymeraasi on heterotrimeerinen kompleksi, jossa on alayksiköt PB1, PB2 ja PA. Ne tekevät yhteistyötä, saadakseen ensin transkriboitua viruksen RNA-mallisen koodin ja sitten replikoitua virusgenomia. Ne vastaavat geneettisestä puolesta viruksen lisääntymistoiminnassa.

Aiemmin on pystytty osoittamaan, että influenssan PA- alayksikön N-terminaalinen alue eräässä viruksessa A/WSN/33 (H1N1) oli mukana promoottoriin sitoutumiasiassa.Tutkijat halusivat laajentaa tätä näkemystä ja ottivat seuraavia viruskantoja tutkimuksiinsa:

A/HongKong/156/97 (H5N1) ( Ihmisestä eristetty H5N1 vuonna 1997)

A/Vietnam/1194/04 (H5N1) ( Ihmisestä eristetty H5N1 vuonna 2004).

He havaitsivat että molemmissa H5N1 viruskannoissa oli vahvemmin aktiivi polymeraasi, kun verrattiin kahteen klassiseen ihmisen influenssaviruskantaan A/WSN/33 (H1N1) ja A/NT/60/68 (H3N2) koeputkiolosuhteissa.

Tämä lisääntynyt polymeraasiaktiivisuus liittyi promoottoriin sitoutumisasiaan.

Pääasiallinen merkitsijä tässä asiassa oli PA alayksikön N-terminaalinen alue, mistä johtuen promoottiriaktiivisuus lisääntyi.

JOHTOPÄÄTÖS, ASIAN MERKITSEVYYS: Tutkijat ovat sitä mieltä että nykyisten A H5N1 kantojen PA-alayksikön N- terminaali vaikuttaa promoottoriin sitoutumiseen ja he pohtivat mikä tämän merkitys on kantojen virulenssissa .
Overall we suggest that the N-terminal region of the PA subunit of two recent H5N1 strains can influence promoter binding and we speculate this may be a factor in their virulence.

Kommenttini: Ehkä olisi syytä katsoa lintuviruksen N-terminaalinen jakso PA alayksiköstä ja verrata jaksoa norjalaiseen virukseen, joka on tämä pandeminen A H1N1, sillä sen PA alayksikkö on niitä, jotka johtuvat suoraan lintukannasta sikakantaan ilman humaani-influenssavälimuotoa historiassaan. Jos pikaisesti vertailen PubMed lähteen sekvenssejä A H5N1 puhtaan lintuviruksen segmenteihin, poikkeavuus on melkoinen harppaus. En pysty arvioimaan tällaista koska nyt vasta olen alkanut niitä hieman katsella. Koetan etsiä valmiita PubMed artikkeleita , meta-analyysejä, analyysejä.

RNA polymeraasi PA alayksikkö( Geeni 3)

Influenssavirusken RNA-polymeraasin yksi alayksikkö, PA ja en olennaiset toiminnot. Influenzavirus RNA polymerase subunit PA, N-terminal
Marraskuu 29. November 29, 2009

LÄHDE: Koyu Hara,† Florian I. et al. Amino Acid Residues in the N-Terminal Region of the PA Subunit of Influenza A Virus RNA Polymerase Play a Critical Role in Protein Stability, Endonuclease Activity, Cap Binding, and Virion RNA Promoter Binding University of Oxford, Oxford, United Kingdom May 23, 2006.

Tutkijat selvittivät tässä PA alayksikön N-terminaalisen jakson merkitystä virulenssissa. He käyttivät puhdistettua rekombinanttia influenssa virusta A/PR/8/34 PA. Sen N-terminaali muodosti 25 kDa domaanin. Sitten tutkijat johtivat tälle evolutionaalisesti ottaen hyvin konservatiiviselle alueelle pistemutaatioita alaniinista. Ne olivat merkitseviä viruksen virulenssille. Jos alaniinimutaatioita asettui L109- F117 jaksolle, siitä seurasi PA proteiinin hajominen, silppuroituminen, millä oli tietysti seuraamuksena polymeraasin huonompi aktiivisuus.

Most alanine-scanning mutations between residues L109 and F117 caused PA degradation, mediated by a proteasome-ubiquitin pathway, and as a consequence interfered with polymerase activity.

Tutkijat selvittivät kolme eri PA:proteiinin pistemutaatiota alaniinin(A) asettamisella virusproteiinin sekvenssiin tiettyihin kohtiin. Lysiini(K) 102, aspartaatti(D) 108 ja lysiini (K)134 muutettiin alaniiniksi (A).

K102A, D108A ja K134A.

(VRT. Allaoleva PA rakenne on norjalaisesta viruksesta. HUOM. Siinä ei ole mitään alaniinimutaatioita noissa kohdissa tietystikään.. Se on evolutionaalisesti stabiili ja siis varmaan "hyvin toimivaa laatua" viruksen arsenaalissa.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1563815/?tool=pmcentrez&report=abstract

="Norway: Akershus" collection_date="08-Sep-2009"
Protein 1..716 /product="polymerase PA"
Numerointi alkaa N- terminaaliseta päädystä:
........1 medfvrqcfn pmivelaeka mkeygedpki etnkfaaict hlevcfmysd fhfiderges
......61 iivesgdpna llkhrfeiie grdrimawtv vnsicnttgv ekpkflpdly dykenrfiei
....121 gvtrrevhiy ylekankiks ekthihifsf tgeematkad ytldeesrar iktrlftirq
....181 emasrslwds frqsergeet ieekfeitgt mrkladqslp pnfsslenfr ayvdgfepng
....241 ciegklsqms kevnakiepf lrttprplrl pdgplchqrs kfllmdalkl siedpshege
....301 giplydaikc mktffgwkep nivkphekgi npnylmawkq vlaelqdien eekiprtknm
....361 krtsqlkwal genmapekvd fddckdvgdl kqydsdepep rslaswvqne fnkaceltds
...421 swieldeige dvapiehias mrrnyftaev shcrateyim kgvyintall nascaamddf
..481 qlipmiskcr tkegrrktnl ygfiikgrsh lrndtdvvnf vsmefsltdp rlephkweky
..541 cvleigdmll rtaigqvsrp mflyvrtngt skikmkwgme mrrcllqslq qiesmieaes
,601 svkekdmtke ffenksetwp igesprgvee gsigkvcrtl laksvfnsly aspqlegfsa
.661 esrklllivq alrdnlepgt fdlgglyeai eeclindpwv llnaswfnsf lthalk

Sekvenssi päättyy C-terminaaliseen osaan.
Huom. Virus on aikamoinen proteiinin kehrääjä ja ottaa tämän valkuaisen ihmiskehosta.

1. Norjalaisessa A H1N1 viruksen PA proteiinissa on konservatiivinen jakso
109L -117F. Siinä ei ole alaniinimutaatioita (A).

Most alanine-scanning mutations between residues L109 and F117 caused PA degradation, mediated by a proteasome-ubiquitin pathway, and as a consequence interfered with polymerase activity.

Jos tässä jaksossa olisi alaniinimutaatioita, PA- peptide alkaisi hajota ubikitiinitietä silppuroituen.

2. K102 A mutaatiota EI ole "kunnon virusproteiinissa" , vaan jäljellä norjalaisessa on K102

Tällainen mutaatio, jos se esiintyisi, vaikuttaisi transkription ja replikaation vähenemistä viruksessa keho-olosuhteissa, in vivo. K102A mutaatio johtaisi sekä cap jaksoon sitoutumisen että viruksen RNA-promoottoriin sitoutumisen aktiivisuuden vähenemistä ja tästä seuraisi estymää sekä virustranskriptioon että replikaatioon.

3. D108A mutaatiota ei ole norjalaisessa , vaan siinä on jäljellä D108.

4. K134A-mutaatiota ei ole norjalaisessa, vaan K134 havaitaan.

Nämä kaksi jälkimmäistä mainittua (tiedemiesten kokeellisesti tekemää) mutaatiota estäisivät selektiivisesti transkriptiota. Molemmat mutaatiot estivät täydellisesti endonukleaasiaktiivisuuden in vitro, mikä selittää selektiivisen transkriptiodefektin.

5. Näistä löydöistä voidaan päätellä, että viruksen PA-proteiinin N-terminaalisessa jaksossa on moninaisia polymeraasifunktioita, joista mainitaan proteiinin stabiilius, endonukleaasiaktiivisuus, Cap-jaksoon kiinnittyminen ja promoottoriin sitoutuminen.

These results suggest that the N-terminal region of PA is involved in multiple functions of the polymerase, including protein stability, endonuclease activity, cap binding, and promoter binding.

Kommenttini:

Siis näissä strategisissa kohdissa ei meksikolaisessa eikä norjalaisessa viruksssa ollut mitään mutaatioita, "viruksen vikaa" , joka olisi heikentänyt viruksen sisätekijöitten virulenssia.

Ei tunneta lääkettä, millä nykyään voitaisiin tähän PA proteiinin N-terminaaliin vaikuttaa ja heikentää virusta. Mutta kuten huomataan, tämä kohta PA-proteiinissa on todella kiinnostava ja terapeuttisen strategian luomisen haaste. Silloin kun keino keksitään, ollaan siirrytty johonkin uuteen menelmään influenssan hoidossa.

RNA polymeraasi ( PB2, PB1, PA) on essentielli virukselle

Kolmealayksikköinen virusRNA-polymeraasi. Influenza virus RNA polymerase in focus
November 29, 2009

LÄHDE: Naito T, Kawaguchi A, Nagata K.Uirusu. [Function of influenza virus RNA polymerase on the structural basis] [Article in Japanese]2009 Jun;59(1):1-11.Department of Infection Biology, Graduate School of Comprehensive Human Sciences, University of Tsukuba, 1-1-1 Tennodai, Tsukuba 305-8575, Japan.

(Suomennosta) Kun on tutkittu soluttomissa RNA-synteesijärjestelmissä ja käänteisellä transkriptiotekniikalla influenssaviruksen genomin replikaation ja transkription molekulaarista mekanismia ollaan tutkimassa seikkoja, jotka ovat viruksen elämänsyklin kaikkein välttämättömintä , essentielliä prosessia.

Äskettäin ollaan havaittu sellaistakin, että tämä mekanismi osallistuu myös viruksen isäntä elimistöjen kirjon määräytymiseen.

Kun myös otetaan huomioon, että aiemmin kehitetyille antiviruslääkkeille resistenttien virusten määrä lisääntymistään lisääntyy, on mitä tarpeellisinta perustaa lääkkeitten järkiperäinen seulontastrategia, jossa etsitään myös uusia molekulaarisia kohteita tulevaisuutta varten.

Voisi olla käänteentekevä löytö, jos voidaan määritellä virustekijöitten kolmiulotteiset rakenteet, virusgenomin replikaatioon ja transkriptioon osallistuvien virustekijöitten (PB1, PB2, PA) yksityiskohtaiset funktiot ja suunnitella uusia antiviraalisia metodeja.

Tässä katsauksessaan tiedemiehet tekevät yhteenvedon siitä kertyvästä tiedosta, mitä on olemassa virustekijöiten kolmiulotteisesta rakenteesta ja he pohtivat näihin rakenteisiin perustuvia virusfunktioita. (Kertailen nyt jatkossa näitä eri tekijöitä ja niitten mutaatioita).

Mutatoituuko nykyinen pandeminen virus koko ajan?

Kiertävät A H1n1 virukset, Circulating A H1N1 types
Marraskuu 30, 2009,November 30, 2009

LÄHDE: Fereidouni S, Beer M, Vahlenkamp T, Starick E. Differentiation of two distinct clusters mong currently circulating influenza A(H1n1)v viruses, March-September 2009. Euro Surveill. 2009 Nov 19;14(46). pii: 19409. Friedrich-Loeffler-Institut, Greifswald-Insel Riems, Germany.

Saksalaiset ovat tehneet analyysiä pandemisista A H1N1 viruksista maaliskuusta syyskuuhun 2009 kuluneelta ajalta ja siitä jaksosta on havaittu kaksi hyvin lähityyppistä, mutta selvästi kuitenkin toisistaan erottuvaa virusryvästä kiertämässä useimpia influenssan kynsissä olevia maita samaan aikaan.

Luonteenomaisimmat erot sijoittuvat niihin geeneihin, jotka koodaavat viruksen kahta pintaproteiinia (HA, geeni 4 ja NA, geeni 6) hemagglutiniinia ja neuraminidaasia ja neljää viruksen sisäproteiinia: PB2 polymeraasialayksikköä( geeni 1) , nukleoproteiinia NP (geeni 5) , matrixproteiinia M (geeni 7) ja nonstrukturellia NS1 proteiinia ( geeni 8). Fylogeneettista johtopäätöstä osoitettiin a.o. geenien analyysein ja sekvenssiketjukonstruktioin.

VRT. kuvaa:Kertausta influenssaviruksen kahdeksasta geenistä :
http://www.aaas.org/news/releases/2009/images/0522us_swine_flu_chart1.jpg

Geeni 1. Proteiini PB2 ja geeni 3 ja sen koodaama proteiini PA: (alkujaan linnusta sikakantaan siirtynyt influenssavirus ja 1998 viruksen kaltaista) (Kts.” Punainen sika”)

Geeni 2. proteiini PB1 , linnuista alunperin ihmiseen 1968 ja sitten sikakantaan 1998 , tyypiltään. (”Sininen sika”)

Geeni: 4. HA; Geeni 5. NP; Geeni 8. NS

Näitten tie on kulkenut linnuista 1918 kohti sikakantaa ja kyse on klassillisesta sikainfluenssavirustyypistöä (”Keltainen sika”)

Geeni 6. NA; Geeni 7. MA

Näitten tie on kulkenut lintuviruksesta 1979 sikakantaan ja esiintyy euraasialaisessa sikainfluenssaviruksessa. (”Kts. Vihreä sika)

Punaisen , sinisen ja keltaisen sikainfluenssaviruksen kesken on tapahtunut kolminkertainen uudelleenjärjestymä näisllä väriellä merkatuissa geeneissä.

Tästä kuvasta näkee, että A H1N1 designissa on vanhan ihmis-influenssan ominaisuuksia geenissä PB1.

Muissa geeneissä taas ei ole tunnusmerkkejä siitä, että niitä olisi esiintynyt ihmiskunnassa. Joten hyvin painotetusti virus on ihmiskunnassa pandeminen( novel).

http://www.fao.org/AG/AGAInfo/programmes/en/empres/AH1N1/Background.html